Rapid and systematic analysis of the RNA recognition specificities of RNA-binding proteins

doi:10.1038/nbt.1550

.2009年7月；27(7):667-70.

doi:10.1038/nbt.1550。 Epub 2009年6月28日。

RNA-结合蛋白RNA识别特异性的快速系统分析

德巴希·雷¹, Hilal Kazan公司, Esther T Chan公司, 卢德斯·佩尼亚·卡斯蒂略, 西德哈特·乔杜里, Shaheynoor Talukder公司, 本杰明·布伦科, 奎德·莫里斯, 蒂莫西·休斯

附属公司

PMID： 19561594
内政部： 10.1038/nbt.1550

RNA-结合蛋白RNA识别特异性的快速系统分析

德巴希什·雷等。天然生物技术. 2009年7月.

.2009年7月；27(7):667-70.

doi:10.1038/nbt.1550。 Epub 2009年6月28日。

作者

德巴希什·雷¹, Hilal Kazan公司, Esther T Chan公司, 卢德斯·佩尼亚·卡斯蒂略, 西德哈特·乔杜里, Shaheynoor Talukder公司, 本杰明·布伦科, 奎德·莫里斯, 蒂莫西·休斯

附属

¹加拿大安大略省多伦多市多伦多大学Banting and Best医学研究系。

PMID： 19561594
内政部： 10.1038/nbt.1550

摘要

后生动物基因组编码数百种RNA-结合蛋白（RBPs），但相对较少的RBPs的RNA结合偏好性已得到明确定义。目前用于确定RNA靶点的技术，包括体外选择和RNA免疫共沉淀，需要大量的时间和人力投入。在这里，我们介绍了RNA竞争，这是一种系统分析RNA结合特异性的方法，它使用单一的结合反应来确定RBP对在结构化和非结构化RNA环境中包含完整范围的k-mers的短RNA的相对偏好。我们通过分析九种不同的RBP（HuR、Vts1、FUSIP1、PTB、U1A、SF2/ASF、SLM2、RBM4和YB1）来测试RNA竞争。RNA竞争确定了预期的和以前未知的RNA结合偏好。利用体外和体内结合数据，我们证明，与传统的基序模型相比，通过RNA竞争识别的单个7-mer的偏好更准确地表示了结合活性。我们预计RNACepetite将成为研究RNA-蛋白质相互作用的一个有价值的工具。

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