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.2012年6月15日；28(12):1647-9.
doi:10.1093/bioinformatics/bts199。 Epub 2012年4月27日。

Genieus Basic：用于组织和分析序列数据的集成和可扩展桌面软件平台

马修·基尔斯 1, 理查德·莫尔, 艾米威尔逊, 史蒂文·斯通-哈瓦斯, 张建宗, 谢恩·斯图罗克, 西蒙·巴克斯顿, 阿莱克斯·库珀, 西德尼·马科维茨, 克里斯·杜兰, 托比亚斯·蒂勒, 布鲁斯·阿什顿, 彼得·迈恩捷斯, 阿列克谢·德拉蒙德
附属公司

Genieus Basic：用于组织和分析序列数据的集成和可扩展桌面软件平台

马修·基尔斯等。 生物信息学. .

摘要

生物信息学的两个主要功能是利用计算资源组织和分析生物数据。Genieus Basic被设计为一个易于使用且灵活的桌面软件应用程序框架，用于组织和分析生物数据，重点关注分子序列和相关数据类型。它集成了许多业界标准的发现分析工具，并通过交互式可视化生成发布就绪图像。Geneius公共应用程序编程接口（API）是生命科学研究人员的一个重要贡献，它能够利用Geneius Basic软件平台的现有框架进行无限扩展和定制。结果是，由于开发人员可以通过公共API使用功能和图形用户界面，生命科学计算工具的开发速度和质量都有所提高。Genieus Basic是生物信息学界利用现有组件并集成其自身特定要求以发现、分析和可视化生物数据的理想平台。

可用性和实施：二进制文件和公共API可在上免费下载http://www.geneious.com/basic网站，以Java实现，在Linux、Apple OSX和MS Windows上受支持。该软件也可从Bio-Linux软件包存储库获得，网址为http://nebc.nerc.ac.uk/news/geneousonbl。

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数字

图1。
图1。
Genieus Basic软件堆栈的模块化概述。顶层模块依赖于下层模块。非阴影模块表示用于插件开发的公共可访问模块。
图2。
图2。
系统发育树显示来自未知来源的MT-CO1序列与类似公共序列的关系。使用BLAST从Genbank中鉴定序列。下载序列，然后使用Geneious Aligner和使用PhyML构建的系统发育树进行比对。所有这些步骤都是在Geneious Basic中执行的。
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