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.2015年3月；25(3):445-58.
doi:10.1101/gr.185579.114。 Epub 2015年1月14日。

果蝇基因组的Release 6参考序列

罗杰·霍斯金斯 1, 约瑟夫·卡尔森 2, 肯尼思·H·万 2, 秀朴（Soo Park） 2, 伊冯·门德斯 2, 塞缪尔·盖尔 2, 本杰明·W·布斯 2, 巴雷特·德·普菲弗 三, 里德·A·乔治 三, 罗伯特·斯维尔斯卡斯 三, 马丁 4, 杰奎琳·谢恩 4, 玛丽亚·卡梅拉·阿卡多 5, 伊丽莎白·达米亚 5, 乔瓦尼·梅西纳 5, 玛丽亚·曼德斯·拉戈 6, 比阿特丽斯·德·巴勃罗斯 6, 奥尔加五世·德马科娃 7, 叶甫根尼亚·N·安德烈耶娃 7, Lidiya V Boldyreva公司 7, 马可·马拉 4, 伯纳多·卡瓦略 8, 帕特里齐奥·迪米特里 5, 阿尔弗雷多·维拉桑特 6, 伊戈尔·F·日穆列夫 9, 杰拉尔德·M·鲁宾 三, 加里·卡彭 10, 苏珊·塞尔尼克 1
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果蝇基因组的Release 6参考序列

罗杰·霍斯金斯等人。 基因组研究. 2015年3月.

摘要

果蝇在遗传、发育、代谢、行为和人类疾病的分子、遗传和基因组研究中发挥着重要作用。十多年前报道的初始参考基因组序列对果蝇研究的进展产生了深远的影响，提高该序列的准确性和完整性对进一步的进展仍然很重要。我们之前描述了使用全基因组鸟枪组装、BAC物理绘图和克隆修饰改进基因组常染色部分的117-Mb序列和异染色部分的21Mb序列。在这里，我们报告了基因组单拷贝和中间重复区域的改良参考序列，该序列是通过有丝分裂和多烯染色体的细胞遗传学定位、基于克隆的整理和BAC指纹验证、通过与cDNA序列对齐对支架进行排序、合并其他图和序列数据、，并通过全基因组光学限制性映射进行验证。这些数据大大提高了参考序列的准确性和完整性，以及序列支架进入染色体臂组件的顺序和方向。Y染色体和其他异色区的表现尤其得到改善。新的143.9-Mb参考序列命名为Release 6，有效地耗尽了基于克隆的绘图和测序技术。高度重复丰富的区域，包括大型卫星区块和功能元件，如核糖体RNA基因和着丝粒，在当前的测序和组装方法中基本上无法实现，并且仍然缺乏代表性。进一步的重大改进需要测序技术，这些技术不依赖于分子克隆，并且能够产生很长的读取时间。

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数字

图1。
图1。
BACs在有丝分裂和多丝染色体上的FISH定位。(A–C)BAC荧光杂交信号（红色，DAPI染色的有丝分裂染色体上的黄色）（蓝色）如图所示伪彩色图像。箭头表示细胞遗传学图中的编号分区有丝分裂染色体的着丝粒周围和着丝粒中心异染色质。比例巴(A类)表示3µm。(A类)BACR18B19型表示之前未映射的版本5脚手架AABU01001089，并映射到分区h26X（X）染色体。(B类)CH221-23H11（红色）表示释放5臂X序列的近端，和CH223-33C13（黄色）代表释放5 XSet的远端脚手架CP000208。它们的信号在h26p-h27中重叠；“p”表示细胞遗传学分区h26中的近端位置。(C类)CH223-01L14表示之前未映射的版本5个脚手架AABU01002700、AABU010020715和AABU01001895h11-h14上的信号Y（Y）染色体。长臂（YL）和短臂（YS）Y（Y）染色体显示。(D–G型)BAC和基因荧光杂交信号（红色，绿色）在w个4米，苏尔Su（变量）3-906DAPI染色应变（蓝色）。比例尺(D类)表示3µm。(D类)BACR11F21（红色）和BACR30J23（绿色）表示相反释放5支架CP000188的末端，并映射到区域的近端部分染色体臂2R中心周围异染色质中的41A。BACR30J23定位在BACR11F21的远端，确定支架的方向。(E类)BACR06D11（红色）表示之前未映射的版本5脚手架CP000194并定位于公元前20年的X（X）染色体，近端到DIP1型（绿色）在20A中。(F类)BACR18B19（绿色）表示之前未映射的版本5脚手架AABU01001089，以及位于公元前20年地区，远至CG14621号（红色）20C。(G公司)BACR06D11和BACR18B19信号重叠，但最强BACR06D11信号位于最强BACR18B19信号的远端，表明它们的相对顺序。序列整理表明这些BAC相互重叠40kb。
图2。
图2。
Release 6染色体臂序列。释放装置示意图6条染色体臂序列（水平白条）。之间的边界显示了每只手臂上的常染色质和着丝粒周围异染色质（Riddle等人，2011年）（红色垂直线）。序列支架之间的克隆间隙（垂直黑线）标记为它们在多基因染色体图上的细胞遗传学位置。(下方)彩色编码表示序列在每个基于BAC的序列最终确定为：版本3（灰色），版本4（绿色）、版本5（紫色）、版本6（黑色）。在中完成的序列显示了基于WGS3的脚手架（蓝色）。
图3。
图3。
肌球蛋白81F将五个Release 6序列脚手架链接到着丝粒周围异染色质。(A类)cDNA MIP31562定义一种新基因肌球蛋白81F在染色体臂3R的着丝粒周围异染色质。使用cDNA序列组装五个Release 5 BAC contigs，三个未映射（白色框）和3RHet上的两个（阴影框），分成一系列有序和定向的五个释放6个顺序脚手架（补充图S14，3RHet.9-13）。支架之间的四个未调整大小的克隆间隙用双倍表示对角线和基因内含子内的映射。MIP31562为6604 bp in长度及其基因组比对定义了22个外显子。(B类)MIP31562的长ORF编码一个含有肌球蛋白运动结构域的2082-aa蛋白，三个IQ基序和两组MyTH4（肌球蛋白尾部同源4）、泛素（UBQ）、FERM（4.1蛋白、Ezrin、Radixin和Moesin）和PH类（Pleckstrin同源）域。UBQ和FERM域一起是称为多域频带4.1（B41）（Sellers 2000）。
图4。
图4。
Release 6组件中的基因Y（Y）染色体。这个长型（YL）和短型有丝分裂细胞遗传学图上的基因位置（YS）臂Y（Y）染色体显示。染色体被划分为25个异色区，h1到h25，以及位置着丝粒（C）的位置。高度重复的位置序列块位于苏（Ste）14HT卫星轨迹，显示了18HT卫星和rDNA位点。新基因在Release 6组件中表示的是Pp1-Y1，多囊蛋白相关-Y（PRY）、醛还原酶Y（ARY）、WD40 Y（WDY）、，公然犯罪Y（FDY），Mst35Y，Mst77FY1-18，和线圈Y（CCY）以及部分代表版本5和版本6中的完整表示是男性生育能力因子kl-5（kl-5）、男性生育因子kl-3（kl-3）、男性生育力系数kl-2（kl-2），Ppr-Y，Pp1-Y2，和闭塞相关Y（Y）(土耳其）. TheFDY公司基因已经暂定于h16区。基因的细胞遗传学图位置文中注明了引文。
图5。
图5。
全基因组光学限制法测量三个常染色克隆间隙映射。Rel6基因序列与全基因组的比对序列间克隆间隙的光学限制图（Contig）脚手架（箭头）如图所示。对齐的NheI限制片段（阴影方框）、未对齐片段（白色方框）和对齐点（线条连接序列和地图中的NheI限制位点）。常染色克隆缺口位于(A类)2R:57B，(B类)3L:64C，以及(C类)4:102F跨度为全基因组图连接，提供缺口大小的估计值（补充表S3）。
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    Atinbayeva N、Valent I、Zenk F、Loeser E、Rauer M、Herur S、Quarato P、Pyrowolakis G、Gomez-Auli A、Mittler G、Cecere G、Erhardt S、Tiana G、Zhan Y、Iovino N。 Atinbayeva N等人。 EMBO J.2024年6月3日。doi:10.1038/s44318-024-00127-z。打印前在线。 EMBO J.2024。 PMID：38831123
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    1. Abad JP、Carmena M、Baars S、Saunders RD、Glover DM、Ludena P、Sentis C、Tyler-Smith C、Villasante A.1992年。十二碳卫星：来自果蝇着丝粒异染色质的一个保守的富含G+C的卫星。国家科学院院刊89:4663–4667。-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Abad JP、Agudo M、Molina I、Losada A、Ripoll P、Villasante A.2000。含有1.688个卫星DNA序列的着丝粒周围区域在果蝇的前中期染色体中显示出抗动粒抗体染色。分子遗传学264:371-377。-公共医学
    1. Abad JP、de Pablos B、Agudo M、Molina I、Giovinazzo G、Martin-Gallardo A、Villasante A.2004年A。果蝇Y染色体的基因组和细胞学分析：内部区域的端粒衍生序列。染色体113:295–304。-公共医学
    1. Abad JP、De Pablos B、Osoegawa K、De Jong PJ、Martin-Gallardo A、Villasante A.2004b。果蝇端粒的基因组分析：端粒处HeT-A和TART元件的全长拷贝。摩尔生物进化21:1613-1619。-公共医学
    1. Accardo MC，Dimitri P.，2010年。细菌人工染色体荧光原位杂交检测果蝇有丝分裂异染色质。方法分子生物学659:389-400。-公共医学

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