感染人类免疫缺陷病毒（HIV）的患者在疾病进展过程中容易感染口咽酵母菌(三,5,7,8,11,19). 这些感染很可能与免疫系统受损有关(6,16,30)，但确切原因尚不清楚。在具体研究中，有迹象表明可能存在菌株和物种特异性(4,25,27,29,33,34). 此外，抗真菌药物的耐药性已经得到了很好的证实念珠菌艾滋病毒中经常出现毒株+病人(9,10,22,32). 最近，有证据表明感染HIV的菌株+患者的表型转换频率平均较高，平均耐药率高于健康人的共生菌株(32). 在该研究中，研究表明，在第一次口腔鹅口疮发作之前，分离株表现出这些表型变化，这表明在鹅口疮之前，口咽区域已经发生了变化。因此，综合结果表明，HIV分离物+个体的平均表型不同，并且可能与健康个体中作为共生体携带的基因型不同。
测试基因不同菌株与HIV口咽定植相关的可能性+个人，我们收集了1196份HIV的口腔样本+患者访问了南非的三家诊所，并对249名患者进行了菌株相关性遗传分析白色念珠菌用复合探针Ca3进行DNA指纹分离(23,26,28). 对这三个收集物中的每一个进行聚类分析，并将遗传群与对健康个体的对照菌株进行类似聚类分析所得的遗传群进行比较。此外，将这些聚类分析中确定的组与白色念珠菌最近通过多种指纹方法在美国分离株集合中区分出的分离株（I、II和III组）(14,20). 这一比较揭示了一个新的群体或分支白色念珠菌在南非（SA组），（i）在美国不存在，（ii）占艾滋病毒分离株的53%+健康的南非黑人和33%的南非白人分离株，以及（iii）与第一、第二和第三组的关系不如这三组的密切。然而，结果表明，对HIV没有菌株特异性+口咽部感染。引起口咽感染的I、II、III和SA组分离株的比例与这些组在HIV中的比例相似+没有感染迹象的个体与健康的南非黑人的比例相似。然而，南非SA菌株的优势表明，该群是该地理区域最成功的共生菌和病原体。
材料和方法
隔离物的收集和维护。
HIV分离物+在4年的时间里收集了来自黑人艾滋病病毒的患者+患者在比勒陀利亚地区的三个政府艾滋病毒诊所就诊，即比勒陀尼亚学术医院（P）、卡拉丰医院（K）和加兰库瓦医院（G）。参加这些诊所的患者来自广阔的地理区域。对照菌株来自一家半城市牙科医院Medunsa口腔健康中心（GC）的健康黑人工作人员，以及在Mahonisi（MAH）和Kruger Park（OKP）农村地区工作和生活的个人。还从比勒陀利亚大学口腔和牙科医院（PC）的健康白人工作人员和在同一家医院寻求口腔卫生治疗的白人患者中获得了分离物。健康对照组的纳入标准为无任何口腔粘膜感染的临床症状或体征（红斑性或假膜性念珠菌病），无当前或慢性疾病史，无常规服用处方药或其他药物史。询问健康人的病史和体重减轻情况，并对口腔、头部和颈部进行彻底检查，以排除可能感染和淋巴结肿大的患者。未对健康个体进行HIV检测，但假定为HIV−.HIV样本+患者和健康人通过常规拭子获得。选择舌背表面作为代表部位(2). 将拭子置于Sabouraud葡萄糖琼脂上，并在35°C下培养4天。在储存于−70°C的20%甘油中之前，对所有菌株在10%血清中的生殖管形成进行测试。
DNA指纹。
复合DNA指纹探针Ca3(1,12,23,26,28)用于评估白色念珠菌通过前面描述的方法分离(13,15,17,20,26). 简言之，将储存培养物中的分离物接种在酵母提取物-胃蛋白酶-葡萄糖（YPD）平板上，随机选择一个菌落，并在YPD琼脂上培养成条状。每个分离物来自不同的试验或对照个体。DNA是用谢尔和史蒂文斯的方法提取的(24)并用生态意大利。在消化之前，用Sequoia-Turner 45荧光计（Barnstead/Termodyne，Dubuque，Iowa）测定DNA浓度。生态RI消化的DNA在0.8%琼脂糖凝胶中以50 V的电压电泳，来自参考菌株3153A的DNA位于外车道。当溴酚蓝指示染料迁移16cm时，DNA转移到Hybond N+毛细管印迹法测定膜（Amersham，Piscataway，N.J.）。如前所述进行预杂交(26)预煮鲑鱼精子DNA。斑点与随机引物杂交过夜32P标记的Ca3探针，在45°C下清洗，并使用Cronex Lightning-Plus增感屏（Dupont Co.，Wilmington，Del.）在XAR-S胶片上进行自动射线照相（Eastman Kodak Co.，Rochester，N.Y.）。
聚类分析和与美国菌株的比较。
通过最近描述的方法，使用DENDRON软件（Solltech Inc.，Oakdale，Iowa）分析凝胶图像(28). 使用Astra 1220U平板扫描仪（UMAX Technologies Inc.，Fremont，Calif.）扫描自动放射自显影图像。在自动车道和波段检测、链接和波段分析之前，使用DENDRON程序的解扰选项去除畸变。标注栏数据是在标注栏数据文件定稿之前手动编辑的。通过计算相似系数来比较每个分离物获得的模式(S公司AB公司)根据公式S公司AB公司= 2E类/(2E类+一+b条)，其中E类是菌株A和B共享的条带数，一是应变A特有的谱带数量，以及b条是菌株B特有的条带数S公司AB公司0.0和1.0分别表示两个或多个菌株之间所有谱带的总无相关性和完全匹配。先前分析的美国分离物（FC）的波段数据(20)通过混合树状图的起源，将DENDRON数据库中存储的菌株与来自南非的菌株进行了比较(28). 一个武断的S公司AB公司选择0.70的阈值来区分菌株之间的组。该值高于平均值S公司AB公司对于本研究中的所有测试集合，因此比平均值更严格S公司AB公司Pujol等人使用的0.65的阈值(20)在美国分离物的原始聚类分析中。
IS PCR1顺序。
来自三组白色念珠菌（I、II和III组）最初由Pujol等人(20)通过PCR（Labline，Melrose Park，Ill）扩增了21个随机选择的南非群（SA）菌株(14). 信息系统1所用引物为5′-GGG AAT CTG ACT GTC TAA TTA A-3′和5′-CTT GGC TGT GGT GCT AGA T-3′。在95°C下进行初始变性后，在95、55和72°C下运行35个周期的1分钟步骤。最终伸长率在72°C下持续5分钟。
碳水化合物同化。
吸收葡萄糖胺（GLN）和N个-按照制造商的规定，使用ID 32C试纸条（法国马西埃托利BioMérieux SA）评估乙酰氨基葡萄糖（NAG）。从四组中随机选择了10株南非分离物。此外，来自先前研究的12株美国分离物(20)接受同化测试。
结果
测试和控制集合。
样本取自1196名HIV+患者在Kalofong、比勒陀利亚和GaRankuwa三家医院的HIV诊所就诊。这些医院的病人是黑人，来自城市、半城市和农村地区。每家医院被酵母定殖的个体比例在61%至65%之间白色念珠菌范围在77%到81%之间（表). 在四个对照菌株的收集中，只有两个（GC和UP）包含收集数据。在GC收集的83个黑人半城市个体中，60%用酵母定植，其中58%用酵母定植白色念珠菌（表). 在UP收集的79名白人城市个体中，54%的个体被酵母定殖，其中67%的个体定植于酵母白色念珠菌（表). 为了使用Ca3探针进行DNA指纹分析，从三种HIV病毒中随机选择了178、33和38个分离株+分别收集P、K和G（表). 对照标本中几乎所有的分离物都进行了DNA指纹分析（表)。
表1。
| 健康状况一 | 描述 | 收集位置d日 | 样品数量 | %酵母阳性样品 | %阳性样品中含有白色念珠菌 | 测试菌株数量 | 指纹分离菌数量（f） |
|---|
| 艾滋病咨询门诊+ | 黑人城市、半城市b条和农村 | 比勒陀利亚学术医院（P）（比勒陀利亚，豪登省） | 91 | 61 | 81 | 46 | 33 |
| | 卡拉丰医院（K）（比勒陀利亚，豪登） | 997 | 63 | 78 | 490 | 178 |
| | 加兰库拉医院（G）（GaRankura，Gauteng） | 108 | 65 | 77 | 54 | 38 |
| 健康 | 黑色半城市 | Medunsa口腔牙科医院（GC）（GaRunkuwa，豪登） | 83 | 60 | 58 | 29 | 21 |
| 黑人乡村 | Kruger公园（OKP，KP），Mahonisi（MAH）（北部省） | 不适用e（电子） | 不适用 | 不适用 | 45 | 45 |
| 白色都市c（c） | 比勒陀利亚大学口腔和牙科医院（UP）（比勒陀尼亚，豪登） | 79 | 54 | 67 | 29 | 29 |
| 白色都市 | 比勒陀利亚大学口腔和牙科医院（PC）（比勒陀尼亚，豪登） | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 17 | 17 |
用Ca3探针进行DNA指纹分析。
提取每个分离物的总DNA，用生态RI，并在琼脂糖凝胶上运行。凝胶被印在膜上，Southern印迹与标记的Ca3杂交。每个凝胶含有16个泳道，在第一个和/或最后一个泳道中包含参考菌株3153A的DNA，以便于计算机辅助的模式分析(28). 每个Ca3杂交模式（例如图。)数字化到DENDRON数据库中，进行处理、解压缩，并自动分析频带位置(28). 然后计算每对可能的分析菌株的相似系数。然后生成任何一组分离物的树状图（例如，单个凝胶中的分离物[图。])或根据计算的S公司AB公司s.然后可以为每个隔离物生成基于带位置和强度的模型，并根据树状图中的位置进行放置，以便进行视觉比较（图。)。
Ca3指纹分析示例白色念珠菌南非收集的分离物。（A）生态通过琼脂糖凝胶电泳分离每个菌株的RI消化DNA，进行印迹，并与复合物杂交白色念珠菌-特异性DNA探针Ca3。对照菌株3153A在第一条车道上运行，以协助计算机辅助标准化(28). （B） 杂交模式自动归一化为内部3153A对照模式和数据库中的全球Ca3参考模式，并自动识别通道和带，生成所有分析菌株的带位置和强度矩阵。相似系数(S公司AB公司)计算了一个集合中每对菌株的模式之间的关系，并基于S公司AB公司生成了个值。在这种情况下，为面板a中的菌株生成树状图。（C）然后将每个模式转换为带位置和强度的模型，并根据其在树状图中的位置进行放置。以千碱为单位的分子大小标注在A组杂交模式的左侧和C组模式的下方。
通过Ca3指纹、随机扩增多态性DNA和多点酶电泳进行聚类比较，结果表明，这三种方法将来自美国的26个分离株分离为三个簇或组（组I、组II和组III），以及一些未分组的“离群值”(20). 通过不同的DNA指纹技术对同一个样本集进行后续分析，再结合另一个美国样本集，再次将这些样本分为相同的三大类(14). 由于这些菌株的Ca3指纹是通过本研究中使用的相同方法获得的，并存储在DENDRON数据文件中，因此我们能够生成混合树状图(28)基于S公司AB公司本研究中的菌株与Pujol等人研究中分析的美国菌株之间的s计算值(20)。
分析白色念珠菌HIV分离物+比勒陀利亚学术医院的患者揭示了一个南非特有的群体。
91人中白色念珠菌HIV分离物+访问比勒陀利亚学术医院的患者（表)，我们指纹33。平均值S公司AB公司（±标准偏差）为0.66±0.13。使用任意S公司AB公司阈值为0.70，在这些菌株的树状图中，四组（A到D）很容易区分（图。). 33株菌株中只有1株P39不属于四组中的一组。为了测试在该集合中鉴定的四个组与Pujol等人在美国分离株中鉴定的三个组之间的关系(20)并由Lott等人验证(14)，从收集的HIV分离物中生成了混合树状图+Pujol等人研究中的患者和26株分离物(20)（其中包括来自第一组的9个分离物、来自第二组的8个分离物，来自第三组的5个分离物和4个离群值[即，非组成员]）。在0.70的任意阈值下，四个主要组再次可区分（图。). HIV分离物收集中的所有B组分离物+比勒陀利亚学术医院的患者与Pujol等人收集的I组菌株混合，所有C组菌株与II组菌株混合以及所有D组菌株与III组菌株混合（图。). 然而，18个A组分离物（55%）没有与任何I、II或III组分离物或Pujol集合中的异常值混合（图。). A组分离物形成一个独立的组（图。). 再一次，只有一株HIV病毒+个体P39未分组（图。). 因此，我们将HIV分离株集合中的B、C和D组重新命名+患者组I、II和III，我们将A组重命名为“SA组”，即“南非组”（图。). 艾滋病毒分离株的比例+表中列出了四组（第一组、第二组、第三组和第三组）中前往比勒陀利亚医院就诊的患者。
（A） 比勒陀利亚学院医院HIV分离株的聚类分析+黑人个体（P）分为四组，分别标记为A、B、C和D。（B）P分离物和Pujol等人的美国分离物(20)收集（FC）揭示了四个组，其中三个组（B、C和D）相当于美国收集的组I、II和III，第四个组（A组）代表新的南非特有组（SA）。任意阈值设置为S公司AB公司= 0.70.
表2。
| 健康状况一 | 描述 | 医院 | 指纹总数 | %分离株的数量：
|
|---|
| 第一组 | 第二组 | 第三组 | SA集团 | 没有组 |
|---|
| 艾滋病咨询门诊+ | 黑人、城市、半城市、，b条农村的 | 比勒陀利亚（P） | 33 | 15 | 18 | 9 | 55 | 三 |
| 卡拉丰（K） | 178 | 20 | 19 | 2 | 52 | 7 |
| | 加兰库瓦（G） | 38 | 13 | 11 | 5 | 58 | 13 |
| | 总计 | 249 | 18 | 17 | 4 | 53 | 7 |
| 健康 | 黑色半城市 | 美杜莎（GC） | 21 | 24 | 14 | 5 | 48 | 10 |
| 黑人乡村 | 克鲁格公园（OKP，KP），马霍尼西（MAH） | 45 | 20 | 9 | 9 | 56 | 7 |
| | 总计 | 66 | 21 | 11 | 8 | 53 | 8 |
| 白色都市c（c） | 比勒陀利亚大学（PC，UP） | 46 | 13 | 22 | 20 | 33 | 13 |
| 混合的 | 美国个人（Pujol系列，FC）d日 | | 22 | 37 | 27 | 18 | 0 | 18 |
分析白色念珠菌HIV分离物+-Kalafong和GaRankuwa医院的患者显示出同样的南非特有人群。
对178株HIV分离物进行了相同的DNA指纹分析+Kalafong医院就诊的患者和38株HIV分离株+患者前往GaRankuwa医院。平均值S公司AB公司两个集合的s分别为0.66±0.13和0.66±0.12。结果总结见表在两个收集中，分离出的菌株分为I、II、III和SA组（表). Kalafong和GaRankuwa收集的SA组中的比例与比勒陀利亚学术医院收集的相似（表)。
从健康黑人对照人群中分离。
对于对照采集，对来自Medunsa口腔和牙科诊所健康黑人半城市工作人员的分离物（GC分离物）以及居住和工作在克鲁格公园（Kruger Park）和Mahonisi（MAH分离物）地区的健康黑人农村个体的分离物进行了Ca3指纹分析。平均值S公司AB公司两组的s分别为0.64±0.12和0.68±0.12。在三个HIV分离株集合中观察到的两个集合分为相同的四组+患者（表; 图。、和图。）。此外，四组中健康黑人半城市和健康黑人农村个体的分离株比例与HIV分离株比例相似+四组中的个体（表). 事实上，黑人HIV分离物的比例+SA组的黑人健康人在这两种情况下均为53%（表). 在图中健康黑人半城市个体分离物（GC分离物）和Pujol等人收集的美国分离物（FC分离物）的组合树状图中。以及图中健康农村个体分离物（OKP、KP和MAH分离物）和Pujol等人收集的美国分离物（FC分离物）的组合树状图。很明显，SA和FC隔离从未在一个公共集群中混合。
（A） 健康黑人半城市人群（GC）和美国分离株（FC）的Medunsa分离株的聚类分析。（B） Kruger Park（OKP和KP）和Mahonisi（MAH）分离物的聚类分析，来自健康黑人农村个体和美国分离物（FC）。
从健康白人对照人群中分离。
还从比勒陀利亚大学口腔和牙科医院寻求口腔卫生治疗的白人城市工作人员和患者身上获得了分离物。这组46个指纹分离株被分为四组（图。)其中三个与美国分离株在组I、II和III中进行组合，第四个组没有美国分离株，即SA组（图。). SA组的分离株比例（33%）低于HIV组的比例+个体（55%、52%和58%）或黑人健康个体（48%和56%）。这一差异通过Fisher精确检验进行了检验，发现具有统计学意义(P（P）> 0.05). 此外，第三组健康白人的分离株比例明显高于艾滋病毒+和健康的黑人（表)。
（A） 来自健康白人城市个体（UP和PC）的比勒陀利亚分离物的聚类分析。（B） UP和PC分离物与美国分离物（FC）的聚类分析。
南非收藏品的SA集团联合集群。
为了确保单独收集中的SA组分离物共聚类，本研究为南非收集的每个组合生成了混合树状图。在这项研究中，还为所有361个南非分离株的DNA指纹生成了树状图。在所有情况下，SA都会从共聚类的不同集合中分离出来（未显示数据）。
SA组指纹图案。
将SA簇与其他三个簇（组I、组II和组III）分隔开的节点在南非不同收藏品生成的每个树状图中根深蒂固（图。到). 当将SA组中随机选择的分离物的指纹模式与随机选择的I、II和III组分离物的模式进行比较时，存在显著差异（图。). 与I、II和III组的模式相比，SA模式在5.4至6.5kb区域的平均带数较少，在4.5至5.4kb区域多了两条带。为了比较I、II、III组和SA分离株的一般模式，我们使用DENDRON程序测量了各组中42个分子量范围为2.05~19.00kb的带所占的比例。在表中给出了四组具有高度不变性的谱带和组间差异较大的谱带（30%）的数据。首先，应该注意的是，SA组分离物的模式包含I、II和III组分离物Ca3杂交模式中六个高度不变的带中的五个（5.4、4.5、3.5、3.3和2.7 kb）（表). 然而，SA群菌株中没有一株含有7.9 kb的条带，大多数菌株中也没有3.8 kb的带。这两条带在I、II和III组的分离物中都具有高度的不变性（表). 第二，在13例患者中，其中一组与其他三组差异显著，其中9例涉及SA组的显著差异，而只有2例涉及组I的差异，只有1例涉及组II的差异，仅有1例涉及到组III的差异（表). 这些结果表明，与SA组相比，I组、II组和III组之间的关系更密切。
DENDRON生成了从组I（A）、组II（B）、组III（C）和组SA（D）中随机选择的菌株的Ca3指纹模式模型。模型左侧显示了以千碱为单位的分子大小。模型带宽反映带宽强度。
表3。
本标本中I、II、III和SA组分离物的主要谱带差异一
| 带宽大小（bp）b条 | %在以下位置显示条带的菌株：
| %为的组：
|
|---|
| 第一组(n个= 64) | 第二组(n个=60） | 第三组(n个= 25) | SA公司(n个= 183) | 高c（c） | 低c（c） |
|---|
| 15.7 | 8 | 80 | 8 | 95 | 二、 SA公司 | I、 三 |
| 14.1 | 14 | 三 | 40 | 9 | 三 | 一、 二、南非 |
| 13.1 | 9 | 0 | 8 | 40 | 南非 | 一、 二、三 |
| 11.1 | 16 | 15 | 4 | 84 | 南非 | 一、 二、三 |
| 8.6 | 13 | 83 | 0 | 1 | 二 | 一、 三、南非 |
| 7.9（米） | 95 | 95 | 80 | 0 | 一、 二、三 | 南非 |
| 6.8 | 三 | 63 | 40 | 2 | 二、 三 | 一、 SA公司 |
| 6.5 | 92 | 90 | 26 | 4 | I、 二 | 三、 SA公司 |
| 6.1 | 20 | 47 | 61 | 7 | 二、 三 | 南非 |
| 5.8 | 92 | 77 | 32 | 三 | 一、 二 | 三、 SA公司 |
| 5.6 | 8 | 23 | 32 | 4 | | 一、 II、III、SA |
| 5.4（百万） | 100 | 100 | 100 | 100 | 一、 II、III、SA | |
| 5.1 | 22 | 13 | 4 | 85 | 南非 | 一、 二、三 |
| 4.9 | 89 | 12 | 92 | 79 | 一、 三、南非 | 二 |
| 4.7 | 三 | 92 | 0 | 85 | 二、 SA公司 | 一、 三 |
| 4.5（百万） | 98 | 98 | 100 | 100 | 一、 II、III、SA | |
| 3.8（米） | 100 | 100 | 80 | 34 | 一、 II、III、SA | |
| 3.5（百万） | 100 | 98 | 92 | 92 | 一、 II、III、SA | |
| 3.4 | 91 | 0 | 4 | 三 | 我 | 二、 三、南非 |
| 3.3（百万） | 100 | 100 | 100 | 100 | 一、 II、III、SA | |
| 3.1 | 6 | 0 | 4 | 53 | 南非 | 一、 二、三 |
| 2.7（百万） | 100 | 100 | 100 | 100 | 一、 II、III、SA | |
| 2.3 | 73 | 13 | 0 | 41 | I、 南非 | 二、 三 |
| 2.2 | 20 | 27 | 100 | 59 | 三、 SA公司 | 一、 二 |
SA分离物含有IS1。
Lott等人(14)证明IS的存在1大多数III组分离物25S rRNA基因中的元素，在I组和II组分离物中完全缺失。因此，我们检测了21株SA菌株和3株分别来自I、II和III组的IS菌株1通过使用具有特异性引物的PCR。21株SA菌株中的13株和所有3株III组菌株均含有IS1.三个I组和三个II组菌株不含IS1。在图中。PCR产物分别用于3株SA阳性菌株、2株III型阳性菌株、两株I型阴性菌株和2株II型阴性菌株。只有SA组和III组菌株具有包含379-bp IS的626-bp带1第一组介绍。这些结果表明，与III类菌株一样，IS1大多数SA群菌株中仍存在该元素。
是1存在于III组（9、10车道）和SA组（2、3和4车道）隔离株中，但不存在于I组（5和6车道）和II组（7和8车道）隔离群中。是1用IS扩增1-特异性引物(14). 信息系统1-含有626 bp的扩增产物，而缺乏IS的扩增产物1247 bp。标准品在第1道和第11道进行检测（pGEM DNA标记来自威斯康星州麦迪逊市普罗米加），选择的标准尺寸标注在凝胶的左侧，单位为千碱。
NAG同化。
最近，非典型菌株白色念珠菌来自安哥拉和马达加斯加的人具有遗传相关性(18,31). 他们被证明不能吸收NAG或GLN，并且在37°C下生长缓慢。因此，我们测试了每组10个随机分离物的NAG和GLN同化能力以及37°C下的生长速度。SA组、I组和III组中的所有测试菌株以及II组中除一个菌株外的所有菌株都吸收了NAG和GLN。没有一株菌株在37°C下生长缓慢。这些结果将SA组的分离株与非典型安哥拉和马达加斯加分离株区分开来。
口咽念珠菌感染无群体关联。
HIV分离物的比例+表中根据医院对患有和不患有口咽念珠菌病（红斑性或伪膜性）的患者进行了总结在有和无口咽念珠菌病临床症状的个体中，各组比例相似。Fisher对三家医院收集的各组进行了精确测试，结果显示没有统计学上的显著差异。
表4。
艾滋病毒分离株的比例+四个遗传群中有无口腔念珠菌病的患者
| 医院 | 疾病状态 | 分离物总数 | %分离株的数量：
|
|---|
| 第一组 | 第二组 | 第三组 | SA集团 | 没有组 |
|---|
| 比勒陀利亚 | 无感染 | 20 | 15 | 20 | 10 | 50 | 5 |
| 感染 | 13 | 15 | 15 | 8 | 62 | 0 |
| 卡拉丰 | 无感染 | 122 | 18 | 20 | 三 | 53 | 6 |
| 感染 | 56 | 25 | 16 | 0 | 50 | 9 |
| 加兰库瓦 | 无感染 | 28 | 11 | 14 | 7 | 54 | 14 |
| 感染 | 10 | 10 | 0 | 10 | 70 | 10 |
| 总计 | 无感染 | 170 | 17 | 18 | 5 | 53 | 7 |
| 感染 | 79 | 22 | 14 | 三 | 54 | 8 |
讨论
南非的一个分支的鉴定白色念珠菌。
1997年，Pujol等人(20)描述了美国分离株白色念珠菌并通过聚类分析证明了三个遗传上不同的组（组I、组II和组III）。在本研究中，三种独立的遗传指纹方法（Ca3、随机扩增多态性DNA和多点酶电泳）将大多数分离物分离为相同的三组。Lott等人(14)使用第四种DNA指纹法验证了这三组。这里，使用Ca3指纹，我们在南非黑人HIV分离物中确定了四组+患者、黑人健康个体和白人健康个体。因为我们使用了与Pujol等人完全相同的Ca3指纹识别程序和相同的计算机辅助方法来分析和存储数据(20)，我们生成了南非和美国分离物的混合树状图，以识别前一个收集物中的I、II和III组分离物。结果是明确的。四个南非组中的三个组的菌株与三个美国组的菌株合并，确定这些组为I、II和III。在美国收集中属于异常值（即未分组）的菌株仍然是混合树状图中的异常值。然而，第四组中没有美国菌株与南非菌株分组。这个南非特有的组被标记为SA组。它代表了一半以上的HIV分离物+和健康的黑人。
健康黑人和健康白人之间SA群菌株的比例不同。
SA分离株在HIV中的比例+比勒陀利亚、卡拉丰和加兰库瓦医院的样本分别为55%、52%和58%。在Medunsa口腔和牙科医院采集的健康黑人个体中，该比例为48%，在克鲁格公园和马霍尼西地区采集的健康白人个体中，这一比例为56%。HIV标本中SA分离物的平均比例+两例患者中黑人患者和健康黑人占53%。然而，来自健康白人的SA分离株比例为33%。该组与其他组之间的差异具有统计学意义。如果SA组分离株也被证明不存在于欧洲，那么南非白人中SA分离株比例的下降将表明他们的酵母运输特征跨越了美国/欧洲和南非黑人之间的界限。我们目前正在测试欧洲分离物是否存在SA组分离物，并计划在整个非洲大陆进行同样的采集。
与SA组菌株相比，I组、II组和III组菌株之间的关系更密切。
在为每个南非收集物生成的树状图中，将SA组与组I、II和III分开的节点比将组I、III和II分开的节点根深蒂固。例如，SA分离物与其他三个组（组I、Ⅱ和III）之间的节点值在比勒陀利亚学术医院收集的HIV分离物中为0.55+个体，分离组I、II和III的节点在0.60和0.66之间（图。). 这一结果表明SA组与I、II和III组的祖先不同。图中给出了反映这些树状图结构的模型。这一基于树状图结构的差异得到了四组之间主要谱带差异的分析的支持。在这种情况下，主要谱带差异被定义为一组含有谱带的菌株比例的急剧增加或减少（表). 虽然组I、组II和组III分别显示出两个、一个和一个主要谱带差异，但组SA显示出九个谱带差异。
（A） 在为所有南非收藏品生成的树状图中观察到的节点层次模型。（B） 代表四组白色念珠菌，基于树状图中的节点层次结构（面板A）和IS的存在1此树基于Lott等人开发的树(14)对于I、II和III组的关系，较薄的分支反映了IS的完全丧失1来自一个组。
Lott等人(14)也证明，虽然大多数III类菌株含有IS125S rRNA基因序列中，所有I组和II组分离物均缺乏IS1这一差异和其他差异导致他们提出了一个树，在该树中，与关系更密切的第一组和第二组分离物相比，第三组分离物属于更古老、更多样的进化群。我们已经证明，大多数SA菌株，如III类菌株(14)，包含IS1这些结果，结合上述树状图节点分析，表明一棵树中第一组SA和第I、II和III组的祖先分叉，然后第III组和第I和II组的祖先分化（图。). IS的损失1以较窄的树枝表示（图。)。
群体之间的关系和传染性。
我们没有发现任何证据表明，在引起感染方面，任何特定菌株的毒力高于任何其他菌株。在所有病例中，每一组黑人HIV感染者的比例相同+有或无口咽感染症状的患者。然而，如果我们假设这种机会性病原体的成功是基于其作为共生体生存和引起感染的能力，我们可以扩大我们对毒力的定义，包括共生加感染（即所有定植）。在这种情况下，我们可以得出结论，在南非，SA群菌株在共生和感染方面都占主导地位，根据这一标准，是最成功的。如果是这样的话，考虑到南非黑人一半的家畜和南非白人三分之一的家畜是SA群分离株，人们想知道为什么SA分离株在世界范围内没有取得同样的成功。
