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比较研究
.2010年3月15日；26(6):841-2.
doi:10.1093/bioinformatics/btq033。 Epub 2010年1月28日。

BEDTools：一套用于比较基因组特征的灵活实用程序

亚伦·R·昆兰 1, Ira M大厅
附属公司
比较研究

BEDTools：一套用于比较基因组特征的灵活实用程序

亚伦·R·昆兰等。 生物信息学. .

摘要

动机：检测不同基因组特征组之间的相关性是基因组学研究的一项基本任务。然而，使用现有的基于web的方法搜索特征之间的重叠是复杂的，因为当前的测序技术通常会生成大量数据集。因此，需要快速灵活的工具来高效地提出这些数据的复杂问题。

结果：本文介绍了一种新的软件套件，用于比较、操作和注释浏览器可扩展数据（BED）和通用特征格式（GFF）格式中的基因组特征。BEDTools还支持将BAM格式的序列比对与BED和GFF功能进行比较。这些工具非常高效，允许用户将大型数据集（例如下一代测序数据）与公共和自定义基因组注释轨道进行比较。BEDTools可以相互结合，也可以与标准UNIX命令结合，从而促进常规基因组学任务以及快速回答大型基因组数据集复杂问题的管道。

可用性和实施：BEDTools是用C++编写的。源代码和全面的用户手册可在以下网站免费获得：http://code.google.com/p/bedtools

联系人：aaronquinlan@gmail.com; imh4y@virginia.edu

补充信息：补充数据可在生物信息学网站上获得。

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