Circos: an information aesthetic for comparative genomics

doi:10.1101/gr.092759.109

.2009年9月；19(9):1639-45.

doi:10.1101/gr.092759.109。 Epub 2009年6月18日。

马戏团：比较基因组学的信息美学

马丁¹, 杰奎琳·谢恩, 伊南·比罗尔, 约瑟夫·康纳斯, 兰迪·加斯科因, 道格·霍斯曼, 史蒂文·琼斯, 马可·阿马拉

附属公司

PMID： 19541911
预防性维修识别码： PMC2752132型
内政部： 10.1101克/克092759.109

马戏团：比较基因组学的信息美学

马丁等。基因组研究. 2009年9月.

.2009年9月；19(9):1639-45.

doi:10.1101/gr.092759.109。 Epub 2009年6月18日。

作者

马丁¹, 杰奎琳·谢恩, 伊南·比罗尔, 约瑟夫·康纳斯, 兰迪·加斯科因, 道格·霍斯曼, 史蒂文·琼斯, 马可·阿马拉

附属

¹加拿大迈克尔·史密斯基因组科学中心，加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华V5Z 4S6。martink@bcgsc.ca

PMID： 19541911
预防性维修识别码： PMC2752132型
内政部： 10.1101克/克092759.109

摘要

我们创建了一个名为Circos的可视化工具，以便于识别和分析基因组比较产生的相似性和差异。我们的工具可以有效地显示基因组结构的变化，以及基因组间隔之间的任何其他类型的位置关系。这些数据通常由序列比对、杂交阵列、基因组绘图和基因分型研究产生。马戏团使用圆形表意文字布局，通过使用编码相关基因组元件的位置、大小和方向的色带，方便显示位置对之间的关系。Circos能够将数据显示为散点图、直线图和直方图、热图、平铺图、连接器和文本。可以从GFF样式的数据输入和分层配置文件创建位图或矢量图像，这些文件可以通过自动化工具轻松生成，使Circos适合在数据分析和报告管道中快速部署。

PubMed免责声明

数字

**图5。**
从Affymetrix Mapping 500K阵列生成的五个滤泡性淋巴瘤肿瘤样本的拷贝数全基因组图谱。样本在轨迹中的五个直方图中的每一个中表示*A–E*.一组直方图区域F类如所示中心以演示每个直方图轨迹的结构。中心粗线(*G公司*)表示250个相邻探针的平均探针值。该区域之间这条线和年＝0分别用绿色或红色填充，这取决于平均值是正的（即，增加的拷贝数值）还是负的（减少的拷贝数值）。每个250-probe集合内的可变性以直方图组件显示*H（H）*和我，分别显示集合内三探针平均值的最大值和最小值。该区域*在下面*最大和最小记录道分别用浅绿色或红色填充。

**图6。**
从Affymetrix Mapping 500K阵列生成的五个滤泡性淋巴瘤肿瘤样本的第6和17号染色体的拷贝数分布。对20个相邻探针的探针值进行平均。显示大量拷贝数变化的几个区域以扩展的比例显示在象形文字上。直方图轨迹的结构与图5中使用的结构相同。区域A类和B类6号染色体上的图像放大10倍显示C类和D类分别使用缎带E类用缩放的象形文字连接这些区域。同样，区域F类17号染色体上放大5倍显示为象形文字*G公司*.地区*H（H）*和我论表意文字*G公司*在象形文字上以40倍的放大倍数显示J型和*K（K）*分别是。单个探针值在象形图上显示为散点图J型和*K（K）*.

**图7。**
从Affymetrix Mapping 500K阵列生成的五个滤泡性淋巴瘤肿瘤样本的第6和17号染色体的拷贝数分布。感兴趣的地区A类和B类在第6染色体和J型和*K（K）*在17号染色体上（对应于图6中类似标记的缩放象形文字），这些区域的规模不断扩大。单个探针值显示为区域附近的散点图J型和*K（K）*.

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

下一代基因组测序时代用于循环可视化的基因组工具概述。
Parveen A、Khurana S、Kumar A。 Parveen A等人。当前基因组学。2019年2月；20(2):90-99. doi:10.2174/1389202920666190314092044。当前基因组学。2019 PMID：31555060 免费PMC文章。审查。
CIRCUS：一个用于Circos显示来自配对和配对测序数据的结构基因组变异的软件包。
Naquin D、D'Aubenton Carafa Y、Thermes C、Silvain M。 Naquin D等人。 BMC生物信息学。2014年6月18日；15:198. doi:10.1186/1471-2105-15-198。 BMC生物信息学。2014 PMID：24938393 免费PMC文章。
RCircos：用于Circos 2D轨迹图的R包。
Zhang H、Meltzer P、Davis S。张华等。 BMC生物信息学。2013年8月10日；14:244. doi:10.1186/1471-2105-14-244。 BMC生物信息学。2013 PMID：23937229 免费PMC文章。
统计查看器：一种将链接和关联数据上传和整合为Ensembl基因组浏览器中显示的图的工具。
Stenger JE、Xu H、Haynes C、Hauser ER、Pericak-Vance M、Goldschmidt-Clermont PJ、Vance JM。 Stenger JE等人。 BMC生物信息学。2005年4月12日；6:95. doi:10.1186/1471-2105-6-95。 BMC生物信息学。2005 PMID：15826305 免费PMC文章。
滤泡性淋巴瘤6q16.3最小缺失区的划定和跨越6q16-q21的6兆碱基区的细菌人工染色体的构建。
亨德森·LJ、冈本一世、莱斯图VS、卢德科夫斯基·O、罗比查德·M、查那拜·M、加斯科因·RD、克拉萨·RJ、康纳斯·JM、马拉·MA、霍斯曼·DE、林·WL。 Henderson LJ等人。基因染色体癌。2004年5月；40(1):60-5. doi:10.1002/gcc.20013。基因染色体癌。2004 PMID：15034870

查看所有类似文章

引用人

急性髓细胞白血病中新型PPP1R1B:：STARD3融合转录物的检测：一例报告。
Firouzabadi ED、Allami M、Mohammed EJ、Barzegar H、Dastpak M、Alemohammad R、Moghimi V、Mahmoudian RA、Nasrabadi F、Arghiani N、Kitamura Y、Hosseini SA、Ghasemi A、Farshchian M。 Firouzabadi ED等人。 J Med Case Rep.2024年6月5日；18(1):269. doi:10.1186/s13256-024-04536-w。《医学案例报告》2024。 PMID：38835078 免费PMC文章。
100例连续患者的个性化噬菌体治疗结果：一项多中心、多国、回顾性观察研究。
Pirnay JP、Djebara S、Steurs G、Griselain J、Cochez C、De Soir S、Glonti T、Spiessens A、Vanden Berghe E、Green S、Wagemans J、Lood C、Schrevens E、Chanishvili N、Kutateladze M、De Jode M、Ceyssens PJ、Draye JP、Verbeken G、De Vos D、Rose T、Onsea J、Van Nieuwenhuyse B；噬菌体治疗提供者；噬菌体供体；Soentjens P、Lavigne R、Merabishvili M。 Pirnay JP等人。自然微生物。2024年6月；9(6):1434-1453. doi:10.1038/s41564-024-01705-x。电子出版2024年6月4日。自然微生物。2024 PMID：38834776 免费PMC文章。
英国生物银行出版物的缺口分析揭示了与乳腺癌固有亚型相关的SNP。
van den Driest L、Kelly P、Marshall A、Johnson CH、Lasky-Su J、Lannigan A、Rattray Z、Rattray-NJW。 van den Driest L等人。《计算结构生物技术杂志》2024年5月10日；23:2200-2210. doi:10.1016/j.csbj.2024.05.001。电子采集2024年12月。计算结构生物技术杂志2024。 PMID：38817965 免费PMC文章。
甘蓝型油菜MORF基因家族的综合鉴定、表征和表达分析。
邢杰、张毅、宋伟、阿里娜、苏凯、孙X、孙毅、姜毅、赵X。邢杰等。 BMC植物生物学。2024年5月30日；24(1):475. doi:10.1186/s12870-024-05177-3。 BMC植物生物学。2024 PMID：38816808 免费PMC文章。
对冈比亚按蚊第2阶段1000基因组数据集进行的宏基因组分析显示，与野外采集的蚊子相关的钴离子种类繁多。
Pastusiak A、Reddy MR、Chen X、Hoyer I、Dorman J、Gebhardt ME、Carpi G、Norris DE、Pipas JM、Jackson EK。 Pastusiak A等人。公共生物。2024年5月30日；7(1):667. doi:10.1038/s42003-024-06337-9。公共生物。2024 PMID：38816486 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Bakhshi A、Wright JJ、Graninger W、Seto M、Owens J、Cossman J、Jensen JP、Goldman P、Korsmeyer SJ。t（14；18）染色体易位的机制：衍生14和18互惠伙伴的结构分析。国家科学院院刊。1987;84:2396–2400.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Baran R、Robert M、Suematsu M、Soga T、Tomita M。组学数据三方比较的可视化。BMC生物信息学。2007;8:72. doi:10.1186/1471-2105-8-72。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学
1. Campbell PJ、Stephens PJ、Pleasance ED、O'Meara S、Li H、Santarius T、Stebbings LA、Leroy C、Edkins S、Hardy C等。使用全基因组大规模平行配对测序鉴定癌症中的体获得性重排。自然遗传学。2008;40:722–729.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Choudhuri JV、Schleiermacher C、Kurtz S、Giegerich R.GenAlyzer：整个基因组之间序列相似性的交互式可视化。生物信息学。2004;20:1964–1965.-公共医学
1. Ciccarelli FD、Doerks T、von Mering C、Creevey CJ、Snel B、Bork P.致力于高分辨率生命树的自动重建。科学。2006;311:1283–1287.-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Bakhshi A、Wright JJ、Graninger W、Seto M、Owens J、Cossman J、Jensen JP、Goldman P、Korsmeyer SJ。t（14；18）染色体易位的机制：衍生14和18互惠伙伴的结构分析。国家科学院院刊。1987;84:2396–2400.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Bakhshi A、Wright JJ、Graninger W、Seto M、Owens J、Cossman J、Jensen JP、Goldman P、Korsmeyer SJ。t（14；18）染色体易位的机制：衍生14和18互惠伙伴的结构分析。国家科学院院刊。1987;84:2396–2400.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Baran R、Robert M、Suematsu M、Soga T、Tomita M。组学数据三方比较的可视化。BMC生物信息学。2007;8:72. doi:10.1186/1471-2105-8-72。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Baran R、Robert M、Suematsu M、Soga T、Tomita M。组学数据三方比较的可视化。BMC生物信息学。2007;8:72. doi:10.1186/1471-2105-8-72。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Campbell PJ、Stephens PJ、Pleasance ED、O'Meara S、Li H、Santarius T、Stebbings LA、Leroy C、Edkins S、Hardy C等。使用全基因组大规模平行配对测序鉴定癌症中的体获得性重排。自然遗传学。2008;40:722–729.-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Campbell PJ、Stephens PJ、Pleasance ED、O'Meara S、Li H、Santarius T、Stebbings LA、Leroy C、Edkins S、Hardy C等。使用全基因组大规模平行配对测序鉴定癌症中的体获得性重排。自然遗传学。2008;40:722–729.-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Choudhuri JV、Schleiermacher C、Kurtz S、Giegerich R.GenAlyzer：整个基因组之间序列相似性的交互式可视化。生物信息学。2004;20:1964–1965.-公共医学

[8] Choudhuri JV、Schleiermacher C、Kurtz S、Giegerich R.GenAlyzer：整个基因组之间序列相似性的交互式可视化。生物信息学。2004;20:1964–1965.-公共医学

[9] Ciccarelli FD、Doerks T、von Mering C、Creevey CJ、Snel B、Bork P.致力于高分辨率生命树的自动重建。科学。2006;311:1283–1287.-公共医学

[10] Ciccarelli FD、Doerks T、von Mering C、Creevey CJ、Snel B、Bork P.致力于高分辨率生命树的自动重建。科学。2006;311:1283–1287.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

马戏团：比较基因组学的信息美学

附属

马戏团：比较基因组学的信息美学

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源