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第15卷（12）；2019年12月

教育类

分析网络数据的九个快速提示
文森特·迈勒、凯瑟琳·马蒂亚斯、圣罗宾、圣德拉伊
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007434。2019年12月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007434
PMCID公司：
PMC6922315型
第条 PDF–688K

观点

希腊和塞浦路斯计算生物学的建立：过去、现在和未来
阿纳斯塔西亚·查斯塔皮斯、米夏利斯·艾瓦利奥提斯、左夫特里斯·安吉利斯、阿纳斯塔希奥斯·夏纳拉里斯、伊奥安尼斯·伊利奥普洛斯、伊利亚斯·卡帕斯、克里斯托斯·卡拉皮普里斯、尼科斯·克尔皮德斯、埃文格洛斯·帕菲利斯、埃利夫瑟里奥斯·潘特里斯、潘泰利斯·托帕利斯、乔治·齐亚米斯、伊奥尼斯·维齐里亚纳基斯、Metaxia Vlassi、瓦西利斯·J·普罗波纳斯、克里斯托斯·A·奥佐乌尼斯
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007532。2019年12月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007532
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第条 PDF–841K

研究文章

关于合作伙伴的信息不完整会影响联合行动中合作策略的制定
Vinil T.Chackochan、Vittorio Sanguineti
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1006385。2019年12月12日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1006385
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PMC6907753型
摘要 第条 PDF–170万
昆虫温热狩猎对回声定位蝙蝠的益处及其对蝙蝠回声定位信号演变的影响
Arjan Boonman、Brock Fenton、Yossi Yovel
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1006873。2019年12月12日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1006873
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摘要 第条 PDF–180万
CaMKII十二聚体的多状态模型表明钙调素在维持自身磷酸化中的作用
马修·法里斯（Matthew C.Farris）、尼尔·M·帕特尔（Neal M.Patel）、泰勒·G·范戴克（Tyler G.VanDyk）、托马斯·M·巴托尔（Thomas M.Bartol）、特伦斯·J·塞诺维斯基（Terrence J.Sejnowski）、玛丽·B·肯尼迪（Mary B.Kenne
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1006941。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1006941
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摘要 第条 PDF–250万
自闭症特征影响信息抽样的策略多样性：来自两阶段决策模型的见解
陆浩阳、李毅、张杭
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1006964。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1006964
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摘要 第条 PDF–240万
运动预测可以对自由运动的模型生物进行模拟核磁共振成像
马库斯·赖舍尔、马津·朱达、尼尔·麦金农、埃尔文·福勒、娜塔莉亚·巴赫蒂娜、安德烈亚斯·巴施卡特、拉尔夫·米库特、扬·G·科尔文克
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1006997。在线发布2019年12月19日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1006997
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摘要 第条 PDF–220万
通过内部模型的形成实现运动学习的动力学
卡米拉·皮耶拉（Camilla Pierella）、毛拉·卡萨迪奥（Maura Casadio）、费迪南多·穆萨·伊瓦尔迪（Ferdinando A.Mussa-Ivaldi）、萨拉·索拉（Sara A.Solla）
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007118。2019年12月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007118
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摘要 第条 PDF–170万
NUFEB：用于微生物群落个性化建模的大规模并行模拟器
Bowen Li、Denis Taniguchi、Jayathilake Pahala Gedara、Valentina Gogulancea、Rebeca Gonzalez-Cabaleiro、Jinju Chen、Andrew Stephen McGough、Irina Dana Ofiteru、Thomas P.Curtis、Paolo Zuliani
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007125。2019年12月12日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007125
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摘要 第条 PDF–350万
核的相互运动促进假复层上皮的根尖扩张，但损害了根尖伸长
玛丽娜·费雷拉、伊万杰琳·德斯平·吉塔德、费尔南多·杜阿尔特、皮埃尔·德贡德、埃里克·塞维诺
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007171。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007171
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摘要 第条 PDF–240万
基于细胞的概率方法揭示了miRNA的协同作用
Shelly Mahlab-Aviv、Nathan Linial、Michal Linial
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007204。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007204
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摘要 第条 PDF–270万
重新审视MODELLER用于蛋白质同源性建模的“空间约束满足”方法
贾科莫·詹森、亚历山德罗·格罗特西、马可·彼得罗桑托、加布里埃·奥塞洛、朱利亚·瓜格利尼、亚历桑德罗·帕亚迪尼
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007219。2019年12月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007219
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摘要 第条 PDF–240万
利用复曲面系统理论从单细胞、多重数据推断反应网络结构
Shu Wang、Jia-Ren Lin、Eduardo D.Sontag、Peter K.Sorger
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007311。2019年12月6日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007311
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摘要 第条 PDF–320万
一种新的基于机器学习的iPS祖细胞识别方法
张海山、邵锡明、尹鹏、滕燕宁、Konda Mani Saravanan、张慧玲、李洪昌、魏燕杰
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007351。2019年12月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007351
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摘要 第条 PDF–320万
小鼠听觉皮层自发相关活动的稳定性
理查德·贝策尔（Richard F.Betzel）、凯瑟琳·伍德（Katherine C.Wood）、克里斯托弗·安杰洛尼（Christopher Angeloni）、玛丽亚·奈马克·格芬（Maria Neimark Geffen）、丹妮尔·巴塞特
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007360。2019年12月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007360
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2022年6月；18（6）：e1010232。
PMCID公司：
第968873页
摘要 第条 PDF–240万
用于关联感兴趣基因的基准网络算法
艾比·希尔（Abby Hill）、斯科特·格莱姆（Scott Gleim）、弗洛里安·基弗（Florian Kiefer）、弗雷德里克·西戈利特（Frederic Sigoillot）、约瑟夫·卢雷罗（Joseph Loureiro）、杰里米·詹金斯（Jeremy Jenkins）、梅
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007403。2019年12月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007403
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摘要 第条 PDF–100万
基于多区域电扩散模型的谷氨酸和NMDA受体在皮层扩散抑制中作用的计算研究
奥斯汀·塔特尔、豪尔赫·里埃拉·迪亚兹、森喜朗
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007455。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007455
PMCID公司：
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摘要 第条 PDF–440万
cellular-Potts模型中从能量到细胞力：一种算法方法
Elisabeth G.Rens、Leah Edelstein-Keshet
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007459。2019年12月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007459
PMCID公司：
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摘要 第条 PDF–500万
乳腺癌中Bcl-2蛋白相互作用组在转录、突变和结构水平上的变化
西蒙·马蒂斯·科尼（Simon Mathis König）、文德拉·里斯勒（Vendela Rissler）、泰尔德·特克尔森（Thilde Terkelsen）、马蒂奥·兰布鲁吉（Matteo Lambrughi）、埃琳娜·帕帕里奥
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007485。2019年12月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007485
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摘要 第条 PDF–300万
用贝叶斯多元自回归模型估计病原体动力学的时间协方差
科莱特·梅尔（Colette Mair）、塞玛·尼克巴赫（Sema Nickbakhsh）、理查德·里夫（Richard Reeve）、吉姆·麦克梅纳明（Jim McMenamin）、阿琳·雷诺兹（Arlene Reynolds）、罗里·甘森（Rory N.Gunson）、巴勃罗·穆尔西亚（
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007492。在线发布2019年12月13日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007492
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摘要 第条 PDF–230万
细菌群落中相关渗流的统计
翟小玲、约瑟夫·拉金、凯托·基库奇、塞缪尔·雷德福德、乌萨西·罗伊、古罗尔·穆苏埃尔、安德鲁·穆格勒
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007508。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007508
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项目经理C6907856
摘要 第条 PDF–210万
CDSeq：一种新的完全反褶积方法，用于使用基因表达数据解剖异质样本
Kai Kang、Qian Meng、Igor Shats、David M.Umbach、Melissa Li、Yuanyuan Li、Xiaoling Li、Leping Li
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007510。在线发布2019年12月2日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007510
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摘要 第条 PDF–230万
复制叉速度的随机性在DNA复制动力学中起着关键作用
Razie Yousefi、Maga Rowicka
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007519。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007519
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项目经理C6975548
摘要 第条 PDF–220万
人类肠道微生物群多级营养组织的证据
Tong Wang、Akhat Goyal、Veronika Dubinkina、Sergei Maslov
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007524。2019年12月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007524
PMCID公司：
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摘要 第条 PDF–140万
代谢和基因表达的基因组尺度模型提供了酸应激反应的多尺度描述大肠杆菌
杜斌（Bin Du）、杨劳伦斯（Laurence Yang）、科尔顿·劳埃德（Colton J.Lloyd）、新芳（Xin Fang）、伯恩哈德·奥·帕尔森（Bernhard O.Palsson）
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007525。2019年12月6日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007525
PMCID公司：
PMC6897400型
摘要 第条 PDF–240万
计算泛基因组映射和成对SNP距离改进了结核分枝杆菌变速箱组
克里斯汀·詹德拉西特（Christine Jandrasit）、斯特凡·克罗格（Stefan Kröger）、沃尔特·哈斯（Walter Haas）、伯恩哈德·里纳德（Bernhard Y.Renard）
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007527。2019年12月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007527
PMCID公司：
第922483页
摘要 第条 PDF–170万
细胞代谢集成建模中的统计推断
Tuure Hameri、Marc-Olivier Boldi、Vassily Hatzimanikatis
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007536。2019年12月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007536
PMCID公司：
PMC6922442型
摘要 第条 PDF–230万
下一代测序的对数率分子取样
卡罗琳·霍恩，朱莉娅·萨尔兹曼
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007537。2019年12月12日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007537
PMCID公司：
第932819页
摘要 第条 PDF–1.2米
CBNA：一种基于控制理论的识别编码和非编码癌症驱动因素的方法
Vu V.H.Pham、Lin Liu、Cameron P.Bracken、Gregory J.Goodall、Qi Long、Jiuyong Li、Thuc D.Le
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007538。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007538
PMCID公司：
PMC6907873型
摘要 第条 PDF–240万
小空间中的质子：囊泡酸化的离散模拟
阿佩克沙·辛格（Apeksha Singh）、弗兰克·V·马可林（Frank V.Marcoline）、萨洛姆·维沙古里（Salome Veshaguri）、艾美·W·高（Aimee W.Kao）、马塞尔·布鲁切斯（Marcel Bruchez）、约瑟夫·明德尔（Joseph A.Mindel
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007539。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007539
PMCID公司：
PMC6946529型
摘要 第条 PDF–210万
通过二级优化将lncRNAs与小分子结合，揭示癌症相关的lncRNA
王勇翠、陈石龙、陈洛南、王勇
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007540。2019年12月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007540
PMCID公司：
PMC6948815型
摘要 第条 PDF–180万
重叠矩阵补全法预测药物相关适应症
杨梦云、罗惠民、李耀航、吴方祥、王建新
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007541。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007541
PMCID公司：
PMC6946175型
摘要 第条 PDF–300万
多能干细胞分化的自动微尺度RNA-seq揭示了人类和小鼠基因表达动力学的早期差异
Christopher Barry、Matthew T.Schmitz、Cara Argus、Jennifer M.Bolin、Mitchell D.Probasco、Ning Leng、Bret M.Duffin、John Steill、Scott Swanson、Brian E.McIntosh、Ron Stewart、Christina Kendziorski、James A.Thomson、Rhonda Bacher
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007543。2019年12月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007543
PMCID公司：
PMC6922475型
摘要 第条 PDF–320万
抑制对码率效率指标的影响
托马斯·巴塔（Tomas Barta），卢博米尔·科斯塔尔（Lubomir Kostal）
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007545。2019年12月2日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007545
PMCID公司：
项目经理C6907877
摘要 第条 PDF–240万
外场趋化作用：活性磁性生物物质的模拟
Agnese Codutti、Klaas Bente、Damien Faivre、Stefan Klumpp
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007548。2019年12月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007548
PMCID公司：
PMC6941824型
摘要 第条 PDF–250万
回声定位蝙蝠避开非定位障碍物的机器人模型
卡尔·布曼苏尔（Carl Bou Mansour）、以利亚·科尔曼（Elijah Koreman）、扬·斯特克尔（Jan Steckel）、赫伯特·佩雷曼斯（Herbert Peremans）、迪特尔·范德利斯特（Dieter Vanderelst）
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007550。2019年12月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007550
PMCID公司：
PMC6941896型
摘要 第条 PDF–200万
通信路径动态切换的神经网络探索
Holger Finger、Richard Gast、Christian Gerloff、Andreas K.Engel、Peter König
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007551。2019年12月16日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007551
PMCID公司：
PMC6936858型
摘要 第条 PDF–220万
ForestQC：使用随机森林对来自下一代测序数据的遗传变异进行质量控制
李佳进、布兰登·犹太人、詹玲玉、黄松国、乔瓦尼·科波拉、尼尔森·B·弗雷默、南宰勋
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007556。2019年12月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007556
PMCID公司：
PMC6938691型
摘要 第条 PDF–170万
基因组序列模体的卷积神经网络表示学习
Peter K.Koo、Sean R.Eddy
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007560。在线发布2019年12月19日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007560
PMCID公司：
PMC6941814型
摘要 第条 PDF–200万
以青少年为中心的艾滋病毒治疗对广义异性恋人群预防工作的巨大益处：基于代理的模拟模型
约翰·米特勒（John E.Mittler）、詹姆斯·墨菲（James T.Murphy）、莎拉·斯坦斯菲尔德（Sarah E.Stansfield
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007561。2019年12月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007561
PMCID公司：
PMC6938382型
摘要 第条 PDF–350万
急性快速耐药复发驱动因素NalD突变的系统水平分析铜绿假单胞菌感染
严进元、埃斯坦布利、陈廖、胡克·金、乔纳森·蒙克、雷耶斯·拉赫曼、Mini Kamboj、伯恩哈德·奥·帕尔森、邱伟刚、若昂·哈维尔
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007562。2019年12月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007562
PMCID公司：
PMC6944390型
摘要 第条 PDF–350万
覆盖单位变异性的球状浓密细胞神经元种群模型
阿希达、海伦·海纳曼、尤塔·克雷茨伯格
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007563。2019年12月27日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007563
PMCID公司：
PMC6934273型
摘要 第条 PDF–390万
调控背景驱动甘氨酸核糖开关适配体的保护
Matt Crum、Nikhil Ram-Mohan、Michelle M.Meyer
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007564。2019年12月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007564
PMCID公司：
PMC6944388型
摘要 第条 PDF–370万
Rossmann-like结构域的功能分析揭示了拓扑和反应路径的收敛演化
Kirill E.Medvedev、Lisa N.Kinch、R.Dustin Schaeffer、Nick V.Grishin
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007569。2019年12月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007569
PMCID公司：
PMC6957218型
摘要 第条 PDF–630万
精细的家庭结构塑造了家庭中的流感传播风险：来自松本市小学的见解，2014/15
Akira Endo、Mitsuo Uchida、Adam J.Kucharski、Sebastian Funk
公共科学图书馆计算生物学。2019年12月；15（12）：e1007589。2019年12月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1007589
PMCID公司：
第959609页
摘要 第条 PDF–180万
文章来自PLOS计算生物学由以下人员提供多环芳烃