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单元格。作者手稿;PMC 2016年6月4日提供。
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NIHMSID公司:NIHMS694454
PMID:26046436

利用小分子探针促进生物学理解和治疗学发现

关联数据

补充资料

摘要

小分子探针可以以不同于其他实验方法的方式干扰生物系统,从而阐明生物过程并帮助评估新出现的治疗靶点。尽管化学工具在研究生物学和疾病方面具有巨大的前景,但就在十年前,小分子探针还无法用于大多数靶点和通路。2005年,美国国立卫生研究院(U.S.National Institutes of Health)启动了长达十年的分子图书馆计划(Molecular Libraries Program),旨在创新和扩大小分子科学的应用范围。这一观点描述了通过该项目识别的新型小分子探针如何能够探索生物途径和其他无法测试的治疗假设。这些经验说明了小分子探针如何帮助弥合生物研究和药物开发之间的鸿沟,同时也强调了创新治疗发现科学的必要性。

介绍

尽管化学和生物学取得了显著进步,小分子药物的发现仍然是一项缓慢、昂贵和低产的活动。事实上,近年来药物研发的生产率有所下降。据估计,尽管投资不断增加,但进入该诊所的候选药物只有约十分之一最终获得批准(海伊等。, 2014). 主要障碍是我们的无能预测调节人类候选药物靶点的生理后果。目前,缺乏足够的疗效是临床候选人在大约50%的II期试验中失败的原因(阿罗史密斯,2011年a)和66%的第三阶段试验(阿罗史密斯,2011年b). 这种高消耗率是由于对疾病是如何在人类中引起和维持的了解不足。

对靶点治疗相关性的预期通常基于改变编码假定靶点的核酸的实验的推断(例如,删除DNA序列;降解或过度表达RNA序列)。然而,大多数小分子药物会改变蛋白质的功能,而扰动核酸与其编码蛋白质之间的相关性并不完美。用小分子调节候选药物靶点的功能将为药物发现提供更大相关性的见解。然而,目前对绝大多数蛋白质缺乏有效的小分子探针或“工具化合物”,这限制了该方法在靶点验证中的系统应用。

人类生物学的研究进展,特别是人类遗传学越来越频繁地揭示的“自然实验”,现在为许多复杂疾病提供了线索,并指向了比模型系统安全提供治疗益处的可能性更高的靶点(普伦格等。, 2013). 患者来源细胞的日益可用性和精确基因组编辑方法的进步为研究观察到的人类遗传变异的功能影响提供了更有效的模型系统。

但这些见解也创造了对小分子探针的需求。这些基因改变的治疗意义很有趣,但还不确定。它们不仅提出了上述“基因与蛋白质”的问题,而且往往反映了出生时的可遗传调节,因此,在持续疾病的治疗中,针对相关蛋白质的治疗效果尚不确定。也,这些研究建议的治疗策略经常指向蛋白质类药物无法达到的靶点,而目前还不存在小分子调节剂&这些靶点不属于传统药物类别,并且被一些制药和学术界人士称为“不可取”。迫切需要创新化学和化学生物学的方法,使小分子调节疾病核心的挑战性靶点。

2005年,为了弥合基础生物学研究和药物之间的鸿沟,这些药物原则上应来源于对疾病的洞察力,美国国立卫生研究院(NIH)发起了长达十年的分子图书馆计划(MLP)(奥斯丁等。, 2004). 当时,小分子发现技术,包括高通量筛选(HTS)和药物化学专业知识,主要存在于制药公司中。经过三年的试点阶段,MLP启动了分子文库探针生产中心网络(MLPCN),该网络由综合筛选中心、专业筛选中心和专业化学中心组成(图1). 这些中心是最早将系统小分子筛选引入学术环境的努力之一。

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由MLPCN网络组成的中心

MLP被设计成一个整合大科学和个人研究者领导的科学的实验。个别研究人员向NIH提交了用于分析开发或筛选项目的资金申请。对于通过同行评审选择的筛选项目,MLP中心使用MLP小分子库进行了高通量筛选,该库在项目过程中不断增长,最终规模约为39万个化合物。来自学术合成化学界的新化合物,例如具有衍生自多样性定向合成(DOS)的新骨架的小手性化合物和衍生自NIH资助的化学方法和库开发(CMLD)项目的其他化合物,约占化合物库的5%,并产生了一些小分子探针,包括下面强调的一些探针,否则将无法发现。在屏幕上,MLP对点击进行化学优化,目的是识别小分子探针,包括针对被视为具有挑战性的蛋白质的探针,具有足够的效力和选择性,以提供“优质”工具化合物(Frye,2010年;奥普拉等。, 2009;沃克曼和柯林斯出版社,2010年). 这些探针被设想为测试新的生物和治疗假设的第一步。

随着该计划的结束,我们现在可以回顾十年来MLP取得的进展,并展望如何从中受益。我们总结了在发现具有生物活性的小分子方面的进展,并说明了这些进展是如何产生丰富的新型小分子探针设备,以及最值得注意的是,发现治疗学的实验途径。这里描述的一系列“渐晕图”提供了方法学发展和小分子探针发现的示例,从而能够测试特定的治疗假设。这些例子突出了小分子探针作为加速转化研究的关键工具的重要性,但也强调了如果我们要充分利用生物进步的快速步伐来改善人类健康,仍需克服的巨大障碍。如果要扭转治疗学发现生产力的缺乏,就需要进行变革性创新,以消除小分子治疗学发现各个阶段的障碍。

跨越鸿沟

MLP最明显的输出是一组375个小分子探针,用于探索生物学。MLP探针涵盖多种靶类,包括研究充分的类,如激酶和G蛋白偶联受体(GPCR),以及研究较少的类,例如GTPase、蛋白酶和RNA-结合蛋白(图2). 目标空间的广泛覆盖突出了MLP网络对相对未开发蛋白质的有意关注。这些化合物中的许多都是“一流”的探针,为以前顽固不化的靶标的化学可处理性提供了初步证据,或者通过与以前的小分子不同的机制调节靶标(补充表1).

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MLP探头调制的目标光谱

根据HTS数据和用户定义的阈值,可视化由MLP探测器调制的目标类。弧长表示目标类中由该探测集合调制的不同目标的数量。该图是使用生物测定研究数据库(BARD;bard.nih.gov银行)由MLP生成,使用户能够挖掘和可视化小分子活性数据。该图描述了在415个与460个靶点相关的独特分析中,约65%的MLP探针的生物活性,这些靶点使用Panther数据库分类为110个蛋白质类别。目标类的广度突出了MLP探索的多样性生物学和目标空间。

MLP最令人兴奋的结果可能是在突出治疗学发现途径的探索-发现努力的影响。在这里,我们描述了一些小片段,它们说明了通过MLP研究确定的小分子探针的平移影响的广度。这些小插曲突出了小分子科学的进展,以及通过在不同疾病背景下使用小分子探针获得的见解。其中许多项目和其他MLP项目直接推动了转化新兴生物医学见解的努力(表1).

表1

MLP探针的平移轨迹。

目标MLP探头后MLP轨迹
丝氨酸水解酶ML081、ML174、ML211、ML225、ML226、ML256、ML257、ML294、ML295、ML296筛选和分析平台、丝氨酸水解酶导向的小分子文库和丝氨酸水解酶抑制剂(部分来自MLP项目)已获得Abide Therapeutics的许可,该公司正在为各种适应症寻求丝氨酸水化酶抑制剂的进一步鉴定、临床前和临床开发,尤其是神经、免疫和代谢疾病。
恶性疟原虫ML238、ML341MLP疟疾探针的鉴定导致了盖茨基金会资助的化学多样性倡议,该倡议探索了DOS收集物在传染病中的更广泛应用,并通过新机制产生了靶向疟疾结核病病原体的有希望的化合物。在全球健康创新技术(GHIT)基金的支持下,并与卫赛合作,MLP反胰蛋白酶体探针正在优化,以实现体内正在优化概念验证研究和基于DOS的抗疟药,以开展IND研究。
S1P1激动剂ML007型关于S1P1激动剂(包括临床候选药物RPC1063的外消旋体)的Reception许可知识产权,该药物目前正在进行复发性多发性硬化症的两项III期研究,并即将进入溃疡性结肠炎的III期测试和克罗恩病的II期测试。
M4毫安时ML108、ML253阿斯利康已获得与M4 PAM相关的知识产权许可,该公司正在进行该化合物的临床前开发,作为与AD和精神分裂症相关的神经精神症状的潜在治疗方法。
G案例ML198型该探针和相关类似物已获得溶酶体治疗公司的许可,该公司正在进行这些非抑制性GCase伴侣的临床前开发。
整合素αIIb类β受体拮抗剂ML165型洛克菲勒医学院和NCATS正在研究一种基于ML165衍生物的IND,用于ST段抬高型心肌梗死(STEMI)患者的院前治疗。
P97 AAA ATP酶抑制剂ML240型Cleave BioSciences授权了ML240的知识产权。该探针的衍生物CB-5083目前正在进行两项I期研究,一项用于复发性难治性多发性骨髓瘤,另一项用于标准难治性实体瘤。

针对特性较差的酶

小分子探针可以帮助注释特征不佳的酶的功能,包括那些人类基因研究与疾病有关的酶。然而,如果底物未知,则很难建立一种典型的生化高通量筛选试验来识别酶的调节剂。基于活性的蛋白质分析(ABPP)利用活性小分子配体共价标记大酶家族成员的活性位点,包括那些未经标记的酶(野村证券等。, 2010). 在这种方法中,广泛反应的ABPP探针可用于竞争实验,以识别选择性减少所需酶靶标记的小分子。尽管有潜力,但这种无底物筛选方法尚未得到广泛应用,因为目前竞争性的ABPP方法依赖于SDS-PAGE或质谱分析,最多只能用于评估几百种化合物。

MLP承担了一个项目,开发基于ABPP筛选的高通量荧光偏振技术(fluopol-ABPP)(巴霍夫钦等。, 2009). 溶液中的小荧光团旋转迅速,发出低荧光偏振信号,而与蛋白质结合的荧光团旋转较慢,发出更高的信号。基于这一已知特性,开发了一种ABPP测定法,其中酶靶标的荧光ABPP探针标记产生一个信号,然后当小分子“命中”有效地竞争结合时,该信号被减少。该方法被证明通常适用于多井格式的高通量筛选。例如,通过在384孔板中筛选20000个小分子,发现了多个小分子阻断丝氨酸水解酶视网膜母细胞瘤结合蛋白-9(RBBP9)(一种癌症相关酶)的丝氨酸氟磷酸(FP)-罗丹明标记。小鼠大脑部分和人类细胞裂解物中的二次化学蛋白质组分析随后确定了天然产物催产素(ML081;图3)作为第一个对该丝氨酸水解酶家族成员具有选择性的RBBP9抑制剂(巴霍夫钦等。, 2009).

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渐晕图中突出显示的MLP探针

蛋白磷酸酶甲基酯酶-1的小分子抑制剂PME-1是蛋白磷酸酶2A(PP2A)的调节因子,与癌症和神经退行性变有关,但之前还没有被发现,部分原因是设计一种新的蛋白磷酸酶抑制剂具有挑战性在体外适于监测PP2A羧甲基化状态的生化分析。fluopol-ABPP屏幕产生了最初的点击,从中,在后续分析中显示了四种新型氮杂-β-内酰胺,以选择性抑制人类细胞中的PME-1。最有效的抑制剂ML174(ABL127;图3),用低纳米摩尔IC抑制PME-150对50多种其他丝氨酸水解酶没有活性。在小鼠中,ML174选择性地灭活PME-1并增加大脑中PP2A羧甲基化水平(巴霍夫钦等。, 2011). 令人惊讶的是,氮杂-β-内酰胺的命中率是由学术化学实验室进行的多样性合成所产生的创新示例-此类化合物不同于供应商提供的传统筛选化合物。氮杂-β-内酰胺支架后来被证明是开发选择性丝氨酸水解酶抑制剂的通用化学型(祖尔等。, 2012).

MLP还开发了一种改进的ABPP方法,可用于读取蜂窝和体内靶向参与,药物先导临床前开发中经常出错的环节(西蒙等。, 2013). 使用fluopol-ABPP,首次鉴定了丝氨酸水解酶溶血磷脂酶1(LYPLA1)和溶血磷脂蛋白酶2(LYPA2)的选择性抑制剂,发现其作用可逆。对于缺乏内源性底物或产物等已知生物标志物的可逆抑制剂来说,证明靶点参与是具有挑战性的。为了克服这一限制,设计了新的ABPP探针,该探针在可观察的时间窗口内与丝氨酸水解酶反应。在人类细胞和小鼠中,这些适度反应的ABPP探针可用于准确测量LYPA1和LYPA2抑制剂的靶向结合和选择性。例如,给小鼠服用抑制剂可阻断肺、心脏和肾脏组织中90%以上的LYPA1和LYPA2活性,而大脑中的酶活性仅降低约50%,肝脏中未发现明显的酶抑制(阿迪贝基语等。, 2012).

更广泛地说,fluopol-ABPP已被证明对丝氨酸水解酶以外的酶类有用,并已用于筛选谷胱甘肽S-转移酶(坪井等。, 2011),精氨酸甲基转移酶(狄龙等。, 2012)和蛋白质精氨酸脱氨酶(克努克利等。, 2010).

通过多重生物活性数据研究作用化合物的新机制

识别调节具有挑战性目标的小分子探针通常需要获得新的化学起点。以往解决这一差距的努力通常侧重于从化学结构的角度增加多样性,这是一个已知的可以不完全预测具有新生物活性的化合物的特性的指标。MLP致力于开发高通量和廉价的方法,使多重细胞生物活性测量能够直接指导构建其成员具有新作用机制的化合物集合。

基因表达研究已经证明了无偏见的高维分析数据在定义疾病状态和推断复合作用机制方面的影响(休斯等。, 2000;羔羊等。, 2006;温斯坦等。, 1997). 高含量成像可以为以无偏见、高通量的格式捕获复杂疾病表型提供补充测量。然而,目前的高含量筛选分析要么侧重于特定的细胞过程或有限的细胞读数,通常基于标记蛋白或目标转录物的qPCR,要么吞吐量有限(等。, 2007;温斯坦等。, 1997;年轻等。, 2008). 因此,MLP将重点放在“细胞涂布试验”上,该试验能够更公正地描述由疾病状态或小分子扰动剂引起的变化(古斯塔夫斯多蒂尔等。, 2013). 使用五个通道测量的六种染料,可以定量成像824个不同的细胞形态特征。在初步试验中,根据基于图像的图谱之间的相似性,将已知具有类似生物活性的小分子准确地聚集在一起。由于细胞形态受到许多因素的影响,从遗传和表观遗传到代谢和环境,我们预计低成本但高维成像分析将有助于识别与小分子扰动和疾病相关的意外细胞改变。

虽然基因表达谱分析和新的基于图像的谱分析等方法包含了描述小分子生物反应的丰富信息,但很少有方法可以使用这些数据来理解结构-活性关系(SAR)。为了更有效地优化探针和治疗导线的多参数,MLP开发了一种计算方法,可以从高维小分子剖面数据自动生成SAR信息(瓦韦等。,2014年a). \收集了约20000个DOS分子和2000多个生物活性化合物的基因表达谱数据和细胞膜数据。然后使用关联规则挖掘来定义不同强度的“规则”,将化学属性(例如,化合物中的相邻子结构、共享合成历史)与基因表达和成像数据中的生物效应模式联系起来。在该方法的一个应用中,识别与结构无关的微管失稳剂共簇的基于DOS的分子为基于此高含量信息得出的特征的“支架跳跃”提供了机会。

基于这些方法学的进步,问题是多重细胞小分子活性数据是否可以用于创建一个最大生物活性(性能)多样性。人们普遍认为,干扰尽可能多的生物靶点并诱导尽可能多不同的细胞表型的小分子库对基于细胞的筛选最为有效。然而,创建先验的这样的筛选收集在以前是不可用的。因此,到目前为止,收集不同的筛选集合主要集中在化学结构的计算多样性上。在最近一篇著名的论文中,对高通量筛选数据进行了回顾性分析,以生物活性为基础构建了一个库(汽油等。, 2012); 然而,这种基于历史数据分析的方法不能扩展到新的候选库成员。MLP测量了12000多个生物活性化合物和17000多个基于多样性合成(DOS)的分子的基因表达和基于图像的特征,可从多达178个基于细胞的屏幕获得高温超导结果(瓦韦等。,2014年b). 我们询问分析数据是否可以选择具有不同生物活性的化合物,通过比较细胞或靶蛋白的活性模式来判断。在比较历史HTS分析中的性能差异时,基于成像和基因表达分析中的不同活性选择的化合物显著优于随机选择的化合物或基于化学多样性选择的化合物。此外,我们发现了数千种化合物,其中许多形成了基于支架的簇,诱导了12000种生物活性物质中未见的细胞形态和基因表达模式,可能暗示了新的作用机制。这些方法和其他产生复合数据报告补充测量化合物活性的方法为优先合成和测试更有可能调节新治疗靶点的小分子提供了强有力的途径。

通过化学多样性开发新型抗感染药物

许多被忽视的传染病是发展中国家的地方病,这些疾病的社会经济影响是毁灭性的。疟疾和恰加斯病分别证明了耐药性的影响和缺乏有效药物。在疟疾病例中,有几种药物可用于治疗,但耐药寄生虫的迅速出现带来了严重的问题(菲多克,2013). 目前可用于治疗恰加斯病的治疗方案非常有限,仅在疾病的急性期有效,而在慢性期无效。此外,当前抗查加斯药物的严重不良反应导致患者依从性差(伯尔尼,2011). 迫切需要开发用于治疗疟疾、恰加斯病和其他传染病的安全新药。

鉴定具有新化学结构和作用机制的抗疟药和抗胰蛋白酶体药物可能有助于开发有效对抗对现有药物耐药的寄生虫的治疗方法。DOS途径已被证明在快速生成新的立体化学丰富的化合物方面非常有效,包括含有8到14元环的化合物(杰拉德等。, 2011;Lowe公司等。, 2012;马卡雷尔等。, 2010)MLP筛选文库中含有5000多种DOS化合物。这些化合物,再加上使用了100000个DOS化合物的更大集合的某些MLP探针发现项目,使得能够通过新机制识别对这些传染源起作用的小分子探针。

使用8000种DOS化合物进行的基于细胞的疟疾生存能力筛查,确定了四种立体基因元件的高活性命中。在筛选收集物中存在的15种其他可能的分子立体异构体中,只有一种具有可检测的活性。在这些立体化学见解的指导下,随后的优化导致了ML238的识别(图3)对耐氯喹的Dd2菌株(IC50=0.4 nM)和野生型3d7菌株(IC50=0.6 nM)恶性疟原虫(海德布雷赫特等。, 2012;Weiwer公司等。, 2010). 此外,ML238具有良好的水溶性,不溶解红细胞(EC50>40000 nM),这很重要,因为它表明缺乏广泛的细胞毒性。为了确定该化合物的作用机制,MLP产生了耐ML238的寄生虫并进行了全基因组测序。这些研究表明,ML238作用于公元前1复数(Q1) (卢肯斯等。, 2014),其位于细胞膜的与抗疟药物阿托伐醌靶向的醌氧化酶位点相反的一侧。ML238和阿托伐醌缺乏交叉耐药性,两者联合使用具有协同作用,突出了醌还原酶位点作为抗疟治疗靶点,可以克服阿托伐酮耐药性(卢肯斯等。, 2014).

类似地,基于细胞的分子筛选具有选择性杀伤力克氏锥虫查加斯病的病原体,鉴定为ML341(图3),DOS衍生的小分子探针(卡莫迪等。, 2010;丹达帕尼等。, 2014). ML341对几种T.cruzi公司包括临床嗜心性分离物CA-1株,克隆72(CA-I/72)(IC50=1 nM)。接下来,对ML341进行评估在体外对牛骨骼肌(BESM)细胞中CA-I/72菌株的杀灭活性。类胰蛋白酶体的出现T.cruzi公司每日监测用ML341或苯硝唑(当前一线药物)治疗的感染BESM细胞。在这种严格的测定中,ML341在40nM时具有杀性,而苯硝唑仅在6.6uM时具有杀性。

除此效力外,ML341对小鼠肝微粒体稳定,这将有助于在体内研究。在ML341的8种可能的立体异构体中,只有2种立体异构体对小鼠肝微粒体稳定,这一发现有助于指导进一步的药物化学优化。如这两个例子所示,筛选收集中有一组全面的立体异构体对于快速评估基于立体化学的SAR的效力和辅助药理学至关重要。

鞘氨醇-1-磷酸受体调节剂

表征真菌代谢产物衍生的丝氨酸棕榈酰基转移酶抑制剂麦草酸衍生物FTY720抗炎特性背后的作用机制(等。, 1999),导致发现FTY720调节1-磷酸鞘氨醇(S1P)受体以调节淋巴细胞追踪(曼德拉等。, 2002). 这一发现随后为FTY720(fingolimod)的临床开发铺平了道路,FTY7201是一种鞘氨醇类似物,可调节人类五种S1P受体中的四种,用于治疗多发性硬化症(罗森等。, 2008). S1P受体主要在免疫细胞、神经细胞、内皮细胞和平滑肌细胞中表达,并被认为发挥调节免疫细胞运输、内皮屏障完整性和血压等作用,这表明调节特定受体亚型治疗多种疾病的潜力(罗森等。, 2013).

为了更好地验证单个S1P受体作为治疗靶点,MLP开始识别选择性地使每个受体痛苦或拮抗的小分子探针。选择性S1P1拮抗剂(ML056,图3)带有体内通过合理的合成开发活性,并用于探索干扰该受体对淋巴细胞运动和功能的影响,提供证据证明FTY720的治疗效果主要通过该受体介导(桑纳等。, 2006). 拮抗剂伴随的淋巴细胞减少导致内皮细胞渗漏和严重的肺水肿,表明激动剂治疗是自身免疫性疾病唯一可耐受的选择(罗森等。, 2013).

疏水性强两性离子导致ML056水溶性差,这两种情况都可以克服在体外体内通过配方作为可逆碳酸盐加合物。这种衍生化对于维持稳定的S1PR1的完整受体占有率至关重要,这使得第一个成功的脂质敏感GPCR晶体结构成为可能(汉森等。, 2012). 当与生物化学研究相结合时,S1P1结构还为包括第二代S1P1激动剂ML007在内的化合物使用的新的激动剂结合模式提供了见解(图3). 在变构激动剂一级筛选中鉴定的这一系列在二级分析中被确定为受到ML056的非竞争性抑制,ML056是一种正构激动剂,与受体的内源性配体占据相同的位置。这些研究定义了一个不同于S1P的结合囊,该结合囊具有更高的受体选择性,并可能具有更好的药代动力学特征和治疗指数(冈萨雷斯-卡布雷拉等。, 2008).

激活S1P1受体以调节免疫细胞贩运可能为多发性硬化以外的疾病提供治疗方法。流感感染后的临床结果取决于病毒株的固有特性以及宿主免疫反应的差异。特别是,高细胞因子水平和免疫细胞募集与不良结果相关。在感染2009年H1N1大流行性流感病毒分离物CYM-5442(ML007的优化衍生物)的小鼠中体内活性,抑制细胞因子的分泌,减少免疫细胞渗入肺部,提高生存率,同时对病毒滴度没有影响(泰亚罗等。, 2011;沃尔什等。, 2011).

MLP还确定了S1P2的激动剂(ML031;图3) (等。, 2013)、S1P3(ML249;图3) (格雷罗等。2010年a;等。, 2012;乌尔巴诺等。, 2013)和S1P4(ML248;图3) (格雷罗等。2010年b;格雷罗等。, 2012)受体以及S1P4受体拮抗剂(ML131;图3) (格雷罗等。, 2011;奥尔德斯通等。, 2010;乌尔巴诺等。,2011年a;乌尔巴诺等。,2011年b)提供了多个一流的小分子探针,以进一步阐明这类GPCR的功能。ML249是S1P受体的变构激动剂,用于定义S1P3受体结合囊内的正构、变构和生物空间(Jo等人,2012年).

PPARγ磷酸化拮抗剂

噻唑烷二酮(TZD)类抗糖尿病药物包括PPARγ激动剂,可增加胰岛素敏感性激素脂联素的表达,降低胰岛素抵抗诱导激素的表达,部分有助于其强大的胰岛素敏感性(等。, 2002). 虽然这类药物是用于治疗2型糖尿病的,但由于少数患者出现严重的副作用,包括液体潴留,它们的临床效用受到了限制(Staels,2005年)、充血性心力衰竭(内斯托等。, 2003)骨密度降低(奥伯特等。, 2010).

长期以来,这些药物的抗糖尿病疗效被认为是由受体激动剂引起的。然而,引人注目的是,随着额外的PPARγ调节剂的开发,药物疗效与配体结合亲和力的关系比与激动剂活性的关系更密切,这促使人们更深入地研究PPARγ配体改善胰岛素敏感性的机制。PPARγ配体是一种有效的胰岛素增敏剂,尽管受体激动剂水平不同,但它在降低小鼠S273肥胖诱导的PPARγ磷酸化方面非常有效。此外,TZD罗格列酮的治疗效果与该药物在个体患者中减少S273 PPARγ磷酸化的有效程度相关。脂肪细胞的表达谱显示,S273处PPARγ的磷酸化导致与肥胖和胰岛素敏感性相关的靶基因子集受到抑制(等。, 2010). 最近的研究进一步表明,转录抑制因子Thrap3与PPARγ上的磷酸化S273对接调节糖尿病相关基因的表达(等。, 2014). 总之,这些结果表明,通过正常化胰岛素增敏基因的表达,阻断S273处PPARγ的磷酸化,是该类药物的主要治疗机制。然而,尚不清楚是否可以确定小分子能够充分分离TZD的两种活性,如果发现,这些化合物的功效和安全性如何。

从已知的PPARγ的有效部分激动剂开始,MLP合成并测试类似物,以寻找与受体紧密结合并抑制S273磷酸化但缺乏受体激动剂活性的分子。识别阻断受体翻译后修饰的小分子是一个具有挑战性的目标,这得益于MLP开发的一套表征核受体结构功能的方法(马西亚诺等。,2014年a). 这些努力导致了非激动剂(拮抗剂)探针ML244(SR1664;图3) (等。, 2011;卡梅内卡等。, 2010). 氢-氘交换(HDX)已被证明对表征配体诱导的核受体构象动力学特别有效(马西亚诺等。,2014年b),揭示ML244直接结合PPARγ,不稳定已知驱动经典激动剂的受体的Af2表面,但干扰配体结合域的表面以诱导不易被S273磷酸化的构象。重要的是,由于ML244结合PPARγ而不是直接抑制Cdk5(一种介导PPARγS273磷酸化的激酶或任何其他激酶),因此探针不会干扰蛋白质组中其他底物的磷酸化。

在喂食高脂肪饮食的小鼠中,ML244降低了Cdk5介导的S273对PPARγ的磷酸化,使血糖水平正常化,并改善了胰岛素敏感性。在瘦素缺乏症中对象/对象严重肥胖小鼠模型ML244与罗格列酮一样有效地降低S273 PPARγ磷酸化并改善葡萄糖耐量。然而,与罗格列酮不同,ML244不会导致这些小鼠体重增加或液体滞留,也不会减少培养中的骨细胞矿化。目前正在进行的工作重点是增加ML244支架的类药物性质,并测试每天口服一次后产生的化合物对肥胖小鼠的影响。

毒蕈碱受体的变构调节剂

目前市场上大约30%的药物调节GPCR。绝大多数GPCR靶向治疗药物作用于立体定向位点,这些直接作用的配体可能有许多潜在的缺点,包括诱导毒性和受体脱敏或内化。此外,识别选择性正构配体通常很困难(连接等。,2009年a). 毒蕈碱型乙酰胆碱受体(mAChRs)作为多种神经疾病的治疗靶点引起了人们的极大兴趣。在第II期和第III期临床试验中,五种人类mAchR的全脑型激动剂导致认知改善,并对阿尔茨海默病(AD)和精神分裂症具有抗精神病作用。然而,据信由外围M2 mAChR和M3 mACh R激活引起的不良事件阻止了化合物的进一步临床开发。尽管做出了重大努力,但事实证明选择性靶向mAchRs的乙酰胆碱结合位点是不可能的(连接等。2009年b)由于内源性乙酰胆碱配体在不同亚型之间具有高度的进化保守性。

相比之下,变构位点在受体亚型中的进化保守程度较低,并且通过稳定受体的独特活化构象,为实现真正的亚型选择性以及多样的药理学提供了令人兴奋的机会。此外,变构位点通常是亲脂小囊,可被独特的小分子化学类型靶向,这些化学类型在结构上与内源性配体不同(连接等。2009年b;温图尔等。, 2014). 考虑到这一点,MLP进行了筛选工作,以确定mAChR的选择性正变构调节剂(PAM),这些调节剂可用于分析这些受体对pan-mAChR激动剂疗效的个别贡献。这些努力通过使用功能分析得到了帮助,这些功能分析能够在单个动力学钙分析中识别PAM和负变构调节剂(NAM)。虽然HTS提供了命中,但这些化合物不具备体内靶点验证实验所需的物理化学性质和CNS穿透性。实现高质量的小分子探针需要对初始筛选命中进行显著的药物化学优化,从而鉴定出M1选择性PAM(ML169;图3) (桥梁等。, 2010;里德等。, 2011;焦油等。, 2012)M4选择性PAM(ML253;图3) (等。, 2013;尼斯温德等。, 2010)和M5选择性PAM(ML326;图3) (绅士等。, 2010;绅士风度等。, 2013). 所有这些探针都具有亚摩尔EC50s、 与其他受体亚型相比,至少有10倍的选择性,而且更重要的是,是脑渗透剂。

在AD小鼠模型中,M1选择性探针ML169增强了纹状体中化学诱导的兴奋,这被认为可以介导抗精神病作用,并有利于可溶性APP的生成,而不是淀粉样APP(焦油等。, 2012). 在精神分裂症小鼠模型中,M4选择性ML253逆转了苯丙胺诱导的过度运动,重现了已知抗精神病药物的作用(等。, 2013). 现在,进一步的实验重点是使用这些探针探索这些受体的生物学和潜在治疗相关性,包括研究M5的作用,目前对此知之甚少。

代谢酶的小分子激活剂

肿瘤生长与促进细胞自主营养吸收的代谢适应、有氧糖酵解速率的增加以及向合成代谢转变以支持癌细胞生长和增殖有关。对癌症代谢途径如何调节的新兴机制见解正指向潜在的新治疗靶点;然而,与代谢可塑性允许癌细胞适应和逃避代谢靶向治疗的淋巴结相比,哪些靶点代表真正的癌症依赖性仍然是一个悬而未决的问题。迫切需要小分子探针来研究代谢是如何改变以支持肿瘤生长的,并确定可用于治疗的癌症代谢靶点。

癌细胞通常采用分化程度较低的细胞状态,类似于分化程度较轻的非癌细胞(例如成人干细胞),往往依赖有氧糖酵解。丙酮酸激酶催化糖酵解的最后一步,由两个基因产物衍生而来,每个基因产物具有两个交替剪接亚型。癌细胞通常表达丙酮酸激酶(PKM2)的M2同工酶,促进有氧糖酵解。相反,M1同工酶(PKM1)促进葡萄糖氧化,并在肌肉、心脏和大脑等ATP需求量高的组织中表达。这些同工酶的调节水平差异很大。PKM1具有较高的组成活性,而PKM2可以根据信号输入采用活性构象或非活性构象。PKM1表达可增加氧化葡萄糖代谢并抑制细胞增殖和肿瘤生长(克里斯托夫克等。, 2008;以色列等。, 2013;伦特等。, 2015). 然而,异位PKM1表达在多大程度上重演了PKM2的小分子激活尚不清楚,因此不确定PKM2活性的小分子调节是否会导致肿瘤生长或生存能力的改变。

为了更严格地测试这种治疗方法的潜力,更好地理解丙酮酸激酶活性在癌症生物学中的作用,需要PKM2的小分子激活剂,然而激活蛋白功能被认为是小分子的一个高要求。为了解决这个缺口,MLP进行了一次筛选,以确定在生化分析中增加PKM2活性的分子。三种不同的化学类型被确认为PKM2的真正激活剂。随后对这些命中进行优化,识别出ML203(DASA-58;图3)和ML265(TEPP-46;图3),前两个报道的PKM2激活物(拳击手等。, 2010). 进一步的表征表明,探针通过稳定PKM2四聚体(酶的活性更高的形式)的形成来提高活性。在果糖-1,6-二磷酸(FBP)(PKM2的内源性激活剂)的存在下,四聚体的稳定性进一步增强。结构研究表明,合成的小分子活化剂在单体-单体界面上占据与FBP结合的变构位点不同的结合位点(阿纳斯塔西奥等。, 2012). 因此,这些MLP探针通过稳定蛋白质相互作用来增强酶的活性,这种作用机制通常被视为难以实现(泰尔等。, 2012).

接下来,这些探针被用于探索激活PKM2可能带来治疗益处的癌症背景。在培养的癌细胞系中,ML203和ML265降低了细胞增殖,并对代谢物水平产生影响,这与异位PKM2表达的变化不同(阿纳斯塔西乌等。, 2012). 丝氨酸代谢的变化是观察到的最显著的变化之一,PKM2的激活可以与丝氨酸剥夺协同作用,减缓癌细胞的生长(等。, 2012). 丙酮酸激酶激活还可以通过口服ML265抑制异种移植瘤的生长,导致肿瘤潜伏期增加和肿瘤缩小(阿纳斯塔西奥等。, 2012). 尽管这些结果提供了激活PKM2具有抑瘤作用的初步证据,但其作用相对较小,并且这些分子在减缓肿瘤发生方面具有最高的功效。

关键的下一步将是确定是否存在特别依赖于低PK活性的既定肿瘤环境,或者是否存在对PKM2激活具有特别敏感性的联合治疗,例如丝氨酸代谢调节剂。除了在肿瘤中的作用外,在非癌组织(包括肝脏和红细胞)中也发现了受调节的PK活性。因此,使用小分子激活PKM2或其他PK亚型可能对癌症和非癌症疾病状态都有益。为此,PK激活剂目前正在被探索作为丙酮酸激酶缺乏症的治疗药物,丙酮酸酶缺乏症是一种先天性代谢错误,它特别影响PK的红细胞亚型(扎内拉等。, 2007).

稳定折叠的溶酶体酶同时保持其活性

高雪氏病是一种罕见的常染色体疾病,由溶酶体酶葡萄糖脑苷酶(GCase)缺乏引起。目前批准的疾病治疗方法包括酶替代疗法,该疗法对一些最常见疾病的患者有效;但是它也很贵(奥尔托拉诺等。, 2014). 当酶替代治疗不可行时,患者可以使用葡萄糖基神经酰胺合成酶的小分子抑制剂进行治疗,以减少葡萄糖脑苷脂的产生,葡萄糖脑苷酶是疾病中累积的GCase底物。这种治疗与一些副作用有关,包括体重减轻、震颤和周围神经损伤(拉森等。, 2012). 这两种治疗方法都不能有效治疗神经病变(铃木,2013).

在Gaucher病患者中发现的许多GCase突变体具有酶活性,但被内质网(ER)伴侣蛋白错误折叠,导致ER在蛋白到达溶酶体之前积累和降解(奥维斯基等。, 2002). 因此,当前的药物发现工作重点是识别化学伴侣,这些化学伴侣结合突变的GCase,以增加正确折叠的酶的比例,并促进更多的运输到溶酶体。迄今为止发现的化学伴侣是过渡态模拟物,可以稳定酶,但也可以抑制酶的活性(铃木,2013). 最先进的化学GCase伴侣,异精胺,最近在II期临床试验中进行了测试。异法哥明增加了所有接受治疗的患者白细胞中的GCase水平,表明其有能力增加贩运。然而,该治疗仅在完成研究的18名患者中有一名患者的临床症状得到改善,这可能是因为异精胺抑制了GCase活性(恐慌等。, 2012).

稳定酶而不抑制活性的化学伴侣可能提供一种疗效更好的治疗方法。为了鉴定这些化合物,MLP开发了一种高通量剂量反应分析方法,该方法使用一名高雪氏病患者的脾匀浆溶液,从而创建了一种在生理环境中使用突变酶的分析方法。该分析能够识别吡唑并嘧啶基分子,该分子优化为小分子探针ML198(图3) (戈尔丁等。, 2012;罗杰斯等。, 2010). 在三个具有不同基因型的患者衍生皮肤成纤维细胞系中,ML198增加了突变GCase的活性和溶酶体定位。此外,在Gaucher病患者的巨噬细胞中,ML198减少了异常的脂质积聚,并使吞噬和传出功能正常化。MLP探针在小鼠体内也表现出良好的药代动力学和脑渗透性(帕特奈克等。, 2012).

创新小分子发现

人类生物学正在为治疗目标提供新的见解。例如,人类遗传学揭示了一系列疾病中基因的风险和保护性变体。变异蛋白质的生物化学研究可以提供一个蓝图或配方,以确定药物应该赋予更常见版本的蛋白质的活性。然而,这些“自然实验”所建议的活动(普伦格等。, 2013)具有挑战性,并且通常对历史药物发现不熟悉。例如,他们可能强调需要稳定APP或ApoE等特定蛋白质以降低翻译后修饰水平,而不是指出需要抑制特定蛋白激酶(琼森等。, 2012;Mahley和Huang,2012年). 目前尚不存在具有这些作用机制的药物。为了实现精确医学的承诺,如果我们要揭示人类生物学所建议的作用化合物的各种机制,就非常需要创新化学、化学生物学和其他与治疗学发现相关的科学和工程领域。

MLP是开发具有新型作用机制的小分子探针的早期先驱。所吸取的教训之一是,学术生物学家和临床医生与化学家和化学生物学家密切合作,开发有效且信息丰富的探针,促进新兴生物学的研究。获得的另一个见解是,投入足够的资源进行化学优化至关重要。直接从屏幕上点击很少具有有效工具化合物所需的效力和选择性,如果使用时不够谨慎,可能会导致不可靠的结论(Begley和Ellis,2012年). 屏幕上识别出的点击数中有一定比例可能是杂乱的化合物,不太可能产生工具化合物(Baell和Walters,2014年). 其他点击是很好的起点,但需要在“点击对探针”化学方面进行大量投资。当进行这项投资时,所得化合物可以为探索生物学提供独特的途径。例如,MLP发现了许多小分子探针,它们通过遗传扰动难以或不可能探索的机制来调节靶点,例如改变蛋白质修饰速率(如上所述)、破坏蛋白质-蛋白质相互作用、增加蛋白质稳定性和抑制蛋白质二聚体(补充表1).

MLP并不是唯一一个认识到小分子探针填充的关键实验生态位的人(爱德华兹等。, 2015;爱德华兹等。, 2011;Frye,2010年;沃克曼和柯林斯出版社,2010年). 许多学术和工业方面的努力,包括公共-私人合作伙伴关系,例如由结构基因组学联盟领导的合作伙伴关系现在专注于识别和出版有效和选择性小分子。因此,小分子探针的使用已成为生物学家工具包中更为成熟的一部分。

一旦开发出高质量的小分子探针,目前翻译的最大障碍之一是临床前模型不能准确预测人类的疗效和毒性。例如,学术上发起的人体实验,包括第0阶段(FDA探索性IND路径)或第一阶段试验(如果使用安全化合物进行),可用于寻找可能预测疗效的靶向参与和生物标记物的调制。用人体内的非机制小分子来测试人类生物学中出现的疾病假说,虽然不足以获得药物批准,但几乎可以肯定会增加药物开发成功和最终批准的可能性。

除了促进生物理解方面的进步外,小分子探针更直接地影响着治疗发现。例如,在多个案例中,生物技术或制药公司已经许可了MLP探针的知识产权(表1). 这项投资表明了学术小分子探针发现对药物发现工作产生影响的潜力。然而,潜在治疗靶点的发现速度与我们开发具有所需活性的小分子的能力之间仍存在惊人的脱节。

与十年前相比,小分子发现的基础设施和专业知识扎根于学术环境。创新的小分子科学现在与深入快速发展的生物医学知识一起嵌入学术界(里德等。, 2012). 在这种环境下推动小分子发现,特别是当方法、数据和小分子探针公开可用时,可能为更快速地识别小分子提供了一个有效的桥梁,这些小分子可以调节人类生物学所揭示的具有挑战性的机制,从而加速新兴治疗假说的测试。

补充材料

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鸣谢

作者要感谢Matthew Boxer、Sivaraman Dandapani、Richard Y Ebright、Juan Marugan、Andrew Phillips、Craig Thomas、Matthew Vander Heiden和Bridget Wagner对手稿进行了深思熟虑的讨论和批评性阅读,并感谢Katie Ris Vicari对人物设计的帮助。MLPCN中的中心通过NIH拨款U54 MH084681-01(NIH化学基因组中心)、1 U54 HG00503-01(康拉德·普雷比斯化学基因组中心,1 U54 HG005034-01(南方研究专业生物遏制筛选中心)、U54 MH084690-01(新墨西哥大学分子发现中心)、U 54 MH0846 91-01(约翰霍普金斯医学院离子通道中心)、1 U54 H G005031-01(堪萨斯大学专业化学中心)和U54 MH084659-01(范德比尔特加速探针开发专业化学中心)。

HR是Reception的科学创始人和顾问,Recepton已授权RPC-1063。BFC是Abide Therapeutics的科学创始人和顾问,该公司对开发丝氨酸水解酶抑制剂作为治疗剂感兴趣。LAS和BE是Intellicyt的科学联合创始人,Intellicyt销售高通量流式细胞仪仪器。范德比尔特大学的所有作者都获得了Janssen、Bristol-Myers Squibb和AstraZeneca的资助,用于开发用于中枢神经系统疾病的GPCR变构调节剂。

脚注

出版商免责声明:这是一份未经编辑的手稿的PDF文件,已被接受出版。作为对客户的服务,我们正在提供这份早期版本的手稿。手稿在以最终可引用的形式出版之前,将经过编辑、排版和校对结果证明。请注意,在制作过程中可能会发现可能影响内容的错误,适用于该期刊的所有法律免责声明均适用。

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