Coronavirus genomics and bioinformatics analysis

doi:10.3390/v2081803

.2010年8月；2(8):1804-1820.

doi:10.3390/v2081803。 Epub 2010年8月24日。

冠状病毒基因组学和生物信息学分析

帕特里克·C·Y·吴^1 2 三 4, 一黄⁴, 苏珊娜·K·P·刘^1 2 三 4, 袁国勇^1 2 三 4

附属公司

¹香港大学新发传染病国家重点实验室，香港。
²香港大学感染与免疫学研究中心，香港。
^三香港大学感染中心，香港。
⁴香港大学微生物学系，大学病理大楼，。

PMID： 21994708
预防性维修识别码：项目经理3185738
内政部： 10.3390/v2081803

冠状病毒基因组学和生物信息学分析

帕特里克·C·Y·吴等。病毒. 2010年8月.

.2010年8月；2（8）：1804-1820。

doi:10.3390/v2081803。 Epub 2010年8月24日。

作者

帕特里克·C·Y·吴^1 2 三 4, 一黄⁴, 苏珊娜·K·P·劳^1 2 三 4, 袁国勇^1 2 三 4

附属公司

¹香港大学新发传染病国家重点实验室，香港。
²香港大学感染与免疫学研究中心，香港。
^三香港大学感染中心，香港。
⁴香港大学微生物学系，大学病理大楼，。

PMID： 21994708
预防性维修识别码：项目经理3185738
内政部： 10.3390/v2081803

摘要

发现的冠状病毒数量急剧增加，冠状病毒基因组测序正在进行，这给我们提供了一个前所未有的机会，可以对这一病毒家族进行基因组学和生物信息学分析。在所有已知RNA病毒中，冠状病毒拥有最大的基因组（26.4至31.7 kb），G+C含量从32%至43%不等。在不同的冠状病毒谱系中，各种保守基因（ORF1ab、穗、包膜、膜和核衣壳）之间以及核衣壳基因下游存在不同数量的小ORF。在系统发育上，存在α冠状病毒、β冠状病毒和γmacoronavirus三个属，其中β冠状酶病毒由A、B、C和D亚群组成。第四个属Deltacoronavirus正在出现，包括球冠病毒HKU11、鹅口疮冠状病毒HKU12和慕尼黑冠状病毒香港U13。利用不同基因座进行的分子钟分析表明，人/果子狸SARS相关冠状病毒最近共同祖先的时间为1999-2002年，估计每年每个位点的替代率为4×10（-4）至2×10（-2）。冠状病毒重组在不同鼠肝炎病毒（MHV）株之间、不同传染性支气管炎病毒株之间、MHV和牛冠状病毒之间、猫冠状病毒（FCoV）Ⅰ型和产生FCoVⅡ型的犬冠状病毒间最为显著，人冠状病毒HKU1（HCoV-HKU1）的三种基因型之间。在冠状病毒中观察到密码子使用偏向，其中HCoV-HKU1表现出最极端的偏向，胞嘧啶脱氨和CpG抑制克隆的选择是形成冠状病毒密码子使用偏好的两个主要独立生物力量。

关键词：生物信息学；冠状病毒；基因组。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
不同属成员的基因组组织*冠状病毒科*家庭。PL1，木瓜蛋白酶样蛋白酶1；PL2，木瓜蛋白酶样蛋白酶2；木瓜蛋白酶；3CL，糜蛋白酶样蛋白酶；Pol，RNA依赖的RNA聚合酶；Hel，解旋酶；HE，血凝素酯酶；S、尖峰；E、包络线；M、膜；N、核衣壳。TGEV，猪传染性胃肠炎病毒（NC_002306）；猪呼吸道冠状病毒（DQ811787）；FCoV，猫冠状病毒（NC_012937）；HCoV-229E，人冠状病毒229E（NC_002645）；HCoV-NL63，人冠状病毒NL63（NC_005831）；猪流行性腹泻病毒（NC_003436）；Sc-BatCoV 512，*嗜斯科特菌属*蝙蝠冠状病毒512（NC_009657）；Rh-BatCoV-HKU2，*犀牛属*蝙蝠冠状病毒HKU2（NC_009988）；Mi-BatCoV-HKU8，*长翼蝠属*蝙蝠冠状病毒HKU8（NC_010438）；Mi-BatCoV 1A，*长翼蝠属*蝙蝠冠状病毒1A（NC_010437）；Mi-BatCoV 1B，*长翼蝠属*蝙蝠冠状病毒1B（NC_010436）；HCoV-OC43，人冠状病毒OC43（NC_005147）；BCoV，牛冠状病毒（NC_003045）；PHEV，猪血凝性脑脊髓炎病毒（NC_007732）；人类冠状病毒HKU1（NC_006577）；MHV、小鼠肝炎病毒（NC_006852）；ECoV，马冠状病毒（NC_010327）；SARSr-CoV，人SARS相关冠状病毒（NC_004718）；SARSr-Rh-BatCoV HKU3，SARS相关*犀牛属*蝙蝠冠状病毒HKU3（NC_009694）；Ty-BatCoV-HKU4，*扁颅蝠属*蝙蝠冠状病毒HKU4（NC_009019）；Pi-BatCoV-HKU5，*伏翼属*蝙蝠冠状病毒HKU5（NC_009020）；Ro-BatCoV-HKU9，*果蝠属*蝙蝠冠状病毒HKU9（NC_009021）；传染性支气管炎病毒（NC_001451）；TCoV，土耳其冠状病毒（NC_010800）；SW1，白鲸冠状病毒（NC_010646）；BuCoV HKU11、球冠病毒HKU11（FJ376620）；ThCoV HKU12、鹅口疮冠状病毒HKU12（NC_011549）；MunCoV HKU13，munia冠状病毒HKU13（NC_011550）。

**图2。**
具有完整基因组序列的冠状病毒RNA依赖性RNA聚合酶（Pol）的系统发育分析。该树采用邻接法构建，并用布雷达病毒多聚蛋白（YP_337905）生根。从1000棵树中计算引导值。Pol中包含1118个氨基酸位点。比例尺表示每20个氨基酸的估计取代数。冠状病毒的所有缩写与图1中的相同。

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1. ICTV病毒分类：2009年发布。在线可用：http://ictvonline.org/virusTaxonomy.asp？版本=2009（2010年8月1日访问）
1. Liu S，Chen J，Chen J.，Kong X，Shao Y，Han Z，Feng L，Cai X，Gu S，Liu M.从家养孔雀（Pavo cristatus）和水鸭（Anas）J Gen病毒中分离出禽传染性支气管炎冠状病毒。2005;86:719–725.-公共医学

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[4] Woo PC、Lau SK、Lam CS、Lai KK、Huang Y、Lee P、Luk GS、Dyting KC、Chan KH、Yuen KY。三种禽冠状病毒全基因组序列的比较分析揭示了一种新的3c组冠状病毒。《维罗尔杂志》。2009;83:908–917.-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Woo PC，Wang M，Lau SK，Xu H，Poon RW，Guo R，Wong BH，Gao K，Tsoi HW，Huang Y，Li KS，Lam CS，Chan KH，Zheng BJ，Yuen KY。三种新型2c组和2d组冠状病毒的12个基因组的比较分析揭示了独特的组和亚组特征。《维罗尔杂志》。2007;81:1574–1585.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Woo PC，Wang M，Lau SK，Xu H，Poon RW，Guo R，Wong BH，Gao K，Tsoi HW，Huang Y，Li KS，Lam CS，Chan KH，Zheng BJ，Yuen KY。三种新型2c组和2d组冠状病毒的12个基因组的比较分析揭示了独特的组和亚组特征。《维罗尔杂志》。2007;81:1574–1585.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] ICTV病毒分类：2009年发布。在线可用：http://ictvonline.org/virusTaxonomy.asp？版本=2009（2010年8月1日访问）

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[9] Liu S，Chen J，Chen J.，Kong X，Shao Y，Han Z，Feng L，Cai X，Gu S，Liu M.从家养孔雀（Pavo cristatus）和水鸭（Anas）J Gen病毒中分离出禽传染性支气管炎冠状病毒。2005;86:719–725.-公共医学

[10] Liu S，Chen J，Chen J.，Kong X，Shao Y，Han Z，Feng L，Cai X，Gu S，Liu M.从家养孔雀（Pavo cristatus）和水鸭（Anas）J Gen病毒中分离出禽传染性支气管炎冠状病毒。2005;86:719–725.-公共医学

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