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第13卷（5）；2017年5月

教育类

Jupyter和Galaxy:为生物医学研究人员放宽复杂数据分析的进入壁垒
比约恩·A·格林、埃里克·拉什、鲍里斯·雷博莱多·贾拉米洛、卡尔·埃伯哈特、托尔斯滕·霍瓦尔特、约翰·奇尔顿、内特·科拉尔、罗尔夫·巴科芬、詹姆斯·泰勒、安东·内克鲁滕科
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005425。2017年5月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005425
PMCID公司：
项目编号：5444614
摘要 第条 PDF–340万

主题页面

转录组学技术
罗汉·洛（Rohan Lowe）、尼尔·雪莉（Neil Shirley）、马克·布莱克利（Mark Bleackley）、斯蒂芬·多兰（Stephen Dolan）、托马斯·沙菲（Thomas Shafee）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005457。2017年5月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005457
PMCID公司：
第536640页
摘要 第条 PDF–320万

社论

关于预印本提交需要考虑的十条简单规则
Philip E.Bourne、Jessica K.Polka、Ronald D.Vale、Robert Kiley
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005473。2017年5月4日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005473
PMCID公司：
项目编号：5417409
第条 PDF–342K
充分利用本科生研究生涯的十条简单规则
余梅根、郭玉敏
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005484。2017年5月4日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005484
PMCID公司：
项目编号：5417415
第条 PDF–364K
跨学科博士生存的十条简单规则
塞缪尔·德姆哈特（Samuel Demharter）、尼古拉斯·皮尔斯（Nicholas Pearce）、凯莉·比蒂（Kylie Beattie）、伊莎贝尔·弗罗斯特（Isabel Frost）、金宇·利姆（Jinwoo Leem）、阿利斯泰尔·马丁（Alistair Martin）、罗伯特·奥本海默（Robert Oppenheimer）、克里斯蒂安·里吉普（Cristian Regep）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005512。2017年5月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005512
PMCID公司：
PMC5444598型
第条 PDF–772K

研究文章

利用亚纳米孔传感器鉴定单分子蛋白质
Mikhail Kolmogorov、Eamonn Kennedy、Zhuxin Dong、Gregory Timp、Pavel A.Pevzner
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005356。在线发布2017年5月9日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005356
PMCID公司：
PMC5423552
摘要 第条 PDF–580万
序贯推理作为一种认知方式及其在额叶顶叶和海马脑区的相关性
Thomas H.B.FitzGerald、Dorothea Hämmerer、Karl J.Friston、Shu-Chen Li、Raymond J.Dolan
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005418。2017年5月9日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005418
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年12月；13（12）：e1005908。
PMCID公司：
项目编号：5441656
摘要 第条 PDF–400万
具有实时eXperiment接口（RTXI）的硬实时闭环电生理
Yogi A.Patel、Ansel George、Alan D.Dorval、John A.White、David J.Christini、Robert J.Butera
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005430。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005430
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年7月；13（7）：e1005656。
PMCID公司：
项目编号：5469488
摘要 第条 PDF–1300万
局灶性癫痫不同发作模式的机制
王玉江、安德鲁·特雷维利安、安东尼奥·瓦伦丁、冈萨洛·阿拉尔肯、彼得·泰勒、马库斯·凯泽
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005475。2017年5月4日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005475
PMCID公司：
第54171416页
摘要 第条 PDF–290万
利用高斯过程识别单细胞实时成像时间序列中的随机振荡
Nick E.Phillips、Cerys Manning、Nancy Papalopulu、Magnus Rattray
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005479。2017年5月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005479
PMCID公司：
PMC5444866
摘要 第条 PDF–310万
MAGERI：分子编码靶向重测序的计算管道
米哈伊尔·舒盖（Mikhail Shugay）、安德鲁·扎雷茨基（Andrew R.Zaretsky）、德米特里·沙金（Dmitriy A.Shagin）、伊琳娜·沙吉纳（Irina A.Shagina）、伊万·沃尔琴科夫（Ivan A.Volchenkov）、安德鲁·阿谢伦科夫（Andrew-A.Shelenkov
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005480。2017年5月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005480
PMCID公司：
第5419444页
摘要 第条 PDF–6000万
分子记录器的核苷酸时间比对
Thaddeus R.Cybulski、Edward S.Boyden、George M.Church、Keith E.J.Tyo、Konrad P.Kording
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005483。2017年5月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005483
PMCID公司：
PMC5432193
摘要 第条 PDF–330万
结合推断的调控和重建的代谢网络增强酵母表型预测
王卓、塞缪尔·丹泽格、本杰明·迪夫纳、马舒伊、詹妮弗·史密斯、宋丽、瑟斯顿·赫里克斯、埃文格洛斯·西梅尼迪斯、尼汀·巴利加、约翰·艾奇森、内森·普莱斯
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005489。2017年5月17日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005489
PMCID公司：
项目编号：C5453602
摘要 第条 PDF–200万
运动适应对新运动动力学的衰退揭示了运动状态依赖学习稳定性的不对称性
Eghbal A.Hosseini、Katrina P.Nguyen、Wilsaan M.Joiner
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005492。2017年5月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005492
PMCID公司：
PMC5440062型
摘要 第条 PDF–230万
传染病暴发中系统发育树和传播树的同时推断
Don Klinkenberg、Jantien A.Backer、Xavier Didelot、Caroline Colijn、Jacco Wallinga
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005495。2017年5月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005495
PMCID公司：
下午524636
摘要 第条 PDF–450万
共发生蛋白磷酸化在功能上相关
李莹、周雪娅、翟子超、李婷婷
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005502。2017年5月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005502
PMCID公司：
项目编号：5432191
摘要 第条 PDF–330万
混沌平衡神经网络中的慢扩散动力学
尼姆罗德·沙哈姆（Nimrod Shaham）、约拉姆·伯拉克（Yoram Burak）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005505。2017年5月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005505
PMCID公司：
下午5242195
摘要 第条 PDF–430万
phyC：聚类癌症进化树
松井优介、新田松下、上上龙郎、三森浩、宫野佐治、岛村泰倍
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005509。2017年5月1日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005509
PMCID公司：
项目编号：5432190
摘要 第条 PDF–580万
混合模型揭示了RNA-Seq数据中的多种位置偏差类型，并导致准确的转录物浓度估计
安德烈亚斯·图尔克（Andreas Tuerk）、格雷戈·威克托林（Gregor Wiktorin）、塞拉特·居勒（Serhat Güler）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005515。2017年5月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005515
PMCID公司：
项目编号：5448817
摘要 第条 PDF–750万
自动跟踪运动和变形大脑中的神经元
Jeffrey P.Nguyen、Ashley N.Linder、George S.Plummer、Joshua W.Shaevitz、Andrew M.Leifer
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005517。2017年5月18日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005517
PMCID公司：
项目编号：5436637
摘要 第条 PDF–350万
通过阿尔法节律中的枕叶诱发相移对皮层γ带通信的自顶向下控制
Silvan Quax、Ole Jensen、Paul Tiesinga
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005519。在线发布2017年5月4日。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005519
PMCID公司：
项目编号：5436894
摘要 第条 PDF–230万
动脉粥样硬化过程中白细胞跨内皮细胞迁移的基于agent模型
丽塔·布伊（Rita Bhui）、希瑟·N.哈扬加（Heather N.Hayenga）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005523。2017年5月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005523
PMCID公司：
项目编号：5444619
摘要 第条 PDF–640万
极性信号与细胞粘附耦合的数学模型解释了不同的细胞迁移模式
William R.Holmes、JinSeok Park、Andre Levchenko、Leah Edelstein-Keshet
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005524。2017年5月4日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005524
PMCID公司：
项目编号：5436877
摘要 第条 PDF–420万
一个系统级模型表明，1,2-丙二醇利用小室通过中间隔离提高了路径通量
克里斯托弗·雅各布森（Christopher M.Jakobson）、丹妮尔·图尔曼·埃尔克（Danielle Tullman-Ercek）、玛丽莲·斯林格（Marilyn F.Slinger）、尼尔·曼根（Niall M.Mangan）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005525。2017年5月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005525
PMCID公司：
项目编号：5438192
摘要 第条 PDF–370万
短期活动周期阻碍蚁群的信息传递
托马斯·理查德森（Thomas O.Richardson）、乔纳斯·利赫蒂（Jonas I.Liechti）、纳撒利·斯特罗伊梅伊（Nathalie Stroeymeyt）、塞巴斯蒂安·邦霍弗（Sebastian Bonhoeffer）、劳伦特·凯勒（Laurent Keller）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005527。2017年5月10日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005527
PMCID公司：
项目编号：5443549
摘要 第条 PDF–870万
PyLDM-时间分辨光谱数据寿命密度分析的开源软件包
Gabriel F.Dorlhiac、Clyde Fare、Jasper J.van Thor
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005528。2017年5月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005528
PMCID公司：
项目经理5460884
摘要 第条 PDF–390万
癌症细胞周期建模作为合理药物开发的工具：一种用于周期治疗的系统药理学方法
Robert C.Jackson、Giovanni Y.Di Veroli、Siang-Boon Koh、Ian Goldlust、Frances M.Richards、Duncan I.Jodrell
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005529。2017年5月3日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005529
PMCID公司：
第5345348页
摘要 第条 PDF–440万
FIMTrack：一个用于小动物的开源跟踪和运动分析软件
Benjamin Risse、Dimitri Berh、Nils Otto、Christian Klämbt、Xiaoyi Jiang
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005530。2017年5月11日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005530
PMCID公司：
项目编号：5444858
摘要 第条 PDF–250万
编码序列中同义罕见密码子的广泛位置特异性保守性
朱莉·L·钱尼、亚伦·斯蒂尔、罗里·卡迈克尔、阿纳贝尔·罗德里格斯、艾丽西娅·斯佩克特、金·恩戈、李军、斯科特·埃里奇、帕特里夏·克拉克
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005531。2017年5月5日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005531
PMCID公司：
PMC5438181
摘要 第条 PDF–310万
流行病学建模克氏锥虫：低粪珊瑚传播和宿主适应性免疫失败解释了人类混合感染的频率
尼科拉斯·托马西尼、保拉·加布里埃拉·拉戈内、塞巴斯蒂安·古尔比、胡安·巴勃罗·阿帕里西奥、帕特里西奥·迪奥斯克
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005532。2017年5月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005532
PMCID公司：
项目经理5440054
摘要 第条 PDF–330万
上皮细胞有丝分裂成圆机制调控的多尺度计算研究
Ali Nematbakhsh、Wenzhao Sun、Pavel A.Brodskiy、Aboutaleb Amiri、Cody Narciso、Zhiliang Xu、Jeremiah J.Zartman、Mark Alber
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005533。2017年5月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005533
PMCID公司：
第5460904页
摘要 第条 PDF–1800万
人体组织的转录后调节
Alexander Franks、Edoardo Airoldi、Nikolai Slavov
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005535。2017年5月8日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005535
PMCID公司：
PMC5440056
摘要 第条 PDF–6000万
双稳态感知的预测编码解释——基于模型的fMRI研究
维思·魏恩哈默、海纳·斯图克、吉多·海塞尔曼、菲利普·斯特泽尔、凯萨琳娜·施马克
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005536。2017年5月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005536
PMCID公司：
项目编号：5448813
摘要 第条 PDF–890万
识别广泛影响表达数量性状位点的独立成分分析混杂因子校正框架
Jin Hyun Ju、Sushila A.Shenoy、Ronald G.Crystal、Jason G.Mezey
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005537。2017年5月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005537
PMCID公司：
项目编号：5448815
摘要 第条 PDF–280万
用计算综合方法揭示染色质环的直接和间接分子决定簇
拉斐尔·穆拉德、李朗、奥利维尔·居维叶
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005538。2017年5月23日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005538
PMCID公司：
项目编号：5462476
摘要 第条 PDF–310万
SteadyCom：预测微生物丰度，同时确保社区稳定
Siu Hung Joshua Chan、Margaret N.Simons、Costas D.Maranas
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005539。2017年5月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005539
PMCID公司：
项目编号：5448816
摘要 第条 PDF–690万
时空神经信号的动态分解
Luca Ambrogioni、Marcel A.J.van Gerven、Eric Maris
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005540。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005540
PMCID公司：
项目经理5469506
摘要 第条 PDF–2000万
高阶上位性形成进化轨迹
Zachary R.Sailer，Michael J.Harms
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005541。2017年5月15日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005541
PMCID公司：
项目编号：5448810
摘要 第条 PDF–660万
自发性皮层活动暂时处于临界状态
杰拉尔德·哈恩（Gerald Hahn）、阿德里安·蓬斯·阿尔瓦雷斯（Adrian Ponce-Alvarez）、西里尔·莫尼尔（Cyril Monier）、贾科莫·本维努蒂（Giacomo Benvenuti）、阿尔文德·库马尔（Arvind Kumar）、弗里德里克·查瓦内（Frédéric Chavane）、古斯塔
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005543。2017年5月24日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005543
PMCID公司：
项目编号：5464673
摘要 第条 PDF–700万
BacArena：复杂群落中异质微生物的个体代谢模型
尤根·鲍尔（Eugen Bauer）、约翰·齐默尔曼（Johannes Zimmermann）、费德里科·巴尔迪尼（Federico Baldini）、伊内斯·蒂勒（Ines Thiele）、克里斯托夫·卡莱塔（Christoph Kaleta）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005544。2017年5月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005544
PMCID公司：
项目经理5460873
摘要 第条 PDF–810万
蛋白质组中的蛋白质电荷分布及其对翻译的影响
罗德里戈·D·雷奎昂、路易斯·费尔南德斯、亨里克·若泽·阿劳霍·德苏扎、西尔瓦娜·罗塞托、塔蒂亚娜·多米特罗维奇、费尔南多·帕尔哈诺
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005549。2017年5月22日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005549
PMCID公司：
项目经理5460897
摘要 第条 PDF–550万
核糖体脱落对翻译速率和多糖体谱的新mRNA特异性影响
Pierre Bonnin、Norbert Kern、Neil T.Young、Ian Stansfield、M.Carmen Romano
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005555。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005555
PMCID公司：
PMC5469512
摘要 第条 PDF–560万
预测主机-路由器网络中的隐蔽链接
Tad Dallas、Andrew W Park、John M Drake
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005557。2017年5月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005557
PMCID公司：
项目编号：5466334
摘要 第条 PDF–180万
ROTS：重现性优化统计测试的R包
Tomi Suomi、Fatemeh Seyednasrollah、Maria K.Jaakkola、Thomas Faux、Laura L.Elo
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005562。2017年5月25日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005562
PMCID公司：
项目经理5470739
摘要 第条 PDF–300万
源R：异质人群中传染源的分类和来源归属
波比·米勒、乔纳森·马歇尔、奈杰尔·弗伦奇、克里斯·朱厄尔
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005564。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005564
PMCID公司：
项目编号：5473572
摘要 第条 PDF–670万
肌球蛋白Ic跨桥的化学机械调节：从单分子机制推导整体的弹性特性
弗洛里安·伯杰（Florian Berger），A.J.Hudspeth
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005566。2017年5月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005566
PMCID公司：
项目经理5470724
摘要 第条 PDF–810万
关于上下文特定代谢模型预测中替代最优的影响
塞米达恩·罗宾娜·埃斯特韦斯（Semidán Robaina-Estévez）、佐兰·尼古洛斯基（Zoran Nikoloski）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005568。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005568
PMCID公司：
PMC5469500
摘要 第条 PDF–300万
适应无标度动力学以减少检测为代价提高皮层刺激辨别能力
韦斯利·克劳森（Wesley P.Clawson）、纳撒尼尔·C·赖特（Nathaniel C.Wright）、拉尔夫·韦塞尔（Ralf Wessel）、伍德罗·L·休（Woodrow L.Shew）
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005574。2017年5月30日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005574
PMCID公司：
项目经理5469508
摘要 第条 PDF–450万

更正

更正：低感染倍数病毒传播的复杂动力学：溶瘤病毒传播的意义
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005548。2017年5月19日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005548
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2017年1月；13（1）：e1005241。
PMCID公司：
PMC5438102型
更正 PDF–296K
更正：固有噪声深刻改变了形态控制双稳态遗传开关的动力学和稳态
这个PLOS计算生物学工作人员
公共科学图书馆计算生物学。2017年5月；13（5）：e1005563。2017年5月26日在线发布。数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1005563
更正：
公共科学图书馆计算生物学。2016年10月；12（10）：e1005154。
PMCID公司：
项目编号：5446107
更正 PDF–265K
文章来自PLOS计算生物学由以下人员提供多环芳烃