Genome-wide association study reveals genetic risk underlying Parkinson's disease

doi:10.1038/ng.487

.2009年12月；41(12):1308-12.

doi:10.1038/ng.487。 Epub 2009年11月15日。

全基因组关联研究揭示了帕金森病的遗传风险

哈维尔·西蒙·桑切斯¹, 克劳迪娅·舒尔特, Jose M运动内衣, 曼鲁·夏马, J拉斐尔·吉布斯, 丹妮拉·伯格, Coro Paisan-Ruiz公司, 彼得·利希特纳, Sonja W Scholz公司, 德纳·G·埃尔南德斯, Rejko Krüger公司, 莫妮卡·费德罗夫, 克里斯汀·克莱恩, 艾莉森·戈特, 乔尔·帕尔穆特, 迈克尔·博宁, 迈克尔·A·纳尔斯, 伊利希, 克里斯蒂安·吉格, 亨利·霍尔登, 迈克尔·斯特芬斯, 迈克尔·S·奥肯, 布拉德·拉塞特, 马克·库克森, 凯利D英尺, 休伯特·H·费尔南德斯, 布莱恩·J·特雷纳, 斯特凡·施赖伯, 桑帕特·阿雷帕利, 瑞安·佐诺齐, 卡特里娜·格温, 马塞尔·范德布鲁格, Grisel Lopez公司, 斯蒂芬·查诺克, 阿瑟·沙茨金, 所的帕克, 阿尔伯特·奥伦贝克, 高建军, 黄雪梅, 尼克·W·伍德, 迪莉娅·洛伦兹, Günther Deuschl公司, 陈红雷, 奥拉夫·里斯, 约翰·A·哈迪, 安德鲁·辛格尔顿, 托马斯·加斯尔

附属公司

PMID： 19915575
预防性维修识别码：项目经理2787725
内政部： 10.1038/纳克.487

全基因组关联研究揭示了帕金森病的遗传风险

哈维尔·西蒙·桑切斯等。自然基因. 2009年12月.

.2009年12月；41(12):1308-12.

doi:10.1038/ng.487。 Epub 2009年11月15日。

作者

哈维尔·西蒙·桑切斯¹, 克劳迪娅·舒尔特, Jose M运动内衣, 曼鲁·夏马, J拉斐尔·吉布斯, 丹妮拉·伯格, Coro Paisan-Ruiz公司, 彼得·利希特纳, 索尼娅·肖尔茨, 德纳·G·埃尔南德斯, Rejko Krüger公司, 莫妮卡·费德罗夫, 克里斯汀·克莱恩, 艾莉森·戈特, 乔尔·佩尔穆特, 迈克尔·博宁, 迈克尔·A·纳尔斯, 伊利希, 克里斯蒂安·吉格, 亨利·霍尔登, 迈克尔·斯特芬斯, 迈克尔·S·奥肯, 布拉德·拉塞特, 马克·库克森, 方钻杆D脚, 休伯特·H·费尔南德斯, 布莱恩·J·特雷纳, 斯特凡·施赖伯, 桑帕特·阿雷帕利, 瑞安·佐诺齐, 卡特里娜·格温, 马塞尔·范德布鲁格, Grisel Lopez公司, 斯蒂芬·查诺克, 阿瑟·沙茨金, 所的帕克, 阿尔伯特·奥伦贝克, 高建军, 黄雪梅, 尼克·W·伍德, 迪莉娅·洛伦兹, Günther Deuschl公司, 陈红雷, 奥拉夫·里斯, 约翰·A·哈迪, 安德鲁·辛格尔顿, 托马斯·加斯尔

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家老龄研究所神经遗传学实验室。

PMID： 19915575
预防性维修识别码：项目经理2787725
内政部： 10.1038/ng.487

摘要

我们对1713名帕金森病（PD）欧洲血统患者和3978名对照进行了全基因组关联研究（GWAS）。在3361例病例和4573例对照中复制后，我们观察到两个强关联信号，一个在编码α-突触核蛋白的基因中（SNCA；rs2736990，OR=1.23，P=2.24 x 10（-16）），另一个在MAPT基因座中（rs393152，OR=0.77，P=1.95 x 10（-16））。我们与在日本PD病例中执行GWAS的同事交换了数据。日本GWAS中复制了SNCA与PD的相关性，证实这是一个跨人群的主要风险位点。我们复制了在日本队列中检测到的一个新基因座的影响（PARK16，rs823128，OR=0.66，P=7.29 x 10（-8）），并提供了支持性证据，证明LRRK2周围的常见变异调节PD风险（rs1491923，OR=1.14，P=1.55 x 10（-5））。这些数据显示了常见遗传变异在典型PD病因中的明确作用，并提示了该病的人群特异性遗传异质性。

PubMed免责声明

数字

图1
阶段I和阶段II中p值的图形表示。A）在第一阶段，p值进行对数变换（y轴）并绘制染色体（x轴）。红线表示Bonferroni阈值。用红色表示的信号位于第4号染色体和第17号染色体上，超过了Bonferroni阈值的全基因组显著性。B）第二阶段SNP的对数转换p值（y轴）绘制在染色体（x轴）上。红色显示的信号位于第4号染色体和第17号染色体上，超过了Bonferroni多重检测阈值

图2
关联和重组率*SNCA公司*,地图,*停车场16*和*LRRK2型*.−日志₁₀第一阶段和第二阶段分析显示p值，每个图的顶部显示带注释的转录本。红色虚线表示第一阶段全基因组显著性阈值，橙色线表示第二阶段显著性阈值。

图3
表达数量性状基因座地图133例额叶皮质标本测得位点；A组显示了基因型和转录水平之间的关联地图轨迹。在该分析中，对基因型多态性的等位基因负荷与基因座上每个基因的转录水平进行了关联性测试。分析结果显示为对数转换第页值的颜色编码与感兴趣的抄本匹配。该基因座的基因型与地图（粉红色）和*LRRC37A型*（蓝色）水平。B组和C组的箱线图显示了最显著相关PD SNP（rs393152）的等位基因负荷与地图（B）和*LRRC37A型*（C），第页值4.1×10⁻⁶和1.7×10⁻¹³分别是。值得注意的是，与PD高风险相关的等位基因A与高水平的地图表达和低水平*LRRC37A型*表达式。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

神经退行性疾病之间存在共同通路的证据。
Shulman JM、De Jager PL。 Shulman JM等人。自然遗传学。2009年12月；41(12):1261-2. doi:10.1038/ng1209-1261。自然遗传学。2009 PMID：19935760 没有可用的摘要。

类似文章

帕金森病遗传学。
里尔CM。里尔CM。分子细胞探针。2016年12月；30(6):386-396. doi:10.1016/j.mcp.2016.11.001。Epub 2016年11月4日。分子细胞探针。2016 PMID：27818248 审查。
阿尔茨海默病和帕金森病全基因组关联研究了韩国人群中帕金森病的发病率和风险。
Chung SJ、Jung Y、Hong M、Kim MJ、You S、Kim YJ、Kim J、Song K。 Chung SJ等人。神经生物老化。2013年11月；34（11）：2695.e1-7。doi:10.1016/j.neurobiolaging.2013.05.022。Epub 2013年6月29日。神经生物老化。2013. PMID：23820587
全基因组关联研究确定了一个阿什肯纳兹犹太人群中帕金森氏病的候选基因。
Liu X、Cheng R、Verbitsky M、Kisselev S、Browne A、Mejia-Sanatana H、Louis ED、Cote LJ、Andrews H、Waters C、Ford B、Frucht S、Fahn S、Marder K、Clark LN、Lee JH。刘X等。 BMC医学遗传学。2011年8月3日；12:104. doi:10.1186/1471-2350-12-104。 BMC医学遗传学。2011 PMID：21812969 免费PMC文章。
SNCA和帕金森病的遗传变异性。
Pihlström L，Toft m。 Pihlström L等人。神经遗传学。2011年11月；12(4):283-93. doi:10.1007/s10048-011-0292-7。Epub 2011年7月29日。神经遗传学。2011 PMID：21800132 审查。
全基因组关联研究将四个位点的常见变异确定为帕金森病的遗传风险因素。
Satake W、Nakabayashi Y、Mizuta I、Hirota Y、Ito C、Kubo M、Kawaguchi T、Tsunoda T、Watanabe M、Takeda A、Tomiyama H、Nakashima K、Hasegawa K、Obata F、Yoshikawa T、Kawakami H、Sakoda S、Yamamoto M、Hattori N、Murata M、Nakamura Y、Toda T。 Satake W等人。自然遗传学。2009年12月；41(12):1303-7. doi:10.1038/ng.485。Epub 2009年11月15日。自然遗传学。2009 PMID：19915576

查看所有类似文章

引用人

综合网络建模方法揭示了神经分化过程中的动态增强子-启动子相互作用。
DeGroat W、Inoue F、Ashuach T、Yosef N、Ahituv N、Kreimer A。 DeGroat W等人。 bioRxiv[预印本]。2024年5月23日：2024.05.22.595375。doi:10.1101/2024.05.22.595375。生物Rxiv。2024 PMID：38826254 免费PMC文章。预打印。
揭示含MAPT的H1和H2单倍型在神经退行性疾病中的复杂作用。
Pedicone C、Weitzman SA、Renton AE、Goate AM。 Pedicone C等人。摩尔神经变性剂。2024年5月29日；19(1):43. doi:10.1186/s13024-024-00731-x。摩尔神经变性剂。2024 PMID：38812061 免费PMC文章。审查。
帕金森病LRRK2 G2019S基因敲除模型中Wnt和NFAT信号的失调。
Wetzel A、Lei SH、Liu T、Hughes MP、Peng Y、McKay T、Waddington SN、GrannóS、Rahim AA、Harvey K。 Wetzel A等人。科学报告2024年5月29日；14(1):12393. doi:10.1038/s41598-024-63130-8。科学报告2024。 PMID：38811759 免费PMC文章。
Alpha-Synuclein Conformers的非直觉免疫原性和可塑性：智能传递神经免疫疗法的范式。
Abioye A、Akintade D、Mitchell J、Olorode S、Adejare A。 Abioye A等人。药剂学。2024年4月30日；16(5):609. doi:10.3390/药剂学16050609。药剂学。2024 PMID：38794271 免费PMC文章。审查。
解读SINE-VNTR-Alu反转录转座子多态性作为帕金森病进展生物标志物的作用。
Fröhlich A、Pfaff AL、Middlehurst B、Hughes LS、Bubb VJ、Quinn JP、Koks S。 Fröhlich A等人。科学报告2024年5月13日；14(1):10932. doi:10.1038/s41598-024-61753-5。科学报告2024。 PMID：38740892 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Toda T.全基因组关联研究将四个位点的常见变异确定为帕金森病的遗传风险因素。自然遗传学。2009年出版。-公共医学
1. Fung HC等。帕金森病和神经系统正常对照的全基因组基因分型：第一阶段分析和数据公开发布。柳叶刀神经病学。2006;5:911–6.-公共医学
1. Maraganore DM等。帕金森病的高分辨率全基因组关联研究。美国人类遗传学杂志。2005;77:685–93.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Pankratz N等。家族性帕金森病易感基因的全基因组关联研究。人类遗传学。2009;124:593–605.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Maraganore DM等。α-同核蛋白基因启动子变异性与帕金森病的协同分析。贾马。2006;296:661–70.-公共医学

出版物类型

行动
行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] Toda T.全基因组关联研究将四个位点的常见变异确定为帕金森病的遗传风险因素。自然遗传学。2009年出版。-公共医学

[2] Toda T.全基因组关联研究将四个位点的常见变异确定为帕金森病的遗传风险因素。自然遗传学。2009年出版。-公共医学

[3] Fung HC等。帕金森病和神经系统正常对照的全基因组基因分型：第一阶段分析和数据公开发布。柳叶刀神经病学。2006;5:911–6.-公共医学

[4] Fung HC等。帕金森病和神经系统正常对照的全基因组基因分型：第一阶段分析和数据公开发布。柳叶刀神经病学。2006;5:911–6.-公共医学

[5] Maraganore DM等。帕金森病的高分辨率全基因组关联研究。美国人类遗传学杂志。2005;77:685–93.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Maraganore DM等。帕金森病的高分辨率全基因组关联研究。美国人类遗传学杂志。2005;77:685–93.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Pankratz N等。家族性帕金森病易感基因的全基因组关联研究。人类遗传学。2009;124:593–605.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Pankratz N等。家族性帕金森病易感基因的全基因组关联研究。人类遗传学。2009;124:593–605.-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Maraganore DM等。α-同核蛋白基因启动子变异性与帕金森病的协同分析。贾马。2006;296:661–70.-公共医学

[10] Maraganore DM等。α-同核蛋白基因启动子变异性与帕金森病的协同分析。贾马。2006;296:661–70.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

全基因组关联研究揭示了帕金森病的遗传风险

附属

全基因组关联研究揭示了帕金森病的遗传风险

作者

附属

摘要

数字

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

医疗

研究材料

其他

摘要

数字

中的注释

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

医疗

研究材料

其他