跳到主页内容
美国国旗

美国政府的官方网站

Dot政府

gov意味着它是官方的。
联邦政府网站通常以.gov或.mil结尾。之前分享敏感信息，确保你在联邦政府政府网站。

Https系统

该站点是安全的。
这个https（https）：//确保您连接到官方网站，并且您提供的任何信息都是加密的并安全传输。

访问密钥 NCBI主页 MyNCBI主页 主要内容 主导航
.2010年1月；38（数据库问题）：D577-85。
doi:10.1093/nar/gkp1007。 Epub 2009年11月23日。

EuroPhenome：高通量小鼠表型数据存储库

休·摩根 1, 蒂姆·贝克, 安德鲁·布雷克, 希拉里·盖茨, 尼尔斯·亚当斯, 纪尧姆·德布兹, 索菲·勒布朗, 克里斯托夫·伦格, 霍尔格·迈尔, 大卫·梅尔文, 哈米德·梅齐安, 戴夫·理查森, 萨拉·威尔斯, 提花白, 乔·伍德; EUMODIC联盟; 马丁·赫拉贝·德·安吉利斯, 史蒂夫·D·M·布朗, 约翰·汉考克, 安·玛丽·马龙
合作者，附属机构

EuroPhenome：高通量小鼠表型数据存储库

休·摩根等。 核酸研究. 2010年1月.

摘要

后基因组时代生物医学的广泛目标是将基因组和表型信息联系起来，以便更深入地了解从基因组变化到表型和疾病改变的过程。EuroPhenome项目(http://www.EuroPhenome.org)是EUMODIC等项目产生的原始和注释高通量表型数据的综合资源。EUMODIC正在从EMPReSSlim管道收集数据(网址：http://www.empress.har.mrc.ac.uk/)这是在EUCOMM项目中产生的近交系小鼠品系和敲除品系上进行的。EuroPhenome界面允许用户通过表型或基因型访问数据。它还允许用户以多种方式访问数据，包括图形显示、统计分析和通过web服务访问原始数据。EuroPhenome中捕获的原始表型数据由注释管道进行注释，该管道自动识别来自适当基线的统计上不同的突变体，并为该特定测试指定本体术语。使用两种EuroPhenome工具可以快速识别突变表型：PhenoMap，统计相关表型的图形表示，以及使用本体术语挖掘突变。为了帮助数据定义和跨数据库比较，表型数据使用来自生物本体的术语组合进行注释。

PubMed免责声明

数字

图1。
图1。
此界面显示了使用Phenome Data Viewer的两个查询的结果。(A类)左侧的查询生成器菜单和右侧的结果面板显示了对近交系小鼠株C57BL/6Ntac和C57BL/6J进行的腹膜内葡萄糖耐量试验（IPGTT）程序的血糖浓度折线图。(B类)左侧和右侧的突变数据查询生成器相同，Mysm-1突变的HDL-胆固醇条形图。
图2。
图2。
该界面显示了EuroPhenome PhenoMap工具，它是注释管道产生的具有统计意义的现象变体的热图表示。顶部面板是一个交互式工具，用于更改感兴趣的表型管道（与EMPReSS相关）、性别、P（P）范围和效果大小。地图中的灰色方框表示我们当前没有保存数据的程序，绿色方框表示数据可用但当前没有发现重要注释的时间P（P）-值和效果大小。红色方框显示当前的重要注释P（P）-值和效果大小。将鼠标悬停在红色框上可以获得有关红色框的更多详细信息。
图3。
图3。
该界面显示了EuroPhenome本体树工具，左侧面板上有MP本体树，右侧面板上有六个变种，这些变种已从注释管道中识别为“听力/前庭/耳朵表型”。可以从数据列访问程序图形显示的直接链接。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

  • 小鼠大规模表型研究计划：欧洲小鼠疾病诊所（EUMODIC）和Wellcome Trust Sanger Institute小鼠遗传学项目概述。
    Ayadi A、Birling MC、Bottomley J、Bussell J、Fuchs H、Fray M、Gailus-Durner V、Greenaway S、Houghton R、Karp N、Leblanc S、Lengger C、Maier H、Mallon AM、Marschall S、Melvin D、Morgan H、Pavlovic G、Ryder E、Skarnes WC、Selloum M、Ramirez-Solis R、Sorg T、Teboul L、Vasseur L、Walling A、Weaver T、Wells S、White JK、Bradley A、Adams DJ、Steel KP、，Hraběde Angelis M、Brown SD、Herault Y。 Ayadi A等人。 哺乳动物基因组。2012年10月；23(9-10):600-10. doi:10.1007/s00335-012-9418-y。电子出版2012年9月9日。 哺乳动物基因组。2012 PMID：22961258 免费PMC文章。 审查。
  • 高通量小鼠表型。
    Gates H、Mallon AM、Brown SD；EUMODIC财团。 Gates H等人。 方法。2011年4月；53(4):394-404. doi:10.1016/j.meth.2010.1017。Epub 2010年12月23日。 方法。2011 PMID：21185382
  • EMMA——国际科学界的小鼠突变资源。
    Wilkinson P、Sengerova J、Matteoni R、Chen CK、Soulat G、Ureta-Vida A、Fessele S、Hagn M、Massimi M、Pickford K、Butler RH、Marschall S、Mallon AM、Pickard A、Raspa M、Scavizi F、Fray M、Larrigaldie V、Leyritz J、Birney E、Tocchini-Valentini GP、Brown S、Herault Y、Montoliu L、de Angelis MH、Smedley D。 Wilkinson P等人。 《核酸研究》，2010年1月；38（数据库问题）：D570-6。doi:10.1093/nar/gkp799。Epub 2009年9月26日。 2010年核酸研究。 PMID：19783817 免费PMC文章。
  • EuroPhenome和EMPReSS：在线小鼠表型资源。
    Mallon AM、Blake A、Hancock JM。 Mallon AM等人。 核酸研究，2008年1月；36（数据库问题）：D715-8。doi:10.1093/nar/gkm728。Epub 2007年9月28日。 2008年核酸研究。 PMID：17905814 免费PMC文章。
  • 疼痛基因数据库：疼痛相关转基因敲除研究的交互式网络浏览器。
    Lacroix-Fralish ML、Ledoux JB、Mogil JS。 Lacroix-Fralish ML等人。 疼痛。2007年9月；131（1-2）:3.e1-4。doi:10.1016/j.pain.2007.04.041。Epub 2007年6月14日。 疼痛。2007 PMID：17574758 审查。
查看所有类似文章

引用人

  • 新型Cisd2突变小鼠的行为特征。
    Gaines CH、Snyder AE、Ervin RB、Farrington J、Walsh K、Schoencock SA、Tarantino LM。 Gaines CH等人。 Behav Brain Res.2021年5月7日；405:113187. doi:10.1016/j.bbr.2021.113187。Epub 2021年2月18日。 Behav Brain Res.2021.行为大脑研究。 PMID：33610659 免费PMC文章。
  • 循环代谢生物标志物中罕见变异的影响。
    Riveros-Mckay F、Oliver-Williams C、Karthikeyan S、Walter K、Kundu K、Ouwehand WH、Roberts D、Di Angelantonio E、Soranzo N、Danesh J；间隔研究；Wheeler E、Zeggini E、Butterworth AS、Barroso I。 Riveros-Mckay F等人。 公共科学图书馆-遗传学。2020年3月9日；16（3）：e1008605。doi:10.1371/journal.pgen.1008605。eCollection 2020年3月。 公共科学图书馆-遗传学。2020 PMID：32150548 免费PMC文章。
  • FIGL1及其新的伙伴FLIP形成一个保守的复合物，调节同源重组。
    Fernandes JB、Duhamel M、Seguéla Arnaud M、Froger N、Girard C、Choinard S、Solier V、De Winne N、De Jaeger G、Gevaert K、Andrey P、Grelon M、Guerois R、Kumar R、Mercier R。 Fernandes JB等人。 公共科学图书馆-遗传学。2018年4月2日；14（4）：e1007317。doi:10.1371/journal.pgen.1007317。eCollection 2018年4月。 公共科学图书馆-遗传学。2018 PMID：29608566 免费PMC文章。
  • 临床前研究中啮齿动物表型的再现性和可复制性。
    Kafkafi N、Agassi J、Chesler EJ、Crabbe JC、Crusio WE、Eilam D、Gerlai R、Golani I、Gomez-Marin A、Heller R、Iraqian F、Jaljuli I、Karp NA、Morgan H、Nicholson G、Pfaff DW、Richter SH、Stark PB、Stiedl O、Stodden V、Tarantino LM、Tucci V、Valdar W、Williams RW、Würbel H、Benjamini Y。 Kafkafi N等人。 《神经科学生物行为评论》2018年4月；87:218-232. doi:10.1016/j.neu-biorev.2018.01.003。Epub 2018年1月31日。 《神经科学生物行为评论》，2018年。 PMID：29357292 免费PMC文章。 审查。
  • 小鼠基因组信息学（MGI）资源：实验室小鼠的遗传、基因组和生物知识库。
    电子清管器JT。 Eppig JT公司。 ILAR J.2017年7月1日；58(1):17-41. doi:10.1093/iilar/ilx013。 ILAR J.2017年。 PMID：28838066 免费PMC文章。 审查。
查看所有“被引用”文章

工具书类

    1. Hancock JM、Mallon AM、Beck T、Gkoutos GV、Mungall C、Schofield PN。小鼠、人和意义：桥接小鼠表型和人类疾病的语义。哺乳动物基因组。2009;8:457–461.-项目管理咨询公司-公共医学
    1. Rosenthal N，Brown S.《小鼠上升：人类疾病模型的前景》。自然细胞生物学。2007;9:993–999.-公共医学
    1. 国际老鼠淘汰协会。Collins FS、Rossant J、Wurst W.出于各种原因的老鼠。单元格。2007;128:9–13.-公共医学
    1. Friedel RH、Seisenberger C、Kaloff C、Wurst W.EUCOMM——欧洲条件小鼠诱变计划。功能简介。基因组蛋白质组学。2007;6:180–185.-公共医学
    1. Brown SD、Lad HV、Green ED、Gkoutos G、Gates H、Hrabe de Angelis H、Consortium TE。EUMORPHIA和欧洲标准化屏幕小鼠表型资源（EMPReSS）收录：Hrabe de Angelis MM，Chambon P，Brown S，编辑。小鼠模型表型标准。威利；2006年，第311-320页。

出版物类型