CRS预测的性能评估、基因组分布和保存。(A类)不同CMfinder评分（pscore）截止值和GC含量区间的CRS平均FDR。FDR计算基于SISSIz（Gesell and Washietl 2008）模拟线形。在pscore截止值40和50之间观察到的FDR大幅下降促使我们基于pscore≥50的所有进一步分析。涵盖所有GC含量范围的平均FDR为15.8。(B类)CRS区域线形的GC含量。(C类)脊椎动物生物型和先前计算RNA结构筛选的CRS区域折叠富集（蓝色）。(D类)生物型的绝对CRS区域覆盖率。(E类)CRS区域相对于非编码生物型的相对位置表现为箱子中CRS区域的折叠富集，每个特征（UTR或基因）长度的5%（仅考虑外显子）。5′UTR和lncRNAs的结构数量从5′减少到3′的趋势很常见。(F类)100种树中保存的CRS数量。(G公司)系统发育树中17个代表基因组CRS区域比对的平均成对序列一致性（SI）。(H（H）)重新定线（根据Torarinsson等人2008年的计算）将17种MULTIZ定线块（hg18）与CRS区域相应的基于结构的定线进行了比较（从我们的100种/hg38结果中提取的17向子定线，如方法中所述）。(我)CRS区域线形的物种数量。在B类,G公司、和我中，GC含量最高的CRS、SI和物种数分别用作CRS区域的代表H（H）最低重新定线的CRS用作代表。中的生物型G公司,H（H）、和我按中位数SI排序。
人和小鼠的体外RNA结构探测显示CRS M1695693的保守结构。FDR为11.0%，9个物种的SI（从17个物种的树中过滤）结构比对为48%（人与鼠之间为45%）。CRS位于主页2（负股）和WHAMM公司（加绞线；第15:8284671–82846804章）。它与DNase超敏位点（DHS）（ENCODE）重叠，并具有增强子的典型染色质特征，即H3K4me1富集和H3K4me3减少富集，这些都是转录调控区的指标。然而，来自FANTOM5的CAGE数据并不支持这一假设；相反，poly（A）位点簇（Gruber et al.2016）建议延长3′UTR主页2. (A类)基因组轨迹。(B类)结构探测可用于人类和小鼠，其中红色标记碱基配对核苷酸（ds），绿色和蓝色标记单链核苷酸（ss）。(C类)CMfinder的结构比对，预测了一致性RNA的二级结构，并预测了人类和小鼠的个体结构作为点框符号。探测结果通过颜色代码与计算机预测结果重叠。
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CRS的覆盖和表达…
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基因调控区中CRS区域的覆盖和表达。数字是三…
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基因调控区中CRS区域的覆盖和表达。图中的三行描述了（1）增强器周围的区域(A类–D类)（2）mRNAs/lncRNAs的最远端TSS(E类–H（H）)和（3）mRNAs/lncRNAs最远端3′端(我–K（K）)分别是。(A类,E类,我)这些特征附近CRS区域的绘图密度：50-bp窗口中的计数由特征数量归一化。“预测”曲线（橙色）反映所有CRS区域；“转录”曲线（蓝色）反映了未标记转录边界支持的子集。下部子面板显示了这些预测的估计FDR（平均值，SD）。所有其他面板均基于“转录”子集；有关详细信息，请参阅方法部分“基因调控区的定义”和补充图S11总之，表达式基于以下内容：(B类,C类)CAGE TSS靠近增强器(F类,G公司)CAGE TSS上游反义w.r.t.mRNA/lncRNA，以及(J,K（K）)活性poly（A）位点下游感测w.r.t mRNA/lncRNA。“结构化”/“CRS”表示重叠CRS的区域；“非结构化”/“无CRS”则不行。（B）,C类,F类,G）胎儿人类小脑中的总RNA-seq（实验ENCSR000AEW的技术复制品2；ENCODE 3期）。(J,K）人脑多聚（A）RNA-seq（HBM）。(B类,F类,J)表达水平以交叉实验相对对数表达规范化（CPM/RLE）后的百万计数为单位。(C类,G公司,K（K）)表达结构化（CRS）与非结构化区域（无CRS）的GC含量和相位坐标（来自100种MULTIZ比对）。表达区域由经验定义P（P）-值<0.01且CPM/RLE≥1。(D类,H（H）)如Andersson等人（2014b）所述，ENCODE HeLa DHS的转录稳定性，以及结构化（CRS）和非结构化区域（无CRS）的GC含量。奇数比量化了稳定性与CRS重叠的关联程度。
