Genomic scans for selective sweeps using SNP data

doi:10.1101/gr.4252305

比较研究

.2005年11月；15(11):1566-75.

doi:10.1101/gr.4252305。

利用SNP数据进行选择性扫描的基因组扫描

尼耳森¹, 斯科特·威廉姆森, 尤塞奥布·金, 梅丽莎·胡比斯, 安德鲁·克拉克, 卡洛斯·布斯塔曼特

附属公司

PMID： 16251466
预防性维修识别码：项目经理1310644
内政部： 10.1101/4252305克

比较研究

利用SNP数据进行选择性扫描的基因组扫描

尼耳森等。基因组研究. 2005年11月.

.2005年11月；15(11):1566-75.

doi:10.1101/gr.4252305。

作者

尼耳森¹, 斯科特·威廉姆森, 尤塞奥布·金, 梅丽莎·胡比斯, 安德鲁·克拉克, 卡洛斯·布斯塔曼特

附属

¹美国纽约州伊萨卡市康奈尔大学生物统计与计算生物学系，14853。rasmus@binf.ku.dk

PMID： 16251466
预防性维修识别码：项目经理1310644
内政部： 10.1101/4252305克

摘要

检测基因组SNP数据中的选择性扫描因用于发现SNP的复杂确定方案以及潜在复杂人口统计学和不同突变和重组率的混杂影响而变得复杂。目前用于检测选择性扫描的方法对人口统计学假设和变化的重组率具有很小的鲁棒性或没有鲁棒性，并且没有提供用于校正确定偏差的方法。在这里，我们提出了几个新的测试，旨在检测基因组SNP数据中的选择性扫描。通过广泛的模拟，我们表明，基于复合似然的新参数检验具有很高的检测选择性扫描的能力，并且对重组率和人口统计学的假设具有惊人的鲁棒性（即i型误差较低）。我们的新测试还提供了对选择性扫描位置和选择系数大小的估计。为了说明该方法，我们将我们的方法应用于西雅图SNP项目的数据和HapMap项目的2号染色体数据。在第2染色体中，乳糖酶基因中发现了最极端的信号，之前已经证明乳糖酶正在经历正选择。在许多其他区域也发现了选择性扫描的证据，包括已知与疾病风险相关的基因，如DPP10和COL4A3。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
当应用于展开频谱时，四种不同测试的显著结果的比例，由模拟确定，假设区域为250 kb和单个选择性扫描。幂是作为染色体群体大小（2）乘积的函数给出的N个)和选择系数(秒). 误差线表示±1标准偏差。每个点使用100个重复模拟进行计算。

**图2。**
当应用于折叠频谱时，四种不同测试的显著结果所占比例（其他详细信息参见图1）。

**图3。**
当均衡模型用作零模型时，四种不同检验在人口增长下的显著结果所占的比例。模拟细节如图1所示，但人口数量减少了10倍N个几代人以前。假设零模型是没有人口增长的标准中性均衡模型。

**图4。**
当增长模型用作零模型时，四种不同测试在人口增长下的显著结果所占的比例。模拟细节如图3所示，但所考虑的零模型现在是正确的模型，即人口规模减少10倍0.5的模型N个几代人以前。

**图5。**
用2编号=500、750和1000。选择性扫描的真实位置在125000位置。

**图6。**
测试2不同测试在文中描述的不同人口统计模型下的零分布和(A类) 2尼泊尔卢比=0和(B类) 2尼泊尔卢比=10^–3每个碱基对。

**图7。**
的空分布(A类)Mann-Whitney U（MWU）测试(B类)测试1，以及(C类)在关于重组率的不同假设下进行测试2。

**图8。**
为*c3（立方厘米）*根据西雅图SNP数据库（SeattleSNPs，http://pga.gs.washington.edu【2004年2月】）。虚线表示在标准中性平衡模型下通过模拟确定的5%截止值。

**图9。**
为来自HapMap项目的第2染色体数据计算的最大复合似然曲面（国际HapMapConsortium 2003）。虚线表示在标准中性平衡模型下通过模拟确定的5%截止值。结果显示为(B类)和没有(A类)对确定偏差的修正。

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