SMPDB: The Small Molecule Pathway Database

doi:10.1093/nar/gkp1002

.2010年1月；38（数据库问题）:D480-7。

doi:10.1093/nar/gkp1002。 Epub 2009年11月30日。

SMPDB：小分子通路数据库

亚历克斯·弗罗基斯¹, 克雷格·诺克斯, 艾米莉亚·利姆, 蒂莫西·尤森, 维维安定律, 大卫·D·豪, 菲利普·刘, 比贾亚·高塔姆, 儿子Ly, 安志国, 建国下, 梁永杰, 萨维塔·施里瓦斯塔瓦, 大卫·S·维斯哈特

附属公司

PMID： 19948758
预防性维修识别码：项目经理2808928
内政部： 10.1093/nar/gkp1002

SMPDB：小分子通路数据库

亚历克斯·弗罗基斯等。核酸研究. 2010年1月.

.2010年1月；38（数据库问题）:D480-7。

doi:10.1093/nar/gkp1002。 Epub 2009年11月30日。

作者

亚历克斯·弗罗基斯¹, 克雷格·诺克斯, 艾米莉亚·利姆, 蒂莫西·尤森, 维维安定律, 大卫·D·豪, 菲利普·刘, 比贾亚·高塔姆, 儿子Ly, 安志国, 建国下, 梁永杰, 萨维塔·施里瓦斯塔瓦, 大卫·S·威斯哈特

附属

¹加拿大埃德蒙顿阿尔伯塔大学计算科学系。

PMID： 19948758
预防性维修识别码：项目经理2808928
内政部： 10.1093/nar/gkp1002

摘要

小分子通路数据库（SMPDB）是一个交互式可视化数据库，包含350多条在人类中发现的小分子通路。超过2/3的这些途径（>280）未在任何其他途径数据库中找到。SMPDB专门用于支持临床代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的通路阐明和通路发现。SMPDB提供了人类代谢途径、代谢疾病途径、代谢信号途径和药物作用途径的精细详细的超链接图。所有SMPDB通路都包含有关相关器官、细胞器、亚细胞隔室、蛋白质辅因子、蛋白质位置、代谢物位置、化学结构和蛋白质四元结构的信息。每个小分子都与人类代谢组数据库（HMDB）或DrugBank中包含的详细描述超链接，每个蛋白质或酶复合物都与UniProt超链接。所有SMPDB途径都附有详细描述，提供了每个图表中描述的途径、条件或过程的概述。该数据库易于浏览，并支持全文搜索。用户可以使用代谢物名称、药物名称、基因/蛋白质名称、SwissProt ID、GenBank ID、Affymetrix ID或Agilent微阵列ID的列表查询SMPDB。这些查询将生成匹配路径的列表，并突出显示每个路径图上的匹配分子。基因、代谢物和蛋白质浓度数据也可以通过SMPDB的映射界面可视化。SMPDB的所有图像、图像地图、说明和表格均可下载。SMPDB位于：http://www.smpdb.ca。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
SMPDB胆汁酸生物合成途径截图。该图说明了SMPDB通路图的典型设计和布局，其中明确显示了化学结构、蛋白质四元结构、辅因子、细胞位置、细胞结构和关键器官。

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[1] Michal G.关于代谢途径的表征。生物系统。1998;47:1–7.-公共医学

[2] Michal G.关于代谢途径的表征。生物系统。1998;47:1–7.-公共医学

[3] Michal G.生化路径挂图。德国：勃林格曼海姆股份有限公司；1968

[4] Michal G.生化路径挂图。德国：勃林格曼海姆股份有限公司；1968

[5] Ideker T，Galitski T，Hood L.解读生命的新方法：系统生物学。年。基因组学评论。2001;2:343–372.-公共医学

[6] Ideker T，Galitski T，Hood L.解读生命的新方法：系统生物学。年。基因组学评论。2001;2:343–372.-公共医学

[7] Suderman M，Hallett M。视觉探索生物网络的工具。生物信息学。2007;23:2651–2659.-公共医学

[8] Suderman M，Hallett M。视觉探索生物网络的工具。生物信息学。2007;23:2651–2659.-公共医学

[9] Okuda S、Yamada T、Hamajima M、Itoh M、Katayama T、Bork P、Goto S、Kanehisa M.KEGG代谢途径全球分析图谱。核酸研究2008；36：W423–W426。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Okuda S、Yamada T、Hamajima M、Itoh M、Katayama T、Bork P、Goto S、Kanehisa M.KEGG代谢途径全球分析图谱。核酸研究2008；36：W423–W426。-项目管理咨询公司-公共医学

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