VISTA Enhancer Browser--a database of tissue-specific human enhancers

doi:10.1093/nar/gkl822

.2007年1月；35（数据库问题）：D88-92。

doi:10.1093/nar/gkl822。 Epub 2006年11月27日。

VISTA增强浏览器——组织特异性人类增强剂数据库

Axel遮阳板¹, 西蒙·米诺维茨基, Inna Dubchak酒店, Len A Pennacchio先生

附属公司

PMID： 17130149
预防性维修识别码：项目经理1716724
内政部： 10.1093/nar/gkl822

VISTA增强浏览器——组织特异性人类增强剂数据库

Axel遮阳板等。核酸研究. 2007年1月.

.2007年1月；35（数据库问题）：D88-92。

doi:10.1093/nar/gkl822。 Epub 2006年11月27日。

作者

Axel遮阳板¹, 西蒙·米诺维茨基, Inna Dubchak酒店, Len A Pennacchio先生

附属

¹基因组学部，MS 84-171，劳伦斯伯克利国家实验室，美国加利福尼亚州伯克利94720。

PMID： 17130149
预防性维修识别码：项目经理1716724
内政部： 10.1093/nar/gkl822

摘要

尽管已知人类基因组中存在远距离作用的顺调控元件，但这些元件中只有一小部分已被鉴定并在体内进行了实验表征。因此，具有明确活性的增强子集合的缺乏阻碍了全基因组预测增强子及其功能的计算方法。为了填补这一空白，我们利用比较基因组分析来鉴定人类基因组中的候选增强子元件，并结合转基因小鼠体内增强子活性的实验测定[L.A.Pennacchio等人（2006）Nature，出版中]。这些数据可通过VISTA增强浏览器获得(网址：http://enhancer.lbl.gov). 这个不断增长的数据库目前包含250多个经实验测试的DNA片段，其中100多个已被证实为组织特异性增强子。对于每个阳性增强子，我们提供了胚胎第11.5天全山胚胎染色的数字图像以及报告基因表达模式的解剖学描述。用户可以检索感兴趣的单个基因附近的元素，搜索针对特定组织的报告基因表达的增强子，或者下载具有定义的组织特异性或保存深度的整个增强子集合。这些经过实验验证的训练集有望为增强剂功能的广泛下游计算和功能研究提供基础。

PubMed免责声明

数字

图1
显示具有可重复增强子活性的元素的实验结果。侧翼基因显示在页面顶部（白色箭头）。表达模式由标准化解剖学术语（黄色箭头）描述，代表性胚胎的图像（绿色箭头）显示在测试人体元素序列（蓝色箭头）及其保存剖面（红色箭头）的上方。所有胚胎图片也可以高分辨率观看（插图）。

图2
检索将报告基因表达驱动到用户定义的解剖结构的增强子，在本例中为前脑。(A类)结果表中的每一行对应一个体内-分析元素。鼠标图标（蓝色）表示元素是E11.5处的增强器。河豚鱼、斑马鱼、鸡和青蛙图标表示该元素的保护深度。每个数据集的代表性胚胎图像(B类)通过“位置”链接可以获得有关各个元素守恒剖面的更详细信息。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

人体保守非编码序列的体内增强子分析。
Pennacchio LA、Ahituv N、Moses AM、Prabhakar S、Nobrega MA、Shoukry M、Minovitsky S、Dubchak I、Holt A、Lewis KD、Plajzer-Frick I、Akiyama J、De Val S、Afzal V、Black BL、Couronne O、Eisen MB、Visel A、Rubin EM。 Pennacchio LA等人。自然。2006年11月23日；444(7118):499-502. doi:10.1038/nature05295。Epub 2006年11月5日。自然。2006 PMID：17086198
GeneHancer：基因卡中增强子和靶基因的全基因组整合。
Fishilevich S、Nudel R、Rappaport N、Hadar R、Plaschkes I、Ini Stein T、Rosen N、Kohn A、Twik M、Safran M、Lancet D、Cohen D。 Fishilevich S等人。数据库（牛津）。2017年1月1日；2017年：bax028。doi:10.1093/database/bax028。数据库（牛津）。2017 PMID：28605766 免费PMC文章。
EnhancerAtlas 2.0：一个更新的资源，在9个物种的586种组织/细胞类型中有增强子注释。
高特、钱杰。 Gao T等人。核酸研究2020年1月8日；48（D1）：D58-D64。doi:10.1093/nar/gkz980。核酸研究2020。 PMID：31740966 免费PMC文章。
使用转基因报告分析对动物中增强子的功能进行表征。
Kvon EZ公司。 Kvon EZ公司。基因组学。2015年9月；106(3):185-192. doi:10.1016/j.ygeno.2015.06.007。Epub 2015年6月11日。基因组学。2015 PMID：26072435 审查。
用于增强子鉴定的生物信息学方法的进展和挑战。
Kleftogiannis D、Kalnis P、Bajic VB。 Kleftogiannis D等人。简要生物信息。2016年11月；17(6):967-979. doi:10.1093/bib/bbv101。Epub 2015年12月3日。简要生物信息。2016 PMID：26634919 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

极化FGF8源在皮层集合体的空间定向细胞群中指定了前时特征。
Bosone C、Castaldi D、Burkard TR、Guzman SJ、Wyatt T、Cheroni C、Caporale N、Bajaj S、Bagley JA、Li C、Sorre B、Villa CE、Testa G、Krenn V、Knoblich JA。 Bosone C等人。自然方法。2024年9月18日。doi:10.1038/s41592-024-02412-5。打印前在线。自然方法。2024. PMID：39294368
人类增强子突变敏感性图谱在体内.
Kosicki M、Zhang B、Pampari A、Akiyama JA、Plajzer-Frick I、Novak CS、Tran S、Zhu Y、Kato M、Hunter RD、von Maydell K、Barton S、Beckman E、Kundaje A、Dickel DE、Visel A、Pennacchio LA。 Kosicki M等人。 bioRxiv[预印本]。2024年9月8日：2024.09.06.611737。doi:10.1101/2024.09.06.611737。生物Rxiv。2024. PMID：39282388 免费PMC文章。预打印。
使用以启动子为中心的Capture-C在相关代谢细胞模型中暗示2型糖尿病效应基因。
Wachowski NA、Pippin JA、Boehm K、Lu S、Leonard ME、Manduchi E、Parlin UW、Wabitsch M、Chesi A、Wells AD、Grant SFA、Pahl MC。 Wachowski NA等人。糖尿病。2024年9月6日。doi:10.1007/s00125-024-06261-x。打印前在线。糖尿病。2024. PMID：39240351
元数据指导功能基因组学的特征分离。
Rakowski A、Monti R、Huryn V、Lemanczyk M、Ohler U、Lippert C。 Rakowski A等人。生物信息学。2024年9月1日；40（补充2）：ii4-ii10。doi:10.1093/bioinformatics/btae403。生物信息学。2024. PMID：39230700 免费PMC文章。
发育中的DNA去甲基化是神经干细胞特性和胶质生成能力的决定因素。
MacArthur IC、Ma L、Huang CY、Bhavsar H、Suzuki M、Dawlaty MM。麦克阿瑟IC等人。《科学进展》2024年8月30日；10（35）：同上5424。doi:10.1126/sciadv.ado5424。Epub 2024年8月28日。科学进展2024。 PMID：39196941 免费PMC文章。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Lander E.S.、Linton L.M.、Birren B.、Nusbaum C.、Zody M.C.、Baldwin J.、Devon K.、Dewar K.、Doyle M.、FitzHugh W.等人。人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学
1. Venter J.C.、Adams M.D.、Myers E.W.、Li P.W.、Mural R.J.、Sutton G.G.、Smith H.O.、Yandell M.、Evans C.A.、Holt R.A.等人。人类基因组序列。科学。2001;291:1304–1351.-公共医学
1. 国际人类基因组测序协会。完成人类基因组的常染色序列。自然。2004;431:931–945.-公共医学
1. Carninci P.、Kasukawa T.、Katayama S.、Gough J.、Frith M.C.、Maeda N.、Oyama R.、Ravasi T.、Lenhard B.、Wells C.等人。哺乳动物基因组的转录景观。科学。2005;309:1559–1563.-公共医学
1. Nobrega M.A.、Ovcharenko I.、Afzal V.、Rubin E.M.扫描人类基因沙漠中的长程增强子。科学。2003;302:413.-公共医学

出版物类型

行动
行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

赠款和资金

LinkOut-更多资源

[1] Lander E.S.、Linton L.M.、Birren B.、Nusbaum C.、Zody M.C.、Baldwin J.、Devon K.、Dewar K.、Doyle M.、FitzHugh W.等人。人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学

[2] Lander E.S.、Linton L.M.、Birren B.、Nusbaum C.、Zody M.C.、Baldwin J.、Devon K.、Dewar K.、Doyle M.、FitzHugh W.等人。人类基因组的初步测序和分析。自然。2001;409:860–921.-公共医学

[3] Venter J.C.、Adams M.D.、Myers E.W.、Li P.W.、Mural R.J.、Sutton G.G.、Smith H.O.、Yandell M.、Evans C.A.、Holt R.A.等人。人类基因组序列。科学。2001;291:1304–1351.-公共医学

[4] Venter J.C.、Adams M.D.、Myers E.W.、Li P.W.、Mural R.J.、Sutton G.G.、Smith H.O.、Yandell M.、Evans C.A.、Holt R.A.等人。人类基因组序列。科学。2001;291:1304–1351.-公共医学

[5] 国际人类基因组测序协会。完成人类基因组的常染色序列。自然。2004;431:931–945.-公共医学

[6] 国际人类基因组测序协会。完成人类基因组的常染色序列。自然。2004;431:931–945.-公共医学

[7] Carninci P.、Kasukawa T.、Katayama S.、Gough J.、Frith M.C.、Maeda N.、Oyama R.、Ravasi T.、Lenhard B.、Wells C.等人。哺乳动物基因组的转录景观。科学。2005;309:1559–1563.-公共医学

[8] Carninci P.、Kasukawa T.、Katayama S.、Gough J.、Frith M.C.、Maeda N.、Oyama R.、Ravasi T.、Lenhard B.、Wells C.等人。哺乳动物基因组的转录景观。科学。2005;309:1559–1563.-公共医学

[9] Nobrega M.A.、Ovcharenko I.、Afzal V.、Rubin E.M.扫描人类基因沙漠中的长程增强子。科学。2003;302:413.-公共医学

[10] Nobrega M.A.、Ovcharenko I.、Afzal V.、Rubin E.M.扫描人类基因沙漠中的长程增强子。科学。2003;302:413.-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

VISTA增强浏览器——组织特异性人类增强剂数据库

附属

VISTA增强浏览器——组织特异性人类增强剂数据库

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

相关信息

赠款和资金

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

研究材料