Clustering of DNA sequences in human promoters

doi:10.1101/gr.1953904

.2004年8月；14(8):1562-74.

doi:10.1101/gr.1953904。 Epub 2004年7月15日。

人类启动子中DNA序列的聚类

彼得·菲茨杰拉德¹, 安德烈·什利亚赫滕科, 阿兰·阿米尔, 查尔斯·文森

附属公司

PMID： 15256515
预防性维修识别码： PMC509265型
内政部： 10.1101克1953904

人类启动子中DNA序列的聚类

彼得·菲茨杰拉德等。基因组研究. 2004年8月.

.2004年8月；14(8):1562-74.

doi:10.1101/gr.1953904。 Epub 2004年7月15日。

作者

彼得·菲茨杰拉德¹, 安德烈·什利亚赫滕科, 阿兰·阿米尔, 查尔斯·文森

附属

¹美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家癌症研究所基因组分析室，邮编：20892。

PMID： 15256515
预防性维修识别码： PMC509265型
内政部： 10.1101/克.1953904

摘要

我们已经确定了一组13010个人类基因组启动子序列中65536个八碱基长（8-mer）的DNA序列中每个序列的分布，这些启动子序列与假定的转录起始点（TSS）对齐。有限数量的8-mers在其分布（簇）中有峰值，大多数簇位于TSS的100 bp范围内。在TSS附近具有最大统计显著聚集性的156个DNA序列可分为9组相关序列。每组由一个一致序列定义，其中七个一致序列是转录因子（TFs）SP1、NF-Y、ETS、CREB、TBP、USF和NRF-1的已知结合位点。我们命名为Clus1的一个序列是未知的TF结合位点。第九个序列组由聚集在TSS下游的链特异性Kozak序列组成。对这些TF共有序列的共现性进行的检查表明，除受TBP（TATA盒）约束的序列外，大多数TF共有的序列都是正相关的。来自29个组织的人类mRNA表达数据表明，聚集的ETS、NRF-1和Clus1序列主要存在于看家基因（例如核糖体基因）的启动子中。相反，TATA在组织特异性基因的启动子中更为丰富。该分析确定了5082个启动子中的8个DNA序列，我们认为这些序列对调节基因表达很重要。

PubMed免责声明

数字

图1
在13010个人类启动子中，二核苷酸（CG，GC，TT，CA）的分布范围为-1000-500 bp。

图2
在人口最多的仓位绘制的每个8 mer DNA序列的聚类因子：全部32896个8 mer(A类); 8687个8-mers，最大箱子包含≥20个成员(B类); 从1000个随机七阶马尔可夫模型数据集中的一个数据集中，6838个8-mers包含一个≥20个成员的最大bin，聚类因子从-1000 bp到500 bp(C类); 包含最大bin且≥20个成员的7471个8-mers的聚类因子为-2500至-1000bp(D类); 图2B中8687个8倍体的聚类因子值为–1000到500 bp，基于0到500 bp之间的TSS随机易位(E类).

图3
概率项*P（P）*=[–log₁₀(1 –第页)]对于8687个8-mers，最大bin包含≥20个成员。线上方的159个DNA序列*P（P）*=7，一千万分之一（单次抽样）的随机概率，被手动注释。

图4
13010个启动子序列中每个32896个DNA序列的出现次数绘制为一个灰点。所有159个层序的丰度*P（P）*≥7绘制为黑色三角形。

图5
显示最大聚集性的DNA 8-mer（ACCGGAAG）的分布（每个bin的出现次数，作为相对于TSS的位置的函数）(A类)第159个8月（CCGCCTCC；B类).

图6
5个月CCAAT和9个月RRCCAATSR的分布(A类)CCAAT共识RRCCAATSR和中央CCAAT的15个单碱基变体(B类).

图7
选定序列的分布（8-mers和一致模式）。(A类)三个SP1（CCCGCCC、CCCCGCCC、CCCCCCCC）序列和一个非峰值单碱基变异（CCCCCCC）。(B类)Clus1（TCTCGCGA）序列。(C类)两个USF（TCACGTGG，TCACGTGA）序列。(D类)三个（TGACGTCA、TGATGTCA、TTGCGTCA）CREB样序列。(E类)TATAAAAD序列的链特异性定位。(F类)TATA的两个变体（TATATAD和TATAAGD），仅加链（+）。(*G公司*)三个NRF-1（CGCCTGCG、CGCGTGCG和CGCATGCG）序列。(*H（H）*)ETS核心（CCGGAA）、一致序列（VCCGGAARY）和峰值（VGCGGAARY”）和非峰值VCCGGAAYR变体。

图9
TSS、SRY（WWAACAAWA）和LYF1（TTTGGGAGR；Ikaros；A类); 以及均匀分布的Myb（AACKGNC）、HSF2（GAANNWTCK）和TRE（TGAGTCA）；B类). (C类)核心启动子元件启动子Inr（YYANWYY）。(D类)核心启动子元件下游启动子元件DPE（RGWCGTG）。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

整合基因组数据以预测转录因子结合。
Holloway DT、Kon M、DeLisi C。 Holloway DT等人。基因组信息。2005;16(1):83-94. 基因组信息。2005 PMID：16362910
转录因子结合位点簇与人类启动子、CpG岛和基因表达的关系评估。
村上春树K、小岛T、坂木Y。村上K等人。 BMC基因组学。2004年2月23日；5(1):16. doi:10.1186/1471-2164-5-16。 BMC基因组学。2004 PMID：15053842 免费PMC文章。
人类核糖体蛋白基因启动子中高度特异性定位序列基序的鉴定。
Roepcke S、Zhi D、Vingron M、Arndt PF。 Roepcke S等人。基因。2006年1月3日；365:48-56. doi:10.1016/j.gene.2005.09.033。Epub 2005年12月15日。基因。2006 PMID：16343812
聚类分析和启动子建模作为生物信息学工具，用于从表达阵列数据中识别目标基因。
维尔纳T。沃纳T。药物基因组学。2001年2月；2(1):25-36. doi:10.1517/14622416.21.25。药物基因组学。2001. PMID：11258194 审查。
启动子基于DNA序列的结构特征在转录起始和基因表达中的作用。
Bansal M、Kumar A、Yella VR。 Bansal M等人。当前操作结构生物。2014年4月；25:77-85. doi:10.1016/j.sbi.2014.01.007。Epub 2014年2月4日。当前操作结构生物。2014 PMID：24503515 审查。

查看所有类似文章

引用人

前列腺癌雄激素受体驱动基因表达和表观遗传学变化的系统多组学研究。
Li L、Hyun Cho K、Yu X、Cheng S。李磊等。 bioRxiv[预印本]。2024年7月23日：2024.07.22.604505。doi:10.1101/2024.07.22.604505。生物Rxiv。2024 PMID：39091838 免费PMC文章。预打印。
凝集素抑制在人类癌症中的治疗潜力。
马丁·加西亚·D、加西亚·阿兰达·M、雷东多·M。 Martín-García D等人。细胞。2024年4月10日；13(8):665. doi:10.3390/cells13080665。细胞。2024 PMID：38667280 免费PMC文章。审查。
人类的诱导CDC45型天然化合物的基因启动子活性反式‑白藜芦醇。
荒川J、Kondoh H、松下T、Ogino Y、Asai M、Tanuma SI、Uchiumi F。荒川J等人。《分子医学报告》，2024年6月；29(6):92. doi:10.3892/mmr.2024.13216。Epub 2024年4月5日。《分子医学报告》2024。 PMID：38577929 免费PMC文章。
系决定转录因子驱动的启动子调节细胞类型特异性巨噬细胞基因表达。
Nagy G、Bojcsuk D、Tzerpos P、Cseh T、Nagy L。 Nagy G等人。《核酸研究》2024年5月8日；52(8):4234-4256. doi:10.1093/nar/gkae088。核酸研究2024。 PMID：38348998 免费PMC文章。
转录因子IID在尖锐或广泛的启动子处驻留并驱动启动前复合体。
Bernardini A、Hollinger C、Willgenss D、Müller F、Devys D、Tora L。 Bernardini A等人。生物化学科学趋势。2023年10月；48(10):839-848. doi:10.1016/j.tibs.2023.07.009。Epub 2023年8月12日。生物化学科学趋势。2023 PMID：37574371 审查。

查看所有“引用者”文章

工具书类

1. Ashburner，M.和Lewis，S.，2002年。生物学家本体论：基因本体论：解开网络。诺华公司成立。交响乐团。247: 66–80.-公共医学
1. Bendall，A.J.和Molloy，P.L.1994。bHLH-Zip蛋白USF结合DNA的碱基偏好：MgCl2对特异性的影响以及与Myc家族成员结合的比较。核酸研究22:2801–2810。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Boyd，K.E.和Farnham，P.J.，1999年。活细胞中位点特异性转录因子结合和启动子活性的共同检查。分子细胞。生物学19:8393–8399。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Breathnach，R.和Chambon，P.，1981年。编码蛋白质的真核分裂基因的组织和表达。每年。生物化学评论。50: 349–383.-公共医学
1. Brown，T.A.和McKnight，S.L.1992年。GABPα和两种新定义的ets相关蛋白的蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA相互作用的特异性。基因与发育6:2502–2512。-公共医学

网站参考

1. http://genome.nci.nih.gov/publications/promoters网站; 本文的补充数据。
1. http://transfac.gbf.de/transfac公司; 转录因子数据库。
1. 网址：http://expression.gnf.org; GNF基因表达图谱。
1. http://genome.ucsc.edu/; UCSC基因组生物信息学网站。
1. http://dbtss.hgc.jp/index.html; TSS数据库（DBTSS）。

LinkOut-更多资源

[1] Ashburner，M.和Lewis，S.，2002年。生物学家本体论：基因本体论：解开网络。诺华公司成立。交响乐团。247: 66–80.-公共医学

[2] Ashburner，M.和Lewis，S.，2002年。生物学家本体论：基因本体论：解开网络。诺华公司成立。交响乐团。247: 66–80.-公共医学

[3] Bendall，A.J.和Molloy，P.L.1994。bHLH-Zip蛋白USF结合DNA的碱基偏好：MgCl2对特异性的影响以及与Myc家族成员结合的比较。核酸研究22:2801–2810。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Bendall，A.J.和Molloy，P.L.1994。bHLH-Zip蛋白USF结合DNA的碱基偏好：MgCl2对特异性的影响以及与Myc家族成员结合的比较。核酸研究22:2801–2810。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Boyd，K.E.和Farnham，P.J.，1999年。活细胞中位点特异性转录因子结合和启动子活性的共同检查。分子细胞。生物学19:8393–8399。-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Boyd，K.E.和Farnham，P.J.，1999年。活细胞中位点特异性转录因子结合和启动子活性的共同检查。分子细胞。生物学19:8393–8399。-项目管理咨询公司-公共医学

[7] Breathnach，R.和Chambon，P.，1981年。编码蛋白质的真核分裂基因的组织和表达。每年。生物化学评论。50: 349–383.-公共医学

[8] Breathnach，R.和Chambon，P.，1981年。编码蛋白质的真核分裂基因的组织和表达。每年。生物化学评论。50: 349–383.-公共医学

[9] Brown，T.A.和McKnight，S.L.1992年。GABPα和两种新定义的ets相关蛋白的蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA相互作用的特异性。基因与发育6:2502–2512。-公共医学

[10] Brown，T.A.和McKnight，S.L.1992年。GABPα和两种新定义的ets相关蛋白的蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA相互作用的特异性。基因与发育6:2502–2512。-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

人类启动子中DNA序列的聚类

附属

人类启动子中DNA序列的聚类

作者

附属

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

网站参考

MeSH术语

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

网站参考

MeSH术语

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源

其他文献来源

其他