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自然。2014; 513(7517): 202–209.
2014年7月23日在线发布。 数字对象标识:10.1038/自然13480
预防性维修识别码:下午4点170219分
NIHMSID公司:NIHMS627842标准
PMID:25079317

胃腺癌的综合分子特征

癌症基因组图谱研究网络

关联数据

补充资料

摘要

胃癌是癌症死亡的主要原因,但其分子和临床特征的分析因组织学和病原学的异质性而变得复杂。作为癌症基因组图谱(TCGA)项目的一部分,我们对295例原发性胃癌进行了全面的分子评估。我们建议将胃癌分为四个亚型:爱泼斯坦-巴尔病毒阳性肿瘤,表现为复发PIK3CA公司突变、极端DNA超甲基化和JAK2号机组,CD274型(也称为PD-L1型)和PDCD1LG2系列(也称为PD-L2型); 微卫星不稳定肿瘤,其突变率升高,包括编码靶向致癌信号蛋白的基因突变;基因组稳定肿瘤,富含弥漫组织学变异和突变RHOA公司或涉及RHO家族GTPase激活蛋白的融合;染色体不稳定的肿瘤,表现出明显的非整倍体和受体酪氨酸激酶的局部扩增。这些亚型的识别为患者分层和靶向治疗试验提供了路线图。

补充信息

本文的在线版本(doi:10.1038/nature13480)包含补充材料,授权用户可以使用。

主题术语:胃癌,癌症基因组学

癌症基因组图谱报告了295例原发性胃癌的分子评估,并提出了将胃癌分为4个亚型的新分类,这将有助于临床评估和靶向治疗试验。

补充信息

本文的在线版本(doi:10.1038/nature13480)包含补充材料,授权用户可以使用。

四类胃腺癌

这篇来自癌症基因组图谱(TCGA)项目的文章描述了295例原发性胃腺癌的分子评估。基于这些结果,作者提出了一种新的分类方法,根据爱泼斯坦-巴尔病毒阳性状态、微卫星不稳定性、染色体不稳定性或基因组稳定性将胃癌分为四个亚型。考虑到胃癌组织学和病因学的异质性,确定这些亚型,使用一种可轻易应用于患者样本的模式应该有助于患者分层和靶向治疗试验。

补充信息

本文的在线版本(doi:10.1038/nature13480)包含补充材料,授权用户可以使用。

主要

胃癌是2012年全球第三大癌症死亡原因,导致723000人死亡1绝大多数胃癌是腺癌,根据Lauren分类,腺癌可进一步细分为肠型和弥漫型2世界卫生组织提出的一种替代系统将胃癌分为乳头状癌、管状癌、粘液性癌(胶质癌)和低黏附性癌这些分类系统几乎没有临床应用价值,因此开发能够指导患者治疗的鲁棒分类器成为当务之急。

大多数胃癌都与包括细菌在内的传染源有关幽门螺杆菌4爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)。胃癌组织学亚型的分布及发病率幽门螺杆菌EBV相关胃癌在全球范围内各不相同5少数胃癌病例与E-cadherin的种系突变有关(CDH1型)6或错配修复基因7(Lynch综合征),而散发性错配修复缺陷胃癌具有表观遗传沉默MLH1型在CpG岛甲基化表型(CIMP)的背景下8.胃癌的分子分析已使用基因表达或DNA测序进行9,10,11,12但尚未形成明确的生物分类方案。癌症基因组图谱(TCGA)的这项研究的目的是建立一个稳健的胃癌分子分类,并确定不同类别胃癌的失调途径和候选驱动因素。

样本集和分子分类

我们从295名之前未接受化疗或放疗的患者中获得了胃腺癌原发肿瘤组织(新鲜冷冻)(补充方法S1). 所有患者都提供了知情同意书,当地机构审查委员会批准了组织采集。我们使用来自血液或非恶性胃粘膜的种系DNA作为检测体细胞改变的参考。还收集了非癌胃样本进行DNA甲基化(n个=27)和表达式(n个=29)分析。我们使用六种分子平台对样品进行表征(补充方法S2–S7):基于阵列的体细胞拷贝数分析、全基因组测序、基于阵列的DNA甲基化分析、信使RNA测序、microRNA(miRNA)测序和反相蛋白阵列(RPPA),所有六个平台测试了77%的肿瘤。对所有肿瘤DNA进行微卫星不稳定性(MSI)测试,对107个肿瘤/生殖系对进行低通(~6×覆盖率)全基因组测序。

为了定义胃癌的分子亚群,我们首先对每个分子平台的数据进行了无监督聚类(补充方法S2–S7)并综合这些结果,得出四组(补充方法S10.2). 第一组肿瘤因高EBV负担而显著增加(P(P)= 1.5 × 10−18)并表现出广泛的DNA启动子超甲基化。第二组为MSI组(P(P)= 2.1 × 10−32)并显示出较高的突变率和高甲基化(包括MLH1型发起人)。其余两组的区别在于是否存在广泛的体细胞拷贝数畸变(SCNA)。作为定义不同胃癌亚组的另一种方法,我们使用iCluster对多种数据类型进行了综合聚类13(补充方法S10.3). 该分析再次表明,EBV、MSI和SCNA水平是不同亚组的特征(补充图10.3). 基于所有分子平台的分析结果,我们创建了一个决策树,将295份胃癌样本分为四个亚型(图1a、b)使用一种在临床护理中更容易应用于胃癌肿瘤的方法。肿瘤首先按EBV阳性(9%)分类,然后按MSI高状态分类,以下称为MSI(22%),其余肿瘤按非整倍体程度分为基因组稳定型(20%)或染色体不稳定型(CIN;50%)。

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胃癌的分子亚型。

胃癌病例分为以下亚型:EBV阳性(红色)、微卫星不稳定(MSI,蓝色)、基因组稳定(GS,绿色)和染色体不稳定(CIN,浅紫色),并按突变率排序。描述了使用所有六个平台分析的227个肿瘤的临床(顶部)和分子数据(顶部和底部)。b条,流程图概述了如何将肿瘤分为分子亚型。c(c),不同亚型之间的临床和组织学特征差异,b条初始诊断时的患者年龄图显示了中位数、第25个和第75个百分位值(方框的水平条、底部和顶部边界),以及四分位范围1.5倍内的最高和最低值(分别为顶部和底部胡须)。GE,胃食管。

PowerPoint幻灯片

对这些分子亚型的临床和组织学特征的评估显示,在基因组稳定组中弥漫性组织学亚型富集(40/55=73%,P(P)= 7.5 × 10−17) (图1c),与低纯度肿瘤中SCNA检测减少无关(补充图2.8). 每种亚型在整个胃中都有发现,但CIN肿瘤在胃食管交界处/贲门处的发生率较高(65%,P(P)=0.012),而大多数EBV阳性肿瘤出现在胃底或胃体中(62%,P(P)= 0.03). 基因稳定肿瘤的诊断年龄较早(中位数为59岁,P(P)= 4 × 10−7)而MSI肿瘤的诊断年龄相对较大(中位数72岁,P(P)= 5 × 10−5). MSI患者倾向于女性(56%,P(P)=0.001),但大多数EBV阳性病例为男性(81%,P(P)=0.037),如前所述14我们没有观察到东亚和西方血统患者亚型分布的系统性差异(补充方法S1.8). 该队列的初始结果数据没有揭示四个亚组之间的生存差异(补充信息S1.7)

EBV相关DNA超甲基化

9%的胃癌的恶性上皮细胞内发现EBV14使用mRNA、miRNA、外显子组和全基因组测序确定EBV状态,得出高度一致的结果(补充图9.7). 相比之下,我们只发现了零星的证据幽门螺杆菌,这可能反映了随着慢性胃炎向随后的癌症的发展,细菌计数的下降,以及标本处理过程中管腔细菌的技术损失。对未配对肿瘤样本进行的CpG甲基化的无监督聚类显示,所有EBV阳性肿瘤聚集在一起,表现出极端的CIMP,与MSI亚型不同8,与之前的报告一致15(图2a). 肿瘤的EBV-CIMP和MSI相关胃液-CIMP甲基化谱之间的差异反映了这些组在突变谱上的差异(图1a)和基因表达(补充图10.6a). EBV阳性肿瘤的DNA超甲基化发生率高于TCGA报告的任何癌症(补充图4.6). 显示所有经检测的EBV阳性肿瘤CDKN2A型(第16页墨迹4a)启动子超甲基化,但缺乏MLH1型MSI相关CIMP的超甲基化特征16EBV阳性胃癌中启动子高甲基化基因沉默差异最大补充表4.3.

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EB病毒阳性胃癌的分子特征。

,heatmap代表295例肿瘤的CpG位点DNA甲基化的无监督聚类,分为四类:EBV-CIMP(n个=28),胃-CIMP(n个=77),集群3(n个=73)和集群4(n个= 117). 非恶性胃粘膜的轮廓位于肿瘤的左侧。b条、肿瘤包藏的比例PIK3CA公司在该数据集中或COSMIC数据库中反复发现的位点突变的分子亚型突变单独标记(顶部)。的位置PIK3CA公司带有每个突变颜色编码的样本亚型的突变(底部)。

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我们观察到对PIK3CA公司先前报道提示EBV阳性胃癌的突变17,18,带非静音PIK3CA公司该亚群中80%的人发现突变(P(P)= 9 × 10−12),其中68%的位点突变病例在此数据集中或COSMIC存储库中复发。相比之下,其他亚型中有3-42%的肿瘤显示PIK3CA公司突变。因此,PI(3)激酶抑制可用于评估EBV阳性胃癌。PIK3CA公司在EBV阳性的癌症中,突变更为分散,但在EBV阴性的癌症中定位于激酶结构域(外显子20)(图2b). 转录率最高的EBV病毒mRNA和miRNA位于病毒基因组的BamH1A区域(补充图9.8)并且在肿瘤中显示出类似的表达模式,如单独报道的那样19.

体细胞基因组改变

为了确定复发突变基因,我们分析了215例突变率低于11.4突变/Mb(Mb)的肿瘤(没有一例MSI阳性)和74例“过度突变”肿瘤。在高突变肿瘤中,我们排除了11例突变负荷明显高于67.7个/Mb的突变病例(包括一个失活肿瘤电杆突变20,21) (补充信息S3.2–3.3),因为它们的大量突变对分析产生了不适当的影响。我们使用了MutSigCV22该工具通过首先仅评估碱基替代突变,识别10个显著突变的基因,来定义其余63个超突变肿瘤中的复发突变,包括TP53、KRAS、ARID1A、PIK3CA、ERBB3、PTENHLA-B型(补充表3.5). 我们发现ERBB3号机组63例肿瘤中有16例发生突变,其中13例在COSMIC报告的复发部位或部位发生突变。包括插入/删除的MutSigCV分析将具有统计意义的突变基因列表扩大到37个,包括RNF43、B2MNF1型(补充图3.9). 同样,HotNet对MSI肿瘤内突变基因的分析显示,主要组织相容性复合体I类基因发生了常见的改变,包括企业对企业HLA-B型(补充图11.5–11.7).B2M结直肠癌和黑色素瘤的突变导致HLA-1类复合物的表达缺失23这表明,这些事件通过减少抗原向免疫系统的呈递,对超突变肿瘤有益。

通过对215例非超突变肿瘤的MutSigCV分析,我们确定了25个显著突变的基因(图3). 这个基因列表再次包含TP53、ARID1A、KRAS、PIK3CARNF43号机组β-catenin途径中的基因(空气污染指数CTNNB1公司),TGF-β途径(座椅模块组件4座椅模块组件2)、和拉沙1是RAS的负调节因子。ERBB2号机组是一个治疗靶点,发生了显著突变,15个突变中有10个发生在已知热点;4例患者患有S310FERBB2号机组激活和药物敏感的突变24.

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非过度突变胃癌中的显著突变基因。

,Bars代表215个样本的体细胞突变率,同义和非同义突变率以颜色区分。b条,MutSigCV识别的显著突变基因按q个值(右),其中样本按子类型分组。突变颜色表示突变的类别。

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除了PIK3CA公司突变,EBV阳性肿瘤ARID1A公司(55%)和BCOR公司(23%)突变和罕见TP53型突变。BCOR、,编码抗凋亡蛋白,在白血病中也发生突变25和髓母细胞瘤26在CIN肿瘤中,我们观察到TP53型71%的肿瘤发生突变。CDH1型体细胞突变在基因组稳定亚型中富集(37%)。CDH1型种系突变是遗传性弥漫性胃癌(HDGC)的基础。然而,种系分析显示只有两种CDH1型多态性,这两种都不是致病性的。与EBV亚型一样,失活ARID1A公司突变在基因组稳定的亚型中普遍存在。我们发现了RHOA公司如下文所述,几乎只存在于基因组稳定的肿瘤中。

我们分析了胃癌肿瘤中碱基变化的模式,并注意到CpG二核苷酸的C到T转换率升高。我们观察到食道腺癌中AA二核苷酸的3′腺嘌呤,尤其是AAG三核苷酸的A到C颠倒率升高27在CIN、EBV和基因组稳定中,A到C的颠倒是显著的,但正如之前所观察到的27,不在MSI肿瘤中(补充图3.10).

我们确定RHOA公司16例发生突变,这些突变在基因组稳定亚型中富集(15%的基因组稳定病例,P(P)= 0.0039). RHOA,当处于活性GTP结合形式时,通过多种效应物发挥作用,包括ROCK1、mDIA和蛋白激酶N,控制肌动蛋白-肌球蛋白依赖性细胞收缩性和细胞运动性28,29激活STAT3促进肿瘤发生30,31.RHOA公司突变集中在两个相邻的氨基末端区域,预计位于RHOA与ROCK1和其他效应器的界面(图4a、b).RHOA公司这些突变不在RAS家族GTPase的致癌突变类似的位点。尽管有一例患者携带密码子17突变,但我们没有发现T细胞肿瘤中的显性阴性G17V突变32,33相反,本研究中发现的突变可能会调节RHOA下游的信号传导。生化研究发现,RHOA Y42C突变减弱了蛋白激酶N的激活,而没有消除mDia或ROCK1的激活34在五种肿瘤中突变的RHOA Y42对应于HRAS上的Y40,该残基在突变时选择性地减少RAF的HRAS激活,但不减少其他RAS效应物35考虑到RHOA在细胞运动中的作用,RHOA的调节可能会导致不同的生长模式和缺乏细胞凝聚力,这是弥漫性肿瘤的特征。

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RHOA公司ARHGAP6/26号机组体细胞基因组改变在基因组稳定的胃癌中反复发生。

GTPase的错义突变RHOA公司,包括残基Y42和D59,通过氢键连接(红色电弧)。b条,突变区域(颜色如面板所示)绘制在RHOA和ROCK1的结构上。c(c),示意图CLDN18–ARHGAP26号机组融合转录物和预测的融合蛋白显示易位。SH3表示SRC同源3结构域。d日,的频率RHOA公司CDH1型突变,CLDN18型ARHGAP6号机组ARHGAP26型胃癌亚型之间存在融合。电子,RHOA公司突变和CLDN18型ARHGAP6号机组ARHGAP26型在基因组稳定的肿瘤中,融合是相互排斥的。

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RHO信号传导失调进一步与复发性结构基因组改变的发现有关。107个肿瘤的全基因组测序显示5696个结构重排,其中74个预计会产生框架内基因融合(补充信息S3.7–3.8).从头开始mRNA测序数据汇编证实170个结构重排(补充信息S5.4a)包括两例染色体间易位CLDN18型ARHGAP26型(GRAF公司). ARHGAP26是一种GTPase激活蛋白(GAP),可促进RHO GTPase转化为GDP状态,并与增强细胞运动有关34CLDN18是紧密接合粘合结构的一个组成部分36.未确定全基因组测序的肿瘤RNA测序数据CLDN18–ARHGAP26号机组另外9例肿瘤融合,另有2例显示CLDN18型融合到由编码的同源GAPARHGAP6号机组共有13例进行了这些重组(补充表5.6).

融合连接的第5外显子CLDN18型至外显子2(n个=2)第页,共页ARHGAP6,至外显子10(n个=1),或外显子12(n个=10)第页,共页ARHGAP26型(图4c). 当这些融合发生在CLDN18型外显子5终止密码子,它们似乎不太可能实现融合蛋白的翻译。然而,mRNA测序显示了一个成熟的融合转录本,其中ARHGAP26型ARHGAP6号机组剪接受体激活CLDN18,在终止密码子之前,产生一个框架内融合,预计可以维持CLDN18的跨膜结构域,同时将ARHGAP26或ARHGAP6的大部分片段融合到CLDN18细胞质的羧基末端。这些嵌合体蛋白保留ARHGAP26/6的羧基末端GAP结构域,可能影响ARHGAP对RHOA和/或细胞运动的调节。此外,这些融合也可能破坏野生型CLDN18,影响细胞粘附。这个CLDN18–ARHGAP公司融合是相互排斥的RHOA公司突变并在基因组稳定肿瘤中富集(62%,P(P)= 10−3) (图4d). 在基因组稳定的亚型中,30%的病例有RHOA公司CLDN18–ARHGAP公司变更。使用Paradigm-Shift算法预测RHOA驱动通路的激活,评估假定由RHOA调节的通路中的基因表达状态(补充图11.4a–c),表明这些基因组畸变有助于弥漫性胃癌的侵袭表型。

使用GISTIC进行SCNA分析,发现30个局部扩增,45个局部缺失,染色体臂经常发生改变(补充图2.3-2.9). 针对癌基因的局部扩增,如ERBB2、CCNE1、KRAS、MYC、EGFR、CDK6、GATA4,GATA6协议ZNF217号。此外,我们还发现编码胃干细胞标志物CD44的基因扩增,以及在9p24.1处包含JAK2号机组,CD274型PDCD1LG2系列.JAK2号机组编码一个受体酪氨酸激酶和潜在的治疗靶点。CD274型PDCD1LG2系列编码PD-L1和PD-L2,免疫抑制蛋白目前被评估为增强抗肿瘤免疫反应的靶点。值得注意的是,这些9p扩增在EBV亚组(15%的肿瘤)中得到了丰富,与EBV阳性淋巴癌中PD-L1表达升高的研究一致37,38mRNA评估显示JAK2、PD-L1PD-L2型在放大的情况下(补充图2.10). 更广泛地说,EBV阳性肿瘤中PD-L1/2的表达升高,这表明PD-L1/2拮抗剂和JAK2抑制剂可在该亚组中进行测试。在肿瘤抑制基因的位点发现了局灶性缺失,如PTEN公司,SMAD4、CDKN2AARID1A公司有关四种分子亚型的其他GISTIC分析,请参见补充图2.5-2.6.

基因表达和蛋白质组分析

我们对每个表达平台的分析显示,有四个mRNA、五个miRNA和三个RPPA簇(补充方法S5–S7). 一些表达式集群在不同平台上类似(补充方法S10)和/或与特定分子亚型对应。例如,mRNA簇1、miRNA簇4和RPPA簇1有大量重叠,无论是单独还是作为一个群体,都与基因组稳定肿瘤密切相关;所有三种分配的34例病例主要在基因组上稳定(20/34,P(P)= 2 × 10−8). 类似地,mRNA簇3、miRNA簇2和RPPA簇3相似,并且作为一个组与MSI亚型相关(12/22,P(P)= 5 × 10−4). 然而,表达簇和分子亚型之间的绝对对应并不总是可见的。例如,RPPA簇3与MSI和EBV均呈中度关联(P(P)=0.018和P(P)分别为0.038),miRNA簇的CIN比例相似(与P(P) < 0.05). 总的来说,表达数据概括了分子分类的特征,表明了这种分类的稳健性。

我们分析了选择性剪接事件的mRNA序列数据,发现遇见272例患者中有82例(30%)外显子2跳跃与MET表达增加相关(P(P)= 10−4). 我们还发现了遇见其中第18和/或19外显子被跳过(47/272;17%;补充图5.5). 有趣的是,这些改变去除的外显子编码激酶结构域的区域。

通过对RPPA数据的监督分析,我们观察到45个蛋白的表达或磷酸化与四种分子亚型相关(补充图7.2). CIN亚型中EGFR(pY1068)的磷酸化显著升高,与表皮生长因子受体在该子类型中。我们还发现p53表达升高,与频繁TP53型CIN亚型的突变和非整倍体。

综合路径分析

我们整合了SCNA和突变数据,以表征已知信号通路中的基因组变化,包括候选治疗靶点(图5a,b). 我们重点关注受体酪氨酸激酶(RTK)、RAS和PI(3)激酶信号的改变。包含EBV阳性肿瘤PIK3CA公司突变和复发JAK2号机组ERBB2号机组放大。尽管MSI病例通常缺乏靶向扩增PIK3CA公司,ERBB3、ERBB2表皮生长因子受体我们注意到,在其他癌症的“热点”部位有许多突变(补充图11.14). MSI胃癌患者BRAF公司V600E突变,常见于MSI结直肠癌39虽然基因组稳定的亚型表现出复发RHOA公司CLDN18型事件,几乎没有观察到其他明确的治疗靶点。在CIN肿瘤中,我们确定了RTK的基因组扩增,其中许多RTK可以被当前使用或开发中的治疗药物阻断。鉴于VEGFR2靶向抗体ramucirumab的胃癌活性,编码配体VEGFA的基因重复扩增显著40此外,细胞周期介质的频繁扩增(CCNE1、CCND1川东北6)提示了治疗性抑制细胞周期素依赖性激酶的潜力(补充图11.15).

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胃癌的综合分子描述。

,在按分子亚型组织的样本中显示了选定基因的突变、拷贝数变化和易位。此数据集中或COSMIC存储库中经常出现的突变通过颜色进行区分。改变频率表示为所有情况的百分比。b条,跨分子亚型的RTK/RAS和RTK/PI(3)K信号通路的改变。红色表示预计激活;蓝色表示预测失活。c(c),热图显示,与非恶性胃粘膜相比,四种亚型中的每一种NCI-PID通路均显著升高(红色)或降低(蓝色)。

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我们比较了每种亚型与其他亚型的表达,以及与非恶性胃组织的表达(n个= 29) (补充图11.2). 我们计算了NCI通路相互作用数据库中每条通路的总分41并通过与随机生成的路径进行比较来确定统计显著性(补充方法S11). 样本和路径的层次聚类(图5c)揭示了几个显著的模式,包括AURKA/B和E2F等有丝分裂网络成分的高表达,MYC激活的靶点,FOXM1和PLK1信号和所有亚型的DNA损伤反应途径,但在基因组稳定的肿瘤中的程度较低。相比之下,基因组稳定的亚型表现出细胞粘附通路的高表达,包括B1/B3整合素、syndecan-1介导的信号转导和血管生成相关通路。这些结果提示了其他候选治疗靶点,包括极光激酶(AURKA/B)和类Polo(PLK)家族成员。EBV阳性肿瘤中IL-12介导的信号特征的强度表明存在强大的免疫细胞。当结合PD-L1/2过度表达的证据时,这一发现为在EBV阳性胃癌中测试免疫检查点抑制剂提供了理论依据。

讨论

通过对胃癌分子和基因组基础的研究,我们描述了胃癌的分子分类(图6)它定义了胃癌的四种主要基因组亚型:EBV感染的肿瘤;MSI肿瘤;基因组稳定肿瘤;染色体不稳定肿瘤。这种分类可以作为组织病理学的一种有价值的辅助手段。重要的是,这些分子亚型显示出明显的基因组特征,为在不同人群胃癌患者的临床试验中评估靶向药物提供了指导。通过现有的MSI和EBV检测,以及使用新兴的基因组分析来查询突变和扩增的聚焦基因集,通过这项研究开发的分类系统可以应用于新的胃癌病例。我们希望这些结果将促进临床试验的发展,以探索特定患者的治疗方法,最终提高这种致命疾病的生存率。

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胃癌亚型的主要特征。

这张示意图列出了胃癌四种分子亚型中每一种的一些显著特征。从胃不同区域获得的肿瘤中分子亚型的分布由插图表示。

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方法总结

根据IRB批准的方案,从295名患者中获取新鲜冷冻胃腺癌和匹配的生殖系DNA样本。对基因组材料和(如果可用)蛋白质进行单核苷酸多态性阵列体细胞拷贝数分析、全基因组测序、mRNA测序、miRNA测序,基于阵列的DNA甲基化分析和反向蛋白质阵列。对样本子集进行全基因组测序。初步分析集中在胃癌分类方案的制定上。随后的分析确定了每个基因组/分子平台的关键特征,寻找胃癌的特征和胃癌各亚型的特征。主要数据和处理过的数据存放在数据协调中心(https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcga下载.jsp); 主要序列文件存放在CGHub中(https://cghub.ucsc.edu/). 样本列表和支持数据可在(https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/stad_2014/).

致谢

我们感谢所有为本研究做出贡献的患者和家属,感谢C.Gunter和J.Weinstein的科学编辑,感谢M.Sheth的行政支持,感谢L.Omberg对Sage Bionentworks Synapse平台的支持。这项工作得到了校内研究计划和美国国立卫生研究院的以下资助:5U24CA143799、5U24CAP143835、5U44CA143840、5U24 CA143843、5U42CA143845、5U 24CA143848、5U42 CA143858、5U 24 CA143866、5U44 CA143867、5U25CA143882、5U24CA43883、5U 42CA44025、U54HG003067、U54 HG003079、,U54HG003273和P30CA16672。

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作者贡献

癌症基因组图谱研究网络为本研究做出了共同贡献。生物样本由组织来源地提供,并由生物样本核心资源进行处理。数据生成和分析由基因组测序中心、癌症基因组特征化中心和基因组数据分析中心执行。所有数据均通过数据协调中心发布。NCI和NHGRI项目团队协调项目活动。以下胃分析工作组的TCGA研究人员对本手稿的分析和撰写做出了重大贡献。项目负责人,A.J.Bass、P.W.Laird、I.Shmulevich;数据协调员V.Thorsson;分析协调员,V.Thorsson,N.Schultz;稿件协调员M.Sheth;图形协调员,T.Hinoue;DNA序列分析,A.Taylor-Weiner,A.Pantazi,C.Sougnez,K.Kasaian;mRNA分析,R.Bowlby,A.J.Mungall;miRNA分析,A.Chu,A.Gordon Robertson,D.Yang;DNA甲基化分析,T.Hinoue,H.Shen,P.W.Laird;拷贝数分析,A.Cherniack;蛋白质分析,J.-S.Lee,R.Akbani;路径/综合分析,N.Weinhold、S.Reynolds、C.Curtis、R.Shen、S.Ng、B.Raphael、H.-T.Wu、Y.Liu、V.Thorsson、N.Schultz;病理学专业知识和临床数据,A.Boussioutas、B.G.Schneider、J.Kim、J.E.Willis、M.L.Gulley、K.Garman、M.Blanca Piazuelo、V.Thorsson、K.M.Leraas、T.Lichtenberg、J.A.Demchok、A.J.Bass;微生物组分析,C.S.Rabkin、M.L.Gulley、R.Bowlby、A.J.Mungall、A.Chu和C.Pedamallu。

竞争性利益

提交人声明没有相互竞争的经济利益。

脚注

用于生成此处所示分析的原始数据和处理数据可从癌症基因组图谱下载,网址为(https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcga下载.jsp). 所有主要序列文件存放在CGHub中,所有其他数据存放在数据协调中心(DCC)供公众访问(网址:http://cancergenes.nih.gov/)和(https://cghub.ucsc.edu/). 其他样本数据和支持数据可从(https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/stad_2014/).

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9/10/2014

对作者名单做了一点小小的修改

参与者信息

癌症基因组图谱研究网络

亚当·J·巴斯通讯作者1,针对分析工作组:Dana-Farber癌症研究所
玛格丽特·格利14,北卡罗来纳大学
M.Blanca Piazuelo先生15芭芭拉·施耐德15,范德比尔特大学
金纪勋(Jihun Kim)16,用于Asan医疗中心
亚历克斯·布西奥塔斯17,墨尔本大学
马吉·谢斯,18 约翰·德姆乔克,18查尔斯·拉布金19,国家癌症研究所
约瑟夫·威利斯20,凯斯西储大学
吴啸峰21加州大学圣克鲁斯分校
凯瑟琳·加曼22,杜克大学
大卫·G·比尔23,密歇根大学
阿琼·佩纳图尔24,匹兹堡大学
本杰明·拉斐尔25辛大武25,布朗大学
罗伯特·奥兹26,为Brigham and Women’s Hospital
哈尔克·金27,国家癌症中心
迈克尔·麦克莱伦29,华盛顿大学
马西耶·维兹内罗维奇30大波兰癌症中心
酒井良彦31,对于KU鲁汶大学
李丁29北方牛29圣路易斯华盛顿大学
斯蒂芬·巴林34詹姆斯·赫尔曼34约翰·霍普金斯大学西德尼·金梅尔综合癌症中心
加德·盖兹,9 琳达·琴,32 刘迎春,9 布拉德利·A·穆雷,9迈克尔·S·诺布尔9,基因组数据分析中心:Eli&Edythe L.Broad Institute
吴啸峰,21 大卫·豪斯勒,21乔什·M·斯图亚特21加州大学圣克鲁斯分校
巴里·泰勒35加利福尼亚大学旧金山分校
克里斯托弗·本茨37,用于组织源网站:巴克衰老研究所
Jae-Hyuk Lee(李在赫)38Chonnam国立大学医学院
康斯坦丁·费多申科39乔治·曼尼哈斯39,城市临床肿瘤药房
W.Kimryn Rathmell公司41UNC Lineberger综合癌症中心
孙英权43Keimyung大学医学院
Do-Youn公园47,釜山国立大学医院
叶琳娜·杨吉安,7 大卫·P·凯尔森,7 赵恩忠,48 马克·拉塔尼,48劳拉·唐48疾病工作组:纪念斯隆-凯特琳癌症中心
Shannon J.麦考尔49,杜克大学
Young S.Park公司16,用于Asan医疗中心
Jae-Ho Cheong公司50,供职于延世大学医学院
贾弗·阿贾尼51MD Anderson癌症中心
M.Constanza Camargo先生19,国家癌症研究所
:
亚当·J·巴斯通讯作者1,针对分析工作组:Dana-Farber癌症研究所
Adam J.Bass,ude.dravrah.icfd@ssabmada.
玛格丽特·格利14,北卡罗来纳大学
M.Blanca Piazuelo先生15芭芭拉·施耐德15,范德比尔特大学
金纪勋(Jihun Kim)16,用于Asan医疗中心
亚历克斯·布西奥塔斯17,墨尔本大学
马吉·谢斯,18 约翰·德姆乔克,18查尔斯·拉布金19,国家癌症研究所
约瑟夫·威利斯20,凯斯西储大学
吴啸峰21加州大学圣克鲁斯分校
凯瑟琳·加曼22,杜克大学
大卫·G·比尔23,密歇根大学
阿琼·佩纳图尔24,匹兹堡大学
本杰明·拉斐尔25辛大武25,布朗大学
罗伯特·奥兹26,为Brigham and Women’s Hospital
哈尔克·金27,国家癌症中心
迈克尔·麦克莱伦29,华盛顿大学
马西耶·维兹内罗维奇30大波兰癌症中心
酒井良彦31,对于KU鲁汶大学
李丁29北方牛29圣路易斯华盛顿大学
斯蒂芬·巴林34詹姆斯·赫尔曼34约翰·霍普金斯大学西德尼·金梅尔综合癌症中心
加德·盖兹,9 琳达·琴,32 刘迎春,9 布拉德利·A·穆雷,9迈克尔·S·诺布尔9,基因组数据分析中心:Eli&Edythe L.Broad Institute
吴啸峰,21 大卫·豪斯勒,21乔什·M·斯图亚特21加州大学圣克鲁斯分校
巴里·泰勒35加利福尼亚大学旧金山分校
克里斯托弗·本茨37,用于组织源网站:巴克衰老研究所
Jae-Hyuk Lee(李在赫)38Chonnam国立大学医学院
康斯坦丁·费多申科39乔治·曼尼哈斯39,城市临床肿瘤药房
W.Kimryn Rathmell公司41UNC Lineberger综合癌症中心
孙英权43Keimyung大学医学院
Do-Youn公园47,釜山国立大学医院
叶琳娜·杨吉安,7 大卫·P·凯尔森,7 赵恩忠,48 马克·拉塔尼,48劳拉·唐48疾病工作组:纪念斯隆-凯特琳癌症中心
Shannon J.麦考尔49,杜克大学
Young S.Park公司16,用于Asan医疗中心
Jae-Ho Cheong公司50,供职于延世大学医学院
贾弗·阿贾尼51MD Anderson癌症中心
M.Constanza Camargo先生19,国家癌症研究所
罗伯特·伯顿,55 苏达·朱达马尼,55贾刘55,针对SAIC-Frederick

Adam J.Bass,ude.dravrah.icfd@ssabmada.

工具书类

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