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第17卷（9）；2021年9月

社论

支持历史上代表性不足的科学学生的十条简单规则
Suchinta Arif、Melanie Duc Bo Massey、Natalie Klinard、Julie Charbonneau、Loay Jabre、Ana Barbosa Martins、Danielle Gaitor、Rhiannon Kirton、Catalina Albury、Karma Nanglu
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009313。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009313
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PMC8445410号
第条 PDF–477K
十条简单的规则让你的计算更环保
Loíc Lannelongue、Jason Grealey、Alex Bateman、Michael Inouye
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009324。2021年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009324
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第8452068页
第条 PDF–379K
选择博士生导师的十条简单规则
Loay Jabre、Catherine Bannon、J.Scott P.McCain、Yana Eglit
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009330。2021年9月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009330
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PMC8483297型
第条 PDF–860K
避免掠夺性出版欺诈的十条简单规则
米歇尔·伦纳德（Michelle Leonard）、苏珊娜·斯塔普顿（Suzanne Stapleton）、佩里·柯林斯（Perry Collins）、特里·基特·塞尔夫（Terry Kit Selfe）、塔拉·加泰罗多（Tara Cataldo）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009377。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009377
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项目管理委员会8459944
第条 PDF–265K
成为一年级研究生教师倡导者的十条简单规则
凯文·珍妮斯
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009379。2021年9月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009379
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项目管理委员会8483399
第条 PDF–364K

研究文章

运动前区的局部场电位预测学习的发声序列
Daril E.Brown，II，Jairo I.Chavez，Derek H.Nguyen，Adam Kadwory，Bradley Voytek，Ezequiel M.Arneodo，Timothy Q.Gentner，Vikash Gilja
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008100。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008100
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第8460039页
摘要 第条 PDF–470万
HIV-1 B亚型与C亚型洛匹那韦耐药突变途径的比较
苏珊娜·波萨达·塞斯佩德斯（Susana Posada-Céspedes）、格特·范·泽尔（Gert Van Zyl）、赫萨姆·蒙塔泽里（Hesam Montazeri）、杰克·库珀斯（Jack Kuipers）、李秀云（Soo-Yon Rhee）、罗杰·库尤斯（Roger Kouyos）、赫尔德里
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008363。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008363
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项目管理委员会8448360
摘要 第条 PDF–200万
用马尔可夫链Monte-Carlo推断复杂系统发育网络
Charles-Elie Rabier、Vincent Berry、Marnus Stoltz、Joáo D.Santos、Wensheng Wang、Jean-Christophe Glassmann、Fabio Pardi、Celine Scornavaca
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008380。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008380
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PMC8445492号
摘要 第条 PDF–320万
PI3K/MTOR信号网络的动态建模揭示了mTORC1活性对mTORC2亚单位SIN1的双相依赖性
Milad Ghomlaghi、Guang Yang、Sung Young Shin、David E.James、Lan K.Nguyen
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008513。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008513
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项目管理委员会8478217
摘要 第条 PDF–370万
GAL途径的计算分析查明了自然变异的机制
Jiayin Hong、Julius Palme、Bo Hua、Michael Springer
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008691。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008691
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项目管理委员会8496860
摘要 第条 PDF–1100万
用于理解人脑网络中电刺激效应的基剖面曲线识别
Kai J.Miller、Klaus-Robert Müller、Dora Hermes
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008710。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008710
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项目管理委员会8412306
摘要 第条 PDF–310万
多尺度分子动力学模拟揭示EEA1 FYVE结构域的膜结合机制
Andreas Haahr Larsen、Lilya Tata、Laura H.John、Mark S.P.Sansom
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008807。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008807
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PMC8491906号
摘要 第条 PDF–160万
锁定动态作为短期召回的基础
Kwang Il Ryom、Vezha Boboeva、Oleksandra Soldatkina、Alessandro Treves
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008809。2021年9月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008809
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项目管理委员会8476040
摘要 第条 PDF–250万
RfaH的N末端结构域在蛋白质折叠转换中起积极作用
巴勃罗·加拉兹·戴维森（Pablo Galaz-Davison）、埃内斯托·罗曼（Ernesto A.Román）、塞萨尔·拉米雷斯（César A.Ramírez-Sarmiento）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008882。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008882
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PMC8454952号
摘要 第条 PDF–210万
个体化脑刺激对参与者进行有效的神经干预
Nienke E.R.van Bueren、Thomas L.Reed、Vu Nguyen、James G.Sheffield、Sanne H.G.van der Ven、Michael A.Osborne、Evelyn H.Kroesbergen、Roi Cohen Kadosh
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008886。2021年9月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008886
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PMC8454957号
摘要 第条 PDF–160万
多级选择倾向于在多物种群落中维持合作互动的碎片模式
Gil J.B.Henriques、Simon van Vliet、Michael Doebeli
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008896。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008896
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项目管理委员会8460008
摘要 第条 PDF–240万
描述和模拟微生物群落结构的统计模型
马思源、任伯瑜、希梅尔·马利克、尤·苏普·穆恩、艾玛·施瓦格、萨根·马哈詹、蒂莫西·里克尔、卢毅仁、雷切尔·卡莫迪、埃里克·弗兰佐萨、卢卡斯·简森、柯蒂斯·赫滕豪威尔
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008913。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008913
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项目管理委员会8491899
摘要 第条 PDF–270万
学习大脑动力学以解码和预测个体差异
Joyneel Misra、Srinivas Govinda Surampudi、Manasij Venkatesh、Chirag Limbachia、Joseph Jaja、Luiz Pessoa
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008943。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008943
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项目管理委员会8445454
摘要 第条 PDF–280万
染色体邻域可以识别基因表达中的器官特异性变化
Rishi Das Roy、Outi Hallikas、Mona M.Christensen、Elodie Renvoisé、Jukka Jernvall
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008947。2021年9月10日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008947
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项目管理委员会8457456
摘要 第条 PDF–220万
一种利用无条形码混合样本的短读序列进行系统发育重建的无装配方法
Thomas K.F.Wong、Teng Li、Louis Ranjard、Steven H.Wu、Jeet Sukumaran、Allen G.Rodrigo
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008949。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008949
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项目管理委员会8460051
摘要 第条 PDF–210万
纯断裂数学模型的数值研究揭示了蛋白质丝分裂的动态轨迹
Magali Tournus、Miguel Escobedo、Wei-Feng Xue、Marie Doumic
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008964。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008964
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第8462728页
摘要 第条 PDF–110万
模因：R中使用MEME套件中的工具的模因分析环境
Spencer L.Nystrom、Daniel J.McKay
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1008991。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1008991
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PMC8496816号
摘要 第条 PDF–160万
在具有高度自闭症特征或自闭症的成年人中没有增加循环推理
Nikitas Angeletos Chrysaitis、Renaud Jardri、Sophie Denève、Peggy Seriès
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009006。2021年9月24日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009006
PMCID公司：
PMC8494311号
摘要 第条 PDF–160万
偏好测试中的自然主义决策模型
约翰·克桑德、唐纳德·B·卡茨、保罗·米勒
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009012。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009012
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项目管理委员会8491944
摘要 第条 PDF–280万
XENet：使用新的图卷积加速量子计算机上蛋白质设计的时间表
Jack B.Maguire、Daniele Grattarola、Vikram Khipple Mulligan、Eugene Klyshko、Hans Melo
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009037。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009037
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项目管理委员会8496835
摘要 第条 PDF–140万
代谢组学中的通路分析：过度表征分析的使用建议
Cecilia Wieder、Clément Frainay、Nathalie Poupin、Pablo Rodríguez-Mier、Florence Vinson、Juliette Cooke、Rachel PJ Lai、Jacob G.Bundy、Fabien Jourdan、Timothy Ebbels
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009105。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009105
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项目管理委员会8448349
摘要 第条 PDF–270万
数据驱动模型揭示的嗅球二尖瓣细胞尖峰化与正鼻刺激和鼻后刺激的差异
Michelle F.Craft、Andrea K.Barrero、Shree Hari Gautam、Woodrow L.Shew、Cheng Ly
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009169。2021年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009169
PMCID公司：
PMC8483419号
摘要 第条 PDF–350万
遍历性突破揭示了人类的时间最优决策
David Meder、Finn Rabe、Tobias Morville、Kristoffer H.Madsen、Magnus T.Koudahl、Ray J.Dolan、Hartwig R.Siebner、Oliver J.Hulme
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009217。2021年9月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009217
PMCID公司：
项目管理委员会8454984
摘要 第条 PDF–270万
适应支持视觉变化检测任务中的短期记忆
Brian Hu、Marina E.Garrett、Peter A.Groblewski、Douglas R.Ollerenshaw、Jiaqi Shang、Kate Roll、Sahar Manavi、Christof Koch、Shawn R.Olsen、Stefan Mihalas
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009246。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009246
PMCID公司：
项目管理委员会8480767
摘要 第条 PDF–430万
Optima TB：帮助优化结核病支出分配的工具
劳拉·戈塞、杰拉德·J·阿布·贾乌德、大卫·凯季奥拉、克莱门斯·贝内迪克特、阿扎法·侯赛因、莎拉·贾维斯、阿莱娜·斯卡拉希纳、Dzmitry Klimuk、亨纳兹·胡列维奇、冯照、妮可·弗雷泽·霍特、奈杰玛·谢赫、玛莉泽·戈根斯、大卫·布尔森、罗梅什·阿贝苏里亚、罗文·马丁·霍斯、谢丽·凯利、安娜·罗伯茨、罗宾·斯图尔特、汤姆·帕尔默，贾斯米娜·帕诺夫斯卡·格里菲斯（Jasmina Panovska-Griffiths）、克利夫·科尔（Cliff C.Kerr
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009255。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009255
PMCID公司：
项目管理委员会8496838
摘要 第条 PDF–160万
木质纤维原料糖化的随机模型
埃里克·贝勒（Eric Behle），阿德拉伊德·拉金
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009262。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009262
PMCID公司：
项目管理委员会8460048
摘要 第条 PDF–180万
消除偶然偏差以最小化泛化错误并最大化可复制性：在连接组学和基因组学中的应用
Eric W.Bridgeford、Shangsi Wang、Zeyi Wang、Ting Xu、Cameron Craddock、Jayanta Dey、Gregory Kiar、William Gray-Roncal、Carlo Colantuoni、Christopher Douville、Stephanie Noble、Carey E.Priebe、Brian Caffo、Michael Milham、Xi-Nian Zuo、可靠性和再现性联盟、Joshua T.Vogelstein
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009279。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009279
PMCID公司：
项目管理委员会8500408
摘要 第条 PDF–270万
ASCENT（表征电神经阈值的自动模拟）：外周神经电刺激的样本特定计算建模管道
埃里克·穆塞尔曼（Eric D.Musselman）、杰克·E·卡里略（Jake E.Cariello）、沃伦·格里尔（Warren M.Grill）、妮可·佩洛特（Nicole A.Pelot）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009285。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009285
PMCID公司：
项目管理委员会8423288
摘要 第条 PDF–400万
放松对疫苗接种速度的限制增加了自由度，并防止了新冠肺炎疫情的进一步蔓延
西蒙·鲍尔（Simon Bauer）、塞巴斯蒂安·孔特雷拉斯（Sebastian Contreras）、乔纳斯·德宁（Jonas Dehning）、马蒂亚斯·林登（Matthias Linden）、埃米尔·伊夫特哈尔（Emil Iftekhar）、塞瓦斯蒂安·莫尔（Sebassian B.Mohr）、阿尔瓦罗·奥利
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009288。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009288
PMCID公司：
第8412259页
摘要 第条 PDF–420万
基于序列的概率模型探测T细胞反应
Barbara Bravi、Vinod P.Balachandran、Benjamin D.Greenbaum、Aleksandra M.Walczak、Thierry Mora、Rémi Monasson、Simona Cocco
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009297。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009297
PMCID公司：
百万立方米8476001
摘要 第条 PDF–370万
MicrobeTrace：重新利用分子流行病学进行快速公共卫生反应
埃尔斯沃思·M·坎贝尔（Ellsworth M.Campbell）、安东尼·博伊尔斯（Anthony Boyles）、阿努帕马·尚卡尔（Anupama Shankar）、杰伊·金（Jay Kim）、谢尔盖·克尼亚泽夫（Sergey Knyazev）、罗克萨娜·辛
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009300。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009300
PMCID公司：
项目管理委员会8491948
摘要 第条 PDF–210万
PopART IBM，一种在HPTN 071（PopART）试验背景下开发的基于个体的高效随机HIV流行病模拟模型
Michael Pickles、Anne Cori、William J.M.Probert、Rafael Sauter、Robert Hinch、Sarah Fidler、Helen Ayles、Peter Bock、Deborah Donnell、Ethan Wilson、Estelle Piwowar-Manning、Sian Floyd、Richard J.Hayes、Christophe Fraser、HPTN 071（PopART）研究团队
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009301。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009301
PMCID公司：
PMC8478209号
摘要 第条 PDF–240万
针对RET和TAU基础疾病的多靶点激酶抑制剂的众包鉴定：多靶点药物DREAM挑战
熊兆平、郑敏治、罗伯特·J·阿拉维、姜杰武、东轩公园、李金玉、黄圣贞、高美英、蒋华良、郑明月、谭爱春、郭新地、多目标药物梦想挑战社区、克里斯汀·丹格、亚历克斯·特罗普沙、查娜·赫克特、蒂尔塔·达斯、希瑟·A·卡尔森、鲁本·阿巴扬、贾斯汀·吉尼、，Avner Schlessinger、Ross Cagan
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009302。2021年9月14日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009302
PMCID公司：
PMC8483411号
摘要 第条 PDF–200万
单细胞水平干细胞源性心肌细胞成熟与内源性组织的转录组熵基准
苏拉杰·坎南（Suraj Kannan）、迈克尔·法里德（Michael Farid）、布莱恩·林（Brian L.Lin）、马修·宫本茂（Matthew Miyamoto）、权楚兰（Chulan Kwon）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009305。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009305
PMCID公司：
PMC8448341号
摘要 第条 PDF–310万
转录组数据的Meta分析揭示唐氏综合征中持续放松调控的基因和疾病本体簇
伊拉里奥·德托马、塞萨尔·塞拉、马拉·迪尔森
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009317。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009317
PMCID公司：
项目管理委员会8496798
摘要 第条 PDF–350万
个性化新抗原癌症疫苗与人体免疫系统的数学模型
Marisabel Rodriguez Messan、Osman N.Yogurtcu、Joseph R.McGill、Ujwani Nukala、Zuben E.Sauna、Hong Yang
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009318。2021年9月24日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009318
PMCID公司：
PMC8462726号
摘要 第条 PDF–280万
基于贝叶斯模型的染色质亚硫酸氢可及单链DNA与免疫球蛋白基因体细胞超突变关系的计算分析
俞国军、吴英茹、段智、唐慧琳、邢海鹏、马修·谢尔夫、托马斯·麦卡锡
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009323。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009323
PMCID公司：
PMC8462741号
摘要 第条 PDF–210万
年龄相关甲基化网络的层次结构和控制
Gergely Palla、Péter Pollner、Judit Börcsök、András Major、Béla Molnár、István Csabai
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009327。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009327
PMCID公司：
项目管理委员会8480875
摘要 第条 PDF–330万
特征模式之间的因果联系网络表征秀丽隐杆线虫的行为动力学
埃里克·萨伯斯基、安东尼娅·博克、雷切尔·古德里奇、维图尔·阿加瓦尔、汤姆·洛里默、斯科特·里夫金、乔治·杉原诚司
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009329。2021年9月10日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009329
PMCID公司：
项目管理委员会8494368
摘要 第条 PDF–170万
川崎病冠状动脉血栓形成相关血液成分转运的计算模型
诺埃利亚·格兰德·古铁雷斯（Noelia Grande Gutiérrez）、马克·阿尔伯（Mark Alber）、安德鲁·卡恩（Andrew M.Kahn）、简·伯恩斯（Jane C.Burns）、马修·马修（Mathew Mathew）、布莱恩·麦克林德尔（Brian W.McCrindle）、艾莉森·马斯登（Alison L.Marsden）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009331。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009331
PMCID公司：
项目管理委员会8448376
摘要 第条 PDF–180万
pop-out启动中的试验间效应：计算更新模型的比较
Fredrik Allenmark、Ahu Gokce、Thomas Geyer、Artyom Zinchenko、Hermann J.Müller、Zhughua Shi
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009332。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009332
PMCID公司：
PMC8445473号
摘要 第条 PDF–320万
生物空洞形成的透水粗化理论
马修·勒·弗格·塞兰多尔（Mathieu Le Verge-Sandour）、埃尔维·特利尔（HervéTurlier）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009333。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009333
PMCID公司：
PMC8445475型
摘要 第条 PDF–180万
建立可靠数据驱动流行病学模型的综合框架：在纽约市新冠肺炎疫情中的应用
Sheng Zhang、Joan Ponce、Zhen Zhang和Guang Lin、George Karniadakis
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009334。2021年9月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009334
PMCID公司：
项目管理委员会8452065
摘要 第条 PDF–340万
将元数据纳入艾滋病毒传播网络重建：机器学习可行性评估
Sepideh Mazrouee、Susan J.Little、Joel O.Wertheim
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009336。2021年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009336
PMCID公司：
PMC8457453号
摘要 第条 PDF–150万
BEEM-Static：从横截面微生物组数据精确推断生态相互作用
Chenhao Li、Tamar V.Av-Shalm、Jun Wei Gerald Tan、Junmei Samantha Kwah、Kern Rei Chng、Niranjan Nagarajan
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009343。2021年9月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009343
PMCID公司：
PMC8452072号
摘要 第条 PDF–210万
颜色phi现象：毕竟不是那么特别吗？
Lars Keuninckx和Axel Cleermans
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009344。2021年9月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009344
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PMC8445478号
摘要 第条 PDF–340万
使用基于注意力的深层神经网络学习、可视化和探索16S rRNA结构
Zhengqiao Zhao、Stephen Woloszynek、Felix Agbavor、Joshua Chang Mell、Bahrad A.Sokhansanj、Gail L.Rosen
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009345。2021年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009345
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项目管理委员会8496832
摘要 第条 PDF–280万
新冠肺炎疫苗推广期间非药物干预的重要性
尼科尔·戈齐、保罗·巴贾迪、尼古拉·佩拉
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009346。2021年9月10日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009346
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第8457458页
摘要 第条 PDF–210万
低发病率和流行波之间时变生殖数的改进估计
克里斯·帕拉格
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009347。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009347
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PMC8448340号
摘要 第条 PDF–280万
评估集合投票在提高由各种DTWA公司基于纳米孔测序过程中产生的步进电流信号的算法
Michael Smith、Rachel Chan、Maaz Khurram、Paul M.K.Gordon
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009350。2021年9月10日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009350
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项目管理委员会8457506
摘要 第条 PDF–580万
表皮细胞分裂和对称细胞分裂：量化随机事件在HPV感染持续性中的作用
托马斯·贝内托（Thomas Beneteau）、克里斯蒂安·塞林格（Christian Selinger）、米尔恰·索沃纳（Mircea T.Sofone）、塞缪尔·阿里松（Samuel Alizon）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009352。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009352
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项目管理委员会8448377
摘要 第条 PDF–170万
STDP和晶须系统中优先相的分布
尼姆罗德·谢尔夫，毛兹·沙米尔
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009353。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009353
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项目管理委员会8480728
摘要 第条 PDF–230万
基于个体的传播模型中新冠肺炎退出策略的不确定性量化和敏感性分析
Federica Gugole、Luc E.Coffeng、Wouter Edeling、Benjamin Sanderse、Sake J.de Vlas、Daan Crommelin
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009355。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009355
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项目管理委员会8480746
摘要 第条 PDF–310万
动物细胞培养中甲型流感病毒缺陷干扰粒子复制的多尺度模型
Daniel Rüdiger、Lars Pelz、Marc D.Hein、Sascha Y.Kupke、Udo Reichl
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009357。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009357
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第8448327页
摘要 第条 PDF–320万
语音和音乐的包络重建突出了对低频语音的更强跟踪
Nathaniel J.Zuk、Jeremy W.Murphy、Richard B.Reilly、Edmund C.Lalor
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009358。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009358
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PMC8480853号
摘要 第条 PDF–400万
第一和第二心音产生的血流动力学驱动数学模型
梅赫达德·沙赫穆罕默德（Mehrdad Shahmohammadi）、罗红星（Hongxing Luo）、菲利普·维斯特法尔（Philip Westphal）、理查德·科内卢森（Richard N.Cornelussen）、弗里茨·W·普林岑（Frits W.Prinzen）、坦莫·德尔哈斯（Tammo Delhaas）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009361。2021年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009361
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PMC8489711号
摘要 第条 PDF–210万
多巴胺D2受体和RGS之间的临界平衡，用于灵敏检测多巴胺信号的瞬时衰减
Urakubo Hidetoshi、Sho Yagishita、Haruo Kasai、Kubota Yoshiyuki、Shin Ishii
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009364。2021年9月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009364
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PMC8483376号
摘要 第条 PDF–270万
衣原体的上升受到子宫蠕动和中性粒细胞对感染的反应的调节
托林顿·卡伦、斯蒂芬·伍德科克、威廉米娜·梅·休斯顿
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009365。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009365
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第8448331页
摘要 第条 PDF–250万
网络动力学中的慢流形有效且稳健地编码工作记忆
Elham Ghazizadeh、ShiNung Ching
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009366。2021年9月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009366
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项目管理委员会8475983
摘要 第条 PDF–230万
模拟探讨无症状人类感染对非洲昏睡病传播和动力学的潜在影响
Maryam Aliee、Matt J.Keeling、Kat S.Rock
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009367。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009367
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项目管理委员会8459990
摘要 第条 PDF–220万
增强子或启动子组蛋白修饰对基因表达预测的差异贡献
马·冈萨雷斯-拉米雷斯、塞西莉亚·巴拉雷、弗朗西丝卡·穆贾内西、马尔特·贝林格、亚历山大·桑塔纳赫、恩里克·布兰科、卢西亚诺·迪克罗斯
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009368。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009368
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项目管理委员会8443064
摘要 第条 PDF–350万
蛋白质结构特征预测三种溶酶体储存障碍对药物伴侣治疗的反应性
Jaie Woodard、Wei Zheng、Yang Zhang
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009370。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009370
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项目管理委员会8478239
摘要 第条 PDF–918K
钠通道的失活模式定义了传统与非典型中脑多巴胺神经元的不同最大放电频率
Christopher J.Knowlton、Tabea Ines Ziouziou、Niklas Hammer、Jochen Roeper、Carmen C.Canavier
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009371。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009371
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PMC8480832号
摘要 第条 PDF–340万
FunOrder：一种通过计算分子协同进化识别重要生物合成基因的稳健半自动化方法
加布里埃尔·维格诺尔（Gabriel A.Vignolle）、丹尼斯·夏弗（Denise Schaffer）、利奥波德·泽赫特纳（Leopold Zehetner）、罗伯特·马赫（Robert L.Mach）、阿斯特里德·马赫（Astrid R.Mach-Aigner）、克里斯蒂安·
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009372。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009372
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PMC8476034号
摘要 第条 PDF–180万
利用层次生物学知识进行复杂性状的遗传解剖
田中秀nori、Jason F.Kreisberg、Trey Ideker
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009373。2021年9月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009373
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PMC8480841号
摘要 第条 PDF–280万
使用检测阳性率和报告病例率估计美国各州新冠肺炎流行率和血清流行率
Weihsueh A.Chiu、Martial L.Ndeffo-Mbah
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009374。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009374
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项目管理委员会8448371
摘要 第条 PDF–370万
从多重感染史重建接触网络结构和交叉免疫模式
克里斯蒂安·塞林格（Christian Selinger）、塞缪尔·阿里松（Samuel Alizon）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009375。2021年9月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009375
PMCID公司：
项目管理委员会8475980
摘要 第条 PDF–220万
ReFeaFi：驱动转录起始的调控元件的全基因组预测
Ramzan Umarov、Yu Li、Takahiro Arakawa、Satoshi Takizawa、Xin Gao、Erik Arner
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009376。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009376
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PMC8448322号
摘要 第条 PDF–280万
传统的内在兴奋性测量方法对真实突触输入下的神经元活动估计不足
阿德里安·萨博（Adrien Szabó）、卡塔琳·施莱特（Katalin Schlett）、阿提拉·苏奇（Attila Szücs）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009378。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009378
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第8478185页
摘要 第条 PDF–320万
SARS-CoV-2受体结合域抗体识别的结构和能量分析以及循环变异的影响
Rui Yin、Johnathan D.Guest、Ghazaleh Taherzadeh、Ragul Gowthaman、Ipsa Mittra、Jane Quackenbush、Brian G.Pierce
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009380。2021年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009380
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项目管理委员会8448325
摘要 第条 PDF–370万
合成微生物群细胞长度控制下的突发时空种群动态
James J.Winkle、Bhargav R.Karamched、Matthew R.Bennett、William Ott、Kreshimir Josić
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009381。2021年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009381
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项目管理委员会8489724
摘要 第条 PDF–220万
生物医学数据共享（BMDC）优先考虑1型糖尿病中的B淋巴细胞非编码基因变体
Samantha N.Piekos、Sadhana Gaddam、Pranav Bhardwaj、Prashanth Radhakrishnan、Ramanathan V.Guha、Anthony E.Oro
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009382。2021年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009382
PMCID公司：
PMC8483327号
摘要 第条 PDF–350万
昆虫中枢复合体中先天和后天视觉地标引导的统一机制
罗曼·古拉德、科妮莉亚·布埃尔曼、杰里米·尼文、保罗·格雷厄姆、芭芭拉·韦伯
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009383。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009383
PMCID公司：
PMC8491911
摘要 第条 PDF–410万
RNA依赖性RNA聚合酶的NiRAN结构域的表征为对抗严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型的潜在治疗靶点提供了见解
阿比塞克·德维迪、理查德·马里亚德塞、穆罕默德·艾哈迈德、萨扬·查克拉博蒂、迪普西卡·卡尔、萨蒂什·蒂瓦里、桑卡·巴塔查里亚、苏迪普塔声纳、沙林德拉·马尼、普拉福拉库马·泰勒、坦马伊·马朱姆达尔、杰亚拉曼·杰亚坎坦、比希特拉·库马尔·比斯瓦尔
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009384。2021年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009384
PMCID公司：
项目管理委员会8478224
摘要 第条 PDF–390万
FiCoS：用于生化网络的细粒度和粗粒度GPU驱动的确定性模拟器
安德烈亚·坦格罗尼（Andrea Tangherloni）、马尔科·诺比利（Marco S.Nobile）、保罗·卡扎尼加（Paolo Cazzaniga）、朱利娅·卡皮托利（Giulia Capitoli）、西蒙·斯波劳尔（Simone Spolaor）、莱昂纳多·伦多（Leonardo Rundo
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009410。2021年9月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009410
PMCID公司：
PMC8476010号
摘要 第条 PDF–190万
同位素：肿瘤中表位磷的同位素导向预测
Juan L.Trincado、Marina Reixachs Solé、Judith Pérez Granado、Tim Fugmann、Ferran Sanz、Jun Yokota、Eduardo Eyras
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009411。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009411
PMCID公司：
项目管理委员会8478223
摘要 第条 PDF–220万
混合计算模型证明了模拟复杂细胞网络在1型糖尿病中的实用性
史振珍、杨丽、马吉德·贾贝里·杜拉基
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009413。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009413
PMCID公司：
项目管理委员会8496846
摘要 第条 PDF–310万
大鼠自发感知漂移格子的全局运动方向
朱利奥·马特尤奇（Giulio Matteuci）、贝内德塔·扎特拉（Benedetta Zattera）、罗西拉里·贝拉科萨·马洛蒂（Rosilari Bellacosa Marotti）、戴维德·佐科兰（Davide Zoccolan）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009415。2021年9月14日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009415
PMCID公司：
PMC8462730型
摘要 第条 PDF–290万
表达伽玛振荡和异步状态的尖峰神经元网络的集成、符合检测和共振
爱德华达·苏辛（Eduarda Susin），阿兰·德斯特克斯（Alain Destexhe）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009416。2021年9月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009416
PMCID公司：
项目管理委员会8478196
摘要 第条 PDF–540万
细菌种群中表型依赖性变异和耐受性的出现
何塞·卡马乔·马图（JoséCamacho Mateu）、马特奥·塞雷西（Matteo Sireci）、米盖尔·穆尼奥斯（Miguel A.Muñoz）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009417。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009417
PMCID公司：
项目管理委员会8492070
摘要 第条 PDF–220万
药物引起的耐药性演变需要较少的积极治疗
蒂穆·库奥斯曼（Teemu Kuosmanen）、约翰内斯·凯恩斯（Johannes Cairns）、罗伯特·诺布尔（Robert Noble）、尼科·比伦文克尔（Niko Beerenwinkel）、托米·莫诺宁（Tommi Mononen）、维尔·马斯托宁（Ville Mustonen）
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009418。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009418
PMCID公司：
项目管理委员会8491903
摘要 第条 PDF–150万
异二聚体异二聚物的形成在BMP信号的生物物理模型中调节增强的传感器活性
Shahriar Karim博士、Aasakiran Madamanchi、James A.Dutko、Mary C.Mullins、David M.Umulis
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009422。2021年9月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009422
PMCID公司：
采购订单8509922
摘要 第条 PDF–140万
乙酰胆碱门控电流在非REM睡眠中将唤醒神经元的放电频率信息转换为基于棘波计时的代码，从而在记忆巩固期间稳定神经网络动力学
昆顿·斯奇林、博拉吉·埃尼瓦伊、布列塔尼·克劳森、詹姆斯·沙弗、尼科莱特·奥格尼亚诺夫斯基、萨拉·埃顿、米查尔·佐卓夫斯基
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009424。2021年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009424
PMCID公司：
项目管理委员会8483332
摘要 第条 PDF–440万
基于蜜蜂嗡嗡声的机器学习自动识别方法
Alison Pereira Ribeiro、Nádia Felix Felipe da Silva、Fernanda Neiva Mesquita、Priscila de Cássia Souza Araújo、Thierson Couto Rosa、JoséNeiva Mesquita-Neto
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009426。在线发布2021年9月16日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009426
PMCID公司：
项目管理委员会8478199
摘要 第条 PDF–160万
生态系统中的高集成度人类干预：跟踪自组织模式
Yuval R.Zelnik、Yair Mau、Moshe Shachak、Ehud Meron
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009427。2021年9月29日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009427
PMCID公司：
项目管理委员会8504872
摘要 第条 PDF–170万
复杂环境下的头部方向和路标编码模型
严一嘉、尼尔·伯吉斯、安德烈·比坎斯基
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009434。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009434
PMCID公司：
PMC8496825号
摘要 第条 PDF–480万
SARS-CoV-2人群暴露水平远高于血清流行率调查所建议的水平
陈思宇、詹妮弗·弗莱格、丽莎·J·怀特、里卡多·阿古斯
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009436。2021年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009436
PMCID公司：
项目管理委员会8483393
摘要 第条 PDF–110万
使用半监督变分自动编码器对动物行为视频中的可变性进行分区
Matthew R.Whiteway、Dan Biderman、Yoni Friedman、Mario Dipoppa、E.Kelly Buchanan、吴安琪、John Zhou、NiccolòBonacchi、Nathaniel J.Miska、Jean-Paul Noel、Erica Rodriguez、Michael Schartner、Karolina Socha、Anne E.Urai、C.Daniel Salzman、国际大脑实验室、John P.Cunningham、Liam Paninski
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009439。2021年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009439
PMCID公司：
项目管理委员会8489729
摘要 第条 PDF–510万
GRAFIMO：全基因组图上的变异和单倍型识别基序扫描
Manuel Tognon、Vincenzo Bonnici、Erik Garrison、Rosalba Giugno、Luca Pinello
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009444。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009444
PMCID公司：
项目管理委员会8519448
摘要 第条 PDF–140万
酶功能注释的实验和计算研究揭示了EC 1.1.3.15酶类中的错误注释
Elzbieta Rembeza，Martin K.M.Engqvist
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009446。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009446
PMCID公司：
PMC8491902号
摘要 第条 PDF–200万
密集凝聚力细胞群中的邻近增强扩散率
李贤圭，李京杰
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009447。2021年9月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009447
PMCID公司：
PMC8491951号
摘要 第条 PDF–330万
dG预测：用于代谢反应自由能预测和从头开始通道设计
Lin Wang、Vikas Upadhyay、Costas D.Maranas
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009448。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009448
PMCID公司：
项目管理委员会8496854
摘要 第条 PDF–310万
犬和人的转录组分析揭示了两种物种共同的癌症特异性基因模块和生物机制
Gregory J.Tawa、John Braisted、David Gerhold、Gurmit Grewal、Christina Mazcko、Matthew Breen、Gurusingham Sittampalam、Amy K.LeBlanc
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009450。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009450
PMCID公司：
下午8523068
摘要 第条 PDF–880万
动态电极到图像（DETI）映射揭示了人脑视觉信息的时空编码
Bruce C.Hansen、Michelle R.Greene、David J.Field
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009456。2021年9月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009456
PMCID公司：
第8496831页
摘要 第条 PDF–1000万

更正

更正：使用病毒系谱推断传播异质性：评估和有针对性的预防
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009359。2021年9月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009359
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2020年9月；16（9）：e1008122。
PMCID公司：
项目管理委员会8409687
更正 PDF–232K
更正：昆虫行走的分散控制：一个简单的神经网络解释了广泛的行为和神经生理学结果
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2021年9月；17（9）：e1009362。2021年9月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1009362
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2020年4月；16（4）：e1007804。
PMCID公司：
项目管理委员会8412292
更正 PDF–494K
文章来自PLOS计算生物学由以下人员提供多环芳烃