Carson M Andorf、Olivia C Haley、Rita K Hayford、John L Portwood、II、Stephen Harding、Shatabdi Sen、Ethalinda K Cannon、Jack M Gardiner、Hye-Seon Kim、Margaret R Woodhouse

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae073。2024年2月9日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae073

预防性维修识别码：: 项目经理10881103

摘要第条 PDF–799K

PipeVal：用于文件验证的轻量级可扩展工具

Yash Patel、Arpi Beshlikyan、Madison Jordan、Gina Kim、Aaron Holmes、Takafumi N Yamaguchi、Paul C Boutros

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae079。2024年2月10日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae079

预防性维修识别码：: 项目编号：10893582

摘要第条 PDF–770K

NFTest：Nextflow管道的自动测试

亚什·帕特尔（Yash Patel）、朱成浩（Chenghao Zhu）、Takafumi N Yamaguchi、袁哲卜（Yuan Zhe Bugh）、毛天（Mao Tian）、亚伦·霍姆斯（Aaron Holmes）、索雷尔·菲茨·吉本（Sorel T Fitz-Gibon

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae081。2024年2月10日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae081

预防性维修识别码：: 项目经理10881102

摘要第条 PDF–772K

生物框架：基因组间隔操作熊猫数据帧

Open2C、Nezar Abdennur、Geoffrey Fudenberg、Ilya M Flyamer、Aleksandra A Galitsyna、Anton Goloborodko、Maxim Imakaev、Sergey Venev

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae088。2024年2月24日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae088

预防性维修识别码：: 项目经理10903647

摘要第条 PDF–298K

序列分析

GeNLP：基于NLP的微生物基因功能探索和预测的网络工具

Danielle Miller、Ofir Arias、David Burstein

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae034。在线发布2024年1月30日。数字对象标识：10.1093/生物信息系统/btae034

预防性维修识别码：: 项目编号：10868303

摘要第条 PDF–150万

HiPhase：从HiFi测序中联合分阶段小的、结构的和串联重复变体

詹姆斯·霍尔特（James M Holt）、克里斯托弗·桑德斯（Christopher T Saunders）、威廉·J·罗威尔（William J Rowell）、泽夫·科伦伯格（Zev Kronenberg）、亚伦·温格（Aaron M Wenger）、迈克尔·埃

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae042。2024年1月25日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae042

预防性维修识别码：: 项目编号：10868326

摘要第条 PDF–110万

TKSM：高度模块化、用户自定义和可扩展的转录组测序长读模拟器

法提赫·卡拉奥·拉诺奥卢、巴拉亚·奥拉比、瑞安·弗兰尼根、塞德里克·乔夫、法拉斯·哈奇

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae051。2024年1月25日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae051

预防性维修识别码：: 项目编号：10868325

摘要第条 PDF–752K

VariantDetective：一种用于检测一致性细菌SNP和SV的准确的一体式管道

Philippe Charron、Mingsong Kang

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae066。2024年2月15日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae066

预防性维修识别码：: 项目编号：10898327

摘要第条 PDF–699K

pycofitness——评估RNA和蛋白质序列的适合度

Fabrizio Pucci、Mehari B Zerihun、Marianne Rooman、Alexander Schug

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae074。2024年2月9日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae074

预防性维修识别码：: 项目编号10881095

摘要第条 PDF–735K

结构生物信息学

香水：提取RNA功能基序和暴露结构的管道

阿诺德·乔尔（Arnaud Chol）、罗曼·萨拉津·根德伦（Roman Sarrazin-Gendron）、埃里克·莱奎尔（El ric Lécuyer）、马修·布兰切特（Mathieu Blanchette）、杰尔·沃尔迪斯普·尔（Jéróme Waldispühl）

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae056。2024年1月30日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae056

预防性维修识别码：: 项目编号：10868343

摘要第条 PDF–170万

系统生物学

SL-Miner：用于挖掘证据和确定癌症特定合成致死性优先级的web服务器

刘欣、胡洁妮、郑洁

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae016。在线发布2024年1月19日。数字对象标识：10.1093/生物信息系统/btae016

预防性维修识别码：: 项目编号：10868331

摘要第条 PDF–120万

原始论文

生物图像信息学

BISCAP中的3D光学相干层析图像处理：生物膜结构和特性的表征

迪奥戈·A·C·纳西索、安娜·佩雷拉、努诺·O·迪亚斯、曼努埃尔·蒙泰罗、路易斯·梅洛、费尔南多·马丁斯

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae041。2024年1月23日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae041

预防性维修识别码：: 项目编号：10868339

摘要第条 PDF–850万

BINGO：一种用于超多路荧光图像的盲解混算法

黄新元、高秀娟、凌福

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae052。2024年1月30日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae052

预防性维修识别码：: 项目经理10873573

摘要第条 PDF–3500万

数据和文本挖掘

多尺度拓扑和位置特征学习及关联软件图形推理在药物相关微生物预测中的应用

Ping Xuan、Jing Gu、Hui Cui、Shuai Wang、Nakaguchi Toshiya、Cheng Liu、Tiangang Zhang

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae025。2024年1月25日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae025

预防性维修识别码：: 项目编号：10868329

摘要第条 PDF–300万

解释蛋白质丰度酿酒酵母通过关系学习

丹尼尔·布伦斯克、菲利普·克伦斯特罗姆、伊夫吉尼亚·A·蒂科娃、罗斯·D·金

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae050。2024年1月25日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae050

预防性维修识别码：: 下午10868306

摘要第条 PDF–650万

GeneGPT：使用领域工具增强大型语言模型，以改进生物医学信息的访问

乔金、杨一凡、陈庆余、卢志勇

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae075。2024年2月10日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae075

预防性维修识别码：: 项目经理10904143

摘要第条 PDF–160万

基因表达

scKWARN：单细胞RNA-seq数据的核加权平均稳健归一化

徐志远、张嘉荣、刘淇、于害羞

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae008。2024年1月17日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae008

预防性维修识别码：: 项目编号：10868328

摘要第条 PDF–800万

FAVA：从scRNA-seq和蛋白质组学数据推断的高质量功能关联网络

米凯拉·库特鲁利（Mikaela Koutrouli）、卡特琳娜·纳斯图（Katerina Nastou）、保·皮拉·林德斯（Pau Piera Líndez）、罗宾·布维斯特（Robbin Bouwmeester）、西蒙·拉斯穆森（Simon Rasmussen）、伦纳特·马滕斯（Lennart

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae010。2024年1月8日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae010

预防性维修识别码：: 项目编号：10868155

摘要第条 PDF–550万

DESpace空间：通过空间簇的差异表达测试检测空间变量基因

蔡培英、马克·D·罗宾逊、西蒙·蒂贝里

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae027。2024年1月18日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae027

预防性维修识别码：: 项目编号：10868334

摘要第条 PDF–77M

scCancer2：基于数据驱动的肿瘤微环境单级分辨率深度注释

陈泽瑜、苗玉馨、谭志远、胡启凡、吴艳红、李新奇、郭文波、金古

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae028。2024年1月18日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae028

预防性维修识别码：: 项目编号：10868330

摘要第条 PDF–950万

深形心：一种通用的生物医学组学数据深度级联分类器

Kuan Xie、Yuying Hou、Xionghui Zhou

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae039。2024年2月1日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae039

预防性维修识别码：: 项目编号：10868341

摘要第条 PDF–450万

CTISL：一种从单细胞RNA-seq数据中识别细胞类型的动态堆叠多类分类方法

小王、柴子怡、李少华、刘燕、陈丽、余江、刘全忠

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae063。2024年2月5日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae063

预防性维修识别码：: 项目经理10873586

摘要第条 PDF–230万

基于注意力神经网络的单细胞RNA-seq数据表型预测

毛玉珍（Yuzhen Mao）、林燕怡（Yen Yi Lin）、Nelson K Y Wong、Stanislav Volik、Funda Sar、Colin Collins、Martin Ester

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae067。2024年2月23日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae067

预防性维修识别码：: 项目经理10902676

摘要第条 PDF–100万

AGImpute：基于带有辍学鉴定的混合GAN插补scRNA-seq数据

朱晓树、孟爽、李高实、王建新、彭晓青

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae068。2024年2月5日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae068

预防性维修识别码：: 项目经理10877090

摘要第条 PDF–200万

Pycallingcards：用于可视化、分析和解释Calling Cards数据的集成环境

郭娟如、张文锦、陈旭华、甄子丹、陈露西、克里斯蒂安·谢夫利、李道峰、王婷、约瑟夫·多尔蒂、罗比·密特拉

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae070。2024年2月7日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae070

预防性维修识别码：: 项目编号10881108

摘要第条 PDF–260万

scSemiGCN：在极为有限的监督下从抗噪图神经网络中增强细胞类型注释

Jue Yang、Weiwen Wang、Xiwen Zhang

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae091。2024年2月16日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae091

预防性维修识别码：: 项目经理10904148

摘要第条 PDF–490万

遗传学与群体分析

2dGBH：用于基因组数据双向多重测试中错误发现率控制的二维组Benjamini–Hochberg程序

Lu Yang、Pei Wang、Jun Chen

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae035。2024年1月19日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae035

预防性维修识别码：: 项目经理10873908

摘要第条 PDF–510万

多基因风险评分对疾病风险的预测能力仅受到针对目标人群的插补面板的适度影响

Hagai Levi、Ran Elkon、Ron Shamir

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae036。2024年1月23日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae036

预防性维修识别码：: 项目编号：10868313

摘要第条 PDF–210万

高维分位数中介分析在母婴出生队列研究中的应用

张海翔、洪秀梅、郑一男、侯立芳、郑成、王晓斌、刘磊

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae055。在线发布2024年1月30日。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae055

预防性维修识别码：: 项目经理10873903

摘要第条 PDF–1012K

通过潜在的按血统识别状态估计近亲繁殖和亲属关系系数

关永涛，丹尼尔·利维

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae082。2024年2月13日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae082

预防性维修识别码：: 项目经理10902678

摘要第条 PDF–180万

基因组分析

Conume 2.0：人类和小鼠DNA甲基化阵列的增强拷贝数变异分析

比亚恩·达内卡斯、埃利斯·佩雷斯、法比奥·博尼奥罗、萨比娜·斯特凡、萨尔瓦多·本法托、马丁·希尔尔、多米尼克·斯特姆、大卫·T·W·琼斯、大卫·卡珀、马克·萨帕特卡、沃尔克·霍维斯塔特

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae029。2024年1月19日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae029

预防性维修识别码：: 项目编号：10868300

摘要第条 PDF–910万

BCFtools/liftover：一种准确而全面的工具，用于跨基因组组合转换遗传变异

朱利奥·吉诺维塞、妮科尔·罗克韦尔、布莱恩·戈曼、蒂姆·比格德利、米歇尔·帕托、卡洛斯·帕托、一原木库、史蒂文·麦卡罗

生物信息学。2024年1月；40（2）：btae038。2024年1月23日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae038

预防性维修识别码：: 项目编号：10832354

摘要第条 PDF–190万

零并非缺失：基于删减的微生物数据差异丰度分析

Li将军Lap Sum Chan

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae071。2024年2月8日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae071

预防性维修识别码：: 项目编号：10885211

摘要第条 PDF–130万

系统发育学

系统发育树上高维梯度的多核算法

Karthik Gangavarapu、Xiang Ji、Guy Baele、Mathieu Fourment、Philippe Lemey、Frederick A Matsen、IV、Marc A Suchard

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae030。2024年1月18日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae030

预防性维修识别码：: 项目编号：10868298

摘要第条 PDF–260万

确定指数长度分布的统计框架

Elya Wygoda、Gil Loewenthal、Asher Moshe、Michael Alburquerque、Itay Mayrose、Tal Pupko

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae043。在线发布2024年1月25日。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae043

预防性维修识别码：: 项目编号：10868340

摘要第条 PDF–170万

序列分析

使用可解释的机器学习揭示激酶-底物相互作用的前景

周忠良、杨伟兰、萨伯·索莱马尼、内森·格雷维尔、玛丽亚·萨尔塞多、李胜、纳塔拉詹·坎南

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae033。2024年1月19日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae033

预防性维修识别码：: 项目编号：10868336

摘要第条 PDF–120万

一个简单的精炼DNA最小化算子使计算速度提高2倍

潘晨旭（Chenxu Pan）、克努特·雷内特（Knut Reinert）

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae045。2024年1月25日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae045

预防性维修识别码：: 项目编号：10868324

摘要第条 PDF–180万

NanoCon：基于对比学习的纳米孔甲基化检测深度混合网络

尹成林、王如恒、乔建波、华氏、段洪亮、姜新波、滕赛赛因、魏乐毅

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae046。2024年2月1日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae046

预防性维修识别码：: 项目经理10873575

摘要第条 PDF–810万

游艇：基于ANI的统计测试，用于检测宏基因组样本中的微生物存在/缺失

David Koslicki、Stephen White、Chunyu Ma、Alexei Novikov

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae047。2024年1月24日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae047

预防性维修识别码：: 项目编号：10868342

摘要第条 PDF–260万

结构DPPIV：一种新的基于原子结构的深度学习模型，用于预测二肽基肽酶IV抑制肽

丁旺、金俊如、李忠深、王瑜、范木双、梁思瑞、冉素、魏乐毅

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae057。2024年2月1日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae057

预防性维修识别码：: 项目经理10904144

摘要第条 PDF–230万

使用GeLuster高效聚类长读转录组数据

马俊驰、赵晓宇、齐恩峰、韩仁民、余婷、李国军

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae059。2024年2月3日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae059

预防性维修识别码：: 项目编号10881092

摘要第条 PDF–140万

蛋白质语言模型满足简化的氨基酸字母

Ioan Ieremie、Rob M Ewing、Mahesan Niranjan

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae061。2024年2月3日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae061

预防性维修识别码：: 项目经理10872054

摘要第条 PDF–240万

DeepLocRNA：一种可解释的深度学习模型，用于预测RNA亚细胞定位和区域特异性转移学习

王军、马克·霍拉彻、程丽欣、奥利·温特

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae065。2024年2月5日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae065

预防性维修识别码：: 项目编号10879750

摘要第条 PDF–170万

mBARq：一个通用且用户友好的框架，用于分析转座子插入库、敲除突变体和等基因菌株群体的DNA条形码

Anna Sintsova、Hans-Joachim Ruscheweyh、Christopher M Field、Lilith Feer、Bidong D Nguyen、Benjamin Daniel、Wolf-Dietrich Hardt、Julia A Vorholt、Shinichi Sunagawa

生物信息学。2024年2月；40（2）：btae078。2024年2月10日在线发布。数字对象标识：10.1093/生物信息学/btae078