跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2017年1月4日；45（D1）：D730-D736。
doi:10.1093/nar/gkw1073。 Epub 2016年11月28日。

小鼠基因表达数据库（GXD）：2017年更新

杰奎琳·H·芬格 1, 康斯坦斯·史密斯 1, 特里·F·哈亚米祖 1, Ingeborg J McCright公司 1, 徐静霞 1, 梅耶定律 1, 大卫·R·肖 1, 理查德·巴尔达雷利 1, 乔恩·斯比尔 1, 奥林·布洛吉特 1, 杰夫·W·坎贝尔 1, 洛里·科尔巴尼 1, 吉尔·R·刘易斯 1, Kim L Forthofer先生 1, 皮特·J·弗罗斯特 1, 莎伦·吉安纳托 1, 露西·N·哈钦斯 1, 戴夫·米尔斯 1, 豪伊·莫滕科 1, 凯文·斯通 1, Janan T Eppig公司 1, 詹姆斯·卡丁 1, 乔尔·理查德森 1, 马丁·林沃尔德 2
附属公司

小鼠基因表达数据库（GXD）：2017年更新

杰奎琳·H·芬格等。 核酸研究. .

摘要

基因表达数据库（GXD；www.informations.jax.org/Expression.shtml）是一个广泛且管理良好的小鼠发育表达信息社区资源。通过收集科学文献并与大规模表达项目合作，GXD收集并整合了RNA原位杂交、免疫组织化学、RT-PCR、northern印迹和western印迹实验的数据。包括野生型和突变型小鼠的表达数据。表达数据与小鼠基因组信息学（MGI）中的遗传和表型数据相结合，并便于多种类型的数据库搜索。目前，GXD包含150多万个表达结果和30多万张图像，所有这些都用详细和标准化的元数据进行了注释。自2014年的上次报告以来，我们添加了大量数据，增强了数据和数据库基础设施，并实现了许多新的搜索和显示功能。界面增强包括：一个新的鼠标发育解剖浏览器；交互式组织-基因矩阵视图；过滤和排序表达式数据摘要的功能；批量搜索实用程序；基于基因的表达综述；以及其他物种表达数据的链接。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
分析细节页面——注释性表达数据显示了引文信息、基因和实验信息，如分析类型、探针可视化方法和探针细节链接。页面的结果部分包括解剖结构的表达水平和模式（使用鼠标发育解剖学本体进行注释）。如果可用，图像窗格将伴随结果注释。通过单击结果表中的图像或链接，可以在完整图形的上下文中查看窗格。标本信息包括年龄、遗传背景和标本制备方法。通过展开“更多”切换（红色圆圈和箭头指示的方框区域）可以查看更多详细信息。如果样本来自突变小鼠，则显示官方等位基因名称，并链接到MGI中该等位基因的所有信息，包括该特定小鼠突变的所有其他表达数据。
图2。
图2。
鼠标发育解剖浏览器分为解剖搜索、解剖术语详细信息和解剖树视图三个部分，用户可以快速查找术语并探索鼠标解剖本体。如术语详细信息部分所示，单个结构可以有多个父结构鳃弓内胚层“有父术语“胚胎内胚层”和“鳃弓”）。EMAPA解剖本体术语以与时间无关的“抽象”版本表示（如Theiler阶段的“Present at”范围所示）。可以选择单个泰勒分期，以在时间相关层次结构（方框区域，蓝色箭头）的上下文中查看解剖术语。在解剖树视图中，所选术语突出显示，用户可以通过切换上下浏览树。提供了指向所选解剖结构的表达式结果摘要的链接（红色箭头）。
图3。
图3。
交互式矩阵视图——Tissue-by-Stage（左）和Tissue-by-Gene（右）矩阵是表达数据的交互式概览，可沿组织轴展开（参见红色箭头）以查看更详细的解剖结构和相关表达数据。使用左上角按钮访问的图例解释了颜色和符号。单击任一矩阵视图中的单个单元格，将打开该单元格中表示的数据的摘要窗口（在Tissue-by-Gene matrix中以白色箭头显示）。要进行筛选，请选择单独的行和列（由选中标记指示，并在Tissue by Stage Matrix（按阶段组织矩阵）上高亮显示），然后使用位于左上角的filter（筛选）按钮。
图4。
图4。
GXD表达数据摘要-表达搜索结果的视图（用红色箭头表示）可用：基因、分析、分析结果、图像（显示；用蓝色框表示的选项卡）、组织x阶段矩阵和组织x基因矩阵。可以使用过滤器（红框）对数据集进行优化，包括解剖系统、分析类型、，检测？（是或否），泰勒舞台和野生型？（或变种）。应用时，这些过滤器（以及矩阵视图上的行/列过滤器）将传播到所有数据摘要。摘要中的许多列都可以使用排序选项。红色圆圈表示图像摘要上可用的新样本类型分类，其中图像可以分类为整个装载或部分等。基因摘要和分析结果摘要具有下载或导出选项，用于进一步分析表达数据。此处显示的数据摘要来自以下查询：“位于基因组区域chr6:8600000-14200000的哪些基因在小鼠发育的E7-8.5阶段的生殖层中表达？”，从而说明了候选基因搜索的用例。
图5。
图5。
MGI基因详细页面的表达部分——解剖术语网格提供了基因表达数据的高级概述。此图显示了该基因的概述Gbx2。蓝色细胞表示在野生型中检测到表达。灰色三角形表示野生型或突变样本的表达数据中没有表达。单击网格中的单个单元格，查看单个高级解剖结构的逐层组织矩阵。单击矩阵图标，查看所有高级解剖结构的逐层组织矩阵。还包括指向其他摘要的链接，例如图像或分析结果。也可以链接到外部资源中的基因表达数据。这些包括到其他小鼠（艾伦研究所、GENSAT、GEO、Expression Atlas）和脊椎动物（GEISHA、Xenbase、ZFIN）数据库的链接。
图6。
图6。
统一的数据库接口-GXD为小鼠发育表达数据提供了许多入口点，例如通过基因表达数据查询表、小鼠发育解剖学浏览器或MGI基因详细信息页面。所有这些入口点都会导致相同的多选项卡摘要。用户可以对数据进行过滤、排序和交互优化，下载数据进行进一步分析，并从多个不同的角度查看详细信息和图像。
请参阅PMC中的此图片和版权信息

类似文章

  • 小鼠基因表达数据库（GXD）：2021年更新。
    Baldarelli RM、Smith CM、Finger JH、Hayamizu TF、McCright IJ、Xu J、Shaw DR、Beal JS、Blodgett O、Campbell J、Corbani LE、Frost PJ、Giannatto SC、Miers DB、Kadin JA、Richardson JE、Ringwald M。 Baldarelli RM等人。 《核酸研究》2021年1月8日；49（D1）：D924-D931。doi:10.1093/nar/gkaa914。 核酸研究2021。 PMID：33104772 免费PMC文章。
  • 小鼠基因组信息学（MGI）是国际实验室小鼠信息资源。
    Law M，Shaw博士。 Law M等人。 方法分子生物学。2018;1757:141-161. doi:10.1007/978-1-4939-7737-67。 方法分子生物学。2018 PMID：29761459 审查。
  • GXD：小鼠基因表达数据的社区资源。
    Smith CM、Finger JH、Hayamizu TF、McCright IJ、Xu J、Eppig JT、Kadin JA、Richardson JE、Ringwald M。 Smith CM等人。 哺乳动物基因组。2015年8月；26(7-8):314-24. doi:10.1007/s00335-015-9563-1。Epub 2015年5月5日。 哺乳动物基因组。2015 PMID：25939429 免费PMC文章。
  • 小鼠发育基因表达数据库（GXD）：将发育表达信息放在指尖。
    Smith CM、Finger JH、Kadin JA、Richardson JE、Ringwald M。 Smith CM等人。 开发动态。2014年10月；243(10):1176-86. doi:10.1002/dvdy.24155。Epub 2014年7月4日。 开发动态。2014 PMID：24958384 免费PMC文章。 审查。
  • 小鼠基因表达数据库（GXD）：2014年更新。
    Smith CM、Finger JH、Hayamizu TF、McCright IJ、Xu J、Berghout J、Campbell J、Corbani LE、Forthofer KL、Frost PJ、Miers D、Shaw DR、Stone KR、Eppig JT、Kadin JA、Richardson JE、Ringwald M。 Smith CM等人。 核酸研究，2014年1月；42（数据库问题）：D818-24。doi:10.1093/nar/gkt954。Epub 2013年10月25日。 核酸研究2014。 PMID：24163257 免费PMC文章。
查看所有类似文章

引用人

查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Ringwald M.、Baldock R.、Bard J.、Kaufman M.、Eppig J.T.、Richardson J.E.、Nadeau J.H.、Davidson D.老鼠发育数据库。科学。1994;265:2033–2034.-公共医学
    1. Ringwald M.、Mangan M.E.、Eppig J.T.、Kadin J.A.、Richardson J.E.GXD：实验室小鼠的基因表达数据库。基因表达数据库组。1999年《核酸研究》；27:106–112.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Bult C.J.、Eppig J.T.、Blake J.A.、Kadin J.A.、Richardson J.E.，小鼠基因组数据库组2016年小鼠基因组数据库。2016年《核酸研究》；44：D840–D847。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Smith C.M.、Finger J.H.、Hayamizu T.F.、McCright I.J.、Xu J.、Eppig J.T.、Kadin J.A.、Richardson J.E.、Ringwald M.GXD：小鼠基因表达数据的社区资源。妈妈。基因组。2015;26:314–324.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Drabkin H.J.、Christie K.R.、Dolan M.E.、Hill D.P.、Ni L.、Sitnikov D.、Blake J.A.比较生物学在GO功能注释中的应用：小鼠模型。妈妈。基因组。2015;26:574–583.-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型