了解全球基因整个单元格级别的表达式需要详细说明了解转录、前mRNA处理的贡献，mRNA转换和翻译。尽管这些总数每个细胞中的调节过程解释了其独特的表达概述，很少有方法可用于独立评估每个过程全体DNA阵列非常适合于分析全球mRNA的稳态水平（即转录组）。然而，由于转录后事件影响mRNA稳定性翻译，许多细胞蛋白的表达水平与mRNA的稳态水平直接相关(1,2). 我们有能够通过以下方式降低基因表达谱分析的复杂性使用参与RNA处理和翻译的mRNA-binding蛋白质恢复细胞信使中的mRNA亚群核糖核蛋白复合物（mRNPs）。我们报告，mRNA存在于mRNP复合体具有共同的结构特征，在维甲酸治疗诱导分化的反应酸（RA）。
大多数信使核糖核酸含有调节其转录后的序列表达与定位(三). 这些监管元素位于前mRNA的内含子和外显子以及编码和非编码成熟转录物区域(4,5). 序列特定的示例调控基序是存在于早期反应基因（ERG）mRNA的3′-非翻译区，许多编码生长和分化所必需的蛋白质(6–9).人们对通过ARE进行的调节知之甚少，但哺乳动物ELAV/Hu蛋白与ARE序列元件结合在体外并影响转录后mRNA的稳定性和翻译体内(10–14).
有四种ELAV/Hu哺乳动物同源物果蝇属ELAV RNA结合蛋白(15,16). HuA（HuR）是普遍表达，而HuB、HuC和HuD（及其各自选择性剪接异构体）主要存在于神经元但也可以表达为肿瘤细胞特异性抗原一些小细胞癌、神经母细胞瘤和髓母细胞瘤（参考文献中审查。14). 所有Hu蛋白都含有三种RNA识别图案(16–18)，赋予其对ARE的约束力特异性(16).Hu蛋白结合ARE的证据始于从随机组合RNA文库的筛选集线器B(19,20). 这些和其他研究表明，Hu蛋白绑定在体外多种含ARE的ERG mRNA，包括c-myc、c-fos、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子和GTPase激活蛋白-43(12,19–26). Hu蛋白的结合含有ARE的mRNA可以导致稳定(10–13)和增加mRNA转录物的可翻译性(10,26). 这个神经元特异性家族成员HuB（Hel-N1）是最早的RA治疗后畸胎瘤细胞产生的神经元标记物诱导神经元分化(26,27). 当神经元Hu蛋白在各种神经前细胞系、神经突中有外显表达自发形成(26,28,29).
先前试图鉴定通过RNA结合结合的信使核糖核酸亚群使用逆转录的蛋白质–PCR扩增和迭代选择(20,30). 在本研究中，我们报告了直接分离内源性mRNP复合物总细胞mRNA亚群以及这些mRNA的鉴定全体没有使用cDNA阵列进行扩增。我们发现mRNA存在于mRNP复合物具有共同的结构特征，并且可以对细胞变化，如诱导分化。具体来说，我们来自P19的免疫沉淀表位标记的HuB–mRNP复合物胚胎癌细胞裂解并鉴定含ARE的mRNA编码细胞周期调节器、转录以及其他ERG产品。在平行实验中，聚（A）结合蛋白（PABP）和5′-帽结合蛋白（eIF-4E）mRNP复合物中含有mRNAs，其特征与一种不同另一个和来自HuB的概况–mRNP和总数细胞转录组。在这些基因中检测到的mRNA种类mRNP复合物具有高度的重复性，并可能代表结构和功能相关的mRNA亚群。关于这些HuB表达的P19细胞与RA一起诱导神经元分化，HuB–mRNP中检测到的mRNAs群体改变复合物以包括已知的其他含ARE的mRNA神经元上调。对mRNA进行分类的能力mRNP复合物组成不同亚群有助于阐明基因转录物的结构和功能网络以及它们的表达是如何在转录后调控的。
材料和方法
P19细胞、转染和RA治疗.
小鼠P19胚胎癌细胞来源于American Type按照建议保存培养物收集和。他们很稳定用猴病毒40启动子驱动的pα2基因10-HuB转染表达基因10标记的神经元特异性HuB蛋白的质粒（Hel-N2）(20). 质粒用0.2 mg/ml G418维持（西格玛）。虽然它缺少来自铰链区域的13个氨基酸连接Hel-N1的RNA-再认识基序（RRMs）2和3，RRMs是相同的，并且在体外-结合实验有结果表明，在Hel-N1和Hel-N2（参考文献。20和24; 未发表的意见）。
RA的化学处理用于诱导神经元分化通过处理5×105P19细胞放置在60 mm培养皿（Fisher 8–757-13A），含0.5μM维甲酸（SigmaR2625）如前所述(20,26). RA处理的HuB（Hel-N2）稳定转染的P19细胞生长出突起并表现出特征性神经元标记物和形态学，但不能最终区分并且仍然容易被有丝分裂抑制剂杀死。
抗体来源。
如前所述，产生了单克隆抗g10抗体描述(20,26). 产生与HuA反应的多克隆血清前面描述过(19,31). 与PABP反应的抗体是由麦吉尔大学N.Sonenberg提供。抗体eIF-4E来自加利福尼亚州圣地亚哥转导实验室。
内源性mRNP复合物的免疫沉淀细胞裂解物。
用橡胶刮刀和用冷PBS清洗。将细胞重新悬浮在大约两个含有100 mM KCl、5 mM的多聚体裂解缓冲液的颗粒体积氯化镁2、10 mM Hepes、pH 7.0和0.5%NonidetP-40带1 mM DTT，100单位/ml RNase OUT（GIBCO/BRL），0.2%钒核苷复合物（GIBCO/BRL），0.2 mM PMSF，1 mg/ml新鲜添加的pepstatin A、5 mg/ml bestatin和20 mg/ml leupetin在使用时。然后将溶解的细胞冷冻并保存在−100°C。使用时，将细胞裂解液解冻并16000×离心克在台式微型离心机中10次4°C时最小值。mRNP细胞裂解液含有约50 mg/ml总蛋白质。
对于免疫沉淀，蛋白-A琼脂糖珠（Sigma）为在NT2缓冲液中膨胀1:5 V/V（50 mM Tris，pH 7.4/150 mM NaCl/1mM氯化镁2/0.05%Nonide P-40）补充5%牛血清白蛋白。一份300微升的1:5 V/V蛋白A珠浆液用于免疫沉淀反应并培养在4°C下过夜，免疫沉淀抗体过量（通常5–20μl，取决于试剂）。抗体涂层珠为用冰镇NT2缓冲液清洗，并在900μl NT2中重新悬浮补充100单位/ml RNase OUT/0.2%的缓冲液钒/核糖核苷复合物/1 mM DTT/20 mM EDTA。珠子是短暂旋涡，添加100μl mRNP细胞裂解物立即离心，取100μl小份代表总细胞RNA。免疫沉淀反应在室温2小时，然后用冰镇NT2清洗4次缓冲液，然后用NT2缓冲液和1 M尿素进行两次洗涤。将洗净的珠子重新悬浮在100μl NT2缓冲液中，并补充0.1%十二烷基硫酸钠和30μg蛋白酶K在55°C中培养30分钟水浴、萃取的酚氯异戊醇和乙醇沉淀。
核糖核酸酶保护试验。
免疫沉淀RNA通过RNase保护作用检测，使用根据制造商的建议进行PharMingen Riboquint含量测定（45014K）。使用Myc相关基因和细胞周期蛋白模板集（45356P和45620P）。受保护的核糖探针片段之后在荧光成像屏幕上显示（分子动力学）暴露24小时。使用分子动力学风暴860系统100μm分辨率并使用分子动力学进行分析图像数量软件（版本1.1）。
cDNA阵列的探索。
使用Atlas Mouse Arrays进行cDNA阵列分析（克隆技术），共包含597个cDNA片段，在在尼龙膜上并排复制。cDNA阵列的探测是按照CLONTECH Atlas cDNA表达阵列中的描述执行用户手册（PT3140–1）。简言之，从HuB中稳定提取RNA转染P19细胞并用于生产反转录探针。A类与基因互补的组合引物集阵列（CLONTECH）用于逆转录探针放射性标记为P的合成物32α-dATP并通过CHROMA SPIN-200柱传代纯化（克隆技术）。杂交后，清洗阵列膜并通过使用磷光成像屏幕（分子动力学）进行可视化。
cDNA阵列分析。
使用分子动力学STORM 860扫描磷光图像系统分辨率为100μm，并存储为.gel文件。图像是使用分析地图集图像1.0和1.01软件（CLONTECH）。任何给定的信号基因被计算为两个信号的平均值复制cDNA斑点。默认的外部背景设置用于结合基于背景的信号阈值来确定基因信号重要性。基因的信号被认为是显著的如果调整后的强度（总信号减去背景）是背景信号的2倍以上。的比较使用所有cDNA阵列图像的平均值阵列上的基因信号（全局归一化）将阵列之间的信号强度。信使核糖核酸谱的变化考虑了对RA治疗的HuB–mRNP复合物如果它们是4倍或更大，则意义重大。cDNA阵列图像和覆盖层是使用Adobe制作的photoshop5.0.2（加利福尼亚州山景城Adobe Systems）。
结果
通过以下方法鉴定与RNA-结合蛋白相关的mRNA亚群使用多探针核糖核酸酶保护分析。
之前我们报道了通过以下途径免疫沉淀HuB（Hel-N1）的能力用单克隆抗g10表位标签鉴定mRNA编码NF-M蛋白，采用逆转录-PCR(10). 在本研究中，我们通过使用多探针核糖核酸酶保护试验扩展了这种方法快速优化几种含有不同mRNA-结合的内源性mRNP复合物蛋白质。通过使用多探针系统，我们分析了mRNP颗粒聚丙烯酰胺凝胶的单道中含有许多mRNA。在我们以前工作的基础(19,31)，我们选择了多探针模板集对几个myc和cyclin mRNA靶点以及两个对照具有特异性家政基因、GAPDH和L32。如图所示。，我们免疫沉淀HuB–和小鼠P19细胞提取物中稳定的PABP–mRNP复合物转染g10-HuB cDNA。颗粒中未检测到信使核糖核酸用多克隆兔出血前血清免疫沉淀（图。
A类和B类（第3车道）或与许多其他兔子，小鼠和正常人血清用本试验检测（数据未显示）。与HuB–mRNP复合物相关的信使核糖核酸谱包括n-myc、l-myc、b-myc、max和细胞周期蛋白A2、B1、C、D1和D2，但不是sin3、cyclin D3、cylicn B2、L32或GAPDH mRNA（图。 A类和B类，车道4）。相比之下，提取的mRNA图谱来自PABP的mRNP复合物与总RNA的图谱相似，但显示L32和GAPDH水平升高，sin3水平降低mRNA（图。 A类和B类，车道5）。我们的结论是与这些细胞RNA-结合蛋白反应的抗体可以用于免疫沉淀mRNP复合物并用它们是特别相关的。这与Hu蛋白在调控转录后基因中的假定作用细胞生长和分化过程中的表达(10–14,16,19–29,31).
与mRNP相关的mRNAs的多探针RNase保护分析复合物。P19细胞裂解物中的mRNP复合物被免疫沉淀以及通过RNase保护提取和定量的颗粒RNA中描述的材料和方法通过使用PharMinen Riboquant试验。(A类)mMyc MultiProbe模板集合；(B类)mCyc-1 MultiProbe模板集。车道数：1，未消化的核糖探针（略大于核糖核酸酶消化产物由于核糖探针质粒模板）；2、细胞总RNA；三，兔预出血血清控制；4、从HuB mRNP中提取的mRNA；5中，从PABP mRNPs中提取的mRNA。*，未检测到mRNA物种总RNA。
识别与RNA-结合蛋白相关的mRNA亚群全民健身使用cDNA阵列。
我们进一步扩展了鉴定与利用cDNA阵列过滤器研究内源性mRNP复合物包含597个已知小鼠基因。像多探针RNase保护这种方法提供了一种高度特异性和敏感性的方法用于检测mRNA，无需扩增或迭代选择。
评估转染HuB的人的总体基因表达谱后P19细胞（转录组）、HuB–和PABP–mRNP复合物由于eIF-4E–mRNP复合物是单独免疫沉淀的在cDNA阵列上识别捕获的mRNA。mRNA提取自免疫沉淀颗粒与基因组DNA无反应性通常用于确定阵列膜周长方向的点，进一步表明在这些mRNP中对特定mRNA的选择性复合物。这些阵列的初始对准通过以下方式实现用放射标记λ噬菌体标记物标记杂交反应与阵列膜底部的六个DNA斑点杂交。一旦建立了对准寄存器，随后的斑点没有要求使用尖头λ标记进行定位。
兔出血前血清免疫沉淀产生的阵列基本上是空白的，除了尖峰λ标记在阵列底部观察到（图。A类). 免疫沉淀HuB-mRNP和eIF-4E–mRNP复合物中的每一个都含有略多于总RNA中检测到10%的mRNA，但差异很大彼此之间（图。 B类,C类、和E类).除了这里提供的数据外，cDNA的磷光图像本文中描述的阵列可以作为补充图。5–13英寸http://bioinformatics.duke.edu/pubs/keene（生物信息学）.
使用cDNA阵列分析与mRNP复合物相关的mRNAs。如中所述材料和方法，提取RNA从免疫沉淀的mRNP或总细胞裂解物中提取，用于制造含有597的Atlas鼠标阵列的反转录探针双斑点cDNA片段（CLONTECH）。(A类)预出血；(B类)HuB–mRNP复合物；(C类)eIF-4E–mRNP复合物；(D类)PABP–mRNP复合物；(E类)总细胞RNAβ-肌动蛋白的相对丰度显示了mRNA谱和核糖体蛋白S29 mRNA（图。，箭头a和b，分别）。
与HuB和eIF-4E一样，PABP也参与促进mRNA的表达稳定和平移(32–35). 毫不奇怪，PABP mRNPs含有比在HuB或eIF-4E mRNP（图。D类). PABP中mRNA的分布这些细胞的mRNP与转录组的mRNPs非常相似。然而，正如在HuB和eIF-4E mRNP中所看到的，一些mRNAs被富集或与总RNA相比PABP mRNP耗尽（图。
D类和E类). 剖面和相对丰度在这些mRNP复合物中检测到的mRNA具有高度的重复性，但荧光图像中可检测到的mRNA物种的绝对数量由于特定活动的差异，偶尔会发生变化探针的。
虽然在免疫沉淀mRNP中检测到一些mRNAs对应于总RNA中高度丰富的信息总的来说，许多其他mRNA很容易检测到在粒化mRNP中未观察到mRNA谱。此外不同mRNP的mRNA物种相对丰度不同复合物与总细胞RNA相比。因为cDNA总RNA的阵列是通过使用十分之一数量的用于mRNP免疫沉淀的裂解物，我们没有比较mRNP复合物中检测到的每个mRNA的绝对数量在总RNA中观察到。比较相对的每个mRNA物种之间的丰度每个微阵列。例如，mRNA的相对丰度编码β-肌动蛋白和核糖体蛋白S29（图。，箭头a和b，分别）在总细胞RNA中大致相等，但有所不同在每一个mRNP复合物之间发生显著变化。许多其他示例这种区别在图中很明显。这些发现表明在HuB–、eIF-4E–和PABP–mRNP复合物彼此不同，也不同于转录组。
虽然HuB mRNPs的mRNA谱并不相似对于PABP或eIF-4E mRNPs，我们感到惊讶的是eIF-4E mRNP的差异如此之大PABP–mRNP复合体。观察到的一种可能的解释不同之处在于用于免疫沉淀eIF-4E–mRNP的抗体复合物仅与mRNP子集相互作用，其中eIF-4E 5′可以获得cap-binding蛋白。另一种解释是PABP和eIF-4E mRNP mRNA谱的差异在于反映mRNA的不同功能亚群，其表达翻译层面的不同规定(36).
RA处理P19细胞改变HuB–mRNP中mRNAs的分布复杂。
因为HuB主要是一种神经元蛋白，被认为在在调节神经元分化的过程中，我们研究了在HuB–mRNP复合物中发现的mRNA群体随着RA而改变，神经元分化的化学诱导剂。我们治疗了HuB-转染P19细胞与RA诱导神经元发生分化，然后免疫沉淀HuB–mRNP复合物然后在cDNA阵列上鉴定mRNA。的比较RA前后从HuB mRNP中提取的mRNA图谱治疗表明，18个mRNAs要么只存在，要么在经RA处理的HuB mRNP中高度富集（4倍或更高）（图。 A–C，红色条）。在此外，三个mRNA（T淋巴细胞活化蛋白，DNA-结合蛋白SATB1和HSP84）在对RA治疗的反应（图。C类，蓝色条）。要确定HuB–mRNP mRNA谱中观察到的变化复合物是独特的，我们免疫沉淀了普遍表达的ELAV家族成员HuA（HuR）来自这些相同的RA处理细胞。尽管使用RA，与HuB相比，他们是次要的主要减少4倍或更多mRNA（图。 D–F型，蓝色条）。
HuB mRNP前后mRNA谱的比较RA治疗。如中所述材料和方法，荧光图像被扫描并存储为凝胶文件然后使用地图集图像1.01软件（克隆技术）。默认的外部背景设置用于结合背景信号阈值确定基因信号重要性。对多个cDNA阵列图像进行了比较使用阵列上所有基因信号的平均值执行（全局归一化）将信号强度归一化为数组。HuB–mRNP复合物mRNA谱的变化如果是4倍或更大的。(A类)未经处理的p19 HuB mRNP；(B类)RA处理的p19 HuB mRNP；(C类)比较A类和B类; (D类)未经处理的p19HuA（HuR）mRNP；(E类)RA处理的p19 HuA mRNP；(F类)比较D类和E类;(G公司)未经处理的p19总RNA；(H（H）)RA处理的p19总RNA；(我)的比较G公司和H（H）.红色条表示RA治疗后增加4倍或更多，蓝色条表示mRNA减少4倍或更多。绿色条表示丰度大致相等。
RA对HuB-相关mRNA谱的影响治疗不仅反映了细胞总mRNA的变化（图。 G–I型). 然而，在某些情况下，HuB的变化mRNA谱反映了总RNA谱的全球变化。检测到大量差异富集或缺失的mRNA通过比较图，HuB–mRNP复合物很明显。 C类和我为了进行比较，如图所示。通过重新调整和扩大代表性景点。例如，IGF-2 mRNA仅在来自RA处理细胞的总RNA和HuB–mRNP复合物（图。).然而，其他HuB mRNP结合的mRNA，如整合素β、细胞周期蛋白D2、，Hsp84的增加或减少与RA治疗后总RNA谱的变化（图。). 这个总RNA和HuB mRNA谱变化的差异mRNP可能是由于在RA治疗中通过mRNP复合物流动的mRNA。我们得出结论，这些mRNP复合物的mRNA谱是动态的，可以反映增长状态以及细胞环境对类风湿关节炎等生物诱导剂的反应。
核糖体分析与全局基因分析的比较。挑选出来的证明总RNA之间差异的mRNA示例RA前后HuB-bound mRNA的比较治疗。*，仅在RA处理的细胞中检测到mRNA。
通过使用GenBank和Expressed Sequence Tag数据库，我们发现富含RA处理的HuB–mRNP的mRNA的3′UTR序列复合物（表). 许多mRNA其3′UTR序列可用于含有富含尿苷酸盐与之前发现的与Hu蛋白结合的基序相似的基序在体外(19–22,37,38). 其中许多mRNA编码在神经组织中表达的蛋白质或已知的RA诱导的神经元分化后上调。序列表中显示的对齐方式与之前的结果一致莱文等。(19)和高等。(20)，使用过在体外选择导出共识RNA-binding轮毂B的顺序。基于直接mRNP分析方法如本文所述，可能可以识别在里面活泼地其他RNA结合蛋白的靶序列偏好。
表1
在3′UTR中发现的一致序列示例神经元HuB靶mRNAs
| 基因（GenBank 3英尺UTR 加入，加入编号） 一致序列 |
|---|
| CD44型(M27129号)----AUUUUCUAUUCCUUUUUAUU（乌乌阿乌）UAUGUCAUUUUUUA公司 |
| IGF-2型(M14951型)------UAAAAACCAAA公司UUUGAUU公司GGCUAAAACA公司 |
| HOX 2.5型(M34857号)--------UCACUCUU大学AUUAUUU公司澳大利亚 |
| 啊啊啊UUUAUUA公司阿古阿 |
| 热休克蛋白47(电话05609)----------------澳大利亚UUUAUCU公司GUUA公司 |
| UUUUU CUCCCUUU乌阿古乌UUUCAAA大学 |
| GADD45公司(2018年2月27日)----UUUUCUUUUUUUUGGU公司CUUUAU公司 |
| AAAUUCUCAGAAGU公司UUUAUUA公司UAAAUCUU公司 |
| PN-1型(X70296型)-----UUCUGUUAAAUAUU公司乌乌阿乌ACUGCUUUCUUUUU |
| AUUUUAUAGUAGUU（奥乌乌乌阿古古）UUUAUGU公司UUUUAUGGAAAA公司 |
| AUUGGCCUU（奥乌古库）乌乌阿乌CUUUUU（CUUUU） |
| KROX24，EGR1(M20157号)---UUGUGGU（乌乌古古）UUUAUU（乌乌阿乌）UACUUUGUACUU |
| U型UUGUUU（上古）UCCUU大学 |
| N-钙粘蛋白(M31131型)----------UUU（用户单位）UUUAUU（乌乌阿乌）UCUGUAUUUUU大学 |
| UUUUU AAAUUUUUUAUU（乌乌阿乌）UCUUUU |
| UUUUU AAUU乌乌阿乌UUUUU |
| CD51型(U14135型)--------------AAUGG公司乌乌阿乌乌乌古 |
| UUG公司乌乌阿乌CUUCAAU公司 |
| CF2R型(L03529号)-------乌干达高加索UUGAUUU公司ACUACU公司 |
| ITGB1标准(Y00769号)----------UAUAAUUU公司乌阿乌UUUAUUAUUU |
| UUUUuUUUU C乌乌阿乌CCUGGU公司 |
| CTCF公司(U51037型)---------UUAUGAAUGU公司阿联酋GU公司 |
| 加州大学乌阿乌UUUCUCUUUUU |
| 转化生长因子-β2(X57413型)--------UUUUU变频器乌乌阿乌GUAAAUGGUUCUU公司 |
| 乌干达UAUAUUU公司GUUUCCUU先生 |
| UUCAAUUUU乌乌阿乌ACUAUCUU公司 |
| UUUU C公司乌乌阿乌GGUUUUU公司 |
| MTRP公司(U34259型)-----UCUGUTCUGAGCA公司UUUAUU（乌乌阿乌）UCAAA大学 |
| 乌库古古格UUUAUU（乌乌阿乌）UACAA公司 |
| 体外 序列（参考19) UUUAUU（乌乌阿乌） |
讨论
本文描述了mRNA-结合蛋白用于纯化内源性mRNP复合物并鉴定其相关mRNA全体通过cDNA阵列分析。早期尝试通过使用高通量方法需要逆转录PCR放大和在体外迭代选择和从神经组织中鉴定了几种结构相关的ERG mRNA(20,39). 大多数mRNA在其3′端含有ARE样序列非翻译区，这是ERG mRNA的一个特征(14,19–21). 已经证明Hu蛋白可以结合ERG mRNA并影响其稳定性和/或翻译激活(10–14,19–22,24–29,37,38,40). 这个在体外高的方法等。(20)从人脑中产生了不同的mRNA子集和具有ERG序列特征的髓母细胞瘤细胞。因为PCR扩增的极端敏感性和迭代在体外丰富人口，这种方法是有限的。如本文所述更直接体内这种方法不需要在里面体外结合和PCR扩增，并允许具有连锁结构和可能的mRNA转录物的鉴定功能属性。此外，可识别的HuB蛋白RNA-结合序列在体内捕获的mRNA子集（表).
有趣的是，通过这些方法检测到的一些mRNA可能尚未与靶向RNA结合蛋白直接相关仍将被考虑真诚的mRNP的组件复杂。因此，这里描述的方法表示绘制细胞mRNA-蛋白质基础结构的有用方法对功能性结果的影响。事实上，HuB、eIF-4E和PABP是与信使核糖核酸有关的信使核糖核酸结合蛋白稳定化和平移激活(5,26,34,35). 几个研究人员建议，在发育或时间模式，或其蛋白质产品应考虑参与相同的调节途径功能相关的(41,42). 我们建议组织在分化等过程中，mRNAs转化为mRNP复合物可能为细胞提供一种调节多基因表达的方法转录后基因。
我们称之为核糖核酸组学识别和分析通过使用RNA相关蛋白连接mRNA亚群。核糖经济学与转录组学不同，转录组学用于评估基因组的总mRNA补体。The characterization ofmRNA的结构和/或功能相关亚群使用核糖经济学或其他分割方法可能有助于我们了解同时表达的基因产物或为了一个特定的结果。例如，如果信使核糖核酸如CD44、Egr-1/Zif 268或神经元钙粘蛋白（表和图。)是Hu–mRNP复合物转录后调控产品可能会相应地帮助激活神经元微分(41). 此外，细胞特异性mRNA-结合蛋白类神经元HuB可用于捕获细胞类型特异性mRNA不需要显微解剖。通过这种方式，核糖方法应该提供更好地理解细胞如何形成动态mRNA网络和调节基因表达过程中的信息流。
