ALICE: an algorithm to extract abbreviations from MEDLINE

doi:10.1197/jamia.M1757

.2005年9月至10月；12(5):576-86.

doi:10.1197/jamia。M1757。 Epub 2005年5月19日。

ALICE：一种从MEDLINE中提取缩写的算法

奥弘子（Hiroko Ao）¹, Toshihisa Takagi先生

附属公司

采购管理信息： 15905486
预防性维修识别码： PMC1205607型
内政部： 10.1197/贾米亚。M1757型

ALICE：一种从MEDLINE中提取缩写的算法

奥弘子（Hiroko Ao）等。美国医学联合会. 2005年9月至今.

.2005年9月至今；12(5):576-86.

doi:10.1197/jamia。M1757。 Epub 2005年5月19日。

作者

奥弘子（Hiroko Ao）¹, Toshihisa Takagi先生

附属

¹东京大学计算生物学系，CB01，5-1-5，Kashiwanoha，Kashiwar-shi，Chiba，277-8561，日本。aohiroko@hgc.jp

采购管理信息： 15905486
预防性维修识别码： PMC1205607型
内政部： 10.1197/贾米亚。M1757型

摘要

目标：为了帮助生物医学研究人员识别生物医学文献中动态引入的缩写，例如基因和蛋白质名称，我们构建了一个名为ALICE（缩写LIfter using Corpus-based Extraction）的支持系统。ALICE旨在动态地从目标论文中提取所有类型的缩写及其扩展。

方法：ALICE使用启发式模式匹配规则从文献中提取缩写及其扩展。该系统由三个阶段组成，可以将有效的320个缩写扩展模式识别为规则的组合。

结果：它对从MEDLINE数据库中随机选择的标题和摘要实现了95%的召回率和97%的准确率。

结论：ALICE有效地从文献中提取了缩写及其扩展。巧妙编译的启发式算法使它能够以较高的召回率提取缩写，而不会显著降低精确度。ALICE不仅可以通过构建缩写数据库或字典来帮助识别论文中未定义的缩写，而且可以使生物医学文献检索更加准确。此系统可在以下网站免费获得：http://uvdb3.hgc.jp/ALICE/ALICE_index.html。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
本文中使用的特殊表达的定义。安*内部的*是一对括号内的字符串*左撇子*是左括号前的字符串*外面的*是从左声母中提取的字符串，是内部的缩写及其展开形式的对应词。

**图2。**
ALICE概述。在内部搜索（IS）阶段，ALICE搜索一对括号并标识内部。一旦内部被识别，它的左腔也被确定。然后，在外部提取（OE）阶段从左腔中提取其外部。最后，在有效性判断（VJ）阶段，判断内部集和外部集作为缩写扩展对的有效性。如果内部是缩写，则外部是其扩展。相反，如果内部是扩展，则外部是其缩写。

**图3。**
用于停止词列表的特殊表达式的定义。安*内部前字*是左括号前面的单词*内部第一个单词*是第一个内部单词*外部第一个单词*是第一个外部单词。此图显示了一个示例，即外部和内部分别由三个和两个单词组成。

**图4。**
ALICE流程图。ALICE在内部搜索（IS）阶段对每个句子扫描四次（1≤n≤4），在外部提取（OE）阶段（1≤m≤16）检查左括号前的每个字符串多达16次。在有效性判断（VJ）阶段，使用五个验收条件评估提取的内外对。

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[3] Liu H，Aronson AR，Friedman C.MEDLINE摘要中缩写的研究。AMIA研讨会过程。2002年4月64日-8日。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Liu H，Aronson AR，Friedman C.MEDLINE摘要中缩写的研究。AMIA研讨会过程。2002年4月64日-8日。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Liu H，Friedman C.在语言生物医学语料库中挖掘术语知识。太平洋生物计算研讨会。2003:415–26.-公共医学

[6] Liu H，Friedman C.在语言生物医学语料库中挖掘术语知识。太平洋生物计算研讨会。2003:415–26.-公共医学

[7] Wren JD，Garner HR。文本中首字母缩略词定义模式识别的启发式：走向综合首字母缩略语定义词典的自动构建。方法Inf Med.2002；41:426–34.-公共医学

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[9] Yu H，Hripcsak G，Friedman C.将生物医学文章中的缩写映射为完整形式。美国医学信息协会杂志，2002年；9:262–72.-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Yu H，Hripcsak G，Friedman C.将生物医学文章中的缩写映射为完整形式。美国医学信息协会杂志，2002年；9:262–72.-项目管理咨询公司-公共医学

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