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.2009年9月；19(9):1630-8.
doi:10.1101/gr.094607.109。 Epub 2009年7月1日。

JBrowse：下一代基因组浏览器

米切尔·斯金纳 1, 安德鲁·乌兹洛夫, 林肯·D·斯坦, 克里斯托弗·蒙格尔, 伊恩·霍姆斯
附属公司

JBrowse：下一代基因组浏览器

米切尔·斯金纳等人。 基因组研究. 2009年9月.

摘要

我们描述了一个开源、可移植、基于JavaScript的基因组浏览器JBrowse，它可以用于在web上导航基因组注释。JBrowse通过避免不连续的变换来帮助保持用户的位置感，而不是提供平滑的动画平移、缩放、导航和轨迹选择。与大多数现有的基因组浏览器不同，在这些浏览器中，基因组被呈现为Web服务器上的图像，客户端的角色仅限于显示这些图像，JBrowse在服务器和客户端之间分配工作，因此与以前的基因组浏览器相比，使用的服务器开销要少得多。我们报告了比较服务器端和客户端渲染策略的基准测试结果，回顾了JBrowse的体系结构和设计考虑，并描述了一个简单的wiki插件，该插件允许用户上传和共享注释轨迹。

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数字

图1。
图1。
JBrowse的屏幕截图，说明屏幕的各个部分。导航面板(一)包括基因组和当前位置的概述，以及用于平移和缩放的导航按钮、用于选择当前染色体的菜单，以及用于直接导航到坐标或命名特征的文本框。下面这是当前活动的曲目，可以包括功能曲目(b条)或用于显示定量信息的条形图图像轨迹(c（c）). 致左边活动轨道的一部分是未使用轨道的水库(d日)，可以将其拖动到活动轨迹区域，并在其上展开。
图2。
图2。
包含JBrowse作为最后一步的示例工作流示意图。此工作流包括基本调用、汇编、注释、对齐和比较注释，在可以联机查看JBrowse文件之前，需要准备这些文件作为最后一步。有关JBrowse文件准备的更多详细信息，请参见图3。
图3。
图3。
显示服务器和客户端组件的JBrowse体系结构示意图。“服务器”区域显示web服务器提供的数据（矩形）、生成该数据的程序（箭头标签）以及这些程序依次使用的数据源（柱面）。“客户端”区域显示了在web浏览器中运行的主要代码片段，它们是如何组合在一起的，以及它们使用的是什么数据。
图4。
图4。
生成曲目的时间：TiledImage vs.JBrowse。生成每个文件所需的时间D.黑腹果蝇功能注释轨迹，绘制为轨迹中功能数量的函数，用于服务器端渲染（TiledImage，正方形）和客户端渲染（JBrowse，圆形）。原始数据见表2。有关此基准测试中使用的数据、硬件和软件的描述，请参阅结果部分。
图5。
图5。
存储曲目所需的磁盘空间：TiledImage与JBrowse。存储每个磁盘所需的磁盘空间D.黑腹果蝇功能注释轨迹，绘制为轨迹中功能数量的函数，用于服务器端渲染（TiledImage，正方形）和客户端渲染（JBrowse，圆形）。原始数据见表2。有关此基准测试中使用的数据、硬件和软件的描述，请参阅结果部分。
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