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第13卷（9）；2017年9月

教育类

eBioKit，一个独立的生物信息学教育平台
拉斐尔·埃尔南德斯·德迪戈（Rafael Hernández-de-Diego）、艾蒂安·德维利尔斯（Etienne P.de Villiers）、托马斯·克林斯特罗姆（Tomas Klingström）、哈德里安·古雷（Hadrien Gourlé）、安娜·科内萨（Ana Conesa）、埃里克·
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005616。2017年9月14日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005616
PMCID公司：
项目编号：C5598936
摘要 第条 PDF–700万

社论

计算如何促进微生物组学研究？
Ruth Nussinov、Jason A.Papin
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005547。2017年9月21日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005547
PMCID公司：
PMC5608165型
第条 PDF–426K
论文结构的十条简单规则
Brett Mensh，Konrad Kording
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005619。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005619
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年11月；13（11）：e1005830。
PMCID公司：
PMC5619685
第条 PDF–100万
在拉丁美洲成功完成研究生学位的十条简单规则
Ernesto Ruelas Inzunza、Gabriela I.Salazar-Rivera、Magdiel Láinez、Maria Guadalupe Ruiz-Gomez、Carlo a.Domínguez-Eusebio、Griselda Cristóbal-Sánchez、Issaac a.Teodosio Faustino、Edel Pérez-López、Meagan L.Campbell、Marcus Vinicius Merfa、Ivonne Tatiana Latore Beltran、Fernanda Armas、Claudio Mota-Vargas
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005682。2017年9月21日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005682
PMCID公司：
下午C5608164
第条 PDF–110万
制定导师-学员期望文档的十条简单规则
Kristyn S.Masters，Pamela K.Kreeger
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005709。2017年9月21日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005709
PMCID公司：
项目编号：5608163
第条 PDF–323K

研究文章

将动态大脑状态与动态机器状态联系起来：语音识别问题的人机解决方案
蔡文菲尔德、李苏、刘迅英、张超、菲尔·伍德兰、安德鲁·思威茨、伊丽莎白·方特诺、威廉·D·马斯伦·威尔逊
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005617。2017年9月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005617
PMCID公司：
PMC5612454型
摘要 第条 PDF–1400万
短期可塑性导致神经元突触后放电的相位变化
马克·麦克唐纳（Mark D.McDonnell）、布鲁斯·格雷厄姆（Bruce P.Graham）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005634。2017年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005634
PMCID公司：
PMC5627952
摘要 第条 PDF–570万
DeepPep：从肽谱推断深层蛋白质组
Minseung Kim、Ameen Eetemadi、Ilias Tagkopoulos
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005661。2017年9月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005661
PMCID公司：
PMC5600403型
摘要 第条 PDF–420万
n端肉豆蔻酰化Gα对腺苷酸环化酶5的抑制机制探讨i1号机组
Siri Camee van Keulen、Ursula Rothlisberger
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005673。2017年9月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005673
PMCID公司：
PMC5608429型
摘要 第条 PDF–300万
乳腺癌患者血液系统反应与肿瘤的相互作用
凡妮莎·杜缪、比约恩·弗朱克斯塔德、汉斯·福约森、詹·奥勒·弗兰岑、玛丽特·穆里·霍尔曼、恩诺·罗德杰兹、埃伦·施利钦、安妮·利丝·博雷森·代尔、拉尔斯·艾洛·邦戈、埃利夫·隆德、迈克尔·哈列特
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005680。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005680
PMCID公司：
PMC5619688型
摘要 第条 PDF–700万
网络流行病学的成本效益疫苗接种协议
Petter Holme、Nelly Litvak
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005696。2017年9月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005696
PMCID公司：
PMC5608431型
摘要 第条 PDF–580万
使用接触调查和人口数据预测152个国家的社会接触矩阵
基沙·普雷姆、亚历克斯·R·库克、马克·吉特
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005697。2017年9月12日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005697
PMCID公司：
项目编号：5609774
摘要 第条 PDF–740万
两种被动机械条件调节外毛细胞的发电
刘燕菊、谢丽尔·格雷瑟夫斯基、琼勋南
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005701。2017年9月7日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005701
PMCID公司：
项目经理5604991
摘要 第条 PDF–740万
利用奖励尖峰时间依赖可塑性的多层网络学习觅食任务
帕维尔·桑达（Pavel Sanda）、史蒂文·斯科尔海姆（Steven Skorheim）、马克西姆·巴热诺夫（Maxim Bazhenov）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005705。2017年9月29日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005705
PMCID公司：
项目编号：5636167
摘要 第条 PDF–1200万
阿尔茨海默病计算模型中改变神经元兴奋性以保持网络连通性
Willem de Haan、Elisabeth C.W.van Straaten、Alida A.Gouw、Cornelis J.Stam
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005707。2017年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005707
PMCID公司：
PMC5627940
摘要 第条 PDF–460万
共表达域与染色质三维组织的关系分析
玛丽亚·索勒·奥利瓦（María E.Soler-Oliva）、何塞·格雷罗·马丁内斯（Joséa.Guerrero-Martínez）、瓦伦蒂娜·巴切蒂（Valentina Bachetti）、何塞·C·雷耶斯（Jose C.Reyes）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005708。2017年9月13日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005708
PMCID公司：
PMC5612749
摘要 第条 PDF–610万
漏斗势和通量景观决定了状态和流的稳定性：裂变酵母细胞周期
罗晓生、徐柳芳、韩波、王金
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005710。2017年9月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005710
PMCID公司：
PMC5608438型
摘要 第条 PDF–750万
建模和理解小鼠胚胎干细胞非平衡基因调控网络的概念和计算框架
Richard B.Greaves、Sabine Dietmann、Austin Smith、Susan Stepney、Julianne D.Halley
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005713。2017年9月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005713
PMCID公司：
第599049页
摘要 第条 PDF–310万
弱电鱼不同的感受野组织在三个平行的感觉图上产生几乎相同的神经相关性
沃克·霍夫曼（Volker Hofmann）、莫里斯·查克罗（Maurice J.Chacron）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005716。在线发布2017年9月1日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005716
PMCID公司：
项目编号：C5599069
摘要 第条 PDF–380万
巨细胞病毒感染性再激活解释血清流行的年龄和性别特异性模式
米歇尔·范博文（Michiel van Boven）、扬·范德卡斯泰尔（Jan van de Kassteele）、马约莱因·科尔德瓦尔（Marjolein J.Kornewal）、克里斯蒂安·范多普（Christiaan H.van Dorp）、米尔贾姆·克雷茨赫玛（Mirjam Kretzschmar）、菲奥娜·范德克利斯（Fiona van der K
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005719。2017年9月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005719
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2019年6月；15（6）：e1007146。
PMCID公司：
PMC5630159
摘要 第条 PDF–310万
量化抗血管生成和化疗药物组合对药物传递和治疗效果的影响
Sirin Yonucu、Defne Yálmaz、Colin Phipps、Mehmet Burcin Unlu、Mohammad Kohandel
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005724。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/journal.pcbi.1005724
PMCID公司：
项目编号：5633204
摘要 第条 PDF–1200万
通过介观模拟探索真核细胞力学
基里尔·利科夫（Kirill Lykov）、雅萨曼·内马塔巴赫什（Yasaman Nematbakhsh）、孟林·尚（Menglin Shang）、奇威·特克·林（Chwee Teck Lim）、伊戈尔·皮夫金（Igor V.Pivkin）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005726。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/journal.pcbi.1005726
PMCID公司：
PMC5619828
摘要 第条 PDF–350万
kWIP:k-mer加权内积从头开始遗传相似性估计
Kevin D.Murray、Christfried Webers、Cheng Soon Ong、Justin Borevitz、Norman Warthmann
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005727。2017年9月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/journal.pcbi.1005727
PMCID公司：
PMC5600398型
摘要 第条 PDF–460万
群体FBA预测酵母的代谢表型
Piyush Labhsetwar、Marcelo C.R.Melo、John A.Cole、Zaida Luthey-Schulten
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005728。2017年9月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005728
PMCID公司：
PMC5626512
摘要 第条 PDF–1000万
利用Lux生物发光报告子重建启动子活性
穆达萨·伊克巴尔（Mudassar Iqbal）、尼尔·多尔蒂（Neil Doherty）、安娜·佩奇（Anna M.L.Page）、萨拉·N.A.卡齐（Saara N.A.Qazi）、伊斯汉·阿杰梅拉（Ishan Ajmera）、彼得·隆德（Peter A.Lund）、西奥多·基普拉奥斯（Theod
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005731。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005731
PMCID公司：
PMC5619816
摘要 第条 PDF–230万
流动性可以通过涌现的自我激励动力促进合作的演变
Jaideep Joshi、Iain D Couzin、Simon A Levin、Vishwesha Guttal
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005732。2017年9月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005732
PMCID公司：
PMC5607214型
摘要 第条 PDF–280万
HIV-1 Gag贩运和聚合的数学建模与定量分析
刘月武、邹秀芬
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005733。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005733
PMCID公司：
PMC5619834
摘要 第条 PDF–1200万
病毒和人内核糖体进入位点的序列特征及其活性预测
Alexey A.Gritsenko、Shira Weingarten-Gabay、Shani Elias-Kirma、Ronit Nir、Dick de Ridder、Eran Segal
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005734。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005734
PMCID公司：
PMC5630158型
摘要 第条 PDF–450万
考虑所有人类电压门控钠通道亚型宏观电流的单一Markov型动力学模型
Pietro Balbi、Paolo Massobrio、Jeanette Hellgren Kotaleski
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005737。在线发布2017年9月1日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005737
PMCID公司：
项目编号：C5599066
摘要 第条 PDF–1200万
从突触前和突触后放电估计短期突触可塑性
Abed Ghanbari、Aleksey Malyshev、Maxim Volgushev、Ian H.Stevenson
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005738。2017年9月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005738
PMCID公司：
PMC5600391型
摘要 第条 PDF–1100万
保守和组织特异性基因相互作用的复合网络揭示了神经胶质瘤中可能的遗传相互作用
安德烈·沃伊格特（AndréVoigt）、卡贾·诺威克（Katja Nowick）、艾文德·阿尔马斯（Eivind Almas）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005739。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005739
PMCID公司：
下午5点634634
摘要 第条 PDF–410万
综合发展轨迹
Paul Villoutreix、Joakim Andén、Bomyi Lim、Hang Lu、Ioannis G.Kevrekidis、Amit Singer、Stanislav Y.Shvartsman
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005742。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005742
PMCID公司：
PMC5619836
摘要 第条 PDF–810万
花转变的逻辑：逆转控制侧器官特性的开关
Jean-Louis Dinh、Etienne Farcot、Charlie Hodgman
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005744。2017年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005744
PMCID公司：
项目编号：5624648
摘要 第条 PDF–390万
医院抗生素治疗模型：系统方法显示联合治疗优于循环、混合和单药治疗
Burcu Tepekule、Hildegard Uecker、Isabel Derungs、Antoine Frenoy、Sebastian Bonhoeffer
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005745。2017年9月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005745
PMCID公司：
PMC5600366
摘要 第条 PDF–390万
利用药物脉冲序列中的生态学促进人口减少
玛丽安·鲍尔（Marianne Bauer）、伊莎贝拉·格拉芙（Isabella R.Graf）、Vudtiwat Ngampruetikorn、格雷格·史蒂芬斯（Greg J.Stephens）、埃尔文·弗雷（Erwin Frey）
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005747。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005747
PMCID公司：
PMC5643144
摘要 第条 PDF–970万
基于结构的分子模拟揭示细胞质动力蛋白的变构构象变化级联
久保新太郎、李文飞、高田昭二
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005748。2017年9月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005748
PMCID公司：
PMC5608440型
摘要 第条 PDF–530万
有限的突触过度生产可以加快发展，但有时会带来长期能量和歧视惩罚
Harang Ju、Costa M.Colbert、William B.Levy
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005750。2017年9月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005750
PMCID公司：
项目编号：5627944
摘要 第条 PDF–310万
对偶然变化的灵活性区分了人类的习惯性策略和目标导向策略
Julie J.Lee、Mehdi Keramati
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005753。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005753
PMCID公司：
项目编号：5634647
摘要 第条 PDF–150万
小脑颗粒层生理苔藓纤维输入的时空网络编码
Shyam Kumar Sudhakar、Sungho Hong、Ivan Raikov、Rodrigo Publio、Claus Lang、Thomas Close、Daqing Guo、Mario Negrello、Erik De Schutter
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005754。2017年9月21日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005754
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2019年10月；15（10）：e1007472。
PMCID公司：
PMC5626500
摘要 第条 PDF–1300万
代谢核心模型阐明了葡萄糖和谷氨酰胺利用率的提高以及谷氨酰胺依赖性乳酸生成的增加如何促进癌细胞生长：WarburQ效应
基亚拉·达米亚尼、里卡多·科伦坡、丹尼尔拉·加格利奥、法布里奇亚·马斯特罗亚尼、达里奥·佩西尼、汉斯·维克托·韦斯特霍夫、吉安卡洛·毛里、马可·瓦诺尼、莉莉亚·阿尔贝吉纳
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005758。2017年9月28日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005758
PMCID公司：
项目编号：5634631
摘要 第条 PDF–1000万
RNA选择性剪接的随机原理
胡建飞、埃利·鲍里茨、威廉·怀利、丹尼尔·杜克
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005761。2017年9月14日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005761
PMCID公司：
PMC5614656
摘要 第条 PDF–330万
自然捕获全局耦合和临界性的神经种群概率模型
Jan Humplik，加什佩·特卡奇克
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005763。2017年9月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005763
PMCID公司：
项目编号：5621705
摘要 第条 PDF–1400万
C反应蛋白上调CD59型-综合分析
Kaido Lepik、Tarmo Annilo、Viktorija Kukuškina、eQTLGen Consortium、Kai Kisand、Zoltán Kutalik、Pärt Peterson、Hedi Peterson
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005766。2017年9月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005766
PMCID公司：
第609773页
摘要 第条 PDF–220万
被动肌肉拉伸过程中肌梭的力编码
Kyle P.Blum、Boris Lamotte D'Incamps、Daniel Zytnicki、Lena H.Ting
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005767。2017年9月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005767
PMCID公司：
项目编号：5634630
摘要 第条 PDF–470万
预测表示可以将基于模型的强化学习与无模型机制联系起来
Evan M.Russek、Ida Momennejad、Matthew M.Botvinick、Samuel J.Gershman、Nathaniel D.Daw
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005768。2017年9月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005768
PMCID公司：
PMC5628940
摘要 第条 PDF–460万
通过权衡布线成本和效率，揭示灵长类连接体的空间和功能分离与整合特征
Yuhan Chen、Shengjun Wang、Claus C.Hilgetag、Changsong Zhou
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005776。2017年9月29日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005776
PMCID公司：
项目编号：5645157
摘要 第条 PDF–1000万
相关受体转运过程缓冲单细胞异质性
斯特凡·卡伦伯格、安妮·昂格、斯特凡·莱格维、康斯坦蒂诺斯·林佩罗普洛斯、乌苏拉·克林米勒、罗兰·艾尔斯、德克·彼得·赫滕
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005779。2017年9月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005779
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2018年3月；14（3）：e1006037。
PMCID公司：
PMC5659801型
摘要 第条 PDF–6000万

更正

更正：块状GEM：为目标代谢物的生物合成系统生成子网络和基本平衡集总反应
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005764。2017年9月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005764
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年7月；13（7）：e1005513。
PMCID公司：
PMC5604932型
更正 PDF–310K
更正：环境介导传染病传播模型的剂量反应关系
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005765。2017年9月20日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005765
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年4月；13（4）：e1005481。
PMCID公司：
PMC5606921型
更正 PDF–265K
更正：多尺度方法测定光活性黄色蛋白信号状态集成
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2017年9月；13（9）：e1005770。2017年9月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005770
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2014年10月；10（10）：e1003797。
PMCID公司：
PMC5612452型
更正 PDF–267K
文章来自PLOS计算生物学由以下人员提供多环芳烃