第22卷（12）；2012年12月

研究

刘金凤、李威廉、蒋兆石、陈忠强、朱恩亨瓦拉、彼得·哈弗蒂、弗洛里安·格纳德、关颖慧、休斯顿·N·吉尔伯特、杰里米·斯廷森、克里斯蒂安·克里金、约瑟夫·吉洛里、迪帕利·巴特、斯蒂芬·瓦尔塔尼安、金伯利·沃尔特、乔斯林·陈、托马斯·霍尔科姆、彼得·迪克格拉夫、斯蒂芬妮·约翰逊、朱莉·科曼、约翰·D·明纳、阿迪·F。Gazdar、Howard M.Stern、Klaus P.Hoeflich、Thomas D.Wu、Jeff Settleman、Frederic J.de Sauvage、Robert C.Genterman、Richard M.Neve、David Stokoe、Zora Modrusan、Somasekar Seshagiri、David S.Shames、Zemin Zhang

基因组研究。2012年12月；22(12): 2315–2327.数字对象标识：10.1101/克140988.112

PMCID公司：: 项目经理3514662

摘要第条 PDF–110万

大肠肿瘤中广泛的体细胞L1逆行转位

Szilvia Solyom、Adam D.Ewing、Eric P.Rahrmann、Tara Doucet、Heather H.Nelson、Michael B.Burns、Reuben S.Harris、David F.Sigmon、Alex Casella、Bracha Erlanger、Sarah Wheelan、Kyle R.Upton、Ruchi Shukla、Geoffrey J.Faulkner、David A.Largaespada、Haig H.Kazazian，Jr。

基因组研究。2012年12月；22(12): 2328–2338.数字对象标识：10.1101/克145235.112

PMCID公司：: 项目经理3514663

摘要第条 PDF–100万

杂合子印尼盾1^132H/重量突变诱导DNA甲基化的全基因组改变

克里斯托弗·邓肯（Christopher G.Duncan）、本杰明·巴维克（Benjamin G.Barwick）、詹林·金（Genglin Jin）、卡洛·拉戈（Carlo Rago）、普里雅·卡普尔-瓦齐拉尼（Priya Kapoor-Vazirani）、多丽丝·鲍威尔（Doris R.Powell）、延·桑奇（Jen-Tsan Chi）、达雷尔·比格纳（Darell D.Bi

基因组研究。2012年12月；22(12): 2339–2355.数字对象标识：10.1101/gr.132738.111

PMCID公司：: 项目经理3514664

摘要第条 PDF–330万

后生动物古微同步性的广泛保护顺式-监管约束

Manuel Irimia、Juan J.Tena、Maria S.Alexis、Ana Fernandez-Miñan、Ignacio Maeso、Ozren Bogdanović、Elisa de la Calle-Mustienes、Scott W.Roy、JoséL.Gómez-Skarmeta、Hunter B.Fraser

基因组研究。2012年12月；22(12): 2356–2367.数字对象标识：10.1101/gr.139725.112

PMCID公司：: 项目经理3514665

摘要第条 PDF–120万

人类基因调控中的性别偏见遗传效应

安提戈内·迪马斯（Antigone S.Dimas）、亚历山德拉·C·尼卡（Alexandra C.Nica）、斯蒂芬·蒙哥马利（Stephen B.Montgomery）、芭芭拉·斯特兰奇（Barbara E.Stranger）、托菲克·拉吉（Towfique Raj）、阿方索·贝尔（Alfonso Buil）、托马斯·吉格（Thomas Giger）、图利·拉帕莱宁（Tuuli La

基因组研究。2012年12月；22(12): 2368–2375.数字对象标识：10.1101/gr.134981.111

PMCID公司：: 项目经理3514666

摘要第条 PDF–672K

广泛补偿顺反式小鼠基因表达进化的调控

安吉拉·冈卡尔维斯（Angela Goncalves）、莎拉·利格·布朗（Sarah Leigh-Brown）、大卫·蒂伯特（David Thybert）、克拉拉·斯特夫洛娃（Klara Stefflova）、欧内斯特·特罗（Ernest Turro）、保罗·弗利切克（Paul Flicek）、阿尔维斯·布拉斯马（Alvis Brazma）、邓肯·T·奥多姆（Duncan T.Odom）、约翰·

基因组研究。2012年12月；22(12): 2376–2384.数字对象标识：10.1101/gr.142281.112

PMCID公司：: 下午3514667

摘要第条 PDF–150万

mRNA-seq揭示KLF1在红细胞生成中的新作用

Michael R.Tallack、Graham W.Magor、Benjamin Dartigues、Lei Sun、Stephen Huang、Jessica M.Fittock、Sally V.Fry、Evgeny A.Glazov、Timothy L.Bailey、Andrew C.Perkins

基因组研究。2012年12月；22(12): 2385–2398.数字对象标识：10.1101/gr.135707.111

PMCID公司：: 项目经理3514668

摘要第条 PDF–130万

CpG岛和GC含量以转录依赖的方式指示哺乳动物启动子的核小体耗竭

罗曼·费努伊尔、皮埃尔·考西、弗雷德里克·科赫、尼古拉斯·德斯科斯特斯、华金·扎卡里亚斯·卡贝萨、查尔斯·因诺琴蒂、皮埃尔·费里尔、萨尔瓦多·斯皮库格里亚、玛尔塔·古特、伊沃·古特和Jean-Christophe Andrau

基因组研究。2012年12月；22(12): 2399–2408.数字对象标识：10.1101/gr.138776.112

PMCID公司：: 项目经理3514669

摘要第条 PDF–220万

突变启动子中的噪声-平均关系

Gil Hornung、Raz Bar-Ziv、Dalia Rosin、Nobuhiko Tokuriki、Dan S.Tawfik、Moshe Oren、Naama Barkai

基因组研究。2012年12月；22(12): 2409–2417.数字对象标识：10.1101/克.139378.112

PMCID公司：: 项目经理3514670

摘要第条 PDF–1016K

mRNA丰度、核糖体负荷和翻译后或翻译前后效应对秀丽线虫异慢性miRNA靶点

Michael Stadler、Karen Artiles、Julia Pak、Andrew Fire

基因组研究。2012年12月；22(12): 2418–2426.数字对象标识：10.1101/gr.136515.111

PMCID公司：: 项目经理3514671

摘要第条 PDF–160万

全基因组复制后的位置偏向性基因丢失：来自人类、酵母和植物的证据

Aoife McLysaght的Takashi Makino

基因组研究。2012年12月；22(12): 2427–2435.数字对象标识：10.1101克131953.111

PMCID公司：: 项目经理3514672

摘要第条 PDF–385K

玉米数量性状自然变异的基因和非基因贡献

Xianran Li、Chengsong Zhu、Cheng Teng Yeh、Wei Wu、Elizabeth M.Takacs、Katherine A.Petsch、Feng Tian、Guihua Bai、Edward S.Buckler、Gary J.Muehlbauer、Marja C.P.Timmermans、Michael J.Scanlon、Patrick S.Schnable、Jianming Yu

基因组研究。2012年12月；22(12): 2436–2444.数字对象标识：10.1101/gr.140277.112

PMCID公司：: 项目经理3514673

摘要第条 PDF–857K

互补作用导致玉米转录组的复杂性(Zea mays公司L.）与其近交亲本相关的杂种

安贾·帕斯科尔德、易佳、卡罗琳·马肯、史蒂夫·隆德、尼克·拉森、程廷叶、斯蒂芬·奥斯索夫斯基、克里斯塔·兰兹、丹·内特尔顿、帕特里克·施纳布尔、弗兰克·霍奇霍丁格

基因组研究。2012年12月；22(12): 2445–2454.数字对象标识：10.1101/gr.138461.112

PMCID公司：: 下午3514674

摘要第条 PDF–291K

植物基因组中类UCE元素的计算分析与表征

Konstantinos Kritsas、Samuel E.Wuest、Daniel Hupalo、Andrew D.Kern、Thomas Wicker、Ueli Grossniklaus

基因组研究。2012年12月；22(12): 2455–2466.数字对象标识：10.1101/gr.129346.111

PMCID公司：: 项目经理3514675

摘要第条 PDF–140万

基因表达分析沃尔巴奇亚丝虫的基因组支持共生体内的代谢和防御作用

Alistair C.Darby、Stuart D.Armstrong、Germanus S.Bah、Gaganjot Kaur、Margaret A.Hughes、Suzanne M.Kay、Pia Koldkjár、Lucille Rainbow、Alan D.Radford、Mark L.Blaxter、Vincent N.Tanya、Alexander J.Trees、Richard Cordaux、Jonathan M.Wastling、Benjamin L.Makepeace

基因组研究。2012年12月；22(12): 2467–2477.数字对象标识：10.1101/克138420.112

PMCID公司：: 项目经理3514676

摘要第条 PDF–997K

微孢子虫基因组分析揭示了专性细胞内生长的进化策略

Christina A.Cuomo、Christopher A.Desjardins、Malina A.Bakowski、Jonathan Goldberg、Amy T.Ma、James J.Becnel、Elizabeth S.Didier、Lin Fan、David I.Heiman、Joshua Z.Levin、Sarah Young、Qidong Zeng、Emily R.Troemel

基因组研究。2012年12月；22(12): 2478–2488.数字对象标识：10.1101/gr.142802.112

PMCID公司：: 项目经理3514677

摘要第条 PDF–983K

方法

定量DNA测序数据的拷贝数差异分析

Mark D.Robinson、Dario Strbenac、Clare Stirzaker、Aaron L.Statham、Jenny Song、Terence P.Speed、Susan J.Clark

基因组研究。2012年12月；22(12): 2489–2496.数字对象标识：10.1101/克139055.112

PMCID公司：: 项目经理3514678

摘要第条 PDF–7.4百万

单个DNA分子内核小体定位和DNA甲基化的全基因组定位

特蕾莎·凯利、刘亚萍、菲德斯·德雷、梁刚宁、本杰明·伯曼、彼得·琼斯

基因组研究。2012年12月；22(12): 2497–2506.数字对象标识：10.1101克143008.112

PMCID公司：: 项目经理3514679

摘要第条 PDF–260万

通过比较基因组杂交分析和染色体缺失来定位着丝粒周围异染色质黑腹果蝇

何冰、艾米·考迪、兰斯·帕森斯、亚当·罗斯布鲁克、阿提里奥·帕内、桑迪普·拉吉、埃里克·维绍斯

基因组研究。2012年12月；22(12): 2507–2519.数字对象标识：10.1101/gr.137406.112

PMCID公司：: 下午3514680

摘要第条 PDF–6000万

资源

长臂猿染色体重排的分子细胞遗传学综合分析

Oronzo Capozzi、Lucia Carbone、Roscoe R.Stanyon、Annamaria Marra、Fengtang Yang、Christopher W.Whelan、Pieter J.de Jong、Mariano Rocchi、Nicoletta Archidiacono

基因组研究。2012年12月；22(12): 2520–2528.数字对象标识：10.1101克/克138651.112