跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息,确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https(https)://确保您连接到官方网站,并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2015年8月1日;31(15):2577-9.
doi:10.1093/bioinformatics/btv184。 Epub 2015年3月29日。

ExaML版本3:超级计算机系统发育分析工具

附属机构

ExaML版本3:超级计算机系统发育分析工具

阿列克谢·科兹洛夫等。 生物信息学. .

摘要

动机:系统发育学越来越多地应用于医学和生物研究的所有领域。由于下一代测序革命,用于进行系统发育分析的数据集以前所未有的速度增长。我们提供ExaML版本3,这是一个专用的生产级代码,用于使用超级计算机推断全转录组和全基因组比对的系统发育。

结果:我们介绍了对ExaML的几项改进和扩展:替代模型和支持的数据类型的扩展、新型负载平衡算法的集成以及显著提高并行效率的并行I/O优化,以及针对基于Intel MIC的硬件平台的生产级实现。

PubMed免责声明

类似文章

引用人

工具书类

    1. Felsenstein,J.(2004)推断系统发育。马萨诸塞州桑德兰市西诺联合公司。
    1. Jarvis E.D.等人。(2014)全基因组分析解决了现代鸟类生命树的早期分支。《科学》,3461320-1331。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Kobert K.等人。(2014)可分割负载平衡问题及其在系统发育推断中的应用。收录:Brown D.,Morgenstern B.(编辑)《生物信息学中的算法》,计算机科学讲稿第8701卷。柏林施普林格出版社,第204-216页。
    1. Kozlov A.M.等人。(2014)高效计算Intel MIC架构上的系统发育似然函数。摘自:并行分布式处理研讨会(IPDPSW),2014年IEEE国际,IEEE计算机学会,华盛顿特区,凤凰城,亚利桑那州,第518-527页。
    1. Le S.Q.等。(2012年)利用几个氨基酸替换矩阵(取决于位点速率)模拟蛋白质进化。分子生物学。演变。,29, 2921–2936.-公共医学

出版物类型