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.2015年6月15日;31(12):2035-7.
doi:10.1093/bioinformatics/btv057。 Epub 2015年2月5日。

NxTrim:Illumina配对读数的优化修剪

附属公司

NxTrim:Illumina配对读数的优化修剪

杰瑞德·奥康奈尔等。 生物信息学. .

摘要

动机:配对协议通过增加每对读取跨越的基因组距离,增加了配对测序的效用,可能允许桥接和解析更大的重复。Illumina Nextera Mate Pair(NMP)协议使用基于循环的策略,留下38-bp适配器序列,必须通过计算从数据中删除这些序列。虽然“适配器修剪”是生物信息学的一个研究领域,但现有工具并没有充分利用NMP数据的特定属性,并且丢弃了多余的数据。

结果:我们介绍了NxTrim,这是一种努力从NMP读取中丢弃尽可能少的序列的工具。NxTrim充分利用适配器站点两侧的序列来构建配对对、配对读取和单端读取的“虚拟库”。对于细菌数据,我们表明聚合这些数据集允许单个NMP库生成一个程序集,其质量优于常规成对读取获得的程序集。

可用性和实施:源代码位于https://github.com/sequeencing/NxTrim

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