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.2010年1月;38(数据库问题):D557-62。
doi:10.1093/nar/gkp972。 Epub 2009年11月11日。

合奏第十年

附属公司

合奏第十年

保罗·弗利切克等。 核酸研究. 2010年1月.

摘要

合奏(http://www.ensembl.org(英语))将基因组信息整合为一组完整的脊索动物基因组,特别关注人类、小鼠、大鼠、斑马鱼和其他高价值测序基因组的资源。除了针对基因组变异、功能和进化的特定资源外,我们还为所有支持物种提供完整的基因注释。集成数据可以通过多种格式访问,包括通过我们的基因组浏览器、API和BioMart。今年是Ensembl成立十周年,在此期间,该项目随着基因组技术的进步而发展壮大。截至第56版(2009年9月),Ensembl支持51种物种,包括过去一年增加的绒猴、猪、斑马雀、蜥蜴、大猩猩和小袋鼠。自我们上一份报告以来,Ensembl的主要新增和改进包括纳入人工GRCh37组件、Ensemb监管功能的增强可视化和数据管理选项,以及我们软件基础设施的持续开发。

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数字

图1。
图1。
Ensembl基因集与UniProt和RefSeq资源随时间的收敛。Ensembl的三个版本(2007年4月发布44,2007年10月发布47,2009年7月发布55)分别与Swiss-Prot/UniProtKB、NCBI RefSeq Proteins和NCBI RefSeq mRNAs提供的数据进行了比较。条形图上的颜色表示Ensembl条目中与其他资源中的条目完全匹配的部分(蓝色);具有匹配边缘和内部不匹配或indel(红色);具有实质性但不完全匹配(绿色);或缺失(紫色)。
图2。
图2。
集合调控特征:ENSR0000131372,一个位于人类6号染色体上的启动子相关特征,具有锚定DNase I超敏位点和支持组蛋白修饰数据。

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