BloodChIP: a database of comparative genome-wide transcription factor binding profiles in human blood cells

doi:10.1093/nar/gkt1036

.2014年1月；42（数据库问题）：D172-7。

doi:10.1093/nar/gkt1036。 Epub 2013年10月31日。

BloodChIP：人类血细胞全基因组转录因子结合谱比较数据库

迭戈·查孔¹, 多米尼克·贝克, 迪尔米·佩雷拉, 杰森·W·H·王, 约翰·皮曼达

附属公司

PMID： 24185696
PMCID公司：项目经理3964976
内政部： 10.1093/nar/gkt1036

BloodChIP：人类血细胞全基因组转录因子结合谱比较数据库

迭戈·查孔等。核酸研究. 2014年1月.

.2014年1月；42（数据库问题）：D172-7。

doi:10.1093/nar/gkt1036。 Epub 2013年10月31日。

作者

迭戈·查孔¹, 多米尼克·贝克, 迪尔米·佩雷拉, 杰森·W·H·王, 约翰·皮曼达

附属

¹澳大利亚新南威尔士州悉尼新南威尔斯大学Lowy癌症研究中心和威尔士亲王临床学院，邮编2052。

PMID： 24185696
PMCID公司：项目经理3964976
内政部： 10.1093/nar/gkt1036

摘要

BloodChIP数据库(http://www.med.sundl.edu.au/CRCWeb.nsf/page/BloodChIP（网址：http://www.med.sundl.edu.au/CRCWeb.nsf/page/BloodChIP）)支持探索和可视化组合转录因子（TF）在人类CD34阳性细胞和其他正常和白血病细胞的特定位点上的结合，或检索目标基因集，用于跨一种或多种细胞类型的用户定义的TF组合。越来越多的全基因组TF结合谱被添加到公共存储库中，这一趋势可能会继续下去。为了让实验科学家充分利用这些数据集的威力，需要将这些数据放在上下文中，并便于下游应用程序访问。为此，我们建立了一个用户友好的数据库，其核心是人类干/祖细胞中七种关键造血TF的全基因组结合谱。将这些结合谱与正常分化细胞和白血病细胞的结合谱进行比较。我们将这些TF结合谱与染色质标记和正常和白血病细胞组分的表达数据整合在一起。所有查询都可以导出到外部站点，以构建TF-基因和蛋白质网络，并评估基因与细胞过程和组织表达的关联。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
BloodChIP数据库当前保存的数据和web界面功能的示意图。该数据库集成了TF-ChIP-seq、组蛋白-ChIP-seq、DNase I/数字基因组足迹（DGF）和表达微阵列数据。web界面提供了查询和可视化数据的方法，以及与外部数据库的进一步链接，以进行进一步的数据分析。

**图2。**
用于处理用于填充BloodChIP数据库的ChIP-seq数据集的ChIP-seq数据分析管道的示意图。管道的两个输出是用于在UCSC中可视化的基因组覆盖谱和转录因子结合位点的列表。

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