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比较研究
.2008年10月30日;455(7217):1251-4.
doi:10.1038/nature07341。 Epub 2008年9月28日。

基于质谱的单倍体与二倍体酵母蛋白质组综合定量

附属公司
比较研究

基于质谱的单倍体与二倍体酵母蛋白质组综合定量

Lyris M F de Godoy公司等。 自然. .

摘要

质谱法是一种分析大量内源性蛋白质的强大技术。然而,迄今为止,与细胞蛋白质组的全面鉴定和相对定量相关的分析挑战似乎是无法克服的。在这里,利用计算蛋白质组学、仪器性能和样品制备策略的进展,我们将单倍体酵母细胞中基本上所有内源性蛋白质的蛋白质水平与其二倍体对应物进行了比较。我们的分析跨越了蛋白质丰度的四个数量级以上,没有区分膜蛋白或低水平调节蛋白。细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记(SILAC)定量在整个蛋白质组中非常准确,大多数酵母蛋白质的一对一比率证明了这一点。信息素途径的关键成员对单倍体酵母具有特异性,但其他成员未发生改变,这表明交配反应的有效控制机制。一些反转录转座子相关蛋白对单倍体酵母具有特异性。基因本体分析发现细胞壁成分发生了重大变化,这与几何因素一致:二倍体细胞的体积是单倍体细胞体积的两倍,但表面积不是两倍。转录组水平与蛋白质组整体变化不一致。然而,在筛选出低置信度的微阵列测量结果后,信使RNA变化和SILAC比率与信息素途径成分之间的相关性非常好。直接在蛋白质水平上进行全系统精确量化,为后基因组学和系统生物学开辟了新的前景。

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