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.2005年10月27日；437(7063):1299-320.
doi:10.1038/nature04226。

人类基因组的单倍型图谱

国际HapMap联盟

人类基因组的单倍型图谱

国际HapMap联盟. 自然. .

摘要

遗传遗传变异在人类疾病中起着关键的作用，但迄今为止基本上还没有特征化。在这里，我们报告了一个人类基因组常见变异的公共数据库：在来自四个群体的269个DNA样本中，已经获得了超过一百万个单核苷酸多态性（SNPs）的准确和完整的基因型，包括10个500千碱基区域，其中基本上提取了所有关于常见DNA变异的信息。这些数据记录了重组热点的普遍性，一种连锁不平衡和低单倍型多样性的块状结构，导致SNP与许多相邻SNP之间存在大量相关性。我们展示了HapMap资源如何指导遗传关联研究的设计和分析，阐明结构变异和重组，以及识别在人类进化过程中可能受到自然选择的基因座。

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数字

图1
图1。一段时间内dbSNP中SNP的数量
非冗余SNP的累积数量（每一个都映射到基因组中的一个位置）以实线显示，以及通过基因分型（虚线）和双命中状态（虚线”）验证的SNP数量。年份分为季度（第一季度至第四季度）。
图2
图2。新南威尔士州之间距离的分布
显示了HapMapable基因组（在方法中定义）和所有常见SNPs（MAF≥0.05）的每个分析面板的分布。
图3
图3。ENCODE区域dbSNP的等位基因频率和完整性
a–c，dbSNP中SNP的比例，或dbSNP的代理，显示为每个分析面板的次要等位基因频率的函数(一、YRI；b条，CEU；c，CHB+JPT）。单体是指在单个个体中观察到的杂合子，并从MAF<0.05的其他SNP中分离出来。因为所有ENCODE SNP都存放在dbSNP中，所以对于这个图，如果SNP位于dbSNP构建125中，而与HapMap ENCODE重新排序项目无关，那么我们将SNP定义为“在dbSNP'中”。所有剩余的SNP（不在dbSNP中）仅通过ENCODE重新排序发现；它们按相关性分类(第页2)到dbSNP中的那些。请注意，每个频率箱中的SNP数量在分析面板之间不同，因为并非所有SNP在所有分析面板中都是多态的。
图4
图4。ENCODE数据中SNP的次要等位基因频率分布及其对杂合性的贡献
该图显示了根据次要等位基因频率（蓝色）来自HapMap ENCODE区域的多态性SNP，最低次要等位酶频率bin（<0.05）分为单倍体（仅一个个体中的SNP杂合，以灰色显示）和多个杂合个体的SNP。对于该分析，MAF是在分析面板上取平均值。图中还显示了每个MAF bin对ENCODE区域总杂合度的贡献之和（橙色）。
图5
图5。常染色体SNP的等位基因频率分布
对于每个分析面板，我们绘制了频率大于零的所有第一阶段SNP的MAF分布（条形图）。实线显示ENCODE SNP的MAF分布，虚线显示标准中性种群模型预期的MAF分配，该模型具有恒定的种群规模和随机交配，无需确定偏差。
图6
图6。所有成对分析面板的ENCODE数据中以及CHB和JPT样本集之间的等位基因频率比较
对于每个多态SNP，我们确定了所有面板中的次要等位基因(一–d日)然后计算该等位基因在每个分析面板/样本集中的频率。每个箱子中的颜色代表显示每个给定等位基因频率组的SNP数量。紫色区域表明，在一个面板中很少有SNP是常见的，但在另一个面板上却很少见。红色区域表明，在每对分析面板/样本集中，有许多SNP具有相似的低频率。
图7
图7。单倍型和第页2无专性重组事件区域的值
ENr131.2q37中的第2染色体区域（234876004–234884481 bp；NCBI构建34）包含36个SNP，CEU样本中的专性重组事件为零。图的左侧显示了在该区域观察到的七种不同的单倍型（等位基因仅在SNP处显示），以及数据中各自的计数。在这些单倍型的下面是相同数据的二进制表示，单倍型在SNP位置有彩色圆圈，单倍体在该位置有较不常见的等位基因。由单个标签SNP捕获的所有SNP组（带有第页2≥0.8）使用成对标记算法，具有相同的颜色。与七种不同颜色相对应的七个标签SNP捕获了该区域的所有SNP。在右边，这些SNP被映射到与该地区数据的七个单倍型相关的系谱树上。
图8
图8。两个ENCODE区域连锁不平衡和重组的比较
对于每个地区（ENr131.2q37.1和ENm014.7q31.33），D类'显示了YRI、CEU和CHB+JPT分析面板的图：白色，D类′<1，LOD<2；蓝色，D类′=1，LOD<2；粉红色，D类′<1，LOD≥2；红色，D类′=1，检测限≥2。在这些图的下方，显示了必须发生不同专性重组事件的间隔（蓝色和绿色表示相邻间隔）。叠加间隔表示样本历史中存在多个重组事件的区域。下图显示了估计的重组率，热点显示为红色三角形。
图9
图9。ENCODE区域重组事件的分布
包含十个ENCODE区域（彩色线）和组合（黑线）所有重组的给定部分的序列比例。对于每一条线，SNP区间按估计重组率的降序排列，并在分析面板上进行组合，然后根据序列的累积比例绘制累积重组分数。如果重组率是恒定的，每一条线都会精确地沿着对角线，因此右边的线显示了重组在局部更集中的区域的比例。
图10
图10。重组率、单倍型长度和基因位置之间的关系
重组率（单位：cM Mb）−1（蓝色）。在组合样本（条形）和基因（黑色片段）中频率至少为5%的非冗余单倍型显示在19号染色体（19q13）的示例性基因密集区中。单倍型的颜色取决于它们所跨越的可检测重组事件的数量，红色表示许多事件，蓝色表示很少。
图11
图11
代理SNP的数量(第页2≥0.8）作为ENCODE数据中MAF的函数。
图12
图12
ENCODE数据中每个SNP的代理数是相关阈值的函数(第页2).
图13
图13
第一阶段HapMap中声明代理之间相关性的阈值与捕获的所有SNP的比例之间的关系。
图14
图14。标签SNP信息捕获
用第页2≥0.8是相位ENCODE数据的平均标签SNP间距的函数，为Tagger优先排序的标签SNP（多标记和成对）和随机选取的标签SNPs绘制（从左到右）。对所有ENCODE区域的结果进行平均。
图15
图15。LD跨度长度
我们拟合了一个简单的模型，将连锁不平衡衰减到分布在整个基因组中的100万个碱基的窗口。通过绘制拟合结果，总结了CHB+JPT分析面板的模型拟合结果第页2SNP值以30 kb分隔。其他分析小组的总体变化模式非常相似（见补充信息）。
图16
图16。用于自然选择的长程单倍型（LRH92）检验统计量的分布
在YRI分析面板中乙型肝炎病毒基因以红点突出显示。在CEU分析小组中LCT公司基因区域同样突出显示。
请参阅PMC中的此图像和版权信息

中的注释

  • 基因组学：了解人类多样性。
    Goldstein DB，Cavalleri GL公司。 Goldstein DB等人。 自然。2005年10月27日；437(7063):1241-2. doi:10.1038/4371241a。 自然。2005 PMID：16251937 没有可用的摘要。

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    1. Dahlbäck B.对因子V R506Q突变引起的活化蛋白C的耐药性是静脉血栓形成的常见危险因素。血栓止血。1997;78:483–488.-公共医学
    1. Altshuler D等。常见的PPARγPro12Ala多态性与2型糖尿病风险降低相关。自然遗传学。2000;26:76–80.-公共医学
    1. Deeb SS等。PPARγ2中的Pro12Ala替代与受体活性降低、体重指数降低和胰岛素敏感性改善相关。自然遗传学。1998;20:284–287.-公共医学

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