iScience。2023年1月20日；26(1): 105907.
基于有丝分裂基因组研究当代加那利群岛居民的混合层
,1,2 ,1 ,1 ,1 ,1 ,1 ,三 ,三，4 ,1 ,1,2 ,5和1,2,三，6,7,8,∗
维克托·加西亚·奥利瓦雷斯
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
2西班牙拉古纳圣克里斯托巴尔生物多样性研究所自然生产与农业生物研究所（IPNA）高等研究中心（Plataforma Genómica de Alto Rendimiento para el Estudio de la Biodiversidad）
路易斯·鲁比奥·罗德里格斯
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
阿德里安·穆尼奥斯·巴雷拉
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
Ana Díaz-de用户
1西班牙特内里费圣克鲁斯可再生能源研究所基因组学部
大卫·贾斯佩斯
1西班牙特内里费圣克鲁斯可再生能源研究所基因组学部
安东尼奥·伊尼戈·坎波斯
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
玛丽亚·德尔·克里斯托·罗德里格斯·佩雷斯
三西班牙圣克鲁斯特内里费坎德拉里亚Nuestra Señora de Candelaria大学医院研究室
安东尼奥·卡布雷拉·德莱昂
三西班牙圣克鲁斯特内里费坎德拉里亚Nuestra Señora de Candelaria大学医院研究室
4西班牙特内里费圣克鲁斯拉古纳大学预防医学院
何塞·M·洛伦佐·萨拉查
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
拉斐拉·冈萨雷斯-蒙特隆戈
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
2西班牙拉古纳圣克里斯托巴尔生物多样性研究所自然生产与农业生物研究所（IPNA）高等研究中心（Plataforma Genómica de Alto Rendimiento para el Estudio de la Biodiversidad）
维森特·卡布雷拉
5西班牙Santa Cruz de Tenerife自由研究员
卡洛斯·弗洛雷斯
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
2西班牙拉古纳圣克里斯托巴尔生物多样性研究所自然生产与农业生物研究所（IPNA）高等研究中心（Plataforma Genómica de Alto Rendimiento para el Estudio de la Biodiversidad）
三西班牙圣克鲁斯特内里费坎德拉里亚Nuestra Señora de Candelaria大学医院研究室
6西班牙马德里卡洛斯三世研究所CIBER de Enfermedades呼吸系统
7西班牙大加那利拉斯帕尔马斯费尔南多·德佩索亚·加那利大学萨卢德学院
1西班牙特内里费圣克鲁斯能源再生研究所（ITER）基因组部门
2西班牙拉古纳圣克里斯托巴尔生物多样性研究所自然生产与农业生物研究所（IPNA）高等研究中心（Plataforma Genómica de Alto Rendimiento para el Estudio de la Biodiversidad）
三西班牙圣克鲁斯特内里费坎德拉里亚Nuestra Señora de Candelaria大学医院研究室
4西班牙特内里费圣克鲁斯拉古纳大学预防医学院
5西班牙Santa Cruz de Tenerife自由研究员
6西班牙马德里卡洛斯三世研究所CIBER de Enfermedades呼吸系统
7西班牙大加那利群岛拉斯帕尔马斯费尔南多-德佩索阿-加那利群岛大学萨卢德学院
8引线触点
2022年6月15日收到；2022年10月18日修订；2022年12月19日验收。
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- 补充资料
文件S1。表S1–S5
GUID:3EBE7A01-7B29-468E-BEF4-7844C06DC1DD
数据S1。图S1–S14
GUID:D2E38C30-C310-48D4-8743-49955C1C3B26
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总结
欧洲人对加那利群岛的征服始于15世纪初，并于1496年随着土著人的投降而达到顶峰。征服期间土著人口的崩溃和定居者的到来使群岛的人口构成发生了巨大变化。为了阐明这一历史进程，我们分析了来自七个主要岛屿的896个现有居民的有丝分裂基因组。我们的发现证实了原住民母亲贡献的持续性，以及他们在当前人口中的遗传足迹的持续性。此外，对大多数原住民创始人世系的年龄估计支持第一批土著人在第一个千年开始时抵达该岛。我们还首次发现，欧洲可识别的主要遗传影响来自葡萄牙人和加利西亚人。
主题领域：分子生物学、基因组学、人类学、人文地理学
集锦
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现存加拿大人群体最完整的母亲遗传特征
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据估计，土著人在本世纪初抵达这些岛屿
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葡萄牙人和加利西亚人对加那利群岛的影响最为显著
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检测到美洲和加那利群岛之间存在母体遗传联系
介绍
在航海技术进步和积极的海上贸易的推动下，伊比利亚半岛和意大利的南欧王国于14年初为欧洲世界重新发现了加那利群岛第个世纪。1这个由七个主要岛屿组成的群岛位于北非大西洋沿岸附近，已经有人居住。2,三由于这些岛屿最容易受到亲奴隶制的袭击，探险家们经常访问兰萨罗特岛、富尔特文图拉岛和埃尔希罗岛。4,5沿着15第个世纪，在西班牙卡斯蒂利亚王室的支持下，这七个岛屿逐渐被欧洲人征服和殖民化。这场长达一个世纪的艰难征服的最后一步是1496年，最大的岛屿特内里费岛投降。6
考古、人类学和语言学研究表明，北非柏柏尔人最有可能是加那利原住民的祖先。7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18令人遗憾的是，在征服后不久，大多数土著文化表现形式消失了，土著人还没有作为一个独特的群体活到今天。然而，基因研究证实了加拿大原住民和北非柏柏尔人之间的密切亲缘关系，表明尽管存在重要的性别不对称性，但相当一部分原住民人口被欧洲殖民者同化了。19,20为了支持这一点，在土著遗迹中发现了mtDNA U6b1a和U6c1，以及与北非有强烈亲缘关系的Y染色体E-M81和E-M78谱系20,21,22,23以及加那利群岛目前的居民。19,24此外，据估计，原住民母亲血统对当前加拿大人人口的平均贡献可能为40%23,24,25拉戈梅拉岛是最小的岛屿之一，其人口最多可达70%。26相反，据估计，土著父系血统的贡献不到10%。19,20这种性别不对称现象之所以被解释是因为在征服几个岛屿时采用了军事战略。19,20同样，基于常染色体标记的先驱研究27最近使用全基因组常染色体数据28,29,30,31支持原住民遗传祖先的足迹仍以不同比例存在于当前居民中（高达34%）。
到目前为止，对当前居民进行的分析最多是基于403碱基对高变区1（HVR1）的mtDNA序列，以及总共近千名无关供体中的几个编码位点，24,26,32以及不到30个分层选择的Y染色体单核苷酸多态性。19这些低分辨率分析引入了不确定性和确定偏差，阻碍了比较。下一代测序（NGS）技术的出现提供了一个机会，可以绕过这些限制，并扩大对加那利群岛人最近进化历史的了解。然而，很少有研究将NGS与该人群的人类学研究以及基因组分析结合起来30和有丝分裂基因组23从一些岛屿的土著人遗骸中获得的古代DNA样本，以及当前居民DNA中的目标常染色体区域。31
从遗传学的角度来看，一个缺乏足够关注的方面是加那利群岛征服后人口中产生的遗传混杂现象，以及对其对当前居民遗传背景影响的细致分析。主要原因是，加那利群岛被征服后的欧洲殖民化是一个复杂的过程，涉及西班牙、葡萄牙人、意大利人和佛兰德斯殖民者，也涉及撒哈拉以南非洲和摩尔奴隶。33此外，每个岛屿的定居地也不同，主要取决于是否有适合甘蔗生产的资源（大加那利、特内里费、拉帕尔马和拉戈梅拉）（埃尔希罗、兰扎罗特和富尔特文图拉）。34
在这里，我们获得并分析了通过NGS技术测序的完整有丝分裂基因组，其样本大小几乎与之前综合考虑的所有研究的样本大小相同24,26,32来自七个主要岛屿的假定加拿大人后裔（n=896）。这使我们第一次能够更准确地分配征服后影响岛屿的主要不同欧洲人口的遗传输入。此外，通过将先前未确定的原住民血统分配给特定单倍型群，我们能够显著增加对当前人口母体基因库中幸存的创始血统的估计，并评估了它们的合并年龄，以提供群岛定居的潜在情景。
结果
有丝分裂基因组测序综述与分类
每个样本回收的mtDNA读取平均数（±SD）为17853±14789。平均（±SD）mtDNA覆盖深度为47X±33，≥10X时平均覆盖了89.78%±21.49%的有丝分裂基因组。对于过滤后检测到的变体的覆盖深度，每个变体调用的平均值（±SD）为52X±40。Haplocheck提供的单倍型群分类质量在样本中的平均值为0.98（范围：0.81–1.00）。数据集由12个宏观单倍型群组成（A：图S1，高度：图S2和图S3，I：图S4、J：图S5，K：图S6，L：图S7，男：图S8，吨：图S9，单位：图S10和图S11，V：图S12，W：图S13、和X:图S14)，反映了加那利群岛人口中发现的混合水平。在10%以上的频率下，我们发现H、J、T和U，后者在人群中占优势（29.35%）。U6b1a是最常见的单倍型群（14.06%），其次是J2a2d1a（7.14%）(表S3).
当前人群中原始mtDNA基因库的来源和连续性
当前加那利岛人群中取样的完整序列数量显著增加，这使得我们可以将文献中描述的一些模糊的土著HVR1序列指定给特定的mtDNA单倍型群。从这个意义上说，在拉帕尔马土著遗骸中检测到的不寻常变异C16290T22在本研究中从同一岛屿采集的个体的有丝分裂基因组中发现。该序列属于单倍型群H的一个亚群，其特征是3531转变，与丹麦样本密切相关(图S2). HVR1基序16069-16126-16278-16366在特内里费岛的原住民中发现，属于单倍群J*21与来自同一岛屿的当前种群的有丝分裂基因组完全匹配，并被归类为J1c2e2单倍型群(图S5). 在拉戈梅拉的前西班牙裔遗骸中发现的非洲L3d单倍型16124-16223-16256-1631126现已在该岛现有居民中确认，并被归类为L3d1b3a单倍型群(图S7). 最后，在El Hierro原住民遗骸中发现的罕见HVR1组合16093–16192，并通过诊断变异分析进行分类（12308Hinf公司I+）作为U*21仅在同一岛屿的有丝分裂基因组中发现，作为U5a1b4岛簇的一部分，其频率为9.36%，与丹麦序列完全匹配(图S10).
这项研究的大样本量也提高了加那利群岛原住民和当前人口序列之间的匹配数量(表S1). 两者之间的平均匹配次数（±SE）为60.43%（±2.01），El Hierro的最大匹配次数为67.67%，Lanzarote的最小匹配次数为50%。我们认为这充分证明了当前人口中土著血统的巨大延续性。尽管仍支持谱系的大连续性，但考虑谱系频率时，匹配的平均值较低（51.50%±5.61）(表S1). 此外，拉帕尔马、特内里费和大加那利的人口保持的平均土著母体底物显著低于埃尔希罗、拉戈梅拉、富尔特文图拉和兰扎罗特的人口（分别为37.53%和61.90%；未配对t检验，p=0.0099）(表S1)这可以用欧洲殖民化过程中发生的土著同化差异来解释。与此一致的是，墓地遗骸的样本日期为15年第个–17第个和18第个大加那利的几个世纪35和特内里费，36分别指出了土著人口的更替。如果评估土著单倍型群随时间的空间分布（土著遗骸与当前人口），则观察到与征服后时代相关的某些土著血统沿东西轴的分布范围有所增加。例如，单倍群H1e1a、H1a0和H4a1仅在东部岛屿的原住民遗骸中被发现，而它们目前也存在于西部岛屿。相反，H1cf和J2a2d1a仅在西部岛屿中占主导地位，而在东部岛屿的当前人口中也存在(表S1).
以土著血统为重点的基于匹配的距离分析使我们能够推断出土著和当今岛屿人口之间的关系(表S1). 这一测量表明，土著岛屿种群比现存种群更具差异性（ANOVA，p=4.7×10−9). 这可以解释为征服后更大规模的岛间迁移。最好的例子是El Hierro，这是一个在欧洲接触时人口贫困的小岛，只有三种不同的土著mtDNA血统，如今拥有16种原住民血统，其中大多数与其他岛屿的系谱有联系(表S1). 尽管存在差异，主成分分析图反映了地理位置相近的埃尔希罗岛和拉帕尔马岛、拉戈梅拉岛和特内里费岛的土著样本之间的关系，以及富尔特文图拉岛和兰扎罗特岛之间的关系(). 这些岛屿种群之间的遗传关系与当前种群中发现的相似。该分析揭示的另一个重要特征是大加那利岛原住民和当前样本的关系，再次支持线粒体DNA谱系随时间的延续。至于原住民血统的地理起源，正如预期的那样，大部分序列匹配的是来自马格里布大西洋边界的人口（摩洛哥人、撒哈拉人和毛里塔尼亚人；45.45%）或马格里布中部地区的人口（阿尔及利亚人和突尼斯人；36.36%）(表S1). 然而，值得注意的是，鉴于在这两个地区都检测到46%与加那利群岛原住民血统的配对匹配，因此这两个区域之间的线粒体DNA血统重叠相当大。此外，还有与欧洲的独家比赛（8.08%），主要涉及伊比利亚半岛、法国和意大利的人群(表S1). 考虑到比较中存在局限性，因为存在对西欧和北美人群有丝分裂基因组数据的偏见，最相关的匹配是在H1e1a单倍型群中发现的匹配，该单倍型组被视为本地创始血统，23以及H1a0和H1bw内的其他物种，它们也属于欧亚宏观单倍型类群H，在北非样本中不存在。只有6.06%的土著血统与撒哈拉以南非洲人口中最常见的血统完全匹配(表S1). 因此，先前在大加那利发现并分别归属于单倍型群L2和L3e1的土著单倍型（16125-16213-16223和16187-16223-16327）在乍得具有唯一的匹配性。另一方面，在特内里费岛检测到的土著L2d2和L2e2单倍型在佛得角有其近亲，37圣多美和普林西比，38自15年以来，与葡萄牙奴隶贸易有关的两个西非群岛第个世纪。特内里费岛的一个额外的原始HVR1单倍型（16081-16093-16175-16223-16278-16320），属于L3e2单倍型群21但根据HVR2区域（73-93-146-150-182-195-198-263-325），我们在这里将其归类为L2c，这也仅在圣多美和普林西比群岛发现。38
前西班牙裔和当代人群之间的遗传关系
基于前西班牙裔（EHa=El-Hierro；LPa=La Palma；LGa=La-Gomera；TFa=Tenerife；GCa=Gran Canaria；FTa=Fuerteventura；LZa=Lanzarote）和当前人口（EH=El-Heerro；LP=La Pamma；LG=La Gomera；TF=Tenerafe；GC=Gran Canaria；FT=Fuertventura；LZ=Lanzarore）之间距离匹配的主成分分析图。
更典型地归属于撒哈拉以南非洲人口的血统占该群岛土著人口序列的4.23%±1.61%，23加那利群岛现存人口中只有1.06%±0.37%的人幸存下来。然而，这种差异并不显著（未配对t检验，p=0.079）。然而，对于撒哈拉以南非洲地区假定归属的所有世系，当前人群中的频率（7.23%±1.10%）略高于可用的土著序列中的频率，即4.23%±1.61%（未配对t检验，p=0.0378）。此外，我们还发现，在参与甘蔗生产的岛屿人口中（大加那利、拉戈梅拉、拉帕尔马和特内里费），假定撒哈拉以南非洲地区的土著血统明显更丰富（未配对t检验，p=0.0091）与那些没有建立糖厂的工厂相比（Lanzarote、Fuerteventura和El Hierro）。对于这些谱系，岛屿群之间的差异在当前种群中仍然显著（未配对t检验，p=0.013）。请注意，特内里费历史墓地遗骸样本中的可用证据36和大加那利35从15开始第个至17第个和18岁第个几个世纪以来，撒哈拉以南非洲mtDNA血统占检索到的序列的16.39%–28.57%，尽管它们可能不代表当时岛屿的一般人口，但这也支持了撒哈拉以南非洲人对群岛的影响在大西洋奴隶贸易繁荣期间达到顶峰。
最后，有一些土著血统只与近东人口中的血统完全匹配。本土创始人谱系U6b1a的案例(表S1)据描述，在黎巴嫩的一个人身上发现了这种病毒，但在北非没有发现。23此外，该黎巴嫩样本的后续完整测序39揭示了它的变体15697，该变体定义了一个专属的加那利亚条款(图S11). 另一个罕见的巧合是HVR1基序16189–16316，该基序在特内里费岛的史前遗迹中发现，并被归类为单倍型群HV/R21与黎巴嫩和伊拉克的高压序列完全吻合(表S1). 更令人惊讶的是，在拉戈梅拉的史前遗迹中发现了N1b单倍型群控制序列16145-16176G-16223-16297-16311-16390，21在亚美尼亚序列中检测到精确匹配，包括罕见的转换16297(表S1). 在最近对加拿大原住民遗骸的一项研究中，从特内里费木乃伊中提取的线粒体DNA基因组30被归类为J1c3，在16126处发生回复突变。在丹麦发现了该组中最接近的序列(图S5).
在加那利群岛居民中分摊其他遗传影响
我们已经证明，加那利群岛现有人口中相当大比例（约50%）的土著母亲基因库具有连续性。在本节中，我们将重点评估基于匹配亲和力的所有其他人口来源的母亲遗传贡献(表S2). 正如预期的那样，加那利群岛的主要贡献（±SD）来自伊比利亚半岛（39.14%±8.12%），其次是北非（21.57%±10.53%）、大西洋（19.29%±5.65%）、撒哈拉以南非洲（12.29%±5.41%）和意大利人（7.57%±2.37%）(表S4和). 大西洋队的两场比赛主要是丹麦队。我们将这一结果解释为诺曼和佛兰德血统，因为丹麦在GenBank mtDNA序列中的代表性比法国或比利时好得多。40,41关于加那利群岛人与非洲的两队比赛，应该指出，其中31.79%的人不是直接来自非洲，而是来自美洲。然而，必须考虑到与非洲和非洲裔美国人有丝分裂基因组数据可用性相关的显著抽样偏差，这可能会限制对这些发现的解释。与美洲大陆的关系一致，来自大加那利亚的一个人属于美洲印第安人血统（A2）(图S1)它和来自Fuerteventura的个体也属于这个血统23加那利群岛现有人口中发现的美洲印第安人单倍型群，加起来有两个人与之相关。另一个有趣的案例已经指出23与J2a2d1a1血统有关，在我们的研究中重新分类为J2a2c1a，由来自加那利群岛和巴西的两个人组成，从而将群岛与南美洲联系起来。鉴于当前人群中可用的个体序列数量较多，我们大大增加了该谱系中私人加拿大人序列的数量，这表明该谱系可能是本地创始谱系。此外，正如过去人口研究所预期的那样，42葡萄牙人（28.43%±10.71%）和加利西亚人（21.43%±7.55%）加起来约占与伊比利亚人配对比赛的一半，在埃尔希罗达到58%(表S4). 北非人群的配对匹配率最高的是兰扎罗特（42%）。此外，大西洋种群的配对匹配在最西端的埃尔希罗岛（29%）和拉帕尔马岛（24%）较高。这一结果与记录一致，记录表明诺曼人在El Hierro定居43和拉帕尔马的佛兰德人44尤其重要。最后，假定撒哈拉以南非洲序列的两两配对流行率在大加那利最高（20%）。综上所述，基于mtDNA配对匹配，我们得出结论，特内里费岛、拉戈梅拉岛、拉帕尔马岛和埃尔希罗岛西部岛屿与伊比利亚人口和大西洋地区的关系更密切（尤其是拉帕尔玛岛和埃尔赫罗岛）。另一方面，东部的大加那利岛、富尔特文图拉岛和兰扎罗特岛与非洲人口的线粒体DNA亲和力相对较高。
大陆人口的母亲遗传贡献
基于加那利群岛个体与非洲和欧洲人口之间的配对匹配亲缘关系的圆形图（EH=El Hierro；LP=La Palma；LG=La Gomera；TF=Tenerife；GC=Gran Canaria；FT=Fuerteventura；LZ=Lanzarote）。
土著谱系的聚结年龄
加那利群岛原住民定居点（BCE井）的考古日期被用作校准点，以测试mtDNA替代率的有效性。45然而，在时代变迁之后，很难维持在这些岛屿上建立永久定居点的想法。46一致的是，基于Soares等人提出的mtDNA替代率，对本地创始谱系的大多数合并年龄估计。45与考古日期相比更古老(表S5). 相反，使用Cabrera提出的mtDNA替代率，47无论是使用rho统计还是Beast方法，创始人世系的合并年龄都符合相同的考古时间窗(表S5)对于rho统计，H1e1a在2268年前（95%CI:2235-2300）年，L3b1a在380年前（95%CI:370-389）年，对于Beast，J2a2d1a和L3b1a血统分别在1628年（95%CI:841-2556）年和297年（95%CI:0-906）年之间。尽管用rho得出的估计值往往大于Beast的估计值（T2c1d2和X3a除外），但两种方法计算的值高度相关（Pearson r=0.76；p=0.017），并且在置信区间中显示出很大的重叠(). 因此，除U6b1a、T2c1d2和X3a外，两种方法估计的谱系相对年代位置具有合理的等效性(表S5). 关于最古老和最年轻的血统（基于点估计），除了H1e1a和J2a2d1a，这两种方法大致支持相似的结果。考虑到作为逐点合并年龄估计的参考，考虑到置信区间的重叠，观察到了一个连续的年龄范围。
本地始祖谱系的聚结年龄估计
贝叶斯推断的小提琴图使用rho统计（绿色）和Beast（紫色）对每个假定的本地加拿大人mtDNA谱系进行估计。两种方法的置信区间均显示为95%（显示了由Tracer计算的Beast最高后验密度区间HPD）。
假定原住民血统的人口重建
通过对Ne估计值随时间的评估，我们可以确定不同谱系的趋势变化。除了年轻谱系L3b1a和H4a1，在这一时期没有观察到明显的人口统计学变化，所有其他假定的本地谱系都表现出有效种群规模的显著增加（Ne（电子）)随着时间的推移(). 此外，H1e1a和X3a随着时间的推移表现出平稳的人口统计学增长，而其他谱系则表现出N的强劲增长e（电子）H1cf和U6b1a的生长速度最近发生了变化，时间为200年至300年。J2a2d1a、H1e1a和X3a的人口统计学趋势在500年左右出现了斜率变化。最后，U6c1和T2c1d2分别在1000年和670年左右显示了其估计人口趋势的斜率变化。因此，除两个世系外，其余15个世系的人口统计趋势都发生了变化第个世纪CE或之后。
本土创始人血统的人口重建
贝叶斯天际线图为每个假定的本地加拿大人mtDNA谱系的有效人口规模（考虑历史遗迹和当前人口的数据）。估计值的平均值显示为实线，95%的HPD间隔显示为阴影区域。使用KneeArrower R软件包计算每个人口统计学重建的截止点。
讨论
先前的研究从遗传角度探讨了加那利群岛的近期人口历史。然而，他们中的大多数人侧重于揭示本地加拿大人与当前非洲人口的关系，大多数人缺乏对西班牙征服该群岛后发生的欧洲遗传贡献的细致评估。由于对现存加那利群岛种群进行了数量空前的完整有丝分裂基因组测序，本研究提供了当前加那利岛种群最大、最全面的母体遗传特征。通过将这些数据与现有非洲和欧洲人口的数据进行比较，我们推断葡萄牙人是该群岛中最显著的母亲影响因素，但兰扎罗特除外，那里的北非相似性最为明显。考虑到北非人口的遗传多样性在很大程度上仍未得到分析所需的解决方案，这阻碍了对加那利群岛柏柏尔和非柏柏尔影响进行细粒度分析。此外，我们的结果表明，加那利原住民（柏柏尔血统）的基因库在现存种群中具有很大的连续性。最重要的是，我们还证明，这种孕产妇的贡献比以前证明的要大得多。此外，对假定的原住民世系的年龄估计支持第一批定居者在第一个千年开始时首次来到该岛，尽管在CE之前有几个世纪的广泛置信区间。令人惊讶的是，这些假定的土著血统中，有一些在欧洲殖民化之后就已经融合了。
征服后群岛上的定居点
我们的研究结果表明，目前加那利群岛人近一半的母亲基因库是由征服后的影响造成的。此外，还可以在岛屿规模上量化不同大陆区域在加那利群岛现有人口遗传库中的贡献，支持征服后整个群岛人口定居的不同影响。33当时，葡萄牙人在征服该群岛的过程中与诺曼人和西班牙人展开了竞争。因此，即使在征服完成之前，葡萄牙对加那利群岛的影响也很重要。具体来说，葡萄牙人先于诺曼人和西班牙人在拉戈梅拉定居。48事实上，葡萄牙人在加那利群岛定居的速度与他们在马德拉群岛和亚速尔群岛等其他马卡罗尼西亚群岛的定居速度相似。直到1640年葡萄牙王国从西班牙王国独立后，这种活动才有所减少。征服后，甘蔗生产是群岛最重要的经济活动，49,50特别是对于水资源和树木较多的岛屿，如大加那利群岛、特内里费岛、拉帕尔马岛和拉戈梅拉岛。这促使经验丰富的人员涌入甘蔗行业，尤其是葡萄牙人，因为他们在甘蔗行业的管理经验丰富。51其他欧洲特遣队随后抵达，主要是为了投资推广。意大利人和弗莱明人就是这样。与此同时，主要来自撒哈拉以南非洲的奴隶劳工的到来，52,53这是由于对劳动力的高需求和投资者对提高行业盈利能力的兴趣。这一人口统计事件的一个例子是，撒哈拉以南非洲起源的序列在大加那利的高流行率，这在甘蔗生产行业中发挥了重要作用。54另一方面，兰萨罗特岛、富尔特文图拉岛和埃尔希罗岛当时的经济基础是传统农业和畜牧业开发。33兰萨罗特岛和富特文图拉岛东部定居点的一个特点是摩尔人和摩尔人对其人口发展的影响，这与之前的估计相符55这表明摩尔人的人口估计约占16个加那利群岛人口的三分之一第个世纪。因此，我们的研究结果可以与撒哈拉以南非洲人和摩尔奴隶的强迫移民在该岛人口重聚中的重要作用相一致。53值得强调的是，尽管最近加拿大人因频繁的岛间迁徙而同质化，但我们的研究结果大体上符合征服期间和之后这些定居点的历史记录。在群岛的西端，来自埃尔希罗岛和拉帕尔马岛的人口受大西洋影响的比例最大，主要是诺曼人和弗莱明人。特内里费岛和大加那利岛是最大的岛屿，预计这两个岛屿将成为后西班牙裔移民最为富裕的地区，这些岛屿的岩屑成分显示出非常相似的频率。最明显的差异是伊比利亚成分对特内里费的主要影响（41%对大加那利的35%），以及撒哈拉以南非洲成分对大加那利的主要影响。
加那利群岛在美洲大陆和欧洲大陆之间的商业连接中发挥了重要的战略枢纽作用，56奴隶贸易在其中起着核心作用。36支持这种奴隶贸易的证据既反映在大量的加拿大人和非裔美国人序列的匹配上，也反映在与多米尼加共和国L*血统序列的大量关联上。之前曾注意到与此相关的另一项发现23关于本土创始人世系J2a2d1a，因此，在一个完全由加拿大人组成的血统中，一个来自巴西的个人的存在可能与大西洋奴隶贸易期间贩卖土著劳动力有关，也可能与过去几个世纪加拿大人的反复迁徙有关。57,58,59与此相一致，其他研究也显示了加拿大人的母亲对美国人的贡献。60,61,62另一方面，加那利群岛上的两名美洲印第安人也表明了一个相反方向的迁徙过程（即从美洲到欧洲），23Rando等人解释。24这可能是16世纪美国土著奴隶贩卖奴隶的结果第个世纪，63或者由于18年期间加拿大移民的回归第个和19第个世纪。64因此，这些发现既支持加那利群岛居民积极参与美洲殖民化，也支持当前加那利岛民与美洲大陆之间的遗传联系。
土著和现存加那利群岛人口之间的亲缘关系
土著人口的遗传印记仍然存在于群岛的现有人口中。在这里，我们已经证明，母亲的这种贡献略高于以前的研究所观察到的，23,24,25根据用于估计的近似值，达到51.50%至60.43%的水平。此外，我们的结果还显示，自欧洲征服以来，假定原住民血统的人口统计学增长显著。这一发现与母系血统的强烈同化所导致的明显的性别不对称一致，这将有利于殖民者男性和土著女性之间的交配，并增加了征服期间可能增加的土著男性死亡率。20,65然而，我们警告说，这一结果可能受到采样过程中不平衡的影响，因为采集到的属于当前人群的序列数量远远大于从土著遗迹中获得的序列数量。前殖民时期岛屿人口之间观察到的重要的线粒体分化23这可能暗示了经典但非真实的假设，即加拿大人缺乏促进半岛间海上联系的技能。无论如何，自西班牙征服开始以来，这种情况发生了巨大变化，因为来自某些岛屿的被奴役土著被作为强迫劳动运送到其他岛屿。众所周知，征服者与一些岛屿上的土著派别结盟，与抵抗者作战，其中一些人甚至在这一过程中被转移到其他岛屿。后者的一个例子在征服特内里费岛和拉帕尔马岛的编年史中有很好的记载，这两个岛屿是加那利群岛最后被卡斯蒂利亚王室征服的两个岛屿，需要大加那利的土著帮助。66原住民的这种岛间迁移可能是某些单倍型群的特殊分布的解释，例如H1e1a、H1a0和H4a1，它们仅在东部岛屿的原住民遗骸中检测到，而仅在西部岛屿的当前人口中进行采样。这些群岛内迁徙也可以解释现存岛屿种群遗传差异的平滑化。
岛屿上的土著居民
一种新的进化速率在本地线粒体DNA谱系中的应用47大大缩短了它们的聚结年龄。在大多数情况下，这与在加那利群岛不同人口中发现的考古数据是一致的。46仅考虑点合并年龄估计，大多数原住民始祖世系支持第一个土著人在第一个千年开始时首次来到岛屿，这与之前的研究结果相吻合。23,46,67然而，如果考虑广泛的置信区间，与第一批原住民抵达相关的年龄范围可能会从CE之前的几个世纪到欧洲殖民开始后的一段时间。用rho统计量和Beast对每个谱系进行的合并年龄估计值显示出轻微差异，这可以通过短合并时间分析引入的偏差来解释。然而，每个方法为每个谱系恢复的置信区间之间存在明显重叠。最后，根据所获得的结果，我们无法对加那利群岛的殖民过程提供有充分依据的推断，主要原因有三：由于使用mtDNA进行短的合并时间，导致年龄推断的偏差，与不同谱系的点估计值相关的置信区间之间存在较大重叠，并且两种方法之间的估计值略有不一致。因此，利用其他分子标记（如Y染色体或常染色体）提供的信息，以及遗传数据的考古背景化，未来的研究可能有助于更清楚地了解加那利群岛原住民殖民化的动态。
研究的局限性
由于来自世界各地人群的人类有丝分裂基因组数据库呈现的异质性，这项研究具有一定的局限性，反映出一种明显的偏见，即倾向于呈现更多来自欧洲人群的遗传数据，而非来自非洲人群的遗传数据。北非地区有限的数据尤其重要。因此，应谨慎解释北非的影响，因为该地区人口的遗传在基因组水平上基本上没有特征。
STAR★方法
方法详细信息
样品、文库准备和测序
该研究得到了坎德拉里亚大学医院研究伦理委员会（CHUNSC_2020_95）的批准，并根据《世界医学协会伦理规范》（赫尔辛基宣言）进行。
本研究的样本是在获得“加那利群岛疾病控制与预防中心”队列研究的知情同意后获得的。68该数据集构成了加那利群岛医学研究中最广泛的人群队列，涉及近7000名随机选择的捐赠者，他们来自七个主要岛屿，年龄在18至75岁之间，没有性别偏见。从无血缘关系的捐赠者中挑选了896份DNA样本进行研究。本研究所选样本自行声明，四位祖父母出生于同一岛屿，他们没有心血管、代谢、免疫学或癌症的个人病史。79每个岛屿测序的个体总数从52个到215个不等。按岛屿，从西到东，测序个体的数量如下：El Hierro，106；拉帕尔马，101；拉戈梅拉，136；特内里费，175；大加那利，215；富尔特文图拉，52岁；和兰扎罗特，111岁。使用商业柱状溶液（blood genomicPrep Mini Spin Kit，Marlborough，MA，USA）从外周血中提取DNA。使用QubitTM dsDNA HS检测试剂盒（美国马萨诸塞州沃尔瑟姆的赛默飞世尔科学公司）在Qubit 3.0荧光计中进行DNA定量。如其他地方所述，对样品进行不同的全基因组测序（WES）捕获溶液。80库质量控制在TapeStation 4200（安捷伦科技，加利福尼亚州圣克拉拉）中进行，测序在NextSeq 550、HiSeq 4000或NovaSeq 6000（Illumina，Inc.，加利福尼亚州圣地亚哥）上进行。
生物信息学分析
使用基于GATK v.4的内部管道对WES数据进行处理，以提取和分配mtDNA单倍型群。69简言之，读数与GRCh37/hg19参考基因组比对，而mtDNA读数与修订的剑桥参考序列（rCRS）比对，GenBank{“类型”：“entrez-notide”，“属性”：{“文本”：“NC_012920”，“term_id”：“251831106”，“term_text”：“NC_012920“}}NC_012920号,81,82如其他地方所述，遵循该循环基因组的GATK最佳实践。78作为另一个步骤，为了避免在变量调用期间出现潜在的工件，不到70%的读取所支持的变量被丢弃。基于我们对人类mtDNA分类工具的基准测试结果，并考虑到WES数据的卓越性能，78使用Haplocheck v.1.3.3从BAM文件中对单倍型群进行分类。70mtDNA序列根据PhyloTree v.17进行分类(http://www.phylotree.org).71为了协调BAM和VCF文件中检索到的基因组信息（考虑到前者可能包含在变量调用步骤中未恢复的变量或在质量控制过程中可能已被过滤掉的变量），对每个样本的基因型进行了细化。简而言之，通过生物信息处理生成的中间文件手动检查缺失的诊断变体或罕见的点突变和indels。对于在单倍型群分类过程中发现的新突变，只保留覆盖深度大于10X的变体，不同个体之间共享的突变除外。使用vt工具版本0.5772172保留那些具有更高读取支持的（>70%）。最后，为了进行系统发育重建，分析中排除了16519热点的突变和309、522、573和16182–16193核苷酸位置附近的indels。
用于群体比较的部分mtDNA序列
为了增加原住民和现存加拿大人基于人口的比较样本量，我们纳入了先前公布的现存加那利群岛和原住民的部分mtDNA单倍型（基于HVR1序列和诊断变体）(表S1)，前提是恢复的单倍型可以明确地归属于特定的亚单倍型群。因此，部分序列与rCRS参考序列相同，82包括由诊断变异体分配给单倍体群H*或U*的那些，已从所有分析中删除，因为它们可以分配给每个单倍体组中的不同亚组。然而，应该注意的是，虽然这种近似值仅用于识别序列之间的匹配（见下文），而不是用于频率估计，但这种分析的结果有一定的局限性，因此，在解释它们时应小心。
基于人群的分析
为了补偿最常见的单倍型对基于频率的距离计算的影响，使用了基于两两匹配的度量。在这一测量中，考虑了最大差异为两个突变的成对序列的匹配。算法定义了Ixy公司人口之间的身份x个和年，作为它们之间匹配的两倍数量（2Mxy公司)除以x个和年（Nx个+牛顿年). 因此，成对匹配可能从零（在两个种群之间没有发现匹配）到一（所有不同的谱系在两个种群之间共享）不等。种群之间的距离（Dxy公司)根据1-I计算xy公司。使用R v.4.0.4环境，通过主成分分析（PCA）可视化距离匹配83和ggplot2包。73为了根据配对匹配或单倍型群频率差异评估种群之间的时间或空间差异，使用了双尾Fisher精确检验。平均单倍体群频率比较采用非配对t检验。用Circos图探讨加那利群岛基因库中母亲的遗传贡献74是基于来自加拿大群岛的个体与非洲和欧洲人口之间的配对亲和力构建的(表S2). 为了简化分析，定义了五个人口群体：大西洋、伊比利亚、意大利、北非和萨哈兰非洲。在北非，我们没有区分柏柏尔人和非柏柏尔族人，因为数据缺乏用于此分析的伦理或语言信息。以前基于不同标记的研究表明，北非柏柏尔人和非柏柏尔人之间缺乏显著的遗传差异。84,85,86,87,88然而，鉴于北非的遗传多样性在很大程度上仍未被探索，这应该被视为该研究的局限。在伊比利亚，随后的分析中确定了五个地区：加利西亚、葡萄牙、巴斯克郡、安达卢西亚和伊比利亚半岛其他地区。关于加利西亚和葡萄牙，尽管之前的研究支持这两个种群在基因上很接近，89我们倾向于将它们分开，以便在该地区获得更高的分辨率。
土著创始人世系的年龄估计
使用rho统计量计算假定原住民加拿大血统的结合年龄90和两种替代mtDNA替代率：i）每3624年发生一次突变的总体种间比率（95%置信区间[CI]:2973-4275）45; 和ii）使用Cabrera提出的新费率，47根据人类人口统计历史的最新时期，假设进化率具有时滞效应，将突变率增加到每1400年发生一次突变（95%CI:1261-1539）。Seqboot被用于生成3600个引导mtDNA比对，以使用内部脚本计算每个本地创始人血统的rho统计数据(https://github.com/genomicsITER/mitogenomes/tree/main/CanarymtDNA).
还使用Beast v.2.6.4，采用贝叶斯方法估计了聚集年龄。75我们使用GTR核苷酸替代模型，作为jModelTest指出的最佳拟合替代模型，76并应用了Cabrera提出的相应替代率。47时钟模型被设置为一个严格的时钟，假设系统发育树中的每个分支都按照相同的进化速率进化，并应用了Yule模型。使用UPGMA树作为种子树，每次分析运行40亿次迭代，每百万次采样一次，获得4000棵树。使用Tracer v.1.7.2检查生成的日志和树文件，77在丢弃前10%的树木作为老化树木，并按照最佳实践指南确认有效样本量（ESS）值超过200之后。91最近的共同祖先（TMRCA）的时间是用示踪剂获得的。此外，还进行了人口统计学分析，以使用贝叶斯天际线合并模型重建每个本地创始人世系的人口动态。对于每次运行，应用与上述相同的设置。使用示踪器从每次分析的采样树中提取贝叶斯天际线结果，并使用ggplot2 R包构建天际线图。73
致谢
这项研究由Innovación省（RTC-2017-6471-1；AEI/FEDER，UE）资助，由欧盟欧洲区域发展基金“打造欧洲的方式”共同资助；CajaCanarias基金会和“La Caixa”银行基金会（2018PATRI20）；特内里费岛（CGIEU0000219140）；2021-2025年特内里费岛教育委员会会议（CGIAC0000014697）；以及通过与可再生能源研究所（ITER）达成的OA17/008协议，加强基因组学、个性化医学和生物技术领域的科学技术教育、培训、研究、开发和创新。A.D.U.得到了西班牙教育和职业培训部的一项研究金（赠款编号FPU16/01435）的支持。我们感谢Teide-HPC超级计算设施同事的支持(http://teidehpc.iter.es/en)该项目由西班牙经济和竞争力部的INP-2011-0063-PCT-430000-ACT（INNPLANTA项目）资助。作者深切感谢坎德拉里亚大学医院Nuestra Señora de Candelaria的支持，并对CDC小组所有成员的工作以及所有参与者的合作表示感谢。最后，作者要深深感谢两位匿名审稿人的技术建议和讨论，他们改进了手稿。
作者贡献
概念化、V.G.O.、L.A.R.R.、V.M.C.、C.F。；数据管理，V.G.O.，L.A.R.R.，V.M.C.，A.M.B.，J.M.L.S.，D.J.T.，R.G.M。；方法学，V.G.O.，L.A.R.R.，A.M.B.，J.M.L.S.，A.D.U.，D.J.T.，A.I.C.，M.C.R.，A.C.L.，R.G.M。；监管，C.F。；书面原稿编制，V.M.C.、V.G.O.、L.A.R.R.、C.F。；Writing review and editing，V.G.O.，V.M.C.，L.A.R.R.，C.F.所有作者均已阅读并同意手稿的出版版本。
利益声明
作者声明，与本文作者身份和/或出版无关的潜在利益冲突。资助者在研究设计中没有任何作用；收集、分析或解释数据；在撰写手稿时，或在决定公布结果时。
包容性和多样性
我们支持开展包容性、多样性和公平的研究。
数据和代码可用性
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使用基于GATK v.4的内部管道对WES数据进行处理。78 •
重新分析本文中报告的数据所需的任何其他信息可从引线触点根据要求。
工具书类
1Aznar-Vallejo E.HID；2008年，探索欧洲亚特兰蒂斯的殖民地。[交叉参考][谷歌学者] 2Hooton E.A.Corinthian出版社；1925.加那利群岛的古代居民。[谷歌学者] 三。Farrugia de la Rosa A.J.Springer科技与商业媒体；2013年，《边缘考古：加那利群岛的殖民主义、惊奇和遗产管理》。[谷歌学者] 4Bonnet Reverón B.Las expediciones a Las Canarias en el siglo XIV公司。印度版次。1944;5 [谷歌学者] 5Morales Padrón F.Los descubriientos en Los siglos XIV y XV，y Los archipiélagos at lánticos。阿努。埃斯特德。亚特兰大。1971;17:429–465. [谷歌学者] 6Abreu-Galindo J.1955年。加那利群岛征服史（戈雅法令）[谷歌学者] 7比利·G·埃尔·卡纳里奥博物馆；1980年，《卡纳利安档案史前时代》；第59-74页。[谷歌学者] 8加那利群岛史前人类种群的卡拉贝利特征。人类生物学。1989;61:117–131.[公共医学][谷歌学者] 9Bermúdez de Castro J.M.加那利群岛史前人类种群中的第三磨牙发育不全。美国物理学杂志。阿索波尔。1989;79:207–215. doi:10.1002/ajpa.1330790208。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 10纳瓦罗·梅德罗斯J.F.N.“El viaje de las loceras”《塞拉米加传统文化的传承》，《非洲历史》，《加拿大人与拉萨群岛的再生产》。阿努。埃斯特德。亚特兰大。1999;1:61–118. [谷歌学者] 11Guatelli-Steinberg D.、Irish J.D.、Lukacs J.R.Canary islands-north African人口亲和力：基于牙齿形态的差异测量。人类。2001;52:173–188. doi:10.1078/0018-442x-00027。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 12Farrugia de la Rosa A.J.、Pichler W.、Rodrigue A.、GarcíA Marín S.利比科语-柏柏尔语和拉丁语-加拿大人语脚本以及加那利群岛的殖民化。非洲。考古。版次。2010;27:13–41. doi:10.1007/s10437-010-9070-4。[交叉参考][谷歌学者] 13Tejera Gaspar A.，Perera Betancor M.A.Las supuestas题词“加拿大岛”。Spal公司。史前与考古修订。2011;20:175–184. doi:10.12795/spal.2011.i20.11。[交叉参考][谷歌学者] 14Santana-Cabrera J.、Velasco-Vazquez J.、Rodriguez Rodríguez A.第19卷。2012年，Patrón cotidiano de activatad física y organizacio on social del trabajo en la Gran Canaria predispánica（siglos XI-XV）：la aportacio n de los marcadoresóseos de activatdad físsica；第125-163页。（塔博纳）。[谷歌学者] 15Morales J.、Rodríguez-Rodrígue A.、González-Marrero M.d.C.、Martín-Rodráguez E.、Henríquez-Valido P.、del-Pino-Curbelo M.、del-Pino-Curbelo-M.西北非洲公共粮仓长期作物储藏的古植物学：前西班牙裔大加那利亚的案例研究（cal.ad 1000-1500）维吉特。历史。考古机器人。2014;23:789–804. doi:10.1007/s00334-014-0444-4。[交叉参考][谷歌学者] 16哈根布拉德J.、莫拉莱斯J.、莱诺M.W.、罗德里格斯-Rodríguez A.C.从史前种子中提取的古代DNA揭示了加那利群岛农民的忠诚度。《考古杂志》。科学。2017;78:78–87. doi:10.1016/j.jas.2016.12.001。[交叉参考][谷歌学者] 17Ferrando A.、Manunza A.、Jordana J.、Capote J.，Pons A.、Pais J.、Delgado T.、Atoche P.、Cabrera B.、Martínez A.等人。线粒体分析揭示了加拿大山羊和巴利阿里山羊不同的创始人效应特征。阿尼姆。遗传学。2015;46:452–456. doi:10.1111/age.12302。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 18Olalde I.、Capote J.、Del Arco M.C.、Atoche P.、Delgado T.、González Anton R.、Pais J.、Amills M.、Lalueza Fox C.、Ramírez O.古代DNA揭示了西班牙前加那利猪的祖先。遗传学。选择。进化。2015;47：40.doi:10.1186/s12711-015-0115-7。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 19.Flores C.、Maca-Meyer N.、Pérez J.A.、González A.M.、Larruga J.M.、Cabrera V.M.加那利群岛人父系的主要欧洲血统。安。嗯。遗传学。2003;67:138–152. doi:10.1046/j.1469-1809.2003.00015.x。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 20Fregel R.、Gomes V.、Gusmáo L.、González A.M.、Cabrera V.M.、Amorim A.、Larruga J.M.加那利群岛男性基因库的人口统计学历史：欧洲人取代本地血统。BMC演变。生物。2009;9：181.网址：10.1186/1471-2148-9-181。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 21Maca-Meyer N.、Arnay M.、Rando J.C.、Flores C.、González A.M.、Cabrera V.M.、Larruga J.M.古代线粒体DNA分析和关隘的起源。《欧洲遗传学杂志》。2004;12:155–162. doi:10.1038/sj.ejhg.5201075。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 22.Fregel R.、Pestano J.、Arnay M.、Cabrera V.M.、Larruga J.M.、González A.M.拉帕尔马（加那利群岛）的母系土著殖民化《欧洲遗传学杂志》。2009;17:1314–1324. doi:10.1038/ejhg.2009.46。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 23.Fregel R.、Ordóñez A.C.、Santana-Cabrara J.、Cabrera V.M.、Velasco-Vázquez J.、Alberto V.、Moreno-Benítez M.A.、Delgado-Darias T.、Rodríguez-Rodrígue A.、Hernández J.C.等人。线粒体阐明了加那利群岛土著人民的起源和迁移模式。公共科学图书馆一号。2019;14：e0209125.doi:10.1371/journal.pone.0209125。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 24Rando J.C.、Cabrera V.M.、Larruga J.M.、Hernández M.、González A.M.、Pinto F.、Bandelt H.J.反映加那利群岛殖民化的线粒体DNA系统地理模式。安。嗯。遗传学。1999;63:413–428. doi:10.1046/j.1469-1809.1999.6350413.x。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 25Pinto F.、González A.M.、Hernández M.、Larruga J.M.、Cabrera V.M.根据线粒体DNA序列推断加那利群岛人及其非洲和西班牙祖先之间的遗传关系。安。嗯。杰内特。1996;60:321–330. doi:10.1111/j.1469-1809.1996.tb01195.x。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 26Fregel R.、Cabrera V.M.、Larruga J.M.、Hernández J.C.、Gámez A.、Pestano J.J.、Arnay M.、González A.M.在拉戈梅拉（加那利群岛）当今人口中的孤立和突出的原住民母性遗产《欧洲遗传学杂志》。2015;23:1236–1243. doi:10.1038/ejhg.2014.251。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 27Pinto F.M.、González A.M.、Hernández M.、Larruga J.M.、Cabrera V.M.Sub-Saharan对加那利群岛人口的影响，由G6PD基因序列分析得出。人类生物学。1996;68:517–522.[公共医学][谷歌学者] 28Pino-Yanes M.、Corrales A.、BasaldúA S.、Hernández A.、Guerra L.、Villar J.、Flores C.在西班牙人群病例对照关联研究中北非的影响和潜在偏见。公共科学图书馆一号。2011;6：e18389.doi:10.1371/journal.pone.0018389。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 29BotiguéL.R.、Henn B.M.、Gravel S.、Maples B.K.、Gignoux C.R.、Corona E.、Atzmon G.、Burns E.、Ostrer H.、Flores C.等人。北非的基因流有助于南欧人类遗传多样性的差异。程序。国家。阿卡德。科学。美国。2013;110:11791–11796. doi:10.1073/pnas.1306223110。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 30.Rodríguez-Varela R.、Günther T.、Krzewinn ska M.、StoráJ.、Gillingwater T.H.、MacCallum M.、Arsuaga J.L.、Dobney K.、Valdiosera C.、Jakobsson M.等人。对加那利群岛上欧洲征服前人类遗骸的基因组分析显示出与现代北非人的密切关系。货币。生物。2017;27：3396–3402.e5。doi:10.1016/j.cub.2017.09.059。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 31Guillen Guio B.、Lorenzo Salazar J.M.、González Montelongo R.、Díaz de Usera A.、Marcelino Rodríguez I.、Corrales A.、Cabrera de León A.、Alonso S.、Flores C.西南边缘人类欧洲多样性的基因组分析：金丝雀岛的孤立、非洲影响和疾病关联。分子生物学。进化。2018;35:3010–3026. doi:10.1093/molbev/msy190。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 32Santos C.、Fregel R.、Cabrera V.M.、González A.M.、Larruga J.M.、Lima M.马卡罗尼西亚群岛线粒体DNA模式：群岛内部和群岛之间的差异。美国物理学杂志。阿索波尔。2010;141:610–619. doi:10.1002/ajpa.21180。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 33Fernández-Armesto F.Clarendon出版社；1982年：征服后的加那利群岛：16世纪初殖民社会的形成。[谷歌学者] 34Viña Brito a.，Ronquillo Rubio M.El primer ciclo del azücar en Canarias（加拿大人）。平衡历史记录。2006年doi:10.12795/hid.2013.i40.12。[交叉参考][谷歌学者] 35Santana J.、Fregel R.、Lightfoot E.、Morales J.、Alamón M.、Guillén J.、Moreno M.、Rodríguez A.早期殖民大西洋世界：通过对西班牙加那利群岛15至17世纪多民族埋葬人口的同位素和古代DNA分析，对非洲移民的新见解。美国物理学杂志。阿索波尔。2016;159:300–312. doi:10.1002/ajpa.22879。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 36Maca-Meyer N.、Cabrera V.M.、Arnay M.、Flores C.、Fregel R.、González A.M.、Larruga J.M.17-18世纪特内里费岛（加那利群岛）线粒体DNA多样性遗迹美国物理学杂志。炭疽。2005;127:418–426. doi:10.1002/ajpa.20148。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 37Brehm A.、Pereira L.、Bandelt H.-J.、Prata M.J.、Amorim A.佛得角群岛线粒体肖像：大西洋奴隶贸易的塞内加比亚前哨。安。嗯。遗传学。2002;66:49–60. doi:10.1017/S000348001001002。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 38Trovoada M.J.、Pereira L.、Gusmáo L.、Abade A.、Amorim A.、Prata M.J.圣多美-普林西佩三个种群mtDNA变异模式。安。嗯。遗传学。2004;68:40–54. doi:10.1046/j.1529-8817.2003.00070.x。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 39Matisoo-Smith E.A.、Gosling A.L.、Boocock J.、Kardailsky O.、Kurumilian Y.、Roudesli-Chebbi S.、Badre L.、Morel J.-P.、Seba-i L.L.、Zalloua P.A.。在北非迦太基的古代腓尼基遗迹中发现的一种欧洲线粒体单倍型。公共科学图书馆一号。2016;11：e0155046.doi:10.1371/journal.pone.0155046。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 40Li S.、Besenbacher S.，Li Y.、Kristiansen K.、Grarup N.、Albrechtsen A.、SparsöT.、Korneliussen T.，Hansen T..、Wang J.等人。2000年从丹麦人群的外显子组研究中提取的完整mtDNA序列的变异与糖尿病的关联。《欧洲遗传学杂志》。2014;22:1040–1045. doi:10.1038/ejhg.2013.282。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 41Raule N.、Sevini F.、Li S.、Barbieri A.、Tallaro F.、Lomartire L.、Vianello D.、Montesanto A.、Moilanen J.S.、Bezrukov V.等。单倍体分析未检测到的不同氧化磷酸化亚基上mtDNA突变的共现影响人类寿命，且具有群体特异性。老化细胞。2014;13:401–407. doi:10.1111/acel.12186。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 42Spínola F.F.XV《美洲加那利群岛历史》；2004年，葡萄牙语en Canarias en el siglo XVII。1626年的Una relacionón；第310-320页。[谷歌学者] 43纳瓦罗·梅德罗斯J.F.Arqueología de las islas Canarias。西班牙国家石油公司。Tiempo Forma公司。序列号。史前。阿尔奎奥。1997年doi:10.5944/etfi.10.1997.4662。[交叉参考][谷歌学者] 44Viña Brito a.卷194。2012年，第161–191页。（Los flamncos en Canarias en el siglo XVIö：？Una comunidad extranjera？）？la Palma岛上的特殊科。加拿大历史修订版。）。[谷歌学者] 45Soares P.、Ermini L.、Thomson N.、Mormina M.、Rito T.、Röhl A.、Salas A.、Oppenheimer S.、Macaulay V.、Richards M.B.净化选择校正：改进的人类线粒体分子钟。Am.J.Hum.遗传学。2009;84:740–759. doi:10.1016/j.ajhg.2009.05.001。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 46Velasco-Vazquez J.、Alberto-Barroso V.、Delgado T.、Moreno M.、Lecuyer C.、Richardin P.定居点、加那利群岛的殖民化和早期历史：C14作为范例。阿努。埃斯特德。大西洋。2020:1–24. doi:10.36980/10530.9904。[交叉参考][谷歌学者] 47Cabrera V.M.通过古代和现代线粒体DNA基因组观察人类分子进化率、时间依赖性和瞬时多态性效应。科学。代表。2021;11：5036.doi:10.1038/s41598-021-84583-1。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 48阿尔瓦雷斯·J·普雷米拉征服拉戈梅拉。阿努。埃斯特德。亚特兰大。1960;6:445–492. [谷歌学者] 49Ronquillo Rubio M.Organismo Autónomo de Museos y Centros Excmo；特内里费岛：2008年。Ingenios azucareros en la colonitación canaria：1487-1526年。大加那利州地方西班牙组织。[谷歌学者] 50Viña Brito a.Estudios Canarios：加拿大教育研究所；2015年，加拿大殖民地El cultivo de la caña de azúcar en Canarias en los inicios de la colonitacion；第239-264页。[谷歌学者] 51Greenfield S.M.Madeira与新世界甘蔗种植和种植园奴隶制的开始：制度建设研究。纽约州安。阿卡德。科学。1977;292:536–552. doi:10.1111/j.1749-6632.1977。tb47771.x。[交叉参考][谷歌学者] 52Lobo Cabrera M.Ediciones del Excmo公司。大加那利岛；1982年，La esclavitud en las Canarias orientales en el siglo XVI（黑人、莫罗斯和莫里斯科斯）[谷歌学者] 53Viña Brito a.，Hernández González M.2006年。埃斯拉沃斯（阿奇沃·希斯托里科省圣克鲁斯特内里费）[谷歌学者] 54弗洛里多·卡斯特罗A.2000。El patrimonio industrial azucarero de Gran Canaria、Recuperación de la azucarera de San Juan de Telde como Museo Etnoagrario、XIV Coloquio de Historia Canario Americana。[谷歌学者] 55Lobo Cabrera M.2015年。加那利亚斯的洛斯莫里斯科斯：自然的埃斯克拉沃斯（水星出版社编辑）[谷歌学者] 56Armenteros Martínez I.2018年。加那利群岛是地中海和大西洋之间的互联区域（十四至十六世纪）。尼古拉斯·贾斯佩特（Nikolas Jaspert）和塞巴斯蒂安·科迪茨（Sebastian Kolditz）编辑。[谷歌学者] 57.马西亚斯·埃尔南德斯·A.M.爱迪西奥内斯·塔巴普莱斯（Macías Hernández A.M.Ediciones Tabapress）；1991年，埃米格拉西翁·埃斯帕尼奥拉·奥特拉玛，1492-1914 a.埃拉斯·罗埃尔。[谷歌学者] 58Hernández-González M.卷126。《美洲印第安人：新埃波卡》；2008年，第132-172页。（加拿大的移民是一种历史的悲剧）。[谷歌学者] 59蒙迪扎巴尔I.、桑多瓦尔K.、贝尼尔·李G.、卡拉费尔F.、萨拉斯A.、马丁内斯·富恩特斯A.、科马斯D.古巴母系和父系人类血统的遗传起源、混合和不对称。BMC演变。生物。2008;8：213.doi:10.11186/1471-2148-213。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 60Sans M.、Figueiro G.、Ackermann E.、Barreto I.、Egaña a.、Bertoni B.、Poittevin-Gilmet E.、Maytia D.、Hidalgo P.C.乌拉圭特立尼达城巴斯克后裔的线粒体DNA：乌拉圭人还是巴斯克人？人类生物学。2011;83:55–70. doi:10.3378/027.083.0104。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 61Secher B.、Fregel R.、Larruga J.M.、Cabrera V.M.、Endicott P.、Pestano J.J.、González A.M.北非线粒体DNA单倍型群U6基因流入非洲、欧亚大陆和美洲大陆的历史。BMC演变。生物。2014;14：109.网址：10.1186/1471-2148-14-109。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 62Baeta M.、Nüñez C.、Cardoso S.、Palencia-Madrid L.、Piñeiro-Hermida S.、Arriba-Barredo M.、Villanueva-Millan M.J.、M de Pancorbo M.线粒体DNA分析揭示了美国和阿根廷巴斯克散居人口的不同进化历史。公共科学图书馆一号。2015;10：e0144919.doi:10.1371/journal.pone.0144919。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 63Lobo Cabrera M.Grupos humanos en la sociedad canaria del siglo十六世。危地马拉科尔奇翁。1979 [谷歌学者] 64Castellano J.M.、Macías F.J.加拿大人民文化中心；1997年，《加拿大历史》。[谷歌学者] 65Flores C.、Larruga J.、González A.、Hernández M.、Pinto F.、Cabrera V.金丝雀岛原住民的起源及其对现代人口的贡献：分子遗传学视角。货币。阿索波尔。2001;42:749–755. doi:10.1086/323819。[交叉参考][谷歌学者] 66Morales Padrón F.1978年。加那利亚斯：征服之星（Ayuntamiento de Las Palmas）[谷歌学者] 67Morales J.、Rodríguez A.、Henríquez-Valido P.发表于：拉斯图迪奥斯·卡波洛吉科斯（la contribucioón de los estudios carpológicos）。Fernández J.，Mujika J.A.，GarcíA A.A.，编辑。巴伊斯瓦斯科大学；2017年，加那利群岛的农业和植物资源（siglos III-XV d.C.）[谷歌学者] 68Cabrera León A.、Rodríguez Pérez M.C.、González D.A.、Domínguez Coello S.、Aguirre Jaime A.、Brito Díaz B.、Gonzalez Hernández A.、Pére z Méndez-LI.、y el grupo CDC Presentación de la cohorte“加拿大疾病控制与预防中心”：目标、结果和预审。版次Esp.Orientac。Psicopedag。2008;82:519–534.[公共医学][谷歌学者] 69McKenna A.、Hanna M.、Banks E.、Sivachenko A.、Cibulskis K.、Kernytsky A.、Garimella K.、Altshuler D.、Gabriel S.、Daly M.等人。基因组分析工具包：用于分析下一代DNA测序数据的MapReduce框架。基因组研究。2010;20:1297–1303. doi:10.1101/gr.107524.110。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 70Weissensteiner H.、Forer L.、Fendt L.、Kheirkhah A.、Salas A.、Kronenberg F.、Schoenherr S.使用线粒体系统发育进行测序研究中的污染检测。基因组研究。2021;31:309–316. doi:10.1101/gr.256545.119。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 71.van Oven M.，Kayser M.更新了全球人类线粒体DNA变异的综合系统发育树。嗯，变种人。2009;30：E386–E394。doi:10.1002/humu.20921。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 72Tan A.，Abecasis G.R.，Kang H.M.遗传变异的统一表示。生物信息学。2015;31:2202–2204. doi:10.1093/bioinformatics/btv112。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 73威克姆·H·斯普林格；2016.ggplot2：用于数据分析的优雅图形。[谷歌学者] 74Krzywinski M.、Schein J.、Birol I.、Connors J.、Gascoyne R.、Horsman D.、Jones S.J.、Marra M.A.Circos：比较基因组学的信息美学。基因组研究。2009;19:1639–1645. doi:10.1101/gr.092759.109。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 75Bouckaert R.、Vaughan T.G.、Barido-Sottani J.、Duchéne S.、Fourment M.、Gavryushkina A.、Heled J.、Jones G.、Kühnert D.、De Maio N.等人。BEAST 2.5：贝叶斯进化分析的高级软件平台。公共科学图书馆计算。生物。2019;15：e1006650.doi:10.1371/journal.pcbi.1006650。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 76.Darriba D.、Taboada G.L.、Doallo R.、Posada D.jModelTest 2：更多模型、新启发式和并行计算。自然方法。2012;9：772.doi:10.1038/nmeth.2109。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 77Rambaut A.、Drummond A.J.、Xie D.、Baele G.、Suchard M.A.使用示踪剂1.7对贝叶斯系统发育学进行后验总结。系统。生物。2018;67:901–904. doi:10.1093/sysbio/syy032。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 78García-Olivares V.、Muñoz-Barrera a.、Lorenzo-Salazar J.M.、Zaragoza-Trello C.、Rubio-Rodríguez L.a.、Díaz-de Usera a.、Jáspez D.、Iñigo-Campos a.、González-Montelongo R.、Flores C.从全基因组和全基因组序列数据中对人类线粒体DNA单倍型群分类器进行基准测试。科学。代表。2021;11：20510.网址：10.1038/s41598-021-99895-5。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 79Díaz-de Usera A.、Rubio-Rodríguez L.A.、Muñoz-Barrera A.、Lorenzo-Salazar J.M.、Guillen-Guio B.、Jáspez D.、Corrales A.、nigneigo-Campos A.、GarcíA-Olivares V.、Rodráguez-Pérez M.D.C.等人。将CIRdb作为加那利群岛人自然遗传变异的目录进行开发。科学。代表。2022;12：16132.doi:10.1038/s41598-022-20442-x。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 80Díaz-de Usera A.、Lorenzo-Salazar J.M.、Rubio-Rodríguez L.A.、Muñoz-Barrera A.、Guillen-Guio B.、Marcelino-Rodrígue I.、GarcíA-Olivares V.、Mendoza-Alvarez A.、Corrales A.、Ingen-igo-Campos A.等。全基因组浓缩解决方案的评估：从短程测序量表高端中吸取的教训。临床杂志。医学。2020;9：3656.数字对象标识代码：10.3390/jcm9113656。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 81Anderson S.、Bankier A.T.、Barrell B.G.、de Bruijn M.H.、Coulson A.R.、Drouin J.、Eperon I.C.、Nierlich D.P.、Roe B.A.、Sanger F.等人。人类线粒体基因组的序列和组织。自然。1981;290:457–465. doi:10.1038/290457a0。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 82Andrews R.M.、Kubacka I.、Chinnery P.F.、Lightowler R.N.、Turnbull D.M.、Howell N.人类线粒体DNA剑桥参考序列的重新分析和修订。自然遗传学。1999;23：147.网址：10.1038/13779。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 83R核心团队。2020年：R：统计计算语言和环境。[谷歌学者] 84Bosch E.、Calafell F.、Pérez-Lezaun A.、Clarimón J.、Comas D.、Mateu E.、Martínez-Arias R.、Morera B.、Brakez Z.、Akhayat O.等人。STR分析揭示的非洲西北部的遗传结构。《欧洲遗传学杂志》。2000;8:360–366. doi:10.1038/sj.ejhg.5200464。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 85Bosch E.、Calafell F.、Comas D.、Oefner P.J.、Underhill P.A.、Bertranpetit J.人类Y染色体变异的高分辨率分析表明，西北非洲和伊比利亚半岛之间存在明显的不连续性和有限的基因流动。Am.J.Hum.遗传学。2001;68:1019–1029. doi:10.1086/319521。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 86Harich N.、Esteban E.、Chafik A.、López Alomar A.、Vona G.、Moral P.《摩洛哥莫耶恩地图集柏柏尔人的经典多态性：地中海民族的遗传学、地理和历史证据》。安·嗯·生物学。2002;29:473–487. doi:10.1080/0301446010104393。[公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 87Bentayebi K.、Abada F.、Ihzmad H.、Amzazi S.从常染色体STR推断出的摩洛哥人群的遗传祖先。Meta基因。2014;2:427–438. doi:10.1016/j.mgene.2014.04.011。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 88Arauna L.R.，Comas D.柏柏尔人和阿拉伯人之间的遗传异质性。eLS。2017:1–7. doi:10.1002/9780470015902.a0027485。[交叉参考][谷歌学者] 89Barral-Arca R.、Pischedda S.、Gómez-Carballa A.、Pastoria A.、Mosquera-Miguel A.、López-Soto M.、Martinón-Torres F.、Al lvarez-Iglesias V.、Salas A.伊比利亚半岛线粒体DNA变异的Meta分析。公共科学图书馆一号。2016;11：e0159735.doi:10.1371/journal.pone.0159735。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 90Forster P.、Harding R.、Torroni A.、Bandelt H.J.《美洲原住民线粒体DNA变异的起源和进化：重新评估》。Am.J.Hum.遗传学。1996;59:935–945. [PMC免费文章][公共医学][谷歌学者] 91Drummond A.J.、Rambaut A.BEAST：通过采样树进行贝叶斯进化分析。BMC演变。生物。2007;7：214。doi:10.11186/1471-2148-7-214。 [PMC免费文章][公共医学] [交叉参考][谷歌学者] 
