NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data

doi:10.1093/nar/gkn764

.2009年1月；37（数据库问题）：D885-90。

doi:10.1093/nar/gkn764。 Epub 2008年10月21日。

NCBI GEO：高通量功能基因组数据存档

坦尼亚·巴雷特¹, 丹尼斯·B·特鲁普, 斯蒂芬·E·威尔希特, 皮埃尔·勒杜, 德米特里·鲁德涅夫, 卡洛斯·伊万格利斯塔, 艾琳·F·金, 亚历山德拉·索博列娃, 马克西姆·托马谢夫斯基, 金伯利·马歇尔, 凯瑟琳·菲利普, 帕蒂·谢尔曼, 罗尔夫·N·穆特, 罗恩·埃德加

附属公司

PMID： 18940857
PMCID公司：第686538页
内政部： 10.1093/nar/gkn764

NCBI GEO：高通量功能基因组数据存档

坦尼亚·巴雷特等。核酸研究. 2009年1月.

.2009年1月；37（数据库问题）：D885-90。

doi:10.1093/nar/gkn764。 Epub 2008年10月21日。

作者

坦尼亚·巴雷特¹, 丹尼斯·B·特鲁普, 斯蒂芬·E·威尔希特, 皮埃尔·勒杜, 德米特里·鲁德涅夫, 卡洛斯·伊万格利斯塔, 艾琳·F·金, 亚历山德拉·索博列娃, 马克西姆·托马舍夫斯基, 金伯利·马歇尔, 凯瑟琳·菲利普, 帕蒂·谢尔曼, 罗尔夫·N·穆特, 罗恩·埃德加

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达中心路45号国立卫生研究院国家医学图书馆国家生物技术信息中心，邮编：20892。barrett@ncbi.nlm.nih.gov

PMID： 18940857
PMCID公司：项目经理2686538
内政部： 10.1093/nar/gkn764

摘要

国家生物技术信息中心（NCBI）的基因表达综合数据库（GEO）是最大的高通量基因表达数据公共存储库。此外，GEO还拥有其他类别的高通量功能基因组数据，包括那些检查基因组拷贝数变化、染色质结构、甲基化状态和转录因子结合的数据。这些数据是由研究团体使用诸如微阵列和最近的下一代测序等高通量技术生成的。该数据库有一个灵活的基础设施，可以捕获完全注释的原始和处理数据，从而符合主要的社区衍生科学报告标准，如“微阵列实验的最低信息”（MIAME）。除了作为一个集中的数据存储中心，GEO还提供了许多工具和功能，允许用户从以基因为中心和以实验为中心的角度有效地探索、分析和下载表达数据。本文总结了GEO存储库的结构、内容和操作过程，以及最近介绍的数据挖掘功能。GEO可通过以下网址免费访问：网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
一系列GEO屏幕截图。数据集浏览器(A类)启用对数据集的简单关键字搜索。选择数据集时，将显示一个窗口(B类)其中包含有关该数据集的详细信息、下载选项以及到分析功能（包括基因表达谱）的链接(C类). 可以更详细地查看每个表达式配置文件，以查看该基因在数据集中所有样本中的活动(D类).

**图2。**
查询工作流的示意图概述，以及各种功能和工具是如何相互关联的。表2提供了许多这些特征的位置和用途的描述。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

NCBI GEO：挖掘数以千万计的表达式配置文件——数据库和工具更新。
Barrett T、Troup DB、Wilhite SE、Ledoux P、Rudnev D、Evangelista C、Kim IF、Soboleva A、Tomashevsky M、Edgar R。 Barrett T等人。核酸研究，2007年1月；35（数据库问题）：D760-5。doi:10.1093/nar/gkl887。Epub 2006年11月11日。核酸研究2007。 PMID：17099226 免费PMC文章。
NCBI GEO：功能基因组数据集档案——10年过去了。
Barrett T、Troup DB、Wilhite SE、Ledoux P、Evangelista C、Kim IF、Tomashevsky M、Marshall KA、Phillippy KH、Sherman PM、Muertter RN、Holko M、Ayanbule O、Yefanov A、Soboleva A。 Barrett T等人。核酸研究，2011年1月；39（数据库问题）：D1005-10。doi:10.1093/nar/gkq1184。Epub 2010年11月21日。核酸研究2011。 PMID：21097893 免费PMC文章。
在NCBI的基因表达总站（GEO）挖掘微阵列数据*。
巴雷特·T，埃德加·R。 Barrett T等人。方法分子生物学。2006;338:175-90. doi:10.1385/1-59745-097-9:175。方法分子生物学。2006 PMID：16888359 免费PMC文章。
基因表达综合：微阵列数据存储、提交、检索和分析。
巴雷特·T，埃德加·R。 Barrett T等人。方法酶制剂。2006;411:352-69. doi:10.1016/S0076-6879（06）11019-8。方法酶制剂。2006 PMID：16939800 免费PMC文章。审查。
癌症研究的基因组平台：临床肿瘤学中潜在的诊断和预后应用。
Jares P、Campo E。 Jares P等人。临床转化肿瘤。2006年3月；8(3):161-72. doi:10.1007/s12094-006-0006-z。临床转化肿瘤。2006 PMID：16648115 审查。

查看所有类似文章

引用人

大规模多发性硬化研究中的基因表达和选择性剪接分析。
Sak M、Chariker JH、Park JW、Rouchka EC。 Sak M等人。 medRxiv[预打印]。2024年8月16日2024.08.16.24312099。doi:10.1101/2024.08.16.24312099。医学研究。2024 PMID：39185521 免费PMC文章。预打印。
通过生物信息学和基于网络的筛查方法确定亨廷顿病的分子靶点和小候选药物。
侯赛因MR、Tareq MMI、Biswas P、Tauhida SJ、Bibi S、Zilani MNH、Albarani GM、Al-Ghadi MQ、Abdel-Daim MM、Hasan MN。侯赛因MR等人。《细胞分子医学杂志》，2024年8月；28（16）：e18588。doi:10.1111/jcmm.18588。《细胞分子医学杂志》，2024年。 PMID：39153206 免费PMC文章。
通过转录组分析确定偏侧帕金森病大鼠模型中与海马功能障碍相关的候选基因。
Kim B、Hong S、Lee J、Kang S、Kim JS、Jung C、Shin T、Youn B、Moon C。 Kim B等人。 Anim Cells系统（首尔）。2024年4月30日；28(1):198-215. doi:10.1080/19768354.2024.2348671。eCollection 2024年。 Anim Cells系统（首尔）。2024 PMID：38693920 免费PMC文章。
揭示云计算在医疗保健系统和生物医学科学中的作用。
Sachdeva S、Bhatia S、Al Harrasi A、Shah YA、Anwer K、Philip AK、Shah SFA、Khan A、Ahsan Halim S。 Sachdeva S等人。太阳神。2024年4月2日；10（7）：e29044。doi:10.1016/j.heliyon.2024.e29044。eCollection 2024年4月15日。太阳神。2024 PMID：38601602 免费PMC文章。审查。
GnRH诱导小鼠性腺突细胞细胞骨架瓜氨酸化。
Quigley EB、DeVore SB、Khan SA、Geisterfer ZM、Rothfuss HM、Sequoia AO、Thompson PR、Gatlin JC、Cherrington BD、Navratil AM。 Quigley EB等人。国际分子科学杂志。2024年3月10日；25(6):3181. doi:10.3390/ijms25063181。国际分子科学杂志。2024 PMID：38542155 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Edgar R，Domracev M，Lash AE。基因表达总览：NCBI基因表达和杂交阵列数据存储库。核酸研究2002；30:207–210.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Wold B，Myers RM。功能基因组学的序列普查方法。自然方法。2008;5:19–21.-公共医学
1. Ball C、Brazma A、Causton H、Chervitz S、Edgar R、Hingamp P、Matese JC、Parkinson H、Quackenbush J、Ringwald M等。微阵列数据标准：公开信。环境。健康展望。2004;112:A666–A667。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Brazma A、Hingamp P、Quackenbush J、Sherlock G、Spellman P、Stoeckert C、Aach J、Ansorge W、Ball CA、Causton HC等。微阵列实验（MIAME）的最低信息——符合微阵列数据标准。自然遗传学。2001;29:365–371.-公共医学
1. Chen X，Xu H，Yuan P，Fang F，Huss M，Vega VB，Wong E，Orlov YL，Zhang W，Jiang J，等。胚胎干细胞中外部信号通路与核心转录网络的整合。单元格。2008;133:1106–1117.-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动

赠款和资金

美国NIH HHS校内

LinkOut-更多资源

全文源
其他文献来源
- 镜片-专利引文

[1] Edgar R，Domracev M，Lash AE。基因表达总览：NCBI基因表达和杂交阵列数据存储库。核酸研究2002；30:207–210.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Edgar R，Domracev M，Lash AE。基因表达总览：NCBI基因表达和杂交阵列数据存储库。核酸研究2002；30:207–210.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Wold B，Myers RM。功能基因组学的序列普查方法。自然方法。2008;5:19–21.-公共医学

[4] Wold B，Myers RM。功能基因组学的序列普查方法。自然方法。2008;5:19–21.-公共医学

[5] Ball C、Brazma A、Causton H、Chervitz S、Edgar R、Hingamp P、Matese JC、Parkinson H、Quackenbush J、Ringwald M等。微阵列数据标准：公开信。环境。健康展望。2004;112:A666–A667。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Ball C、Brazma A、Causton H、Chervitz S、Edgar R、Hingamp P、Matese JC、Parkinson H、Quackenbush J、Ringwald M等。微阵列数据标准：公开信。环境。健康展望。2004;112:A666–A667。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Brazma A、Hingamp P、Quackenbush J、Sherlock G、Spellman P、Stoeckert C、Aach J、Ansorge W、Ball CA、Causton HC等。微阵列实验（MIAME）的最低信息——符合微阵列数据标准。自然遗传学。2001;29:365–371.-公共医学

[8] Brazma A、Hingamp P、Quackenbush J、Sherlock G、Spellman P、Stoeckert C、Aach J、Ansorge W、Ball CA、Causton HC等。微阵列实验（MIAME）的最低信息——符合微阵列数据标准。自然遗传学。2001;29:365–371.-公共医学

[9] Chen X，Xu H，Yuan P，Fang F，Huss M，Vega VB，Wong E，Orlov YL，Zhang W，Jiang J，等。胚胎干细胞中外部信号通路与核心转录网络的整合。单元格。2008;133:1106–1117.-公共医学

[10] Chen X，Xu H，Yuan P，Fang F，Huss M，Vega VB，Wong E，Orlov YL，Zhang W，Jiang J，等。胚胎干细胞中外部信号通路与核心转录网络的整合。单元格。2008;133:1106–1117.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

NCBI GEO：高通量功能基因组数据存档

附属

NCBI GEO：高通量功能基因组数据存档

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源