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.2012年5月；18(5):1029-40.
doi:10.1261/rna.032243.112。 Epub 2012年3月27日。

人类T细胞中受信号调节的选择性剪接网络

妮可·马丁内斯 1, 群攀, 布莱恩·科尔, 克里斯托弗·亚罗什, 格雷斯·A·巴布科克, 弗洛里安·海德, 朱威廉（William Zhu）, 桑迪亚·艾吉斯, 本杰明·布伦科, 克里斯汀·林奇
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人类T细胞信号调节的选择性剪接网络

妮可·马丁内斯等。 核糖核酸. 2012年5月.

摘要

生产性免疫反应的形成和执行需要活性T细胞的成熟和抗原激发后细胞活性的强烈变化。细胞功能的这种变化取决于蛋白质表达的调节变化。此前的研究主要集中于确定在T细胞成熟和抗原刺激期间调节蛋白表达的转录变化。在这里，我们全面分析了T细胞刺激期间基因调控的另一个关键过程，即选择性剪接。具体来说，我们使用RNA-seq分析鉴定了168个基因中的178个外显子，这些外显子在刺激人类T细胞系时表现出强烈的内含物变化。在T细胞刺激后，这些信号反应外显子在具有与免疫反应特别相关的功能注释的基因中显著富集，支持了选择性剪接的全球协调的重要作用。这些基因中的绝大多数在原始T细胞和激活的原代T细胞之间也表现出不同的选择性剪接。对培养的T细胞和原代T细胞中剪接对各种刺激的反应性进行比较，进一步揭示了至少三种不同的信号诱导选择性剪接事件网络。重要的是，我们发现每个调控网络都与不同的序列特征特别相关，这表明它们受独立的调控机制控制。因此，这些结果为阐明T细胞刺激期间选择性剪接的信号通路特异性调节机制提供了基础。

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数字

图1。
图1。
静息和PMA刺激的JSL1细胞中选择性剪接的RNA-seq和RT-PCR验证。(一)JSL1细胞亚型表达RNA-seq分析的工作流程。(B类)RNA-seq分析预测的基因的代表性RT-PCR在静止（−PMA）和刺激（+PMA）JSL1细胞中表现出不同的亚型表达。所示的可变外显子的包含百分比是至少三个独立实验的平均值。（*）我们量化中未包括的不可再生的隐秘拼接产品。(C类)RNA-seq计算的静息细胞与刺激细胞外显子内含物百分比差异图(年-轴）和RT-PCR(x-轴）。皮尔逊系数计算为0.894。
图2。
图2。
JSL1细胞中经历信号反应选择性剪接的基因被富集用于T细胞功能所需的活动。(一)通过IPA（Ingenuity Systems；网址：http://www.intenuity.com)用于功能类别。图中的类别显示了高于阈值的显著性[-log(P（P）-值）>1.5]，相对于在RNA-seq分析中检测到的11000个外显子富集。数字在上面条形图表示每个类别得分的基因数量。(B类)与相同一但对基因参与典型信号通路进行了分析。
图3。
图3。
CD4激活诱导剪接的分析+相对于JSL1细胞的原代细胞。(一)静止和PHA刺激CD4外显子内含物百分比变化的图示+细胞（紫色条）与静息状态和PMA刺激的JSL1细胞（灰色条）之间观察到的变化进行比较。通过RT-PCR计算外显子包含率差异，并从至少三个独立供体（CD4）中取平均值+)和/或实验（JSL1）。外显子进一步分为三类：（I）在两种细胞类型中反应相似（紫色），（II）在两个细胞类型中以相反的方式反应（蓝色），或（III）在PHA治疗CD4后无统计学显著变化+细胞。详见表1和表2。(B–D类)静息（−PHA）与刺激（+PHA）CD4亚型表达的代表性RT-PCR+初级T细胞，用于I类基因(B类)，二(C类)、或III(D类). 显示的可变外显子的包含百分比是至少三个独立实验的平均值。
图4。
图4。
JSL1细胞信号通路分析及其对选择性剪接的影响。(一)PMA和/或离子霉素处理JSL1细胞后诱导TNF-α表达。用RT-PCR测定TNF-αmRNA，并显示两次实验的平均值。(B类)在静止（灰色）、PMA刺激（红色）或离子粘蛋白刺激（蓝色）条件下生长的JSL1细胞中，通过流式细胞术测量CD69的细胞表面表达。(C类)离子霉素诱导的前25个PMA应答基因的选择性剪接分析。通过RT-PCR从至少三个独立实验中对离子霉素反应性进行量化，并将静息细胞和离子霉素刺激细胞之间的外显子内含物差异绘制为PMA刺激时观察到的剪接变化的百分比（PMA差异设置为100%）。(D类)JSL1与CD4细胞的信号通路模型，如选择性剪接反应所示。
图5。
图5。
信号反应选择性外显子之间的基序富集。(一)被确定为在第一类外显子中富集的基序逻辑和富集的e值(左边)以及位置和P（P）-在五个外显子中识别出的每个外显子的基序值(正确的). (B类)在I、II和III类外显子的侧翼内含子内识别的五个基序的徽标和相应的e值，以及每个基序所在基因的名称。补充图1提供了图案和位置的详细信息。
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