摘要
用密度泛函理论(称为DFT-D)在实际计算中解释范德瓦尔斯相互作用的经验方法对各种分子络合物进行了测试。与之前的方案一样,色散能量由C6R(-6)形式的阻尼原子间势描述。使用纯梯度修正密度泛函(BLYP和PBE)以及库仑算符的分辨率恒等式(RI)近似,可以对大型系统进行非常有效的计算。与以往工作相反,采用了偏振TZV或QZV质量的扩展AO基组,将基组叠加误差降低到可以忽略的程度。通过对C6原子系数使用全局比例因子,可以大大降低结果的函数依赖性。如果采用陡峭阻尼函数,则强束缚配合物的相关效应的“重复计数”被发现是微不足道的。该方法适用于原子和小分子(Ne、CH4、NH3、H2O、CH3F、N2、F2、甲酸、乙烯和乙炔)之间以及与苯之间的总共29个络合物,以及苯、萘、芘和冠烯二聚体、萘三聚体、冠烯。H2O和四个H键和堆叠DNA碱基对(AT和GC)。在几乎所有情况下,结合能和分子间距离的可靠理论或实验结果都得到了很好的一致性。对于堆叠芳香体系和重要的碱基对,DFT-D-BLYP模型似乎甚至优于系统过度结合的标准MP2处理。获得的良好结果表明,该方法是描述化学中许多重要范德华体系性质的实用工具。此外,DFT-D数据可以用于校准更简单(例如力场)的电势,也可以将优化的结构用作输入,以便更准确地从头计算相互作用能。
版权所有2004威利期刊公司J Compute Chem 25:1463-14732004
PubMed免责声明
类似文章
-
密度泛函理论增加了经验色散项。80个非共价配合物的相互作用能和几何结构与从头算量子力学计算的比较。
Jurecka P、CerníJ、Hobza P、Salahub DR。
Jurecka P等人。
计算机化学杂志。2007年1月30日;28(2):555-69. doi:10.1002/jcc.20570。
计算机化学杂志。2007
PMID:17186489
-
通过高水平从头算和密度泛函理论计算,研究了Ar和N2与苯酚及其阳离子的范德瓦尔斯配合物的结构和结合能。
文森特·MA、Hillier IH、Morgado CA、Burton NA、Shan X。
文森特·MA等人。
化学物理杂志。2008年1月28日;128(4):044313. doi:10.1063/1.2828369。
化学物理杂志。2008
PMID:18247955
-
大分子的理论热力学:在精确度和计算成本之间徘徊。
Schwabe T,Grimme S。
Schwabe T等人。
Acc Chem Res.2008年4月;41(4):569-79. doi:10.1021/ar700208h。Epub 2008年3月7日。
Acc Chem Res.2008年。
PMID:18324790
-
(生物)有机分子的超分子结构、聚集体和复合物的密度泛函理论及其色散校正。
Grimme S、Antony J、Schwabe T、Mück-Lichtenfeld C。
Grimme S等人。
有机生物化学。2007年3月7日;5(5):741-58. doi:10.1039/b615319b。Epub 2007年1月26日。
有机生物化学。2007
PMID:17315059
审查。
-
具有长距离色散校正的双混杂密度泛函:更高的精度和扩展的适用性。
Schwabe T,Grimme S。
Schwabe T等人。
物理化学化学物理。2007年7月14日;9(26):3397-406. doi:10.1039/b704725h。Epub 2007年5月29日。
物理化学化学物理。2007
PMID:17664963
审查。
引用人
-
与硒代半胱氨酸置换有关的W依赖性甲酸脱氢酶的底物依赖性氧化失活。
Villela-Alves G、Manuel RR、Viegas A、Carpentier P、Biaso F、Guigliarelli B、Pereira IAC、Romáo MJ、Mota C。
Villela-Alves G等人。
化学科学。2024年7月16日;15(32):13090-13101. doi:10.1039/d4sc02394c。eCollection 2024年8月14日。
化学科学。2024
PMID:39148770
免费PMC文章。
-
钌(II)芳烃配合物与南瓜[7/8]嘌呤的主-客体相互作用。
Roth E、Listyarini RV、Hofer TS、Cziferszky M。
Roth E等人。
无机化学。2024年7月29日;63(30):14021-14031. doi:10.1021/acs.inorgchem.4c01755。Epub 2024年7月17日。
无机化学。2024
PMID:39016439
免费PMC文章。
-
用阳离子调节双电层中的氢键网络连通性。
唐B,方Y,朱S,白Q,李X,魏L,李Z,朱C。
Tang B等人。
化学科学。2024年4月9日;15(19):7111-7120. doi:10.1039/d3sc06904d。eCollection 2024年5月15日。
化学科学。2024
PMID:38756806
免费PMC文章。
-
通过N,P共掺杂C有效检测一氧化氮——与COVID19相关的生物标志物60富勒烯:一项计算研究。
Khan AA、Ahmad R、Mehmood F和Ahmad I。
Khan AA等人。
J摩尔模型。2024年5月14日;30(6):166. doi:10.1007/s00894-024-05954-9。
J摩尔模型。2024
PMID:38744728
-
单层黑磷烯抗病毒药物的探索:原子理论和可解释的机器学习辅助平台。
Laref S、Harrou F、Sun Y、Gao X、Gojobori T。
Laref S等人。
国际分子科学杂志。2024年4月30日;25(9):4897. doi:10.3390/ijms25094897。
国际分子科学杂志。2024
PMID:38732115
免费PMC文章。
引用