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.2016年1月4日;44(D1):D646-53。
doi:10.1093/nar/gkv1227。 Epub 2015年11月17日。

用于比较假单胞菌基因组数据库中数千个假单胞杆菌基因组的增强注释和特征

附属公司

用于比较假单胞菌基因组数据库中数千个假单胞杆菌基因组的增强注释和特征

杰弗里·温莎等。 核酸研究. .

摘要

假单胞菌基因组数据库(http://www.pseudomonas.com网站)众所周知,它应用基于社区的注释方法生成高质量的铜绿假单胞菌PAO1基因组注释,并促进与其他假单胞杆菌菌株的全基因组比较分析。为了帮助分析潜在的数千个完整和草图基因组集合,该数据库和分析平台进行了升级,以集成精心策划的基因组注释,并使用增强的工具分离元数据,以便进行更大规模的比较分析和可视化。人工管理的基因注释得到了改进的计算分析的补充,这些分析有助于识别假定的药物靶点和疫苗候选,或通过识别同源基因、病原体相关基因和基因组岛来帮助进化研究。数据库模式已经更新,以集成隔离元数据,这将有助于未来跨数据集进行更强大的基因组分析。我们继续强调通过定期审查科学文献和使用基于社区的方法,为基因注释提供高质量的更新,包括为基因分配高质量基因本体术语的主要新假单胞菌社区倡议。随着我们从数千个基因组中进一步扩展,我们计划提供增强功能,以帮助全基因组比较研究产生的数据可视化和分析,包括更多的泛基因组和基于人群的方法。

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数字

图1。
图1。
针对特定注释类型定制的全基因组数据增强显示的代表性视图。在这个例子中,基因本体(GO)术语注释铜绿假单胞菌PAO1可以定制,以根据特定GO术语或证据类型(例如基于GO或ECO证据代码)提供不同的数据子集。结果可以下载为GO Annotation File 2.0格式,适用于下游应用程序,包括差异表达式分析。
图2。
图2。
通过植入GMOD的JBrowse查看器的假单胞菌基因组数据库,可以看到广泛的基因组特征。此示例显示了包含对应于注释的符号的上轨迹铜绿假单胞菌PAO1基因,一个中间的XY-plot轨迹表示基于索引bam文件的RNA-Seq覆盖,一个较低的轨迹包含来自同一文件的单个读取的对齐。用户还可以打开并查看自己的RNA-Seq数据、变体文件和GFF3注释,以及通过该网站公开的其他最新基因组特征。通过界面提供的所有数据都可以在浏览器中进一步自定义或以一系列不同格式下载。

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引用人

工具书类

    1. Mathee K.、Narasimhan G.、Valdes C.、Qiu X.、Matewish J.M.、Koehrsen M.、Rokas A.、Yandava C.N.、Engels R.、Zeng E.等。铜绿假单胞菌基因组进化动力学。程序。国家。阿卡德。科学。美国2008年;105:3100–3105.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Klockgether J.、Cramer N.、Wiehlmann L.、Davenport C.F.、Tummler B.铜绿假单胞菌基因组结构和多样性。前面。微生物。2011;2:150.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Winsor G.L.、Lam D.K.、Fleming L.、Lo R.、Whiteside M.D.、Yu N.Y.、Hancock R.E.、Brinkman F.S.假单胞菌基因组数据库:改进了假单胞杆菌基因组的比较分析和群体基因组学能力。核酸研究2011;39:D596–D600。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Stover C.K.、Pham X.Q.、Erwin A.L.、Mizoguchi S.D.、Warrener P.、Hickey M.J.、Brinkman F.S.、Hufnagle W.O.、Kowalik D.J.、Lagrou M.等。铜绿假单胞菌PA01(一种机会性病原体)的完整基因组序列。自然。2000;406:959–964.-公共医学
    1. Brinkman F.S.、Hancock R.E.、Stover C.K.排序解决方案:使用通过互联网组织的志愿者注释器。自然。2000;406:933.-公共医学

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