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.2015年1月15日；31(2):166-9.
doi:10.1093/bioinformatics/btu638。 Epub 2014年9月25日。

HTSeq——一个处理高通量测序数据的Python框架

西蒙·安德斯 1, 保罗·西奥多·派尔 1, 弗冈·胡贝尔 1
附属公司

HTSeq——一个处理高通量测序数据的Python框架

西蒙·安德斯等。 生物信息学. .

摘要

动机：高通量测序（HTS）数据分析中的许多标准任务都有大量工具可供选择。然而，一旦项目偏离了标准工作流，就需要自定义脚本。

结果：我们提供了HTSeq，一个Python库，以促进此类脚本的快速开发。HTSeq提供HTS项目中许多常见数据格式的解析器，以及表示数据的类，如基因组坐标、序列、测序读取、比对、基因模型信息和变量调用，并提供允许通过基因组坐标进行查询的数据结构。我们还介绍了htseq计数，这是一种使用htseq开发的工具，通过计数读数与基因的重叠，对RNA-Seq数据进行预处理，用于差异表达分析。

可用性和实施：HTSeq是根据GNU通用公共许可证作为开源软件发布的，可从网址：http://www-huber.embl.de/HTSeq或从位于的Python包索引https://pypi.python.org/pypi/HTSeq。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
(一)SAM_校准类作为HT序列数据记录：使用类（此处具有质量的序列和基因组间隔)也用于其他数据记录中，以提供关于不同数据类型的通用视图。(b条)雪茄字段中的SAM_校准对象以列表形式显示读取对齐的详细结构香烟经营这允许对复杂的对准结构进行方便的下游处理，例如由顶部的雪茄串给出并在中间示出的对准结构。五香烟经营带有表列插槽的对象（底部）提供来自雪茄串的数据，以及read（'query'）和reference中受影响区域的推断坐标
图2。
图2。
使用类基因组序列表示重叠的注释元数据。所指示的特征被分配给数组，然后数组在内部将它们表示为步骤，每个步骤都有一个集合作为值，其元素是对与步骤重叠的特征的引用
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