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.2017年6月；6(6):1154-1164.

doi:10.1002/cam4.1047。 Epub 2017年4月26日。

三种ncRNA表达特征与胃癌患者预后的关系

彭松¹, 薄江¹, 刘志坚¹, 杰丁¹, 宋柳¹, 文县关¹

附属机构

PMID： 28444881
预防性维修识别码：项目编号：5463065
内政部： 10.1002/摄像机4.1047

三种ncRNA表达特征与胃癌患者预后的关系

彭松等。癌症医学. 2017年6月.

.2017年6月；6(6):1154-1164.

doi:10.1002/cam4.1047。 Epub 2017年4月26日。

作者

彭松¹, 薄江¹, 刘志坚¹, 杰丁¹, 宋柳¹, 文县关¹

附属

¹中国南京市中山路321号南京大学医学院附属医院南京鼓楼医院普外科，邮编210008。

PMID： 28444881
预防性维修识别码：项目编号：5463065
内政部： 10.1002/摄像机4.1047

摘要

长非编码RNA（lncRNAs）已成为基因调控的重要参与者。越来越多的lncRNA被发现与胃癌的生物发生和预后有关。我们的目的是开发一种lncRNA标志物，对GC的生存结果具有预测价值。使用lncRNA挖掘方法，我们分析了基因表达综合征（GEO）中492名GC患者的lncRNA表达谱，该综合征由GSE62254组（N=300）和GSE15459组（N=192）组成。评估lncRNAs表达与生存结果之间的关系。一组三种lncRNA（LINC01140、TGFB2-OT1和RP11-347C12.10）与总生存率显著相关。然后将这些lncRNA结合起来形成一个单一的预后标志。根据这三个ncRNA表达特征，GSE62254集合中的患者被分为高风险和低风险亚组，总体生存率（危险比[HR]=1.93，P<0.001）和无病生存率（HR=1.91，P<0.0001）存在显著差异。GSE15459数据集证实了该lncRNA特征预测值的良好再现性。进一步分析表明，该特征的预后价值与某些临床特征无关。基因集富集分析表明，高危评分与肿瘤转移的几种分子途径呈正相关。我们的结果表明，基于生物信息学分析，这种创新的lncRNA表达特征可能是GC患者预后的有用生物标记物。

关键词：胃癌；LncRNA；预后。

©2017作者。John Wiley&Sons Ltd.出版的《癌症医学》。

PubMed免责声明

数字

图1
建立风险评分模型并测试其预测值的分析流程图。GEO，基因表达总览；GSEA，基因集富集分析；ROC，接收器操作特性。

图2
在GSE62254数据集中分析了三种lncRNA风险评分、患者生存状态和lncRNA表达特征的分布(N个 = 300). （A） LncRNA风险评分分布；（B）患者的总体生存状态和时间；（C）患者的无病生存状态和时间；（D） lncRNA表达谱的热图。行表示lncRNA，列表示患者。黑色虚线代表lncRNA风险评分中位数，将患者分为低风险组和高风险组。

图3
Kaplan–Meier使用3‐lncRNA特征估计患者的生存率。（A） GSE62254组总生存率的Kaplan-Meier曲线(N个 = 300); （B） GSE62254组无病生存率的Kaplan-Meier曲线(N个 = 300); （C） GSE15459组总生存率的Kaplan–Meier曲线(N个 = 192).

图4
GSE62254集合中三个lncRNA签名的性能评估。（A）基因集富集分析使用Cytoscape描绘与风险评分相关的生物途径。每个节点代表一个丰富的基因集，根据相关基因集的相似性对其进行分组和注释；（B）四种典型的癌症相关途径；（C）不同TNM分期患者的风险评分。

图5
通过三种lncRNA、年龄和TNM分期对GSE62254数据集中预测无病生存期的敏感性和特异性进行受试者操作特征分析。（A）LINC01140（链接01140）,TGFB2‐OT1型、和RP11‐347C12.10以及三种lncRNA风险评分；（B）年龄、TNM分期、三lncRNA风险评分、lncRNA危险评分与TNM分期相结合。

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