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.2008:453:3-31.
doi:10.1007/978-1-60327-429-61。

UNAFold:核酸折叠和杂交软件

附属公司

UNAFold:核酸折叠和杂交软件

尼古拉斯·R·马卡姆等。 分子生物学方法. 2008.

摘要

UNAFold软件包是一个集成的程序集,用于模拟一个或两个单链核酸序列的折叠、杂交和熔化路径。该名称来源于“统一核酸折叠”。单链RNA或DNA的折叠(二级结构)预测结合了自由能最小化、配分函数计算和随机抽样。对于熔化模拟,该软件包计算整个熔化轮廓,而不仅仅是熔化温度。计算了260nm处的紫外线吸收率、热容变化(C(p))和不同分子物种的摩尔分数,作为温度的函数。该软件包安装并运行在我们看过的所有Unix和Linux平台上,包括Mac OS X。二级结构、混合和点图的图像可以使用通用格式计算。同样,在适当的时候创建各种熔化剖面图。如果提供了这些图,则后面的图包括实验结果。该包是“命令行”驱动的。底层编译程序可以单独使用,也可以通过使用各种Perl脚本进行特殊组合。鼓励用户创建自己的脚本来补充软件包附带的内容。此不断发展的软件可从以下网址下载:http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/download.php .

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