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比较研究
.2007年11月8日7:214。
doi:10.1186/1471-2148-7-214。

BEAST:基于采样树的贝叶斯进化分析

附属机构
比较研究

BEAST:通过采样树进行贝叶斯进化分析

阿列克谢·德拉蒙德等。 BMC进化生物学. .

摘要

背景:分子序列变异的进化分析是一项统计研究。这反映在概率模型在系统发育推断、多序列比对和分子群体遗传学中的使用越来越多。在这里,我们介绍了BEAST:一种快速、灵活的软件架构,用于对进化树相关的分子序列进行贝叶斯分析。提供了大量流行的序列演化随机模型,并实现了适用于种内和种间序列数据的基于树的模型。

结果:BEAST 1.4.6版由81000行Java源代码、779个类和81个包组成。它为DNA和蛋白质序列进化、高参数合并分析、放松时钟系统发育学、非暂时序列数据、统计比对和广泛的先验分布选项提供了模型。BEAST源代码是面向对象的、模块化的设计,可在http://beast-mcmc.googlecode.com/根据GNU LGPL许可证。

结论:BEAST是一个强大而灵活的分子序列变异进化分析软件包。它还为进一步开发进化分析的新模型和统计方法提供了资源。

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数字

图1
图1
17登革热共识树4环境价值序列使用GTR+CP替代模型在严格时钟分析下对登革热4型序列进行实例分析的一致性树。每个内部节点都标记有相应分支的单系后验概率。灰色条显示了每个发散时间95%最高后向密度区间的范围。规模以年为单位。

类似文章

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引用人

工具书类

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