An innovative approach for testing bioinformatics programs using metamorphic testing

doi:10.1186/1471-2105-10-24

.2009年1月19:10:24。

doi:10.1186/1471-2105-10-24。

使用变形测试测试生物信息学程序的创新方法

曾月珍（Tsong Yueh Chen）¹, 约书亚·W·K·何, 刘淮, 谢晓媛

附属公司

PMID： 19152705
预防性维修识别码：项目经理2657898
内政部： 10.1186/1471-2105-10-24

使用变形测试测试生物信息学程序的创新方法

曾月珍（Tsong Yueh Chen）等。 BMC生物信息学. 2009.

.2009年1月19:10:24。

doi:10.1186/1471-2105-10-24。

作者

曾月珍（Tsong Yueh Chen）¹, 约书亚·W·K·何, 刘淮, 谢晓媛

附属

¹悉尼大学信息技术学院，悉尼，新南威尔士州，2006年，澳大利亚。tychen@swin.edu.au

PMID： 19152705
预防性维修识别码：项目经理2657898
内政部： 10.1186/1471-2105-10-24

摘要

背景：实验和计算技术的最新进展推动了许多复杂生物信息学程序的发展。这些程序的正确性至关重要，因为不正确的计算结果可能导致错误的生物学结论或错误的下游实验。常见的软件测试程序包括用一组测试输入执行目标程序，然后验证测试输出的正确性。然而，由于许多生物信息学程序的复杂性，通常很难验证测试输出的正确性。因此，我们执行系统软件测试的能力受到极大阻碍。

结果：我们建议使用一种新的软件测试技术——变形测试（MT）来测试一系列生物信息学程序。MT技术不需要一种机制来验证单个测试输出是否正确，而是验证一对测试输出是否符合一组称为变形关系（MR）的领域特定属性，从而大大增加了可以应用的测试用例的数量和种类。为了证明机器翻译是如何在实践中使用的，我们应用机器翻译测试了两个开源生物信息学程序，即GNLab和SeqMap。特别地，我们证明了MT易于实现，并且在检测真实程序和一些人工故障种子程序中的故障方面是有效的。此外，我们讨论了机器翻译如何应用于生物信息学各个领域的测试程序。

结论：本文描述了一种简单、有效和自动化的技术在系统测试一系列生物信息学程序中的应用。我们通过两个实际案例研究展示了机器翻译如何在实践中实现。由于许多生物信息学程序，特别是用于大规模模拟和数据分析的程序，很难进行系统测试，因此其开发人员可能会受益于将机器翻译作为测试策略的一部分。因此，我们的工作代表着生物信息学软件可靠性的重要一步。

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[1] 贝克J、桑顿J。生物信息学中的软件工程挑战。《国际软件工程会议论文集》，2004年。第12-15页。

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[3] Weston P.生物信息学软件工程：提供有效应用。威利；2004

[4] Weston P.生物信息学软件工程：提供有效应用。威利；2004

[5] Beizer B.软件测试技术。Van Nostrand Reinhold；1990

[6] Beizer B.软件测试技术。Van Nostrand Reinhold；1990

[7] Ammann P，Offutt J.软件测试简介。剑桥大学出版社；2008

[8] Ammann P，Offutt J.软件测试简介。剑桥大学出版社；2008

[9] Chen T，Kuo FC，Liu Y，Tang A.变形测试和特殊值测试。2004年第五届软件工程、人工智能、网络和并行/分布式计算国际会议论文集（SNPD’04）。第128–134页。

[10] Chen T，Kuo FC，Liu Y，Tang A.变形测试和特殊值测试。2004年第五届软件工程、人工智能、网络和并行/分布式计算国际会议论文集（SNPD’04）。第128–134页。

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