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.2007年8月;24(8):1586-91.
doi:10.1093/molbev/msm088。 Epub 2007年5月4日。

PAML 4:最大似然系统发育分析

附属机构

PAML 4:最大似然系统发育分析

杨紫恒. 分子生物学进化. 2007年8月.

摘要

PAML目前处于版本4中,是一个使用最大似然(ML)对DNA和蛋白质序列进行系统发育分析的程序包。这些程序可以用于比较和测试系统发育树,但它们的主要优势在于实现了丰富的进化模型库,可以用来估计序列进化模型中的参数,并测试有趣的生物假设。程序的用途包括估计两个蛋白质编码DNA序列之间的同义和非同义比率(d(N)和d(S)),通过蛋白质编码基因的系统发育比较推断正达尔文选择,重建祖先基因和蛋白质以用于已灭绝生命体的分子恢复研究,对来自多个基因位点的异质数据集进行组合分析,并结合化石校准中的不确定性估计物种分化时间。本说明讨论了该软件包的一些主要应用程序,其中包括示例数据集以演示其使用。该包是用ANSI C编写的,在Windows、Mac OSX和UNIX系统下运行。可从以下网址获得:(http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html).

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