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.2008:2008:420747.
doi:10.1155/2008/420747。 Epub 2008年7月8日。

Genevestigator v3：转录组荟萃分析的参考表达数据库

托马斯·赫鲁兹 1, 奥利弗·劳尔, 加博尔·萨博, 弗兰斯·韦森多尔普, 斯特凡·布鲁勒, 卢卡斯·奥尔特尔, 彼得·维德迈尔, 威廉·格鲁伊斯姆, 菲利普·齐默尔曼
附属公司

Genevestigator v3：转录组荟萃分析的参考表达数据库

托马斯·赫鲁兹等。 高级生物信息学. 2008.

摘要

基于Web的软件工具Genevestigator为生物学家提供了强大的工具，以跨多种生物背景探索基因表达。然而，它的第一个版本受到了系统架构的缩放能力、多生物数据存储和分析能力以及计算密集型分析方法可用性的限制。Genevestigator V3是一种新型的荟萃分析系统，它源于使用客户机/服务器架构的新算法和软件开发、多种生物微阵列数据的大规模手动管理和质量控制以及小鼠和拟南芥的通路数据管理。除了改进的查询功能外，Genevestigator V3还提供了新的工具来分析许多不同环境中的基因表达，识别生物标记基因，将基因聚类到表达模块中，并在代谢和调控网络的环境中建模表达反应。作为一个具有用户友好工具的参考表达数据库，Genevestigator V3有助于发现研究和假设验证。

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数字

图1
图1
Genevestigator的系统架构。空白显示计算机之间可能存在的边界。这个应用程序服务器模块在Tomcat web容器中运行通过JDBC协议与数据库通信。厚厚的Java小程序通过自定义RPC协议通过http/https进行隧道传输。负载平衡子系统确保客户端可以与可扩展的应用服务器集群通信。此外，应用程序服务器可以透明地配置为与任意大小的数据库集群。
图2
图2
数据流和分析周期.示意图概述基因研究者V3。（a） 数据流经Genevestigator系统。微阵列实验由研究团体进行，或者公开存储存储库或直接发送给Genevestigator。数据和注释是由基因研究人员管理和质量控制，并储存在基因研究人员处系统（见图1）。（b） 表达式分析周期。用户从Genevestigator网站，从那里启动客户端应用程序。四个工具集允许不同类型的分析。所得结果用于确认现有假设或创建新假设可以在实验室中验证的。Genevestigator的数字可以以多种格式导出。网站提供用户支持和社区交换平台。
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