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ArrayExpress更新——从功能基因组学实验档案到基因表达图谱

海伦·帕金森等。 核酸研究. 2009年1月.

摘要

阵列Expresshttp://www.ebi.ac.uk/arrayexpress由三部分组成：ArrayExpress Repository——功能基因组学实验和支持数据的公共档案，ArrayExpress Warehouse是一个基因表达谱和其他生物测量的数据库，ArrayExpress Atlas是一个新的摘要数据库和元分析工具，用于跨多个实验和不同的生物条件对基因表达进行排序。该数据库包含6000多个实验的数据，包括大约200000次分析，数据库的大小每15个月翻一番。大多数数据是基于阵列的，但也包括其他数据类型，包括最近的超高通量测序转录组学和表观遗传学数据。Warehouse和Atlas允许用户通过基因名称和属性、实验条件和样品属性或两者的组合查询差异表达基因。在本次更新中，我们介绍了ArrayExpress过去两年的发展情况。

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数字

图1。
图1。
ArrayExpress Atlas的表视图显示了在不同实验条件下对小鼠基因Nfkbia上调的查询。从左至右依次为：ArrayExpress实验登录、实验描述、条件（因子值）、基因名称（链接到基因查看页面）、基因标识符、生物体、，P（P）-带有向上/向下指示器的值（红色箭头表示向上，蓝色箭头表示向下）和指向ArrayExpress Warehouse的支持数据链接（插入左下角）。
图2。
图2。
ArrayExpress Atlas的热图视图显示了所有物种肾脏和肝脏中Nfkbia、Aspm和Saa4基因的表达概况。
图3。
图3。
ArrayExpress Atlas高级查询界面显示卡波西肉瘤病肺组织中所有基因上调，正常样本中所有基因下调。
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