PSORTb 3.0: improved protein subcellular localization prediction with refined localization subcategories and predictive capabilities for all prokaryotes

doi:10.1093/bioinformatics/btq249

.2010年7月1日；26(13):1608-15.

doi:10.1093/bioinformatics/btq249。 Epub 2010年5月13日。

PSORTb 3.0：改进了蛋白质亚细胞定位预测，改进了定位子类别和对所有原核生物的预测能力

南希·Y·余¹, 詹姆斯·瓦格纳, 马修·莱尔德, 加博·梅利, 塞巴斯蒂安·雷伊, 雷蒙德·洛, 丰岛, S Cenk Sahinalp公司, 马丁·埃斯特尔, 伦纳德·J·福斯特, Fiona S L Brinkman女士

附属公司

PMID： 20472543
预防性维修识别码：项目经理2887053
内政部： 10.1093/生物信息学/btq249

PSORTb 3.0：改进了蛋白质亚细胞定位预测，改进了定位子类别和对所有原核生物的预测能力

南希·Y·余等。生物信息学. 2010.

.2010年7月1日；26(13):1608-15.

doi:10.1093/bioinformatics/btq249。 Epub 2010年5月13日。

作者

南希·Y·余¹, 詹姆斯·瓦格纳, 马修·莱尔德, 加博尔·梅利, 塞巴斯蒂安·雷伊, 罗钟泰, 丰岛, S Cenk Sahinalp公司, 马丁·埃斯特尔, 伦纳德·J·福斯特, 菲奥纳·S·L·布林克曼

附属

¹加拿大BC V5A 1S6伯纳比西蒙·弗雷泽大学分子生物学和生物化学系。

PMID： 20472543
预防性维修识别码：项目经理2887053
内政部： 10.1093/生物信息学/btq249

摘要

动机：自2003年首次推出以来，PSORTb一直是最精确的细菌蛋白亚细胞定位（SCL）预测因子。然而，召回需要改进，没有准确的SCL预测因子可以预测古菌，也没有区分重要的定位子类别，例如针对宿主细胞的蛋白质或细菌超结构/细胞器。此类改进最好包含在免费提供的基于web的预测器中，该预测器也可以用作独立程序。

结果：我们开发了PSORTb 3.0版，具有改进的召回率、更高的蛋白质组规模预测覆盖率和新的精细定位子类别。它是第一个专门针对所有原核生物的SCL预测因子，包括古细菌和具有非典型膜/细胞壁拓扑结构的细菌。它的特点是改进了独立程序，并有一个新的批量结果交付系统来补充其web界面。我们使用5倍交叉验证评估了最准确的SCL预测因子，并进行了独立的蛋白质组学分析，结果表明PSORTb 3.0是最准确的，但可以通过蛋白质组分析预测加以补充。

可利用性：http://www.psort.org/psortb（下载开源软件或使用web界面）。

联系人：psort-mail@sfu.ca

补充信息：补充数据可在生物信息学网站上获得。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌基因组PSORTb 2.0和PSORTb3.0的基因组覆盖率预测。Chr1表示1号染色体。

**图2。**
基因组预测覆盖率由PSORTb 3.0和PA 3.0输出组合得出。大多数“不一致”情况是边界定位（膜预测和相邻隔间）。这可能反映了蛋白质的真实性质。只有一小部分分歧（推导的蛋白质组的2.5-5%）是非边界情况。

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