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代谢综合征的双变量全基因组方法:STAMPEED联盟

阿尔迪·T·克拉亚等。 糖尿病. 2011年4月.

摘要

目的代谢综合征(MetS)被定义为伴随着血脂和糖代谢紊乱、中心性肥胖和高血压,增加了2型糖尿病和心血管疾病的风险。这项研究测试了具有多效性效应的常见遗传变异是否解释了定义代谢综合征的五种代谢表型之间的一些相关结构。研究设计和方法STAMPEED联合体的7项研究,包括22161名欧洲血统参与者,使用约250万个插补单核苷酸多态性(SNP)进行了代谢性状的全基因组关联分析。表型由国家胆固醇教育计划(NCEP)MetS成对组合标准定义。超过一对性状的NCEP阈值的个体被视为受到影响。结果20个常见变异与MetS或一对性状相关。进一步测试基因LPL、CETP、APOA5(及其簇)、GCKR(及簇)、LIPC、TRIB1、LOC100128354/MTNR1B、ABCB11和LOC100129150中的变异与个体质量和数量性状的相关性。16个顶级SNP(每个基因一个)中没有一个与两个以上的个体特征同时相关。其中11个变异体与MetS本身表现出名义关联。16个顶级SNP对数量性状的影响相对较小,共同解释了约9%的甘油三酯、5.8%的高密度脂蛋白胆固醇、3.6%的空腹血糖和1.4%的收缩压变异。结论对性状对的定性和定量多效性检验表明,这些性状中的一小部分协变量可以由报告的常见遗传变异来解释。

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数字

图1。
图1。
全基因组荟萃分析结果。箭头标记的基因座表示与MetS和/或个体二元双变量性状有显著关联的基因。每个子图举例说明了二元双变量meta分析结果或MetS meta分析的结果。每个子图中的虚线表示负log10的显著性阈值P(P)值7.01,对应于P(P)9.7*10的值−8(请参见补充数据). 括号中的基因名称注释了与该特定基因相近的变体。(该图的高质量彩色表示可在在线期刊上找到。)
图2。
图2。
MetS和双变量性状关联的荟萃分析中最显著的SNP,现在测试它们与MetS NCEP定义中定义的二分风险性状(WC、HDLC、TG、GLUC和BP)的关联。图中显示的结果是负log10的样本加权平均值P(P)所有研究组合的每个特征关联的值(蓝色条)。在蓝色条(平均值)的顶部添加了这些负对数的相应标准误差(红色条)10P(P)值。负log10的最小阈值(0.05)P(P)值以垂直的红色虚线显示。括号中的基因名称表示相应的SNP位于基因附近的区域。(此图的高质量颜色表示可在网上获得。)
图3。
图3。
关于选定SNP对数量性状配对组合的多效性效应的荟萃分析摘要。每项研究都对具有相应数量性状组合的选定SNP进行了多效性测试。已确定的meta-significant结果表明,变异体与两种血脂测量和空腹血糖的相关性更大。(该图的高质量彩色表示可在在线期刊上找到。)
图4。
图4。
简化的基因网络之一低密度脂蛋白,连续油管,APOA5公司,GCKR公司,LIPC公司、和澳大利亚商业银行11本文报道的16个基因中,有与MetS和/或其双变量性状显著相关的变异。该网络由基于GeneGO数据库的精选出版物构建而成。(绿色箭头表示激活;红色箭头表示抑制。)(在线期刊中提供了此图的高质量彩色表示。)

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引用人

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