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.2008年12月9日;4(12):1996-2000.
doi:10.1021/ct800308k。 Epub 2008年11月19日。

生物分子非共价相互作用中M05-2X和M06-2X交换相关功能的性能评估

附属公司

生物分子非共价相互作用中M05-2X和M06-2X交换相关功能的性能评估

爱德华·G·霍恩斯坦等。 化学理论计算杂志. .

摘要

Zhao和Truhlar开发的高度参数化的经验交换相关泛函M05-2X和M06-2X已被证明比目前常用的密度泛函更好地描述非共价相互作用。然而,这些方法还没有完全针对生物分子中重要的相互作用类型进行基准测试。M05-2X和M06-2X据称捕获了“中等范围”的电子关联;然而,这些官能团忽略的“长程”电子关联在非共价配合物的结合中也很重要。在这里,我们测试了JSCH-2005数据库中的核酸碱基对M05-2X和M06-2X。以CCSD(T)结合能为基准,将这些泛函的性能与非经验密度泛函PBE的性能进行比较,并与PBE加Grimme经验色散校正PBE-D的性能进行对比,与M05-2X或M06-2X相比,PBE-D为JSCH-2005数据库提供了更准确的平均交互能量。然而,对于堆叠碱基对之间的相互作用,M06-2X确实比PBE-D表现得更好。

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