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.2000年9月8日;302(1):205-17.
doi:10.1006/jmbi.000.4042。

T-Coffee:一种快速准确的多序列比对新方法

附属机构

T-Coffee:一种快速准确的多序列比对新方法

C名称等。 分子生物学杂志. .

摘要

我们描述了一种用于多序列比对的新方法(T-Coffee),与最常用的替代方法相比,该方法在精确度上有了显著提高,但速度上略有牺牲。该方法大体上基于流行的渐进式多重对齐方法,但避免了该算法贪婪特性导致的最严重缺陷。使用T-Coffee,我们预处理序列之间所有成对对齐的数据集。这为我们提供了一个可用于指导渐进式对齐的对齐信息库。然后,中间比对不仅基于下一个要比对的序列,还基于所有序列如何彼此对齐。这种比对信息可以从异构源中获得,例如比对程序和/或结构叠加的混合。在这里,我们通过结合使用局部和全局成对对齐来生成库来说明该方法的威力。通过与一组141个测试用例进行比较,结果比对比我们尝试的任何流行的替代方案都要可靠得多。无论测试中序列的系统发育扩散如何,改进都是显而易见的,尤其是对于更困难的测试用例。

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