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.2009年8月1日;25(15):1966-7.
doi:10.1093/bioinformatics/btp336。 Epub 2009年6月3日。

SOAP2:一种改进的超快工具,用于短阅读对齐

附属公司

SOAP2:一种改进的超快工具,用于短阅读对齐

李瑞强等。 生物信息学. .

摘要

总结:SOAP2是短寡核苷酸比对程序的一个显著改进版本,它既减少了计算机内存使用,又以前所未有的速度提高了比对速度。我们使用Burrows-Wheeler变换(BWT)压缩索引来代替种子策略来索引主内存中的引用序列。我们在整个人类基因组上进行了测试,发现该新算法将内存使用量从14.7GB减少到5.4GB,并将对齐速度提高了20-30倍。SOAP2兼容单引擎和双引擎读取。此外,该工具现在支持多种文本和压缩文件格式。还开发了一种共识构建器,用于根据参考基因组上的短读比对进行共识组装和SNP检测。

可利用性:http://soap.genomics.org.cn。

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